MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 4514

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007385	TGA	2	6	5	10	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007385	CAGC	2	8	26	33	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_007385	AG	3	6	65	70	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007385	ATCT	2	8	122	129	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007385	TCGT	2	8	169	176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_007385	GCGA	2	8	244	251	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_007385	TGC	2	6	314	319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314840
8	NC_007385	CCG	2	6	415	420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74314840
9	NC_007385	TTC	2	6	423	428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314840
10	NC_007385	CAA	2	6	433	438	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314840
11	NC_007385	GTCA	2	8	499	506	25 %	25 %	25 %	25 %	74314839
12	NC_007385	AAT	2	6	728	733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314839
13	NC_007385	TTG	2	6	774	779	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74314839
14	NC_007385	TCA	2	6	806	811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314839
15	NC_007385	GAT	2	6	928	933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314839
16	NC_007385	TAT	2	6	962	967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007385	GTAG	2	8	968	975	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007385	AAT	2	6	1012	1017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007385	A	6	6	1022	1027	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007385	T	7	7	1076	1082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007385	AAG	2	6	1098	1103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007385	ATG	2	6	1139	1144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007385	AT	3	6	1156	1161	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007385	ATA	2	6	1257	1262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314841
25	NC_007385	A	6	6	1271	1276	100 %	0 %	0 %	0 %	74314841
26	NC_007385	TCA	2	6	1278	1283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314841
27	NC_007385	AGC	2	6	1298	1303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314841
28	NC_007385	T	7	7	1309	1315	0 %	100 %	0 %	0 %	74314841
29	NC_007385	GA	3	6	1318	1323	50 %	0 %	50 %	0 %	74314841
30	NC_007385	ATG	2	6	1342	1347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314841
31	NC_007385	TCTA	2	8	1349	1356	25 %	50 %	0 %	25 %	74314841
32	NC_007385	ACA	2	6	1364	1369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314841
33	NC_007385	A	6	6	1423	1428	100 %	0 %	0 %	0 %	74314841
34	NC_007385	TAA	2	6	1486	1491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314841
35	NC_007385	ATG	3	9	1495	1503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314841
36	NC_007385	TGC	3	9	1514	1522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314841
37	NC_007385	A	7	7	1535	1541	100 %	0 %	0 %	0 %	74314841
38	NC_007385	TAA	2	6	1583	1588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314841
39	NC_007385	TCA	2	6	1622	1627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314841
40	NC_007385	ACAA	2	8	1658	1665	75 %	0 %	0 %	25 %	74314841
41	NC_007385	CTG	2	6	1771	1776	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314841
42	NC_007385	TCTT	2	8	1781	1788	0 %	75 %	0 %	25 %	74314841
43	NC_007385	CT	3	6	1799	1804	0 %	50 %	0 %	50 %	74314841
44	NC_007385	T	7	7	1808	1814	0 %	100 %	0 %	0 %	74314841
45	NC_007385	A	7	7	1844	1850	100 %	0 %	0 %	0 %	74314841
46	NC_007385	CTG	2	6	1969	1974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314841
47	NC_007385	AAG	2	6	1994	1999	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74314841
48	NC_007385	TAT	2	6	2018	2023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314841
49	NC_007385	TAA	2	6	2024	2029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314841
50	NC_007385	TAG	2	6	2101	2106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007385	ATC	2	6	2138	2143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_007385	ATA	2	6	2144	2149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007385	A	6	6	2179	2184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007385	CAT	2	6	2185	2190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_007385	ATT	2	6	2202	2207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007385	TTA	2	6	2231	2236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007385	T	6	6	2253	2258	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007385	T	6	6	2301	2306	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007385	T	6	6	2320	2325	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007385	ATC	2	6	2339	2344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_007385	AATT	2	8	2345	2352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007385	AAAT	2	8	2362	2369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007385	TCT	2	6	2388	2393	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314842
64	NC_007385	T	6	6	2393	2398	0 %	100 %	0 %	0 %	74314842
65	NC_007385	CAA	2	6	2464	2469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314842
66	NC_007385	CCG	2	6	2497	2502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74314842
67	NC_007385	AGT	2	6	2520	2525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314842
68	NC_007385	CGCT	2	8	2560	2567	0 %	25 %	25 %	50 %	74314842
69	NC_007385	TAC	2	6	2608	2613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314842
70	NC_007385	GTT	2	6	2688	2693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74314842
71	NC_007385	TAC	2	6	2702	2707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314842
72	NC_007385	TTAT	2	8	2771	2778	25 %	75 %	0 %	0 %	74314842
73	NC_007385	TTGG	2	8	2855	2862	0 %	50 %	50 %	0 %	74314842
74	NC_007385	GTT	2	6	3007	3012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74314842
75	NC_007385	ATA	2	6	3023	3028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314842
76	NC_007385	A	6	6	3061	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	74314842
77	NC_007385	GAA	2	6	3073	3078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74314842
78	NC_007385	AGG	2	6	3173	3178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007385	CAC	2	6	3191	3196	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_007385	GCAGAA	2	12	3250	3261	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007385	TTA	2	6	3267	3272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007385	TGC	2	6	3273	3278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_007385	GAT	2	6	3289	3294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007385	CAC	2	6	3352	3357	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_007385	AT	3	6	3452	3457	50 %	50 %	0 %	0 %	74314843
86	NC_007385	T	6	6	3498	3503	0 %	100 %	0 %	0 %	74314843
87	NC_007385	A	6	6	3507	3512	100 %	0 %	0 %	0 %	74314843
88	NC_007385	CATTG	2	10	3539	3548	20 %	40 %	20 %	20 %	74314843
89	NC_007385	T	6	6	3584	3589	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007385	ATT	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007385	TAG	2	6	3643	3648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007385	ACGA	2	8	3757	3764	50 %	0 %	25 %	25 %	74314844
93	NC_007385	CCAT	2	8	3781	3788	25 %	25 %	0 %	50 %	74314844
94	NC_007385	AC	3	6	3792	3797	50 %	0 %	0 %	50 %	74314844
95	NC_007385	GACT	2	8	3817	3824	25 %	25 %	25 %	25 %	74314844
96	NC_007385	ATGCTG	2	12	3828	3839	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74314844
97	NC_007385	CTG	2	6	3878	3883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314844
98	NC_007385	CTG	2	6	4068	4073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314844
99	NC_007385	CGC	2	6	4125	4130	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74314844
100	NC_007385	TG	3	6	4151	4156	0 %	50 %	50 %	0 %	74314844
101	NC_007385	GCA	2	6	4212	4217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314844
102	NC_007385	ATGAAG	2	12	4264	4275	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	74314844
103	NC_007385	GGT	2	6	4337	4342	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74314844
104	NC_007385	TG	3	6	4410	4415	0 %	50 %	50 %	0 %	74314844
105	NC_007385	GGC	2	6	4416	4421	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74314844
106	NC_007385	TCA	2	6	4444	4449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314844
107	NC_007385	CTG	2	6	4452	4457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314844
108	NC_007385	GCTG	2	8	4546	4553	0 %	25 %	50 %	25 %	74314844
109	NC_007385	GGCA	2	8	4627	4634	25 %	0 %	50 %	25 %	74314844
110	NC_007385	ATC	2	6	4657	4662	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314844
111	NC_007385	A	6	6	4689	4694	100 %	0 %	0 %	0 %	74314844
112	NC_007385	TAAG	2	8	4810	4817	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007385	CAT	2	6	4825	4830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_007385	TTG	2	6	4848	4853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007385	AAATT	2	10	4890	4899	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007385	TAAA	2	8	4907	4914	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007385	T	6	6	4928	4933	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007385	TGA	2	6	4959	4964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007385	T	7	7	4969	4975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007385	TCC	2	6	5025	5030	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_007385	T	7	7	5053	5059	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007385	GAA	2	6	5290	5295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007385	ATC	2	6	5325	5330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_007385	GGT	2	6	5397	5402	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007385	TTG	2	6	5438	5443	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007385	A	6	6	5495	5500	100 %	0 %	0 %	0 %	74314845
127	NC_007385	TATT	2	8	5511	5518	25 %	75 %	0 %	0 %	74314845
128	NC_007385	T	7	7	5532	5538	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
129	NC_007385	TCT	2	6	5541	5546	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314845
130	NC_007385	TAT	2	6	5593	5598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314845
131	NC_007385	TAC	2	6	5635	5640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314845
132	NC_007385	TTA	2	6	5669	5674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314845
133	NC_007385	T	6	6	5720	5725	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
134	NC_007385	T	6	6	5804	5809	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
135	NC_007385	ATA	2	6	5814	5819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
136	NC_007385	TA	3	6	5827	5832	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
137	NC_007385	G	6	6	5843	5848	0 %	0 %	100 %	0 %	74314845
138	NC_007385	TG	3	6	5887	5892	0 %	50 %	50 %	0 %	74314845
139	NC_007385	AAC	2	6	5912	5917	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314845
140	NC_007385	AAT	2	6	5933	5938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
141	NC_007385	ACT	2	6	5953	5958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314845
142	NC_007385	TTA	2	6	5969	5974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314845
143	NC_007385	TGCAA	2	10	6017	6026	40 %	20 %	20 %	20 %	74314845
144	NC_007385	A	6	6	6025	6030	100 %	0 %	0 %	0 %	74314845
145	NC_007385	GCA	2	6	6191	6196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314845
146	NC_007385	AAT	2	6	6259	6264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
147	NC_007385	TA	3	6	6289	6294	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
148	NC_007385	ATA	2	6	6390	6395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
149	NC_007385	AT	3	6	6424	6429	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
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159	NC_007385	T	6	6	6852	6857	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
160	NC_007385	ACAT	2	8	6862	6869	50 %	25 %	0 %	25 %	74314845
161	NC_007385	T	6	6	6869	6874	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
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167	NC_007385	TTTA	2	8	7186	7193	25 %	75 %	0 %	0 %	74314845
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186	NC_007385	T	6	6	8338	8343	0 %	100 %	0 %	0 %	74314846
187	NC_007385	AT	3	6	8375	8380	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_007385	ATTG	2	8	8389	8396	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
189	NC_007385	ATC	2	6	8400	8405	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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192	NC_007385	TGG	2	6	8464	8469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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236	NC_007385	TAG	2	6	10544	10549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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258	NC_007385	ATG	2	6	11755	11760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314850
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261	NC_007385	ATC	2	6	11856	11861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
262	NC_007385	ATTG	2	8	11895	11902	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
263	NC_007385	T	6	6	11923	11928	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_007385	CAC	2	6	11980	11985	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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266	NC_007385	CTG	2	6	12108	12113	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314851
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275	NC_007385	TCA	2	6	12586	12591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314852
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277	NC_007385	T	6	6	12615	12620	0 %	100 %	0 %	0 %	74314852
278	NC_007385	CTT	2	6	12707	12712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
279	NC_007385	GTCTG	2	10	12734	12743	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_007385	AAT	2	6	12763	12768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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