MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Streptococcus suis 05ZYH33 chromosome

Total Repeats: 42566

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009442	AAC	2	6	11	16	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146319849
2	NC_009442	T	6	6	17	22	0 %	100 %	0 %	0 %	146319849
3	NC_009442	A	6	6	148	153	100 %	0 %	0 %	0 %	146319849
4	NC_009442	A	7	7	164	170	100 %	0 %	0 %	0 %	146319849
5	NC_009442	TAC	2	6	267	272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319849
6	NC_009442	AAG	2	6	279	284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319849
7	NC_009442	CTC	2	6	323	328	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	146319849
8	NC_009442	AAT	2	6	400	405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319849
9	NC_009442	ATT	2	6	465	470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146319849
10	NC_009442	TGG	2	6	477	482	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146319849
11	NC_009442	TCA	2	6	581	586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146319849
12	NC_009442	A	7	7	631	637	100 %	0 %	0 %	0 %	146319849
13	NC_009442	ACTT	2	8	653	660	25 %	50 %	0 %	25 %	146319849
14	NC_009442	TGA	2	6	666	671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319849
15	NC_009442	TC	3	6	679	684	0 %	50 %	0 %	50 %	146319849
16	NC_009442	TAA	2	6	687	692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146319849
17	NC_009442	CAA	2	6	695	700	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146319849
18	NC_009442	GAA	2	6	706	711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319849
19	NC_009442	A	7	7	740	746	100 %	0 %	0 %	0 %	146319849
20	NC_009442	GAA	2	6	799	804	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146319849
21	NC_009442	CTATC	2	10	928	937	20 %	40 %	0 %	40 %	146319849
22	NC_009442	ACGT	2	8	959	966	25 %	25 %	25 %	25 %	146319849
23	NC_009442	TGC	2	6	1041	1046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146319849
24	NC_009442	ACAA	2	8	1068	1075	75 %	0 %	0 %	25 %	146319849
25	NC_009442	CG	3	6	1188	1193	0 %	0 %	50 %	50 %	146319849
26	NC_009442	GACA	2	8	1224	1231	50 %	0 %	25 %	25 %	146319849
27	NC_009442	ATGC	2	8	1285	1292	25 %	25 %	25 %	25 %	146319849
28	NC_009442	AATAA	2	10	1297	1306	80 %	20 %	0 %	0 %	146319849
29	NC_009442	CTC	2	6	1312	1317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	146319849
30	NC_009442	GAT	2	6	1321	1326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146319849
31	NC_009442	A	6	6	1356	1361	100 %	0 %	0 %	0 %	146319849
32	NC_009442	T	6	6	1387	1392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009442	A	6	6	1393	1398	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009442	T	6	6	1404	1409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009442	TCA	2	6	1454	1459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009442	ACT	2	6	1482	1487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009442	ATA	2	6	1507	1512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009442	TAA	2	6	1545	1550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146317664
39	NC_009442	AT	3	6	1553	1558	50 %	50 %	0 %	0 %	146317664
40	NC_009442	A	6	6	1599	1604	100 %	0 %	0 %	0 %	146317664
41	NC_009442	TTA	2	6	1772	1777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146317664
42	NC_009442	AAG	2	6	1880	1885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146317664
43	NC_009442	ACAA	2	8	1956	1963	75 %	0 %	0 %	25 %	146317664
44	NC_009442	GTC	2	6	2000	2005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146317664
45	NC_009442	TGA	2	6	2115	2120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317664
46	NC_009442	TGT	2	6	2127	2132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146317664
47	NC_009442	TC	3	6	2146	2151	0 %	50 %	0 %	50 %	146317664
48	NC_009442	GAT	2	6	2176	2181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317664
49	NC_009442	TCT	2	6	2198	2203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146317664
50	NC_009442	AAT	2	6	2209	2214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146317664
51	NC_009442	TTA	2	6	2257	2262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146317664
52	NC_009442	TACC	2	8	2268	2275	25 %	25 %	0 %	50 %	146317664
53	NC_009442	ACCG	2	8	2281	2288	25 %	0 %	25 %	50 %	146317664
54	NC_009442	AAC	2	6	2310	2315	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146317664
55	NC_009442	TCT	2	6	2364	2369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146317664
56	NC_009442	TAA	2	6	2412	2417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146317664
57	NC_009442	TGT	2	6	2418	2423	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146317664
58	NC_009442	ACTT	2	8	2521	2528	25 %	50 %	0 %	25 %	146317664
59	NC_009442	TCT	2	6	2581	2586	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146317664
60	NC_009442	GTCC	2	8	2587	2594	0 %	25 %	25 %	50 %	146317664
61	NC_009442	AAT	2	6	2611	2616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146317664
62	NC_009442	ATA	2	6	2665	2670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009442	A	6	6	2708	2713	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009442	TA	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009442	TA	4	8	2763	2770	50 %	50 %	0 %	0 %	146317665
66	NC_009442	CTG	2	6	2799	2804	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146317665
67	NC_009442	CATAT	2	10	2807	2816	40 %	40 %	0 %	20 %	146317665
68	NC_009442	AAAG	2	8	2825	2832	75 %	0 %	25 %	0 %	146317665
69	NC_009442	A	6	6	2883	2888	100 %	0 %	0 %	0 %	146317665
70	NC_009442	AGT	2	6	2921	2926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317665
71	NC_009442	TTA	2	6	3007	3012	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146317665
72	NC_009442	TA	3	6	3063	3068	50 %	50 %	0 %	0 %	146317665
73	NC_009442	AG	3	6	3088	3093	50 %	0 %	50 %	0 %	146317665
74	NC_009442	AT	3	6	3107	3112	50 %	50 %	0 %	0 %	146317665
75	NC_009442	A	7	7	3203	3209	100 %	0 %	0 %	0 %	146317665
76	NC_009442	ATT	2	6	3265	3270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146317665
77	NC_009442	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317665
78	NC_009442	T	6	6	3335	3340	0 %	100 %	0 %	0 %	146317665
79	NC_009442	TGG	2	6	3367	3372	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146317665
80	NC_009442	GAAG	2	8	3409	3416	50 %	0 %	50 %	0 %	146317665
81	NC_009442	TTA	2	6	3476	3481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146317665
82	NC_009442	TCT	2	6	3497	3502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146317665
83	NC_009442	ATT	3	9	3556	3564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146317665
84	NC_009442	GA	3	6	3576	3581	50 %	0 %	50 %	0 %	146317665
85	NC_009442	GTAT	2	8	3624	3631	25 %	50 %	25 %	0 %	146317665
86	NC_009442	AGG	2	6	3637	3642	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	146317665
87	NC_009442	TCA	2	6	3696	3701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146317666
88	NC_009442	TAA	2	6	3721	3726	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146317666
89	NC_009442	ATG	2	6	3790	3795	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317666
90	NC_009442	ACT	2	6	3863	3868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009442	A	6	6	3932	3937	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009442	GAG	2	6	3938	3943	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009442	TGG	2	6	4170	4175	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146317667
94	NC_009442	AAC	2	6	4176	4181	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146317667
95	NC_009442	AATG	2	8	4189	4196	50 %	25 %	25 %	0 %	146317667
96	NC_009442	TGT	2	6	4246	4251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	146317667
97	NC_009442	ATT	2	6	4288	4293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009442	ATT	2	6	4302	4307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009442	A	8	8	4389	4396	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009442	TCG	2	6	4418	4423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_009442	TCA	2	6	4569	4574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146317668
102	NC_009442	AAAT	2	8	4660	4667	75 %	25 %	0 %	0 %	146317668
103	NC_009442	AG	3	6	4822	4827	50 %	0 %	50 %	0 %	146317668
104	NC_009442	CAA	2	6	4831	4836	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	146317668
105	NC_009442	A	6	6	4854	4859	100 %	0 %	0 %	0 %	146317668
106	NC_009442	A	6	6	4911	4916	100 %	0 %	0 %	0 %	146317668
107	NC_009442	AGA	2	6	4930	4935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146317668
108	NC_009442	GAA	2	6	4970	4975	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146317668
109	NC_009442	A	6	6	4977	4982	100 %	0 %	0 %	0 %	146317668
110	NC_009442	TGA	2	6	5038	5043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317668
111	NC_009442	GCA	2	6	5099	5104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146317668
112	NC_009442	GTG	3	9	5120	5128	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146317668
113	NC_009442	GAA	3	9	5144	5152	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146317668
114	NC_009442	CGA	2	6	5164	5169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146317668
115	NC_009442	CTTG	2	8	5248	5255	0 %	50 %	25 %	25 %	146317668
116	NC_009442	CAG	2	6	5274	5279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146317668
117	NC_009442	AGG	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	146317668
118	NC_009442	CTC	2	6	5325	5330	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	146317668
119	NC_009442	GAT	2	6	5396	5401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317668
120	NC_009442	AAG	2	6	5433	5438	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146317668
121	NC_009442	GAA	2	6	5453	5458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146317668
122	NC_009442	CAT	2	6	5488	5493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146317668
123	NC_009442	TTC	2	6	5533	5538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_009442	GTT	2	6	5539	5544	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009442	GAT	2	6	5618	5623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009442	TTGG	2	8	5627	5634	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009442	A	6	6	5668	5673	100 %	0 %	0 %	0 %	146317669
128	NC_009442	GATT	2	8	5680	5687	25 %	50 %	25 %	0 %	146317669
129	NC_009442	AAACA	2	10	5722	5731	80 %	0 %	0 %	20 %	146317669
130	NC_009442	TGC	2	6	5746	5751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146317669
131	NC_009442	A	6	6	5839	5844	100 %	0 %	0 %	0 %	146317669
132	NC_009442	ATGA	2	8	5871	5878	50 %	25 %	25 %	0 %	146317669
133	NC_009442	TTA	2	6	5909	5914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	146317669
134	NC_009442	TAG	2	6	5938	5943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317669
135	NC_009442	GAC	2	6	5949	5954	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146317669
136	NC_009442	TGG	2	6	6002	6007	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	146317669
137	NC_009442	TGTCT	2	10	6113	6122	0 %	60 %	20 %	20 %	146317669
138	NC_009442	GAA	2	6	6198	6203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	146317669
139	NC_009442	GAT	2	6	6204	6209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317669
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141	NC_009442	AATC	2	8	6302	6309	50 %	25 %	0 %	25 %	146317670
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146	NC_009442	GAT	2	6	6488	6493	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317670
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184	NC_009442	A	6	6	8375	8380	100 %	0 %	0 %	0 %	146317670
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267	NC_009442	T	6	6	12117	12122	0 %	100 %	0 %	0 %	146317675
268	NC_009442	GAAG	2	8	12137	12144	50 %	0 %	50 %	0 %	146317675
269	NC_009442	CCA	2	6	12167	12172	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	146317675
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271	NC_009442	GATT	2	8	12205	12212	25 %	50 %	25 %	0 %	146317675
272	NC_009442	GGCG	2	8	12216	12223	0 %	0 %	75 %	25 %	146317675
273	NC_009442	GCA	2	6	12340	12345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146317675
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275	NC_009442	AAT	2	6	12456	12461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	146317675
276	NC_009442	TGA	2	6	12511	12516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	146317675
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279	NC_009442	ACT	2	6	12643	12648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146317675
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285	NC_009442	ATC	2	6	12799	12804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	146317675
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380	NC_009442	A	6	6	16596	16601	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
381	NC_009442	ATA	2	6	16625	16630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
382	NC_009442	AAAT	2	8	16631	16638	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
383	NC_009442	A	6	6	16675	16680	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
384	NC_009442	A	6	6	16709	16714	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
385	NC_009442	TAA	2	6	16723	16728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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387	NC_009442	A	6	6	16776	16781	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
388	NC_009442	A	6	6	16799	16804	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
389	NC_009442	A	8	8	16861	16868	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
390	NC_009442	CAAAC	2	10	16869	16878	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
391	NC_009442	ACAAA	2	10	16915	16924	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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397	NC_009442	AGA	2	6	17422	17427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
398	NC_009442	AGA	2	6	17434	17439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
399	NC_009442	CAG	2	6	17496	17501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
400	NC_009442	AGCG	2	8	17551	17558	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
401	NC_009442	AT	3	6	17680	17685	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
402	NC_009442	GGA	2	6	17686	17691	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
403	NC_009442	CT	3	6	17711	17716	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
404	NC_009442	GAA	2	6	17950	17955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
405	NC_009442	GGT	2	6	18024	18029	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
406	NC_009442	GTC	2	6	18038	18043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
407	NC_009442	TCGTG	2	10	18047	18056	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
408	NC_009442	CAT	2	6	18106	18111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
409	NC_009442	TAA	2	6	18141	18146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
410	NC_009442	GGA	2	6	18150	18155	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
411	NC_009442	ATC	2	6	18174	18179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
412	NC_009442	AC	3	6	18201	18206	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
413	NC_009442	CGC	2	6	18340	18345	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
414	NC_009442	AC	3	6	18370	18375	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
415	NC_009442	CAC	2	6	18385	18390	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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417	NC_009442	GAT	2	6	18456	18461	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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419	NC_009442	TCT	2	6	18547	18552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
420	NC_009442	AGG	2	6	18613	18618	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
421	NC_009442	AAC	2	6	18648	18653	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
422	NC_009442	GTT	2	6	18658	18663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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424	NC_009442	ATC	2	6	18851	18856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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427	NC_009442	ACG	2	6	18989	18994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
428	NC_009442	GTAA	2	8	19012	19019	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
429	NC_009442	TCAC	2	8	19069	19076	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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433	NC_009442	GAG	2	6	19195	19200	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
434	NC_009442	CTC	2	6	19205	19210	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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436	NC_009442	AG	3	6	19275	19280	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
437	NC_009442	T	6	6	19303	19308	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
438	NC_009442	TCG	2	6	19350	19355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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440	NC_009442	CT	3	6	19389	19394	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
441	NC_009442	ACA	2	6	19481	19486	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
442	NC_009442	ATG	2	6	19548	19553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
443	NC_009442	TAT	2	6	19613	19618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_009442	GGA	2	6	19681	19686	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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451	NC_009442	AAG	2	6	20164	20169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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453	NC_009442	GA	3	6	20309	20314	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
454	NC_009442	ACA	2	6	20334	20339	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
455	NC_009442	CTAA	2	8	20389	20396	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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457	NC_009442	CT	3	6	20720	20725	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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482	NC_009442	TCC	2	6	23127	23132	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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