MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM2

Total Repeats: 1990

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003385	CAAC	2	8	30	37	50 %	0 %	0 %	50 %	18466667
2	NC_003385	TTC	2	6	69	74	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466667
3	NC_003385	TGT	2	6	103	108	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466667
4	NC_003385	ATC	2	6	182	187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466667
5	NC_003385	ACA	2	6	192	197	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466667
6	NC_003385	CGC	2	6	208	213	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466667
7	NC_003385	TAA	2	6	308	313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466667
8	NC_003385	TA	3	6	353	358	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003385	T	6	6	359	364	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003385	GTC	2	6	444	449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466668
11	NC_003385	CAA	2	6	475	480	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466668
12	NC_003385	TCA	2	6	487	492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466668
13	NC_003385	TTC	2	6	561	566	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466668
14	NC_003385	GCTG	2	8	621	628	0 %	25 %	50 %	25 %	18466668
15	NC_003385	TCT	2	6	654	659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_003385	TTG	2	6	662	667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003385	TTAT	2	8	676	683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003385	GCG	2	6	699	704	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_003385	TGG	2	6	725	730	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466669
20	NC_003385	GAC	2	6	785	790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466669
21	NC_003385	GGC	2	6	842	847	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466669
22	NC_003385	ATC	2	6	866	871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466669
23	NC_003385	TC	3	6	883	888	0 %	50 %	0 %	50 %	18466669
24	NC_003385	CCT	2	6	892	897	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466669
25	NC_003385	AGC	2	6	909	914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466669
26	NC_003385	TGA	2	6	964	969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466669
27	NC_003385	TCT	2	6	990	995	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466669
28	NC_003385	CAGCG	2	10	1094	1103	20 %	0 %	40 %	40 %	18466669
29	NC_003385	TTC	2	6	1122	1127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466669
30	NC_003385	AGGGTT	2	12	1176	1187	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	18466670
31	NC_003385	TGT	2	6	1198	1203	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466670
32	NC_003385	ATAA	2	8	1284	1291	75 %	25 %	0 %	0 %	18466670
33	NC_003385	CTG	2	6	1361	1366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466670
34	NC_003385	AAC	2	6	1512	1517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_003385	TTG	2	6	1583	1588	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003385	ATA	2	6	1592	1597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003385	A	6	6	1605	1610	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003385	CCATT	2	10	1705	1714	20 %	40 %	0 %	40 %	18466671
39	NC_003385	GCA	2	6	1853	1858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466671
40	NC_003385	GCT	2	6	1877	1882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466671
41	NC_003385	CTG	2	6	1890	1895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466671
42	NC_003385	T	6	6	1907	1912	0 %	100 %	0 %	0 %	18466671
43	NC_003385	CCCA	2	8	1972	1979	25 %	0 %	0 %	75 %	18466671
44	NC_003385	TAA	2	6	1988	1993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466671
45	NC_003385	TACC	2	8	2000	2007	25 %	25 %	0 %	50 %	18466671
46	NC_003385	TCT	2	6	2123	2128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466671
47	NC_003385	TCA	2	6	2152	2157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466671
48	NC_003385	TTAC	2	8	2489	2496	25 %	50 %	0 %	25 %	18466671
49	NC_003385	TGAG	2	8	2513	2520	25 %	25 %	50 %	0 %	18466672
50	NC_003385	ATAA	2	8	2584	2591	75 %	25 %	0 %	0 %	18466672
51	NC_003385	TAAG	2	8	2727	2734	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003385	TA	3	6	2739	2744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003385	A	6	6	2756	2761	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003385	CTT	2	6	2790	2795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466673
55	NC_003385	CTG	2	6	2802	2807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466673
56	NC_003385	GAC	2	6	2810	2815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466673
57	NC_003385	TCGC	2	8	2820	2827	0 %	25 %	25 %	50 %	18466673
58	NC_003385	TGC	2	6	2848	2853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466673
59	NC_003385	GAT	2	6	2854	2859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466673
60	NC_003385	CGA	2	6	2889	2894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466673
61	NC_003385	TCCT	2	8	2959	2966	0 %	50 %	0 %	50 %	18466673
62	NC_003385	TCT	2	6	3099	3104	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466673
63	NC_003385	CGT	2	6	3184	3189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466673
64	NC_003385	AAG	2	6	3233	3238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466673
65	NC_003385	ATG	2	6	3239	3244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466673
66	NC_003385	TCG	2	6	3294	3299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466673
67	NC_003385	CG	4	8	3298	3305	0 %	0 %	50 %	50 %	18466673
68	NC_003385	AG	3	6	3410	3415	50 %	0 %	50 %	0 %	18466673
69	NC_003385	TCG	2	6	3458	3463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466673
70	NC_003385	CGT	2	6	3540	3545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466673
71	NC_003385	TCG	2	6	3548	3553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466673
72	NC_003385	TGG	2	6	3682	3687	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466673
73	NC_003385	ACC	2	6	3721	3726	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466673
74	NC_003385	TGC	2	6	3807	3812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466673
75	NC_003385	GCCAGT	2	12	3830	3841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	18466673
76	NC_003385	AGC	2	6	3897	3902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466674
77	NC_003385	CGT	2	6	3923	3928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466674
78	NC_003385	GAT	2	6	3954	3959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466674
79	NC_003385	CAG	2	6	4013	4018	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466674
80	NC_003385	CCA	2	6	4040	4045	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466674
81	NC_003385	AGA	2	6	4064	4069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466674
82	NC_003385	ATG	2	6	4114	4119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466674
83	NC_003385	CAG	2	6	4131	4136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466675
84	NC_003385	AACA	2	8	4154	4161	75 %	0 %	0 %	25 %	18466675
85	NC_003385	TGGG	2	8	4258	4265	0 %	25 %	75 %	0 %	18466675
86	NC_003385	TCA	2	6	4285	4290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466675
87	NC_003385	CAT	2	6	4292	4297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466675
88	NC_003385	TCT	2	6	4333	4338	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466675
89	NC_003385	TTG	2	6	4362	4367	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466675
90	NC_003385	TGA	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466675
91	NC_003385	CGT	2	6	4408	4413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466675
92	NC_003385	AGC	2	6	4455	4460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466675
93	NC_003385	CCA	2	6	4470	4475	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466675
94	NC_003385	GCC	2	6	4484	4489	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466675
95	NC_003385	TGT	2	6	4501	4506	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466675
96	NC_003385	CG	3	6	4544	4549	0 %	0 %	50 %	50 %	18466675
97	NC_003385	TGCTTG	2	12	4596	4607	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	18466675
98	NC_003385	CAG	2	6	4676	4681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466675
99	NC_003385	GA	3	6	4717	4722	50 %	0 %	50 %	0 %	18466675
100	NC_003385	GTC	2	6	4739	4744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466675
101	NC_003385	TCA	2	6	4789	4794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466675
102	NC_003385	CTT	2	6	4828	4833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466675
103	NC_003385	TCT	2	6	4837	4842	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466675
104	NC_003385	GTC	2	6	4853	4858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466675
105	NC_003385	ATCC	2	8	4909	4916	25 %	25 %	0 %	50 %	18466675
106	NC_003385	ACG	2	6	4955	4960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466675
107	NC_003385	TTC	2	6	4965	4970	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466675
108	NC_003385	GCC	2	6	4983	4988	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466675
109	NC_003385	TGG	2	6	5028	5033	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466675
110	NC_003385	CAGC	2	8	5152	5159	25 %	0 %	25 %	50 %	18466676
111	NC_003385	GTC	2	6	5162	5167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466676
112	NC_003385	GCG	2	6	5226	5231	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466676
113	NC_003385	CTT	2	6	5248	5253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466676
114	NC_003385	TCA	2	6	5304	5309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466676
115	NC_003385	TGG	2	6	5317	5322	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466676
116	NC_003385	GT	3	6	5337	5342	0 %	50 %	50 %	0 %	18466676
117	NC_003385	CAG	2	6	5353	5358	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466676
118	NC_003385	CAG	2	6	5404	5409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466676
119	NC_003385	GAA	2	6	5427	5432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466676
120	NC_003385	TTG	2	6	5449	5454	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466676
121	NC_003385	GAC	2	6	5479	5484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466676
122	NC_003385	CAG	2	6	5504	5509	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466676
123	NC_003385	CGT	2	6	5611	5616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466676
124	NC_003385	CTT	3	9	5665	5673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466676
125	NC_003385	ATC	2	6	5693	5698	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466676
126	NC_003385	TCG	2	6	5730	5735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466676
127	NC_003385	CAGA	2	8	5797	5804	50 %	0 %	25 %	25 %	18466676
128	NC_003385	TGT	2	6	5866	5871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466676
129	NC_003385	CA	3	6	5905	5910	50 %	0 %	0 %	50 %	18466676
130	NC_003385	GGT	2	6	5954	5959	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466676
131	NC_003385	GAA	2	6	6014	6019	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466676
132	NC_003385	GTC	2	6	6032	6037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466676
133	NC_003385	TTG	2	6	6174	6179	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003385	CGTT	2	8	6212	6219	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_003385	CGAG	2	8	6235	6242	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_003385	TACT	2	8	6259	6266	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_003385	CGG	2	6	6365	6370	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466677
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268	NC_003385	TA	3	6	13058	13063	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_003385	AT	3	6	13065	13070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_003385	GTA	2	6	13196	13201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466682
271	NC_003385	GCA	2	6	13308	13313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466682
272	NC_003385	TCC	2	6	13353	13358	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466682
273	NC_003385	GCA	2	6	13501	13506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466682
274	NC_003385	TGA	2	6	13582	13587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466682
275	NC_003385	GCC	2	6	13661	13666	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466682
276	NC_003385	ACGC	2	8	13698	13705	25 %	0 %	25 %	50 %	18466682
277	NC_003385	TCT	2	6	13722	13727	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466682
278	NC_003385	GTC	2	6	13745	13750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466682
279	NC_003385	GCTC	2	8	13839	13846	0 %	25 %	25 %	50 %	18466682
280	NC_003385	GAA	2	6	13866	13871	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466682
281	NC_003385	CTG	2	6	13876	13881	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466682
282	NC_003385	TCA	2	6	14010	14015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466682
283	NC_003385	TGG	2	6	14092	14097	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466682
284	NC_003385	TCG	2	6	14142	14147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466682
285	NC_003385	TCC	2	6	14163	14168	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466682
286	NC_003385	TG	3	6	14258	14263	0 %	50 %	50 %	0 %	18466682
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290	NC_003385	CTT	2	6	14344	14349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466682
291	NC_003385	CTCTTC	2	12	14405	14416	0 %	50 %	0 %	50 %	18466682
292	NC_003385	CAT	2	6	14422	14427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466682
293	NC_003385	GTC	3	9	14444	14452	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466682
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295	NC_003385	TTC	2	6	14729	14734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466682
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297	NC_003385	TG	3	6	14883	14888	0 %	50 %	50 %	0 %	18466682
298	NC_003385	CCTTT	2	10	14983	14992	0 %	60 %	0 %	40 %	18466682
299	NC_003385	CGT	2	6	15091	15096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466682
300	NC_003385	TCGCC	2	10	15129	15138	0 %	20 %	20 %	60 %	18466682
301	NC_003385	TTA	2	6	15291	15296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_003385	TG	3	6	15315	15320	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
303	NC_003385	TAA	2	6	15388	15393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466683
304	NC_003385	GCGA	2	8	15403	15410	25 %	0 %	50 %	25 %	18466683
305	NC_003385	TGA	2	6	15425	15430	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466683
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311	NC_003385	TAC	3	9	15639	15647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
312	NC_003385	A	6	6	15771	15776	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_003385	AAACA	2	10	15836	15845	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
314	NC_003385	TAC	2	6	15855	15860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
315	NC_003385	CCA	2	6	15946	15951	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466684
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340	NC_003385	T	6	6	17527	17532	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_003385	TA	3	6	17536	17541	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_003385	TTG	2	6	17563	17568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
343	NC_003385	TAT	2	6	17581	17586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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347	NC_003385	T	6	6	17727	17732	0 %	100 %	0 %	0 %	18466687
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373	NC_003385	GAA	2	6	18926	18931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466690
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382	NC_003385	CAGG	2	8	19250	19257	25 %	0 %	50 %	25 %	18466691
383	NC_003385	GAA	2	6	19500	19505	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466691
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398	NC_003385	ATA	2	6	20150	20155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466692
399	NC_003385	GTT	2	6	20201	20206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466692
400	NC_003385	ACA	2	6	20244	20249	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466692
401	NC_003385	AG	3	6	20296	20301	50 %	0 %	50 %	0 %	18466692
402	NC_003385	ATAG	2	8	20510	20517	50 %	25 %	25 %	0 %	18466692
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404	NC_003385	ATT	2	6	20657	20662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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