MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS046_spC

Total Repeats: 35

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009347	CT	3	6	56	61	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_009347	T	6	6	132	137	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009347	ATG	2	6	154	159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009347	GAC	2	6	231	236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_009347	ACC	2	6	237	242	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_009347	A	6	6	247	252	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009347	GTTTT	2	10	306	315	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009347	GT	3	6	338	343	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009347	G	6	6	383	388	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009347	T	6	6	404	409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009347	CG	3	6	420	425	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_009347	TGA	2	6	652	657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009347	AGA	2	6	708	713	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294041
14	NC_009347	CTG	3	9	800	808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294041
15	NC_009347	CCT	2	6	836	841	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294041
16	NC_009347	TGGT	2	8	861	868	0 %	50 %	50 %	0 %	145294041
17	NC_009347	CAT	2	6	873	878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294041
18	NC_009347	GAA	2	6	956	961	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294041
19	NC_009347	GTT	2	6	1032	1037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294041
20	NC_009347	AATG	2	8	1095	1102	50 %	25 %	25 %	0 %	145294041
21	NC_009347	CTG	2	6	1216	1221	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294041
22	NC_009347	CTT	2	6	1232	1237	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294041
23	NC_009347	GAA	2	6	1248	1253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294041
24	NC_009347	TTGC	2	8	1293	1300	0 %	50 %	25 %	25 %	145294041
25	NC_009347	A	6	6	1512	1517	100 %	0 %	0 %	0 %	145294041
26	NC_009347	TCC	2	6	1520	1525	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294041
27	NC_009347	CGA	2	6	1563	1568	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294041
28	NC_009347	TGA	2	6	1584	1589	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294041
29	NC_009347	AATATT	2	12	1675	1686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009347	T	8	8	1720	1727	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009347	AAG	2	6	1728	1733	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009347	AATT	2	8	1835	1842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009347	TA	3	6	1844	1849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009347	AAAC	2	8	1856	1863	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_009347	TGCA	2	8	1984	1991	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.