MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM2

Total Repeats: 1990

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_003385	TA	3	6	53355	53360	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1002	NC_003385	CTTA	2	8	53361	53368	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1003	NC_003385	TTA	2	6	53371	53376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466726
1004	NC_003385	CAA	2	6	53380	53385	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466726
1005	NC_003385	TCAA	2	8	53417	53424	50 %	25 %	0 %	25 %	18466726
1006	NC_003385	AACC	2	8	53470	53477	50 %	0 %	0 %	50 %	18466726
1007	NC_003385	TTC	2	6	53503	53508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466726
1008	NC_003385	TCG	2	6	53559	53564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466726
1009	NC_003385	TGGC	2	8	53670	53677	0 %	25 %	50 %	25 %	18466726
1010	NC_003385	CT	3	6	53836	53841	0 %	50 %	0 %	50 %	18466727
1011	NC_003385	GA	3	6	53910	53915	50 %	0 %	50 %	0 %	18466727
1012	NC_003385	CTT	2	6	54037	54042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466727
1013	NC_003385	CGT	2	6	54214	54219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466727
1014	NC_003385	CGA	2	6	54281	54286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983912
1015	NC_003385	TCA	2	6	54332	54337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983912
1016	NC_003385	ACG	2	6	54461	54466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983912
1017	NC_003385	TTC	2	6	54515	54520	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	31983912
1018	NC_003385	AAT	2	6	54649	54654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1019	NC_003385	CAG	2	6	54707	54712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466729
1020	NC_003385	CAGA	2	8	54790	54797	50 %	0 %	25 %	25 %	18466729
1021	NC_003385	AGT	2	6	54886	54891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466729
1022	NC_003385	TCG	2	6	54900	54905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466729
1023	NC_003385	CAAT	2	8	54930	54937	50 %	25 %	0 %	25 %	18466729
1024	NC_003385	GCGG	2	8	55000	55007	0 %	0 %	75 %	25 %	18466729
1025	NC_003385	TGG	2	6	55072	55077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466729
1026	NC_003385	GT	3	6	55123	55128	0 %	50 %	50 %	0 %	18466729
1027	NC_003385	CAG	2	6	55214	55219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466729
1028	NC_003385	CGACA	2	10	55322	55331	40 %	0 %	20 %	40 %	18466729
1029	NC_003385	CGA	2	6	55378	55383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466729
1030	NC_003385	GCC	2	6	55700	55705	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466730
1031	NC_003385	GTC	2	6	55717	55722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466730
1032	NC_003385	GCT	2	6	55741	55746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466730
1033	NC_003385	GCT	2	6	55812	55817	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466730
1034	NC_003385	TTC	3	9	55932	55940	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466730
1035	NC_003385	GGC	2	6	55951	55956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1036	NC_003385	GCC	2	6	55960	55965	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1037	NC_003385	TGC	2	6	55988	55993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466731
1038	NC_003385	GTG	2	6	56037	56042	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466731
1039	NC_003385	T	6	6	56118	56123	0 %	100 %	0 %	0 %	18466731
1040	NC_003385	TTG	2	6	56190	56195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466731
1041	NC_003385	TGG	2	6	56206	56211	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466731
1042	NC_003385	TGAA	2	8	56644	56651	50 %	25 %	25 %	0 %	18466731
1043	NC_003385	ACGG	2	8	56709	56716	25 %	0 %	50 %	25 %	18466731
1044	NC_003385	AAGC	2	8	56763	56770	50 %	0 %	25 %	25 %	18466731
1045	NC_003385	CTG	2	6	56783	56788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466731
1046	NC_003385	GCTC	2	8	56791	56798	0 %	25 %	25 %	50 %	18466731
1047	NC_003385	CGGCA	2	10	56830	56839	20 %	0 %	40 %	40 %	18466731
1048	NC_003385	TACC	2	8	56955	56962	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1049	NC_003385	GCG	2	6	56996	57001	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466732
1050	NC_003385	AG	3	6	57026	57031	50 %	0 %	50 %	0 %	18466732
1051	NC_003385	CAA	2	6	57090	57095	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466732
1052	NC_003385	GCAG	2	8	57153	57160	25 %	0 %	50 %	25 %	18466732
1053	NC_003385	TGCT	2	8	57165	57172	0 %	50 %	25 %	25 %	18466732
1054	NC_003385	CAT	2	6	57253	57258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466732
1055	NC_003385	GCA	2	6	57288	57293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466732
1056	NC_003385	CAT	2	6	57325	57330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466732
1057	NC_003385	TCG	2	6	57371	57376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466732
1058	NC_003385	TCT	2	6	57414	57419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466732
1059	NC_003385	TCG	2	6	57422	57427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466732
1060	NC_003385	TTGGTG	2	12	57458	57469	0 %	50 %	50 %	0 %	18466732
1061	NC_003385	GTT	2	6	57550	57555	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466732
1062	NC_003385	CGAT	2	8	57770	57777	25 %	25 %	25 %	25 %	18466732
1063	NC_003385	GTT	2	6	57808	57813	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466732
1064	NC_003385	TCA	2	6	57830	57835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466732
1065	NC_003385	AACGGT	2	12	58054	58065	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	18466733
1066	NC_003385	TTCT	2	8	58095	58102	0 %	75 %	0 %	25 %	18466733
1067	NC_003385	GGCT	2	8	58107	58114	0 %	25 %	50 %	25 %	18466733
1068	NC_003385	TCA	2	6	58190	58195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466733
1069	NC_003385	GAAG	2	8	58227	58234	50 %	0 %	50 %	0 %	18466733
1070	NC_003385	GCG	2	6	58270	58275	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466733
1071	NC_003385	TCG	2	6	58303	58308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466733
1072	NC_003385	ATC	2	6	58339	58344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466733
1073	NC_003385	CAC	2	6	58367	58372	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466733
1074	NC_003385	TCG	3	9	58603	58611	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466733
1075	NC_003385	CAG	2	6	58679	58684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466733
1076	NC_003385	CCA	2	6	58693	58698	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466733
1077	NC_003385	CATC	2	8	58727	58734	25 %	25 %	0 %	50 %	18466733
1078	NC_003385	ACG	2	6	58740	58745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466733
1079	NC_003385	TAAG	2	8	58874	58881	50 %	25 %	25 %	0 %	18466734
1080	NC_003385	T	6	6	58913	58918	0 %	100 %	0 %	0 %	18466734
1081	NC_003385	GGA	2	6	58919	58924	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18466734
1082	NC_003385	TGA	2	6	59006	59011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466734
1083	NC_003385	CGA	2	6	59012	59017	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1084	NC_003385	GTCA	2	8	59068	59075	25 %	25 %	25 %	25 %	18466734
1085	NC_003385	AG	3	6	59111	59116	50 %	0 %	50 %	0 %	18466734
1086	NC_003385	CCAT	2	8	59139	59146	25 %	25 %	0 %	50 %	18466734
1087	NC_003385	CAT	2	6	59161	59166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466734
1088	NC_003385	CAG	2	6	59206	59211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1089	NC_003385	GTG	2	6	59345	59350	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466734
1090	NC_003385	ATC	2	6	59354	59359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466734
1091	NC_003385	GCA	2	6	59475	59480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1092	NC_003385	GCTG	2	8	59502	59509	0 %	25 %	50 %	25 %	18466734
1093	NC_003385	AAT	2	6	59524	59529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18466734
1094	NC_003385	GTC	2	6	59581	59586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1095	NC_003385	ACG	2	6	59592	59597	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1096	NC_003385	CAC	2	6	59650	59655	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466734
1097	NC_003385	CGC	2	6	59670	59675	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466734
1098	NC_003385	TCC	2	6	59678	59683	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466734
1099	NC_003385	GAC	3	9	59700	59708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1100	NC_003385	CTT	2	6	59733	59738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466734
1101	NC_003385	TCG	3	9	59816	59824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1102	NC_003385	CG	4	8	59823	59830	0 %	0 %	50 %	50 %	18466734
1103	NC_003385	CAA	2	6	59835	59840	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466734
1104	NC_003385	AGC	2	6	59885	59890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1105	NC_003385	CAT	2	6	59925	59930	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466734
1106	NC_003385	TCT	2	6	59934	59939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466734
1107	NC_003385	GAT	2	6	60008	60013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466734
1108	NC_003385	GCC	2	6	60026	60031	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466734
1109	NC_003385	TCA	2	6	60101	60106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466734
1110	NC_003385	TGA	2	6	60144	60149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466734
1111	NC_003385	CGCC	2	8	60260	60267	0 %	0 %	25 %	75 %	18466734
1112	NC_003385	T	6	6	60301	60306	0 %	100 %	0 %	0 %	18466734
1113	NC_003385	CGT	2	6	60326	60331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466734
1114	NC_003385	GTCA	2	8	60355	60362	25 %	25 %	25 %	25 %	18466734
1115	NC_003385	TTTCC	2	10	60375	60384	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
1116	NC_003385	CCA	2	6	60413	60418	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466735
1117	NC_003385	GCC	2	6	60490	60495	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466735
1118	NC_003385	TCA	2	6	60603	60608	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466735
1119	NC_003385	CGG	2	6	60643	60648	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466735
1120	NC_003385	CTT	2	6	60652	60657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466735
1121	NC_003385	CGTG	2	8	60716	60723	0 %	25 %	50 %	25 %	18466735
1122	NC_003385	ACG	2	6	60784	60789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466735
1123	NC_003385	TCA	2	6	60797	60802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466735
1124	NC_003385	CA	3	6	60801	60806	50 %	0 %	0 %	50 %	18466735
1125	NC_003385	GGCTGC	2	12	60866	60877	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	18466735
1126	NC_003385	GTA	2	6	60982	60987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466735
1127	NC_003385	TTC	2	6	61055	61060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466735
1128	NC_003385	GCT	2	6	61061	61066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466735
1129	NC_003385	GAT	2	6	61204	61209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466735
1130	NC_003385	CAC	2	6	61294	61299	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466735
1131	NC_003385	AGTGC	2	10	61302	61311	20 %	20 %	40 %	20 %	18466735
1132	NC_003385	CAC	2	6	61314	61319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466735
1133	NC_003385	TTC	2	6	61367	61372	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466735
1134	NC_003385	GTG	2	6	61388	61393	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466735
1135	NC_003385	CTT	2	6	61498	61503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466735
1136	NC_003385	CG	3	6	61516	61521	0 %	0 %	50 %	50 %	18466735
1137	NC_003385	GAT	2	6	61522	61527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466735
1138	NC_003385	CA	3	6	61569	61574	50 %	0 %	0 %	50 %	18466735
1139	NC_003385	GAC	2	6	61643	61648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466735
1140	NC_003385	TCA	2	6	61681	61686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466736
1141	NC_003385	TCA	2	6	61753	61758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466736
1142	NC_003385	TCA	2	6	61771	61776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466736
1143	NC_003385	TCG	2	6	61840	61845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466736
1144	NC_003385	CTT	2	6	61971	61976	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18466736
1145	NC_003385	TCG	2	6	62026	62031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466736
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1147	NC_003385	ACG	2	6	62178	62183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466736
1148	NC_003385	CTC	3	9	62193	62201	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	18466736
1149	NC_003385	GT	3	6	62213	62218	0 %	50 %	50 %	0 %	18466736
1150	NC_003385	CTTCG	2	10	62235	62244	0 %	40 %	20 %	40 %	18466736
1151	NC_003385	AAC	2	6	62345	62350	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1152	NC_003385	TA	3	6	62429	62434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1153	NC_003385	TAA	2	6	62437	62442	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1154	NC_003385	TA	4	8	62456	62463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1155	NC_003385	GGT	2	6	62558	62563	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466737
1156	NC_003385	GGC	2	6	62582	62587	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466737
1157	NC_003385	CCA	2	6	62600	62605	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466737
1158	NC_003385	GCA	2	6	62666	62671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466737
1159	NC_003385	AGC	2	6	62677	62682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466737
1160	NC_003385	TGA	2	6	62732	62737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466737
1161	NC_003385	TTTG	2	8	62744	62751	0 %	75 %	25 %	0 %	18466737
1162	NC_003385	CAG	2	6	62829	62834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466738
1163	NC_003385	GAC	2	6	62855	62860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466738
1164	NC_003385	AGC	2	6	62926	62931	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466738
1165	NC_003385	CCA	2	6	62951	62956	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466738
1166	NC_003385	TCG	2	6	62978	62983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466738
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1168	NC_003385	ACTC	2	8	63068	63075	25 %	25 %	0 %	50 %	18466738
1169	NC_003385	CGGAA	2	10	63119	63128	40 %	0 %	40 %	20 %	18466738
1170	NC_003385	CGGA	2	8	63177	63184	25 %	0 %	50 %	25 %	18466738
1171	NC_003385	CGA	2	6	63231	63236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466738
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1175	NC_003385	GTT	3	9	63351	63359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18466738
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1185	NC_003385	TGA	2	6	63694	63699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466739
1186	NC_003385	CGT	2	6	63778	63783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466739
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1220	NC_003385	T	6	6	65150	65155	0 %	100 %	0 %	0 %	18466741
1221	NC_003385	GTA	2	6	65236	65241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466742
1222	NC_003385	TGA	2	6	65310	65315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466742
1223	NC_003385	CTCG	2	8	65394	65401	0 %	25 %	25 %	50 %	18466742
1224	NC_003385	GCC	2	6	65498	65503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466742
1225	NC_003385	TCG	2	6	65507	65512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466742
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1228	NC_003385	CGA	2	6	65616	65621	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466742
1229	NC_003385	GA	3	6	65620	65625	50 %	0 %	50 %	0 %	18466742
1230	NC_003385	CCA	2	6	65637	65642	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466742
1231	NC_003385	A	6	6	65773	65778	100 %	0 %	0 %	0 %	18466742
1232	NC_003385	TACT	3	12	65928	65939	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1233	NC_003385	ATA	2	6	65940	65945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1234	NC_003385	TGA	2	6	66034	66039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466743
1235	NC_003385	GAT	3	9	66319	66327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466743
1236	NC_003385	GCT	2	6	66377	66382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466743
1237	NC_003385	GCC	2	6	66595	66600	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	18466743
1238	NC_003385	A	6	6	66620	66625	100 %	0 %	0 %	0 %	18466743
1239	NC_003385	ACC	2	6	66630	66635	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18466743
1240	NC_003385	CTG	2	6	66680	66685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466743
1241	NC_003385	ATC	2	6	66706	66711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466743
1242	NC_003385	TGGCCG	2	12	66822	66833	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	18466743
1243	NC_003385	ATG	2	6	67142	67147	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18466743
1244	NC_003385	AAAG	2	8	67148	67155	75 %	0 %	25 %	0 %	18466743
1245	NC_003385	GGC	2	6	67225	67230	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466743
1246	NC_003385	AGAT	2	8	67236	67243	50 %	25 %	25 %	0 %	18466743
1247	NC_003385	GTG	2	6	67311	67316	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466743
1248	NC_003385	TTA	2	6	67395	67400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18466743
1249	NC_003385	CAA	2	6	67420	67425	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466743
1250	NC_003385	AG	3	6	67535	67540	50 %	0 %	50 %	0 %	18466743
1251	NC_003385	CAT	2	6	67662	67667	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18466744
1252	NC_003385	AGC	2	6	67710	67715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466744
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1254	NC_003385	TGG	2	6	68026	68031	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18466745
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