MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD197_spA

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009344	ACT	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009344	GAA	2	6	94	99	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009344	TTG	2	6	199	204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009344	AGA	2	6	248	253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009344	ACC	2	6	261	266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_009344	AGCGA	2	10	284	293	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009344	A	7	7	307	313	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009344	GCG	2	6	316	321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009344	AAAG	2	8	345	352	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009344	GTT	2	6	425	430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009344	T	7	7	501	507	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009344	TTCT	2	8	516	523	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_009344	T	6	6	549	554	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009344	A	11	11	558	568	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009344	A	6	6	663	668	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009344	TAC	2	6	720	725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_009344	CAA	2	6	862	867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294017
18	NC_009344	GCAC	2	8	906	913	25 %	0 %	25 %	50 %	145294017
19	NC_009344	ATTT	2	8	967	974	25 %	75 %	0 %	0 %	145294017
20	NC_009344	AATT	2	8	988	995	50 %	50 %	0 %	0 %	145294017
21	NC_009344	AGA	2	6	1058	1063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294017
22	NC_009344	AT	3	6	1091	1096	50 %	50 %	0 %	0 %	145294017
23	NC_009344	A	7	7	1118	1124	100 %	0 %	0 %	0 %	145294017
24	NC_009344	AAAT	2	8	1163	1170	75 %	25 %	0 %	0 %	145294017
25	NC_009344	AT	3	6	1182	1187	50 %	50 %	0 %	0 %	145294017
26	NC_009344	A	7	7	1279	1285	100 %	0 %	0 %	0 %	145294017
27	NC_009344	GTC	2	6	1384	1389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294017
28	NC_009344	CTG	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294017
29	NC_009344	AC	3	6	1396	1401	50 %	0 %	0 %	50 %	145294017
30	NC_009344	A	7	7	1469	1475	100 %	0 %	0 %	0 %	145294017
31	NC_009344	ACA	2	6	1530	1535	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294017
32	NC_009344	ATG	2	6	1540	1545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294017
33	NC_009344	A	6	6	1746	1751	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009344	AAT	2	6	1758	1763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009344	CAA	2	6	1808	1813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009344	A	7	7	1818	1824	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009344	GCA	2	6	1902	1907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009344	ACA	2	6	1947	1952	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009344	A	6	6	1952	1957	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009344	AAC	2	6	1970	1975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009344	TGC	2	6	2023	2028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009344	ATG	2	6	2048	2053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009344	CCT	2	6	2098	2103	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294018
44	NC_009344	G	7	7	2118	2124	0 %	0 %	100 %	0 %	145294018
45	NC_009344	A	6	6	2324	2329	100 %	0 %	0 %	0 %	145294018
46	NC_009344	GCTG	2	8	2436	2443	0 %	25 %	50 %	25 %	145294019
47	NC_009344	GTT	2	6	2474	2479	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294019
48	NC_009344	CTG	2	6	2531	2536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294019
49	NC_009344	GTG	2	6	2549	2554	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294019
50	NC_009344	TGGC	2	8	2569	2576	0 %	25 %	50 %	25 %	145294019
51	NC_009344	GCA	2	6	2665	2670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294019
52	NC_009344	ATTA	2	8	2827	2834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009344	A	6	6	2841	2846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009344	TAT	2	6	2849	2854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009344	GAAT	2	8	2952	2959	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009344	TTA	2	6	2976	2981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
57	NC_009344	TAA	2	6	3003	3008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
58	NC_009344	ATT	2	6	3015	3020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
59	NC_009344	TCT	2	6	3061	3066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294020
60	NC_009344	ATT	2	6	3076	3081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
61	NC_009344	T	6	6	3080	3085	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
62	NC_009344	ATT	2	6	3090	3095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
63	NC_009344	T	6	6	3110	3115	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
64	NC_009344	T	7	7	3138	3144	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
65	NC_009344	ACA	2	6	3145	3150	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294020
66	NC_009344	AAT	2	6	3168	3173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
67	NC_009344	TAG	2	6	3197	3202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294020
68	NC_009344	CTT	2	6	3230	3235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294020
69	NC_009344	TAC	2	6	3239	3244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294020
70	NC_009344	ATA	2	6	3261	3266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
71	NC_009344	GGAA	2	8	3267	3274	50 %	0 %	50 %	0 %	145294020
72	NC_009344	CAATC	2	10	3296	3305	40 %	20 %	0 %	40 %	145294020
73	NC_009344	TTAA	2	8	3349	3356	50 %	50 %	0 %	0 %	145294020
74	NC_009344	TCAGAT	2	12	3367	3378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	145294020
75	NC_009344	TAA	2	6	3416	3421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
76	NC_009344	T	8	8	3440	3447	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
77	NC_009344	T	8	8	3449	3456	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
78	NC_009344	GCA	2	6	3460	3465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294020
79	NC_009344	ATGA	2	8	3511	3518	50 %	25 %	25 %	0 %	145294020
80	NC_009344	TGG	2	6	3531	3536	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294020
81	NC_009344	ATT	2	6	3552	3557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
82	NC_009344	CCA	2	6	3574	3579	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	145294020
83	NC_009344	ATTTTA	2	12	3593	3604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
84	NC_009344	TATC	2	8	3614	3621	25 %	50 %	0 %	25 %	145294020
85	NC_009344	ATC	2	6	3633	3638	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294020
86	NC_009344	ATT	2	6	3676	3681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
87	NC_009344	GCT	2	6	3740	3745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294020
88	NC_009344	TAAA	2	8	3749	3756	75 %	25 %	0 %	0 %	145294020
89	NC_009344	A	6	6	3754	3759	100 %	0 %	0 %	0 %	145294020
90	NC_009344	TTA	2	6	3781	3786	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
91	NC_009344	A	6	6	3800	3805	100 %	0 %	0 %	0 %	145294020
92	NC_009344	A	8	8	3839	3846	100 %	0 %	0 %	0 %	145294020
93	NC_009344	TCT	2	6	3869	3874	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294020
94	NC_009344	T	6	6	3879	3884	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
95	NC_009344	TAA	2	6	3888	3893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
96	NC_009344	T	7	7	3969	3975	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
97	NC_009344	ATT	2	6	3976	3981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
98	NC_009344	TTA	2	6	4049	4054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
99	NC_009344	TAT	2	6	4095	4100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
100	NC_009344	ATT	2	6	4111	4116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
101	NC_009344	TCT	2	6	4154	4159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_009344	ATT	2	6	4200	4205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009344	CAA	2	6	4214	4219	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009344	AT	3	6	4228	4233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009344	T	6	6	4233	4238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009344	AT	3	6	4325	4330	50 %	50 %	0 %	0 %	145294021
107	NC_009344	T	7	7	4344	4350	0 %	100 %	0 %	0 %	145294021
108	NC_009344	AAT	2	6	4455	4460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294021
109	NC_009344	ACA	2	6	4467	4472	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294021
110	NC_009344	ATT	2	6	4487	4492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294021
111	NC_009344	T	6	6	4510	4515	0 %	100 %	0 %	0 %	145294021
112	NC_009344	A	6	6	4571	4576	100 %	0 %	0 %	0 %	145294021
113	NC_009344	TCA	2	6	4586	4591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294021
114	NC_009344	TAA	2	6	4593	4598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294021
115	NC_009344	T	7	7	4618	4624	0 %	100 %	0 %	0 %	145294021
116	NC_009344	ATC	2	6	4636	4641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294021
117	NC_009344	A	6	6	4658	4663	100 %	0 %	0 %	0 %	145294021
118	NC_009344	ATT	2	6	4723	4728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294021
119	NC_009344	TAT	2	6	4782	4787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294021
120	NC_009344	CAT	2	6	4797	4802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294021
121	NC_009344	AAT	2	6	4810	4815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294021
122	NC_009344	GTTT	2	8	4832	4839	0 %	75 %	25 %	0 %	145294021
123	NC_009344	TTA	2	6	4877	4882	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294021
124	NC_009344	GAT	2	6	4891	4896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294021
125	NC_009344	CTT	2	6	4929	4934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009344	ATA	3	9	4955	4963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009344	TAA	2	6	4964	4969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009344	TA	3	6	5020	5025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009344	CAT	2	6	5092	5097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_009344	AAT	2	6	5128	5133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009344	CAA	2	6	5223	5228	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_009344	CTATCA	2	12	5252	5263	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_009344	ACTA	2	8	5272	5279	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_009344	ATT	2	6	5320	5325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009344	TCA	2	6	5352	5357	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294022
136	NC_009344	CAA	2	6	5395	5400	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294022
137	NC_009344	GAAT	2	8	5428	5435	50 %	25 %	25 %	0 %	145294022
138	NC_009344	A	8	8	5461	5468	100 %	0 %	0 %	0 %	145294022
139	NC_009344	A	6	6	5472	5477	100 %	0 %	0 %	0 %	145294022
140	NC_009344	CAT	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294022
141	NC_009344	AATAT	2	10	5523	5532	60 %	40 %	0 %	0 %	145294022
142	NC_009344	TATT	2	8	5541	5548	25 %	75 %	0 %	0 %	145294022
143	NC_009344	CATAA	2	10	5583	5592	60 %	20 %	0 %	20 %	145294022
144	NC_009344	A	6	6	5659	5664	100 %	0 %	0 %	0 %	145294022
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147	NC_009344	A	6	6	5721	5726	100 %	0 %	0 %	0 %	145294022
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149	NC_009344	TA	4	8	5816	5823	50 %	50 %	0 %	0 %	145294022
150	NC_009344	TA	3	6	5860	5865	50 %	50 %	0 %	0 %	145294022
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159	NC_009344	GGC	2	6	6242	6247	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_009344	TTGC	2	8	6275	6282	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
161	NC_009344	AGA	2	6	6284	6289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009344	TGA	2	6	6298	6303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_009344	A	7	7	6386	6392	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_009344	AGGA	2	8	6397	6404	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
165	NC_009344	AT	3	6	6415	6420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_009344	TAT	2	6	6466	6471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_009344	TAT	2	6	6475	6480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_009344	ACA	2	6	6503	6508	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_009344	TAA	2	6	6529	6534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_009344	TTATT	2	10	6549	6558	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_009344	TATCT	2	10	6559	6568	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_009344	C	6	6	6617	6622	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
173	NC_009344	TCAA	2	8	6715	6722	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
174	NC_009344	CTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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178	NC_009344	TTA	2	6	6884	6889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_009344	T	7	7	6891	6897	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_009344	G	6	6	6898	6903	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
181	NC_009344	TGT	2	6	6911	6916	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_009344	T	8	8	6916	6923	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_009344	AAC	2	6	6953	6958	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_009344	CATT	2	8	7097	7104	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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187	NC_009344	AAT	2	6	7300	7305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294023
188	NC_009344	CCT	2	6	7349	7354	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294023
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219	NC_009344	ATCA	2	8	8916	8923	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
220	NC_009344	TCA	2	6	8934	8939	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.