MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ6

Total Repeats: 2326

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2001	NC_010480	GAAA	2	8	108877	108884	75 %	0 %	25 %	0 %	170079646
2002	NC_010480	TGAC	2	8	108885	108892	25 %	25 %	25 %	25 %	170079646
2003	NC_010480	CA	3	6	108936	108941	50 %	0 %	0 %	50 %	170079645
2004	NC_010480	AAT	2	6	108948	108953	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2005	NC_010480	T	7	7	108968	108974	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2006	NC_010480	TTC	2	6	109011	109016	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2007	NC_010480	TTG	2	6	109053	109058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079645
2008	NC_010480	AAT	2	6	109156	109161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2009	NC_010480	ATA	2	6	109166	109171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2010	NC_010480	GT	3	6	109256	109261	0 %	50 %	50 %	0 %	170079645
2011	NC_010480	ATC	2	6	109287	109292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079645
2012	NC_010480	CTA	2	6	109322	109327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079645
2013	NC_010480	TTGA	2	8	109362	109369	25 %	50 %	25 %	0 %	170079645
2014	NC_010480	CT	3	6	109465	109470	0 %	50 %	0 %	50 %	170079645
2015	NC_010480	TTC	2	6	109527	109532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2016	NC_010480	TTC	2	6	109547	109552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2017	NC_010480	AAC	2	6	109599	109604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079645
2018	NC_010480	GTA	2	6	109648	109653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079645
2019	NC_010480	T	6	6	109669	109674	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2020	NC_010480	TGTC	2	8	109681	109688	0 %	50 %	25 %	25 %	170079645
2021	NC_010480	ATT	2	6	109701	109706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079645
2022	NC_010480	AAAT	2	8	109719	109726	75 %	25 %	0 %	0 %	170079645
2023	NC_010480	CTT	2	6	109733	109738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2024	NC_010480	AAAT	2	8	109852	109859	75 %	25 %	0 %	0 %	170079645
2025	NC_010480	ATT	2	6	109918	109923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079645
2026	NC_010480	T	6	6	109974	109979	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2027	NC_010480	AAT	2	6	109980	109985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2028	NC_010480	TAA	2	6	110018	110023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2029	NC_010480	TCTT	2	8	110038	110045	0 %	75 %	0 %	25 %	170079645
2030	NC_010480	TC	5	10	110059	110068	0 %	50 %	0 %	50 %	170079645
2031	NC_010480	TAA	2	6	110103	110108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2032	NC_010480	T	6	6	110155	110160	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2033	NC_010480	CTT	2	6	110198	110203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2034	NC_010480	AATT	2	8	110276	110283	50 %	50 %	0 %	0 %	170079645
2035	NC_010480	T	6	6	110300	110305	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2036	NC_010480	GTT	2	6	110368	110373	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079645
2037	NC_010480	TTG	2	6	110376	110381	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079645
2038	NC_010480	TCT	2	6	110404	110409	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2039	NC_010480	TGC	2	6	110429	110434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079645
2040	NC_010480	ATC	2	6	110436	110441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079645
2041	NC_010480	AAGT	2	8	110454	110461	50 %	25 %	25 %	0 %	170079645
2042	NC_010480	TAA	2	6	110490	110495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2043	NC_010480	ATT	2	6	110514	110519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079645
2044	NC_010480	TAG	3	9	110547	110555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079645
2045	NC_010480	TCT	2	6	110625	110630	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2046	NC_010480	T	6	6	110630	110635	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2047	NC_010480	TCA	2	6	110695	110700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079645
2048	NC_010480	T	7	7	110720	110726	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2049	NC_010480	T	6	6	110735	110740	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2050	NC_010480	T	7	7	110783	110789	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2051	NC_010480	ACC	2	6	110979	110984	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079645
2052	NC_010480	GTT	2	6	111055	111060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079645
2053	NC_010480	CTT	2	6	111065	111070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2054	NC_010480	TAAA	2	8	111099	111106	75 %	25 %	0 %	0 %	170079645
2055	NC_010480	T	7	7	111135	111141	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2056	NC_010480	TAA	2	6	111150	111155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2057	NC_010480	AAT	2	6	111185	111190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2058	NC_010480	T	6	6	111198	111203	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2059	NC_010480	TTG	2	6	111219	111224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079645
2060	NC_010480	TTTG	2	8	111271	111278	0 %	75 %	25 %	0 %	170079645
2061	NC_010480	AT	3	6	111283	111288	50 %	50 %	0 %	0 %	170079645
2062	NC_010480	CAA	2	6	111293	111298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079645
2063	NC_010480	ATG	2	6	111302	111307	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079645
2064	NC_010480	AT	3	6	111309	111314	50 %	50 %	0 %	0 %	170079645
2065	NC_010480	CGT	2	6	111351	111356	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079645
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2067	NC_010480	CAA	2	6	111389	111394	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079645
2068	NC_010480	ATG	2	6	111408	111413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079645
2069	NC_010480	CAA	2	6	111431	111436	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079645
2070	NC_010480	ATT	2	6	111444	111449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079645
2071	NC_010480	AGA	2	6	111520	111525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079645
2072	NC_010480	AAT	2	6	111538	111543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079645
2073	NC_010480	TTC	2	6	111555	111560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079645
2074	NC_010480	CAA	2	6	111582	111587	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079645
2075	NC_010480	T	6	6	111601	111606	0 %	100 %	0 %	0 %	170079645
2076	NC_010480	GAAT	2	8	111617	111624	50 %	25 %	25 %	0 %	170079645
2077	NC_010480	A	6	6	111642	111647	100 %	0 %	0 %	0 %	170079645
2078	NC_010480	TGCGA	2	10	111654	111663	20 %	20 %	40 %	20 %	170079645
2079	NC_010480	GA	3	6	111752	111757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2080	NC_010480	A	6	6	111757	111762	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2081	NC_010480	CTT	2	6	111789	111794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079647
2082	NC_010480	ACA	2	6	111844	111849	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079647
2083	NC_010480	GGC	2	6	111873	111878	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079647
2084	NC_010480	CAG	2	6	111884	111889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079647
2085	NC_010480	TAT	2	6	111917	111922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079647
2086	NC_010480	CTG	2	6	112066	112071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2087	NC_010480	TGC	2	6	112295	112300	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079648
2088	NC_010480	T	6	6	112303	112308	0 %	100 %	0 %	0 %	170079648
2089	NC_010480	AATT	2	8	112317	112324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2090	NC_010480	CCTG	2	8	112543	112550	0 %	25 %	25 %	50 %	170079649
2091	NC_010480	CCTG	2	8	112558	112565	0 %	25 %	25 %	50 %	170079649
2092	NC_010480	TGA	2	6	112608	112613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079649
2093	NC_010480	GTC	2	6	112623	112628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079649
2094	NC_010480	CGA	2	6	112690	112695	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079649
2095	NC_010480	TTA	2	6	112754	112759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079649
2096	NC_010480	TAT	2	6	112770	112775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079649
2097	NC_010480	GCT	2	6	112781	112786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079649
2098	NC_010480	TTTG	2	8	112831	112838	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2099	NC_010480	CAA	2	6	112868	112873	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079650
2100	NC_010480	CAACT	2	10	112923	112932	40 %	20 %	0 %	40 %	170079650
2101	NC_010480	TTC	2	6	112956	112961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079650
2102	NC_010480	GAT	2	6	112988	112993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079650
2103	NC_010480	ATG	2	6	113031	113036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079650
2104	NC_010480	GAAA	2	8	113077	113084	75 %	0 %	25 %	0 %	170079650
2105	NC_010480	AAG	2	6	113147	113152	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079650
2106	NC_010480	TTTA	2	8	113161	113168	25 %	75 %	0 %	0 %	170079650
2107	NC_010480	AAG	2	6	113175	113180	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079650
2108	NC_010480	CCTGAT	2	12	113240	113251	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170079650
2109	NC_010480	TGA	2	6	113335	113340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079650
2110	NC_010480	GTC	2	6	113415	113420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079650
2111	NC_010480	CAG	2	6	113477	113482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079650
2112	NC_010480	CAA	2	6	113576	113581	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079650
2113	NC_010480	ACA	2	6	113608	113613	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079650
2114	NC_010480	GTCA	2	8	113666	113673	25 %	25 %	25 %	25 %	170079650
2115	NC_010480	A	6	6	113679	113684	100 %	0 %	0 %	0 %	170079650
2116	NC_010480	A	6	6	113796	113801	100 %	0 %	0 %	0 %	170079650
2117	NC_010480	CAA	2	6	113855	113860	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079650
2118	NC_010480	CACC	2	8	113921	113928	25 %	0 %	0 %	75 %	170079650
2119	NC_010480	CCA	2	6	113992	113997	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2120	NC_010480	GTCT	2	8	114046	114053	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2121	NC_010480	CTC	2	6	114119	114124	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2122	NC_010480	T	7	7	114182	114188	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2123	NC_010480	GCT	2	6	114302	114307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079651
2124	NC_010480	TCG	2	6	114308	114313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079651
2125	NC_010480	CT	4	8	114409	114416	0 %	50 %	0 %	50 %	170079651
2126	NC_010480	TGA	2	6	114419	114424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079651
2127	NC_010480	GGC	2	6	114440	114445	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079651
2128	NC_010480	ATT	2	6	114558	114563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079651
2129	NC_010480	ACT	2	6	114596	114601	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079651
2130	NC_010480	TTA	2	6	114612	114617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079651
2131	NC_010480	TGA	2	6	114681	114686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079651
2132	NC_010480	TAAA	2	8	114734	114741	75 %	25 %	0 %	0 %	170079652
2133	NC_010480	GAA	2	6	114748	114753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079652
2134	NC_010480	GAG	2	6	114996	115001	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2135	NC_010480	TCC	2	6	115146	115151	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079653
2136	NC_010480	GGATA	2	10	115197	115206	40 %	20 %	40 %	0 %	170079653
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2138	NC_010480	CTC	2	6	115325	115330	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079653
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2141	NC_010480	CTT	2	6	115472	115477	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079653
2142	NC_010480	TAG	2	6	115482	115487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079653
2143	NC_010480	TAAAG	2	10	115494	115503	60 %	20 %	20 %	0 %	170079653
2144	NC_010480	GGA	2	6	115510	115515	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079653
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2149	NC_010480	CGG	2	6	115628	115633	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079653
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2157	NC_010480	ATA	2	6	115999	116004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079653
2158	NC_010480	ACAT	2	8	116019	116026	50 %	25 %	0 %	25 %	170079653
2159	NC_010480	GAC	2	6	116074	116079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079653
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2161	NC_010480	ATCTCA	2	12	116127	116138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079653
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2163	NC_010480	TTG	2	6	116186	116191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079653
2164	NC_010480	TAT	2	6	116265	116270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2165	NC_010480	AGA	2	6	116390	116395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2166	NC_010480	TCA	2	6	116433	116438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2167	NC_010480	TTC	2	6	116442	116447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2168	NC_010480	T	6	6	116510	116515	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2169	NC_010480	TGA	2	6	116533	116538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2170	NC_010480	T	7	7	116556	116562	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2171	NC_010480	GGCT	2	8	116566	116573	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2172	NC_010480	ACA	2	6	116870	116875	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079654
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2178	NC_010480	TCG	2	6	117183	117188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079655
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2182	NC_010480	CTA	2	6	117287	117292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079655
2183	NC_010480	CTG	2	6	117329	117334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079655
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2187	NC_010480	GATTTT	2	12	117684	117695	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	170079656
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2239	NC_010480	AGCC	2	8	120231	120238	25 %	0 %	25 %	50 %	170079656
2240	NC_010480	GCT	2	6	120277	120282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079656
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2242	NC_010480	GTTC	2	8	120358	120365	0 %	50 %	25 %	25 %	170079656
2243	NC_010480	CCA	2	6	120389	120394	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079656
2244	NC_010480	T	6	6	120406	120411	0 %	100 %	0 %	0 %	170079656
2245	NC_010480	GGGGT	2	10	120436	120445	0 %	20 %	80 %	0 %	170079656
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.