MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ3

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010477	ATT	2	6	4	9	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079465
2	NC_010477	GGC	2	6	66	71	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079465
3	NC_010477	TGAT	2	8	101	108	25 %	50 %	25 %	0 %	170079465
4	NC_010477	AGC	2	6	155	160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079465
5	NC_010477	ATG	2	6	308	313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079465
6	NC_010477	CGT	2	6	393	398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079465
7	NC_010477	GGA	2	6	450	455	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079465
8	NC_010477	ACG	2	6	577	582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079465
9	NC_010477	CAAA	2	8	709	716	75 %	0 %	0 %	25 %	170079466
10	NC_010477	C	7	7	756	762	0 %	0 %	0 %	100 %	170079466
11	NC_010477	C	6	6	773	778	0 %	0 %	0 %	100 %	170079466
12	NC_010477	A	6	6	779	784	100 %	0 %	0 %	0 %	170079466
13	NC_010477	ACA	2	6	885	890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079466
14	NC_010477	C	6	6	904	909	0 %	0 %	0 %	100 %	170079466
15	NC_010477	TGA	2	6	1180	1185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079467
16	NC_010477	GGAA	2	8	1194	1201	50 %	0 %	50 %	0 %	170079467
17	NC_010477	GAT	2	6	1268	1273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079467
18	NC_010477	CTA	2	6	1328	1333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079467
19	NC_010477	CGG	3	9	1398	1406	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079467
20	NC_010477	T	6	6	1512	1517	0 %	100 %	0 %	0 %	170079467
21	NC_010477	TAA	2	6	1528	1533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079467
22	NC_010477	CAG	2	6	1598	1603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079467
23	NC_010477	AAT	2	6	1643	1648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079467
24	NC_010477	TGG	2	6	1669	1674	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079467
25	NC_010477	GAT	2	6	1708	1713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079467
26	NC_010477	CGG	2	6	1767	1772	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079467
27	NC_010477	GCG	2	6	1820	1825	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079467
28	NC_010477	AAG	2	6	1868	1873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079467
29	NC_010477	CAT	2	6	1885	1890	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079467
30	NC_010477	TGA	2	6	1896	1901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079467
31	NC_010477	ATG	2	6	1992	1997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079467
32	NC_010477	CCG	2	6	2012	2017	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079467
33	NC_010477	GAG	2	6	2036	2041	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079467
34	NC_010477	TTA	2	6	2100	2105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079467
35	NC_010477	GCG	2	6	2129	2134	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079467
36	NC_010477	GTG	2	6	2135	2140	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079467
37	NC_010477	TC	3	6	2155	2160	0 %	50 %	0 %	50 %	170079467
38	NC_010477	CGT	2	6	2202	2207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079467
39	NC_010477	GGGC	2	8	2256	2263	0 %	0 %	75 %	25 %	170079467
40	NC_010477	T	6	6	2282	2287	0 %	100 %	0 %	0 %	170079467
41	NC_010477	AAAC	2	8	2352	2359	75 %	0 %	0 %	25 %	170079467
42	NC_010477	ATG	3	9	2367	2375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079467
43	NC_010477	TCAA	2	8	2398	2405	50 %	25 %	0 %	25 %	170079467
44	NC_010477	GGA	2	6	2497	2502	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079467
45	NC_010477	GGA	2	6	2521	2526	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079467
46	NC_010477	GAT	2	6	2623	2628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079468
47	NC_010477	GTG	2	6	2645	2650	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079468
48	NC_010477	A	6	6	2759	2764	100 %	0 %	0 %	0 %	170079468
49	NC_010477	A	6	6	2782	2787	100 %	0 %	0 %	0 %	170079468
50	NC_010477	TTG	2	6	2795	2800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079468
51	NC_010477	T	6	6	2811	2816	0 %	100 %	0 %	0 %	170079468
52	NC_010477	GTC	2	6	2840	2845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079468
53	NC_010477	TAT	2	6	2850	2855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079468
54	NC_010477	ATG	2	6	2876	2881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079468
55	NC_010477	TAT	2	6	2932	2937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079468
56	NC_010477	AGC	2	6	2952	2957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079468
57	NC_010477	TAC	2	6	3009	3014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079468
58	NC_010477	A	6	6	3022	3027	100 %	0 %	0 %	0 %	170079468
59	NC_010477	CGCC	2	8	3120	3127	0 %	0 %	25 %	75 %	170079468
60	NC_010477	T	7	7	3176	3182	0 %	100 %	0 %	0 %	170079468
61	NC_010477	AG	3	6	3192	3197	50 %	0 %	50 %	0 %	170079468
62	NC_010477	A	6	6	3198	3203	100 %	0 %	0 %	0 %	170079468
63	NC_010477	TTG	2	6	3236	3241	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079468
64	NC_010477	GAA	2	6	3349	3354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079468
65	NC_010477	TCAG	2	8	3387	3394	25 %	25 %	25 %	25 %	170079468
66	NC_010477	GATTT	2	10	3397	3406	20 %	60 %	20 %	0 %	170079468
67	NC_010477	GA	3	6	3411	3416	50 %	0 %	50 %	0 %	170079468
68	NC_010477	CAG	2	6	3422	3427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079468
69	NC_010477	GA	3	6	3454	3459	50 %	0 %	50 %	0 %	170079468
70	NC_010477	T	8	8	3526	3533	0 %	100 %	0 %	0 %	170079468
71	NC_010477	AAGA	2	8	3551	3558	75 %	0 %	25 %	0 %	170079468
72	NC_010477	TTA	2	6	3559	3564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079468
73	NC_010477	ACC	2	6	3636	3641	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079468
74	NC_010477	TC	3	6	3670	3675	0 %	50 %	0 %	50 %	170079468
75	NC_010477	A	7	7	3696	3702	100 %	0 %	0 %	0 %	170079468
76	NC_010477	GAA	2	6	3706	3711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079468
77	NC_010477	A	7	7	3880	3886	100 %	0 %	0 %	0 %	170079469
78	NC_010477	GGT	2	6	3938	3943	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079469
79	NC_010477	A	6	6	3971	3976	100 %	0 %	0 %	0 %	170079469
80	NC_010477	CAG	2	6	3996	4001	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079469
81	NC_010477	ACCCC	2	10	4005	4014	20 %	0 %	0 %	80 %	170079469
82	NC_010477	CAAAA	2	10	4022	4031	80 %	0 %	0 %	20 %	170079469
83	NC_010477	A	6	6	4034	4039	100 %	0 %	0 %	0 %	170079469
84	NC_010477	GAAG	2	8	4094	4101	50 %	0 %	50 %	0 %	170079469
85	NC_010477	CAG	2	6	4235	4240	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079469
86	NC_010477	ATC	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079469
87	NC_010477	CTAC	2	8	4308	4315	25 %	25 %	0 %	50 %	170079469
88	NC_010477	A	6	6	4324	4329	100 %	0 %	0 %	0 %	170079469
89	NC_010477	TACCC	2	10	4332	4341	20 %	20 %	0 %	60 %	170079469
90	NC_010477	C	6	6	4485	4490	0 %	0 %	0 %	100 %	170079469
91	NC_010477	ATC	2	6	4496	4501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079469
92	NC_010477	A	6	6	4547	4552	100 %	0 %	0 %	0 %	170079469
93	NC_010477	CGC	2	6	4558	4563	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079469
94	NC_010477	TGAT	2	8	4578	4585	25 %	50 %	25 %	0 %	170079469
95	NC_010477	GAA	2	6	4622	4627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079469
96	NC_010477	GAA	2	6	4637	4642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079469
97	NC_010477	TCC	2	6	4777	4782	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079469
98	NC_010477	TGA	2	6	4804	4809	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079469
99	NC_010477	AAC	2	6	4827	4832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079469
100	NC_010477	TGA	2	6	4842	4847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079469
101	NC_010477	GAA	2	6	4865	4870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079469
102	NC_010477	TCG	2	6	4896	4901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079469
103	NC_010477	CAC	2	6	4954	4959	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079469
104	NC_010477	TGT	2	6	5033	5038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079469
105	NC_010477	AAT	2	6	5054	5059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079469
106	NC_010477	ACC	2	6	5072	5077	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079469
107	NC_010477	CAA	2	6	5139	5144	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079469
108	NC_010477	GATT	2	8	5154	5161	25 %	50 %	25 %	0 %	170079469
109	NC_010477	A	6	6	5291	5296	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010477	CGGT	2	8	5436	5443	0 %	25 %	50 %	25 %	170079470
111	NC_010477	GCC	2	6	5465	5470	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079470
112	NC_010477	GCC	2	6	5515	5520	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079470
113	NC_010477	A	6	6	5530	5535	100 %	0 %	0 %	0 %	170079470
114	NC_010477	A	6	6	5624	5629	100 %	0 %	0 %	0 %	170079470
115	NC_010477	GAA	2	6	5656	5661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079470
116	NC_010477	AT	3	6	5664	5669	50 %	50 %	0 %	0 %	170079470
117	NC_010477	CCG	2	6	5687	5692	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079470
118	NC_010477	CCCA	2	8	5713	5720	25 %	0 %	0 %	75 %	170079470
119	NC_010477	CTA	2	6	5787	5792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079470
120	NC_010477	GCG	2	6	5936	5941	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079470
121	NC_010477	AT	3	6	5984	5989	50 %	50 %	0 %	0 %	170079470
122	NC_010477	TGA	3	9	6024	6032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079470
123	NC_010477	A	6	6	6067	6072	100 %	0 %	0 %	0 %	170079470
124	NC_010477	A	6	6	6084	6089	100 %	0 %	0 %	0 %	170079470
125	NC_010477	T	6	6	6100	6105	0 %	100 %	0 %	0 %	170079470
126	NC_010477	ACA	2	6	6127	6132	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079470
127	NC_010477	TCA	3	9	6188	6196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079470
128	NC_010477	CGA	2	6	6198	6203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079470
129	NC_010477	GCG	2	6	6215	6220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079470
130	NC_010477	ACG	2	6	6224	6229	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079470
131	NC_010477	CCG	2	6	6266	6271	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079470
132	NC_010477	AAGG	2	8	6361	6368	50 %	0 %	50 %	0 %	170079470
133	NC_010477	GTG	2	6	6400	6405	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079470
134	NC_010477	ACC	3	9	6412	6420	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079470
135	NC_010477	CGA	2	6	6444	6449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079470
136	NC_010477	A	6	6	6578	6583	100 %	0 %	0 %	0 %	170079470
137	NC_010477	T	6	6	6590	6595	0 %	100 %	0 %	0 %	170079470
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271	NC_010477	TAA	2	6	13535	13540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
272	NC_010477	TCAA	2	8	13554	13561	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
273	NC_010477	TAA	2	6	13627	13632	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_010477	GCT	2	6	13633	13638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
275	NC_010477	GGC	2	6	13768	13773	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079476
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278	NC_010477	CTG	2	6	13891	13896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079476
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280	NC_010477	CAGC	2	8	13929	13936	25 %	0 %	25 %	50 %	170079476
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284	NC_010477	GCC	2	6	14161	14166	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079477
285	NC_010477	T	6	6	14169	14174	0 %	100 %	0 %	0 %	170079477
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288	NC_010477	GCT	2	6	14282	14287	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079477
289	NC_010477	CG	5	10	14415	14424	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
290	NC_010477	GAGG	2	8	14426	14433	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
291	NC_010477	CCT	2	6	14451	14456	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
292	NC_010477	A	7	7	14494	14500	100 %	0 %	0 %	0 %	170079478
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297	NC_010477	CTC	2	6	14996	15001	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
298	NC_010477	AG	3	6	15027	15032	50 %	0 %	50 %	0 %	170079480
299	NC_010477	CA	3	6	15049	15054	50 %	0 %	0 %	50 %	170079480
300	NC_010477	ATC	2	6	15067	15072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079480
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320	NC_010477	ATA	2	6	15979	15984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.