MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Streptococcus thermophilus CNRZ1066 chromosome

Total Repeats: 36918

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006449	T	7	7	22	28	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006449	T	7	7	75	81	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006449	T	8	8	203	210	0 %	100 %	0 %	0 %	55821994
4	NC_006449	AGA	2	6	236	241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821994
5	NC_006449	ATT	2	6	262	267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55821994
6	NC_006449	TCA	2	6	286	291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821994
7	NC_006449	GAA	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821994
8	NC_006449	TGA	2	6	373	378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821994
9	NC_006449	AAC	2	6	490	495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55821994
10	NC_006449	AGTA	2	8	534	541	50 %	25 %	25 %	0 %	55821994
11	NC_006449	AGC	2	6	587	592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55821994
12	NC_006449	TAGCTG	2	12	598	609	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	55821994
13	NC_006449	TAA	2	6	692	697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55821994
14	NC_006449	TTA	2	6	751	756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55821994
15	NC_006449	GTTT	2	8	761	768	0 %	75 %	25 %	0 %	55821994
16	NC_006449	TGA	2	6	836	841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821994
17	NC_006449	ATA	3	9	916	924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55821994
18	NC_006449	TGAA	2	8	964	971	50 %	25 %	25 %	0 %	55821994
19	NC_006449	GGA	2	6	1437	1442	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55821994
20	NC_006449	TGCT	2	8	1489	1496	0 %	50 %	25 %	25 %	55821994
21	NC_006449	ACT	2	6	1563	1568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_006449	CTA	5	15	1661	1675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_006449	ATA	2	6	1678	1683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_006449	TAA	2	6	1685	1690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006449	TAA	2	6	1722	1727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55821995
26	NC_006449	A	6	6	1776	1781	100 %	0 %	0 %	0 %	55821995
27	NC_006449	AGA	2	6	1887	1892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821995
28	NC_006449	ATTA	2	8	1905	1912	50 %	50 %	0 %	0 %	55821995
29	NC_006449	GTA	2	6	1922	1927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821995
30	NC_006449	T	6	6	1944	1949	0 %	100 %	0 %	0 %	55821995
31	NC_006449	GTT	2	6	1957	1962	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55821995
32	NC_006449	GAA	2	6	1993	1998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821995
33	NC_006449	AAAGG	2	10	2050	2059	60 %	0 %	40 %	0 %	55821995
34	NC_006449	AAG	2	6	2084	2089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821995
35	NC_006449	GCA	2	6	2158	2163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55821995
36	NC_006449	GTC	2	6	2177	2182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821995
37	NC_006449	GTA	2	6	2305	2310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821995
38	NC_006449	CAG	2	6	2339	2344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55821995
39	NC_006449	TCT	2	6	2378	2383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55821995
40	NC_006449	CAAAT	2	10	2387	2396	60 %	20 %	0 %	20 %	55821995
41	NC_006449	AC	3	6	2426	2431	50 %	0 %	0 %	50 %	55821995
42	NC_006449	ATC	2	6	2584	2589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821995
43	NC_006449	TGAA	2	8	2636	2643	50 %	25 %	25 %	0 %	55821995
44	NC_006449	TGATT	2	10	2673	2682	20 %	60 %	20 %	0 %	55821995
45	NC_006449	ACTT	2	8	2698	2705	25 %	50 %	0 %	25 %	55821995
46	NC_006449	GTTCGT	2	12	2740	2751	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	55821995
47	NC_006449	CAG	2	6	2786	2791	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55821995
48	NC_006449	AATT	2	8	2813	2820	50 %	50 %	0 %	0 %	55821995
49	NC_006449	T	6	6	2870	2875	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006449	AGG	2	6	2880	2885	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006449	GAA	2	6	2921	2926	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821996
52	NC_006449	A	7	7	2957	2963	100 %	0 %	0 %	0 %	55821996
53	NC_006449	TGT	2	6	3009	3014	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55821996
54	NC_006449	ATG	2	6	3036	3041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821996
55	NC_006449	GTC	2	6	3043	3048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821996
56	NC_006449	AAG	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821996
57	NC_006449	CTA	2	6	3107	3112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_006449	AAAT	3	12	3286	3297	75 %	25 %	0 %	0 %	55821997
59	NC_006449	CAG	2	6	3306	3311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55821997
60	NC_006449	GCT	2	6	3380	3385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821997
61	NC_006449	CAA	2	6	3399	3404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55821997
62	NC_006449	TCGT	2	8	3603	3610	0 %	50 %	25 %	25 %	55821997
63	NC_006449	GAT	2	6	3617	3622	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821997
64	NC_006449	AAAGAT	2	12	3770	3781	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	55821997
65	NC_006449	TTC	2	6	3801	3806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55821997
66	NC_006449	AGA	2	6	3826	3831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821997
67	NC_006449	GAA	2	6	3866	3871	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821997
68	NC_006449	A	6	6	3873	3878	100 %	0 %	0 %	0 %	55821997
69	NC_006449	ACA	2	6	3902	3907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55821997
70	NC_006449	TGA	2	6	3934	3939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821997
71	NC_006449	TGA	2	6	3958	3963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821997
72	NC_006449	AGT	2	6	4015	4020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821997
73	NC_006449	GAA	2	6	4043	4048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821997
74	NC_006449	GAT	2	6	4061	4066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821997
75	NC_006449	GCA	2	6	4133	4138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55821997
76	NC_006449	AGC	2	6	4228	4233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55821997
77	NC_006449	AAG	2	6	4329	4334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821997
78	NC_006449	GAA	2	6	4349	4354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821997
79	NC_006449	TGT	2	6	4366	4371	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55821997
80	NC_006449	CAT	2	6	4384	4389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821997
81	NC_006449	A	6	6	4417	4422	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006449	AAT	2	6	4480	4485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55821998
83	NC_006449	TAG	2	6	4494	4499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821998
84	NC_006449	CAA	2	6	4671	4676	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55821998
85	NC_006449	ATCT	2	8	4686	4693	25 %	50 %	0 %	25 %	55821998
86	NC_006449	TTA	2	6	4720	4725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55821998
87	NC_006449	GGA	2	6	4738	4743	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55821998
88	NC_006449	GAT	2	6	4760	4765	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821998
89	NC_006449	CAG	2	6	4809	4814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55821998
90	NC_006449	TACT	2	8	4965	4972	25 %	50 %	0 %	25 %	55821998
91	NC_006449	ACT	2	6	5001	5006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821998
92	NC_006449	GAA	2	6	5075	5080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821999
93	NC_006449	TCA	2	6	5081	5086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821999
94	NC_006449	TAG	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
95	NC_006449	T	7	7	5288	5294	0 %	100 %	0 %	0 %	55821999
96	NC_006449	GAT	2	6	5298	5303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
97	NC_006449	GCT	2	6	5310	5315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821999
98	NC_006449	A	6	6	5338	5343	100 %	0 %	0 %	0 %	55821999
99	NC_006449	GGAA	2	8	5482	5489	50 %	0 %	50 %	0 %	55821999
100	NC_006449	G	6	6	5578	5583	0 %	0 %	100 %	0 %	55821999
101	NC_006449	T	6	6	5634	5639	0 %	100 %	0 %	0 %	55821999
102	NC_006449	GAGAT	2	10	5641	5650	40 %	20 %	40 %	0 %	55821999
103	NC_006449	TGT	2	6	5708	5713	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55821999
104	NC_006449	CGG	2	6	5722	5727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55821999
105	NC_006449	AGA	2	6	5747	5752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55821999
106	NC_006449	TC	3	6	5883	5888	0 %	50 %	0 %	50 %	55821999
107	NC_006449	TGA	2	6	5948	5953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
108	NC_006449	TCA	2	6	6023	6028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821999
109	NC_006449	ACT	2	6	6052	6057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821999
110	NC_006449	CAGC	2	8	6090	6097	25 %	0 %	25 %	50 %	55821999
111	NC_006449	CTT	2	6	6101	6106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55821999
112	NC_006449	CA	3	6	6161	6166	50 %	0 %	0 %	50 %	55821999
113	NC_006449	TCG	2	6	6218	6223	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821999
114	NC_006449	TAG	2	6	6326	6331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
115	NC_006449	GTT	2	6	6411	6416	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55821999
116	NC_006449	A	6	6	6444	6449	100 %	0 %	0 %	0 %	55821999
117	NC_006449	CGT	2	6	6456	6461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821999
118	NC_006449	TGT	2	6	6530	6535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55821999
119	NC_006449	ACT	2	6	6604	6609	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821999
120	NC_006449	TGC	2	6	6629	6634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821999
121	NC_006449	TC	3	6	6668	6673	0 %	50 %	0 %	50 %	55821999
122	NC_006449	TAA	2	6	6710	6715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55821999
123	NC_006449	ATG	2	6	6721	6726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
124	NC_006449	CAAA	2	8	6743	6750	75 %	0 %	0 %	25 %	55821999
125	NC_006449	AAGC	2	8	6755	6762	50 %	0 %	25 %	25 %	55821999
126	NC_006449	GAT	3	9	6840	6848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
127	NC_006449	TTGG	2	8	6960	6967	0 %	50 %	50 %	0 %	55821999
128	NC_006449	TGC	2	6	7004	7009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821999
129	NC_006449	ATG	2	6	7024	7029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
130	NC_006449	A	6	6	7149	7154	100 %	0 %	0 %	0 %	55821999
131	NC_006449	ATT	3	9	7200	7208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55821999
132	NC_006449	TTG	2	6	7221	7226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55821999
133	NC_006449	TGA	2	6	7268	7273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
134	NC_006449	AAC	2	6	7276	7281	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55821999
135	NC_006449	ATT	2	6	7407	7412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55821999
136	NC_006449	TTATG	2	10	7448	7457	20 %	60 %	20 %	0 %	55821999
137	NC_006449	T	6	6	7519	7524	0 %	100 %	0 %	0 %	55821999
138	NC_006449	T	6	6	7652	7657	0 %	100 %	0 %	0 %	55821999
139	NC_006449	GTA	2	6	7798	7803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55821999
140	NC_006449	TGCCTA	2	12	7811	7822	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55821999
141	NC_006449	ATC	2	6	7831	7836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821999
142	NC_006449	CCTT	2	8	8105	8112	0 %	50 %	0 %	50 %	55821999
143	NC_006449	A	6	6	8137	8142	100 %	0 %	0 %	0 %	55821999
144	NC_006449	TTGA	2	8	8208	8215	25 %	50 %	25 %	0 %	55821999
145	NC_006449	TGC	2	6	8285	8290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55821999
146	NC_006449	ATC	2	6	8325	8330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55821999
147	NC_006449	TC	3	6	8347	8352	0 %	50 %	0 %	50 %	55821999
148	NC_006449	TTC	2	6	8358	8363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55821999
149	NC_006449	ATT	2	6	8442	8447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55821999
150	NC_006449	AAGA	2	8	8463	8470	75 %	0 %	25 %	0 %	55821999
151	NC_006449	A	6	6	8523	8528	100 %	0 %	0 %	0 %	55821999
152	NC_006449	A	8	8	8536	8543	100 %	0 %	0 %	0 %	55821999
153	NC_006449	TA	3	6	8573	8578	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_006449	CTTTT	2	10	8597	8606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_006449	A	8	8	8686	8693	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_006449	GGAAA	2	10	8720	8729	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
157	NC_006449	AAG	2	6	8796	8801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55822000
158	NC_006449	A	6	6	8939	8944	100 %	0 %	0 %	0 %	55822000
159	NC_006449	GCA	2	6	8951	8956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55822000
160	NC_006449	AAG	2	6	9003	9008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55822000
161	NC_006449	CGAACA	2	12	9077	9088	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	55822001
162	NC_006449	GTT	2	6	9123	9128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55822001
163	NC_006449	GAAG	2	8	9191	9198	50 %	0 %	50 %	0 %	55822001
164	NC_006449	TCAGA	2	10	9231	9240	40 %	20 %	20 %	20 %	55822001
165	NC_006449	GAT	2	6	9276	9281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55822001
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167	NC_006449	TTA	2	6	9357	9362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55822001
168	NC_006449	T	7	7	9396	9402	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_006449	A	7	7	9438	9444	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_006449	GAA	2	6	9484	9489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
171	NC_006449	CTG	2	6	9521	9526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55822002
172	NC_006449	TCT	2	6	9535	9540	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55822002
173	NC_006449	TAGC	2	8	9620	9627	25 %	25 %	25 %	25 %	55822002
174	NC_006449	T	6	6	9755	9760	0 %	100 %	0 %	0 %	55822002
175	NC_006449	ATTA	2	8	9825	9832	50 %	50 %	0 %	0 %	55822002
176	NC_006449	TGA	2	6	9834	9839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55822002
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186	NC_006449	A	6	6	10504	10509	100 %	0 %	0 %	0 %	55822002
187	NC_006449	AGC	2	6	10524	10529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55822002
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191	NC_006449	ATG	2	6	10673	10678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55822002
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239	NC_006449	ATC	2	6	12435	12440	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55822004
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247	NC_006449	AGA	2	6	12656	12661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55822004
248	NC_006449	TAA	2	6	12668	12673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55822004
249	NC_006449	AAT	2	6	12696	12701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55822005
250	NC_006449	ATA	3	9	12706	12714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55822005
251	NC_006449	CTT	2	6	12716	12721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55822005
252	NC_006449	ATT	2	6	12750	12755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55822005
253	NC_006449	CAGTA	2	10	12769	12778	40 %	20 %	20 %	20 %	55822005
254	NC_006449	TGG	2	6	12785	12790	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55822005
255	NC_006449	CAA	2	6	12807	12812	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55822005
256	NC_006449	GGTAA	2	10	12849	12858	40 %	20 %	40 %	0 %	55822005
257	NC_006449	GTA	2	6	12883	12888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55822005
258	NC_006449	ATA	2	6	13014	13019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55822005
259	NC_006449	CCTT	2	8	13115	13122	0 %	50 %	0 %	50 %	55822005
260	NC_006449	T	7	7	13138	13144	0 %	100 %	0 %	0 %	55822005
261	NC_006449	ATG	2	6	13152	13157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55822005
262	NC_006449	GGT	2	6	13164	13169	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55822005
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264	NC_006449	AGA	2	6	13271	13276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55822005
265	NC_006449	TAG	2	6	13288	13293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55822005
266	NC_006449	TCC	2	6	13351	13356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55822005
267	NC_006449	CCT	2	6	13385	13390	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55822005
268	NC_006449	TTG	2	6	13450	13455	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55822005
269	NC_006449	TGTCGG	2	12	13463	13474	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	55822005
270	NC_006449	TAT	2	6	13526	13531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55822005
271	NC_006449	TGA	2	6	13538	13543	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55822005
272	NC_006449	GTC	3	9	13558	13566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55822005
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279	NC_006449	TTG	2	6	13741	13746	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55822005
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398	NC_006449	GAC	2	6	19087	19092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
399	NC_006449	CGC	2	6	19183	19188	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
400	NC_006449	AC	3	6	19213	19218	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
401	NC_006449	CAC	2	6	19228	19233	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
402	NC_006449	AGCC	2	8	19275	19282	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
403	NC_006449	GAT	2	6	19298	19303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
404	NC_006449	CCT	2	6	19354	19359	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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406	NC_006449	GTAA	2	8	19550	19557	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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412	NC_006449	AGA	2	6	19958	19963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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