MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ1

Total Repeats: 57

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010476	TGA	2	6	213	218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079461
2	NC_010476	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079461
3	NC_010476	ATG	2	6	236	241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079461
4	NC_010476	TGG	2	6	295	300	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079461
5	NC_010476	ATC	3	9	550	558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079461
6	NC_010476	GAA	2	6	570	575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079461
7	NC_010476	CCT	2	6	585	590	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079461
8	NC_010476	A	6	6	648	653	100 %	0 %	0 %	0 %	170079461
9	NC_010476	CAAGA	2	10	748	757	60 %	0 %	20 %	20 %	170079461
10	NC_010476	TGA	2	6	870	875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079461
11	NC_010476	TCG	2	6	881	886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079461
12	NC_010476	CAC	2	6	969	974	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079461
13	NC_010476	ATT	2	6	1045	1050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079461
14	NC_010476	GAT	2	6	1117	1122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079461
15	NC_010476	CGCC	2	8	1173	1180	0 %	0 %	25 %	75 %	170079461
16	NC_010476	CAA	2	6	1561	1566	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079461
17	NC_010476	TGCTC	2	10	1838	1847	0 %	40 %	20 %	40 %	170079461
18	NC_010476	CGC	2	6	2106	2111	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079461
19	NC_010476	AGA	2	6	2127	2132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079461
20	NC_010476	GCG	2	6	2170	2175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079461
21	NC_010476	GCT	2	6	2223	2228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079461
22	NC_010476	GAT	3	9	2491	2499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079461
23	NC_010476	GGT	2	6	2501	2506	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079461
24	NC_010476	CAGCTC	2	12	2512	2523	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	170079461
25	NC_010476	TAC	2	6	2527	2532	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079461
26	NC_010476	TCTGC	2	10	2552	2561	0 %	40 %	20 %	40 %	170079461
27	NC_010476	CATC	2	8	2670	2677	25 %	25 %	0 %	50 %	170079461
28	NC_010476	AGG	2	6	3005	3010	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079461
29	NC_010476	TGAGGG	2	12	3169	3180	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010476	TC	3	6	3243	3248	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010476	T	6	6	3260	3265	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010476	T	6	6	3414	3419	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010476	CTG	2	6	3550	3555	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010476	GCAA	2	8	3574	3581	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010476	A	6	6	3584	3589	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010476	AGG	3	9	3656	3664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010476	TTG	2	6	3748	3753	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010476	GAA	2	6	3876	3881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010476	CAT	2	6	3885	3890	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010476	CAA	2	6	3896	3901	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010476	AGA	2	6	3911	3916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010476	AGC	2	6	3935	3940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010476	CAGGA	2	10	4005	4014	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010476	TGT	2	6	4022	4027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010476	A	6	6	4259	4264	100 %	0 %	0 %	0 %	170079462
46	NC_010476	TTC	2	6	4301	4306	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079462
47	NC_010476	GAAAAG	2	12	4416	4427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079463
48	NC_010476	A	6	6	4428	4433	100 %	0 %	0 %	0 %	170079463
49	NC_010476	ACC	2	6	4435	4440	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079463
50	NC_010476	GAC	2	6	4506	4511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079463
51	NC_010476	AGCG	2	8	4536	4543	25 %	0 %	50 %	25 %	170079463
52	NC_010476	CTA	2	6	4577	4582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079463
53	NC_010476	A	6	6	4582	4587	100 %	0 %	0 %	0 %	170079463
54	NC_010476	ATG	2	6	4664	4669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079463
55	NC_010476	TGC	2	6	4683	4688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079463
56	NC_010476	CGG	2	6	4723	4728	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010476	AGG	2	6	4804	4809	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.