MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus COL plasmid pT181

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006629	T	6	6	26	31	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006629	TG	3	6	136	141	0 %	50 %	50 %	0 %	57659842
3	NC_006629	TTC	2	6	261	266	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57659842
4	NC_006629	TAAAGC	2	12	277	288	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57659842
5	NC_006629	CAAA	2	8	372	379	75 %	0 %	0 %	25 %	57659842
6	NC_006629	ATA	2	6	416	421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57659842
7	NC_006629	AGATT	2	10	449	458	40 %	40 %	20 %	0 %	57659842
8	NC_006629	GAT	2	6	476	481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57659842
9	NC_006629	ACT	2	6	489	494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57659842
10	NC_006629	T	6	6	528	533	0 %	100 %	0 %	0 %	57659842
11	NC_006629	GA	3	6	574	579	50 %	0 %	50 %	0 %	57659842
12	NC_006629	TTA	2	6	591	596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659842
13	NC_006629	TAA	2	6	604	609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57659842
14	NC_006629	TGG	2	6	693	698	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57659842
15	NC_006629	TGA	2	6	799	804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57659842
16	NC_006629	AGA	2	6	805	810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57659842
17	NC_006629	CGAA	2	8	912	919	50 %	0 %	25 %	25 %	57659842
18	NC_006629	ATATTA	2	12	982	993	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006629	AT	3	6	1007	1012	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006629	AGG	2	6	1030	1035	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006629	T	7	7	1037	1043	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_006629	AAT	2	6	1090	1095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_006629	GTTTA	2	10	1140	1149	20 %	60 %	20 %	0 %	57659841
24	NC_006629	TA	3	6	1148	1153	50 %	50 %	0 %	0 %	57659841
25	NC_006629	A	6	6	1153	1158	100 %	0 %	0 %	0 %	57659841
26	NC_006629	GTTT	2	8	1166	1173	0 %	75 %	25 %	0 %	57659841
27	NC_006629	T	6	6	1207	1212	0 %	100 %	0 %	0 %	57659841
28	NC_006629	AAATG	2	10	1221	1230	60 %	20 %	20 %	0 %	57659841
29	NC_006629	TAC	2	6	1272	1277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57659841
30	NC_006629	AT	3	6	1308	1313	50 %	50 %	0 %	0 %	57659841
31	NC_006629	CAG	2	6	1334	1339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57659841
32	NC_006629	TA	3	6	1360	1365	50 %	50 %	0 %	0 %	57659841
33	NC_006629	A	7	7	1371	1377	100 %	0 %	0 %	0 %	57659841
34	NC_006629	ATT	2	6	1384	1389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
35	NC_006629	ATTG	2	8	1416	1423	25 %	50 %	25 %	0 %	57659841
36	NC_006629	T	6	6	1444	1449	0 %	100 %	0 %	0 %	57659841
37	NC_006629	CTG	2	6	1487	1492	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57659841
38	NC_006629	TGG	2	6	1511	1516	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57659841
39	NC_006629	A	7	7	1539	1545	100 %	0 %	0 %	0 %	57659841
40	NC_006629	AAT	2	6	1617	1622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57659841
41	NC_006629	TTA	2	6	1691	1696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
42	NC_006629	CAA	2	6	1718	1723	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57659841
43	NC_006629	A	6	6	1722	1727	100 %	0 %	0 %	0 %	57659841
44	NC_006629	TAT	2	6	1767	1772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
45	NC_006629	T	6	6	1809	1814	0 %	100 %	0 %	0 %	57659841
46	NC_006629	T	6	6	1831	1836	0 %	100 %	0 %	0 %	57659841
47	NC_006629	TTA	2	6	1844	1849	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
48	NC_006629	TTA	2	6	1877	1882	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
49	NC_006629	GTTT	2	8	1919	1926	0 %	75 %	25 %	0 %	57659841
50	NC_006629	TGG	2	6	1929	1934	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57659841
51	NC_006629	TAG	2	6	1949	1954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57659841
52	NC_006629	ATG	2	6	1981	1986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57659841
53	NC_006629	TGG	2	6	2073	2078	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57659841
54	NC_006629	T	6	6	2079	2084	0 %	100 %	0 %	0 %	57659841
55	NC_006629	ATT	2	6	2103	2108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
56	NC_006629	TTTTA	2	10	2112	2121	20 %	80 %	0 %	0 %	57659841
57	NC_006629	T	6	6	2145	2150	0 %	100 %	0 %	0 %	57659841
58	NC_006629	T	6	6	2161	2166	0 %	100 %	0 %	0 %	57659841
59	NC_006629	ACT	2	6	2188	2193	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57659841
60	NC_006629	AGT	2	6	2260	2265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57659841
61	NC_006629	GAA	3	9	2272	2280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57659841
62	NC_006629	T	6	6	2316	2321	0 %	100 %	0 %	0 %	57659841
63	NC_006629	AGG	2	6	2349	2354	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57659841
64	NC_006629	ATT	2	6	2405	2410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
65	NC_006629	TTA	2	6	2453	2458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
66	NC_006629	TGT	2	6	2464	2469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57659841
67	NC_006629	ATT	2	6	2479	2484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659841
68	NC_006629	TTATA	2	10	2518	2527	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006629	T	6	6	2569	2574	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_006629	TTA	2	6	2624	2629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_006629	GT	3	6	2642	2647	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_006629	ATA	2	6	2785	2790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57659840
73	NC_006629	ACTT	2	8	2823	2830	25 %	50 %	0 %	25 %	57659840
74	NC_006629	TAA	2	6	2852	2857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57659840
75	NC_006629	TAA	2	6	2867	2872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57659840
76	NC_006629	TTGA	2	8	2874	2881	25 %	50 %	25 %	0 %	57659840
77	NC_006629	A	6	6	2884	2889	100 %	0 %	0 %	0 %	57659840
78	NC_006629	AGA	2	6	2993	2998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57659840
79	NC_006629	T	6	6	3009	3014	0 %	100 %	0 %	0 %	57659840
80	NC_006629	TAT	2	6	3061	3066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659840
81	NC_006629	A	6	6	3088	3093	100 %	0 %	0 %	0 %	57659840
82	NC_006629	CAC	2	6	3094	3099	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57659840
83	NC_006629	GTT	2	6	3114	3119	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57659840
84	NC_006629	TGA	2	6	3128	3133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57659840
85	NC_006629	AAG	2	6	3151	3156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57659840
86	NC_006629	TAA	2	6	3164	3169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57659840
87	NC_006629	A	6	6	3168	3173	100 %	0 %	0 %	0 %	57659840
88	NC_006629	AGAT	2	8	3191	3198	50 %	25 %	25 %	0 %	57659840
89	NC_006629	AAC	2	6	3214	3219	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57659840
90	NC_006629	A	6	6	3295	3300	100 %	0 %	0 %	0 %	57659840
91	NC_006629	A	6	6	3337	3342	100 %	0 %	0 %	0 %	57659840
92	NC_006629	GGT	2	6	3453	3458	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57659840
93	NC_006629	TGT	2	6	3491	3496	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57659840
94	NC_006629	GCT	2	6	3540	3545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57659840
95	NC_006629	TA	3	6	3570	3575	50 %	50 %	0 %	0 %	57659840
96	NC_006629	GAT	2	6	3594	3599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57659840
97	NC_006629	GA	3	6	3616	3621	50 %	0 %	50 %	0 %	57659840
98	NC_006629	GAT	2	6	3624	3629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57659840
99	NC_006629	TTA	2	6	3630	3635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57659840
100	NC_006629	GAA	2	6	3775	3780	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57659840
101	NC_006629	TAA	2	6	3800	3805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57659840
102	NC_006629	AGA	2	6	3812	3817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57659840
103	NC_006629	A	7	7	3855	3861	100 %	0 %	0 %	0 %	57659840
104	NC_006629	GAACAG	2	12	3882	3893	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	57659840
105	NC_006629	CAA	2	6	3894	3899	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57659840
106	NC_006629	AAC	2	6	3901	3906	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57659840
107	NC_006629	TTGG	2	8	3972	3979	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_006629	GTTG	2	8	4012	4019	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_006629	CAA	2	6	4057	4062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_006629	GAA	2	6	4124	4129	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_006629	AAGT	2	8	4165	4172	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_006629	TAG	2	6	4188	4193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006629	ATA	2	6	4211	4216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006629	TAAA	2	8	4225	4232	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_006629	A	7	7	4230	4236	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_006629	TAA	2	6	4278	4283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_006629	CAT	2	6	4331	4336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_006629	A	8	8	4343	4350	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_006629	GTT	2	6	4357	4362	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006629	AT	4	8	4414	4421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.