MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 plasmid pSLT

Total Repeats: 2049

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003277	CAG	2	6	121	126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233404
2	NC_003277	CCA	2	6	221	226	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233404
3	NC_003277	GC	3	6	239	244	0 %	0 %	50 %	50 %	17233404
4	NC_003277	AGT	2	6	262	267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233404
5	NC_003277	GCG	2	6	268	273	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233404
6	NC_003277	GCC	3	9	274	282	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	17233404
7	NC_003277	TGA	2	6	383	388	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003277	ATG	2	6	391	396	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003277	AGG	2	6	404	409	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003277	GAA	2	6	417	422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003277	GCG	2	6	440	445	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_003277	CCA	2	6	512	517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_003277	CCG	2	6	552	557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_003277	CGT	2	6	562	567	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_003277	TAA	2	6	626	631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003277	ACT	2	6	636	641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_003277	CTG	2	6	722	727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233405
18	NC_003277	CCGT	2	8	752	759	0 %	25 %	25 %	50 %	17233405
19	NC_003277	AGC	2	6	791	796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233405
20	NC_003277	ATA	2	6	827	832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	17233405
21	NC_003277	TGGC	2	8	869	876	0 %	25 %	50 %	25 %	17233405
22	NC_003277	TTA	2	6	881	886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233405
23	NC_003277	G	10	10	914	923	0 %	0 %	100 %	0 %	17233405
24	NC_003277	ACTGG	2	10	924	933	20 %	20 %	40 %	20 %	17233405
25	NC_003277	CAG	2	6	963	968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233405
26	NC_003277	CTG	2	6	982	987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233405
27	NC_003277	GT	3	6	1019	1024	0 %	50 %	50 %	0 %	17233405
28	NC_003277	TTC	2	6	1031	1036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233405
29	NC_003277	ATT	2	6	1088	1093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233405
30	NC_003277	GCA	2	6	1099	1104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233405
31	NC_003277	GTC	2	6	1131	1136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233405
32	NC_003277	AAGT	2	8	1281	1288	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003277	GTA	2	6	1307	1312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003277	GAG	2	6	1343	1348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	17233406
35	NC_003277	GAA	2	6	1432	1437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	17233406
36	NC_003277	A	6	6	1456	1461	100 %	0 %	0 %	0 %	17233406
37	NC_003277	GAC	2	6	1462	1467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233406
38	NC_003277	ACAT	2	8	1497	1504	50 %	25 %	0 %	25 %	17233406
39	NC_003277	AAAG	2	8	1505	1512	75 %	0 %	25 %	0 %	17233406
40	NC_003277	GCA	2	6	1516	1521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233406
41	NC_003277	ACT	2	6	1541	1546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233406
42	NC_003277	CTA	2	6	1565	1570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233406
43	NC_003277	AAG	2	6	1604	1609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003277	TCGTC	2	10	1631	1640	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_003277	AGTG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003277	TGGC	2	8	1679	1686	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_003277	TGA	2	6	1716	1721	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003277	TCT	2	6	1761	1766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233407
49	NC_003277	CCA	2	6	1817	1822	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233407
50	NC_003277	GCAG	2	8	1910	1917	25 %	0 %	50 %	25 %	17233408
51	NC_003277	TGAC	2	8	1921	1928	25 %	25 %	25 %	25 %	17233408
52	NC_003277	AATCCG	2	12	1965	1976	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	228960845
53	NC_003277	GA	3	6	1988	1993	50 %	0 %	50 %	0 %	228960845
54	NC_003277	CGTT	3	12	2080	2091	0 %	50 %	25 %	25 %	228960845
55	NC_003277	GCC	2	6	2114	2119	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	228960845
56	NC_003277	TGC	2	6	2122	2127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228960845
57	NC_003277	CGT	2	6	2130	2135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228960845
58	NC_003277	GCT	2	6	2147	2152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228960845
59	NC_003277	TACC	2	8	2315	2322	25 %	25 %	0 %	50 %	228960845
60	NC_003277	CCGA	2	8	2358	2365	25 %	0 %	25 %	50 %	228960845
61	NC_003277	GCC	2	6	2424	2429	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	228960845
62	NC_003277	CGC	2	6	2430	2435	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	228960845
63	NC_003277	CAG	2	6	2457	2462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228960845
64	NC_003277	GATG	2	8	2492	2499	25 %	25 %	50 %	0 %	228960845
65	NC_003277	GCG	2	6	2591	2596	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228960845
66	NC_003277	CAG	2	6	2640	2645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228960845
67	NC_003277	CGG	2	6	2678	2683	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228960845
68	NC_003277	GCG	2	6	2711	2716	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228960845
69	NC_003277	ATG	3	9	2730	2738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228960845
70	NC_003277	CCA	2	6	2791	2796	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_003277	GGA	2	6	2821	2826	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003277	GCC	2	6	2849	2854	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_003277	TTC	2	6	2877	2882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_003277	TC	3	6	2894	2899	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_003277	CTG	2	6	2903	2908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_003277	CTT	2	6	3076	3081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_003277	TC	3	6	3098	3103	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_003277	TAAA	2	8	3107	3114	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003277	TCA	2	6	3123	3128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_003277	GCCC	2	8	3157	3164	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
81	NC_003277	ACA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_003277	ACA	2	6	3252	3257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_003277	CAC	2	6	3312	3317	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_003277	GCC	3	9	3326	3334	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_003277	TAA	2	6	3366	3371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003277	ATG	2	6	3375	3380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003277	CAG	2	6	3458	3463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_003277	CAG	2	6	3531	3536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_003277	A	6	6	3643	3648	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003277	CGTGGT	2	12	3690	3701	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_003277	CGG	2	6	3714	3719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_003277	GCG	2	6	3878	3883	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_003277	ACG	2	6	3952	3957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_003277	AAAT	2	8	3988	3995	75 %	25 %	0 %	0 %	17233473
95	NC_003277	ACT	2	6	4066	4071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233473
96	NC_003277	CCT	2	6	4107	4112	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233473
97	NC_003277	T	6	6	4135	4140	0 %	100 %	0 %	0 %	17233473
98	NC_003277	CAG	2	6	4153	4158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233473
99	NC_003277	GT	3	6	4164	4169	0 %	50 %	50 %	0 %	17233473
100	NC_003277	T	6	6	4192	4197	0 %	100 %	0 %	0 %	17233473
101	NC_003277	CTGACA	2	12	4208	4219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	17233473
102	NC_003277	TCAC	2	8	4256	4263	25 %	25 %	0 %	50 %	17233473
103	NC_003277	A	7	7	4331	4337	100 %	0 %	0 %	0 %	17233473
104	NC_003277	TC	3	6	4398	4403	0 %	50 %	0 %	50 %	17233473
105	NC_003277	ACGG	2	8	4443	4450	25 %	0 %	50 %	25 %	17233473
106	NC_003277	ACATCC	2	12	4520	4531	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	17233473
107	NC_003277	CAC	2	6	4570	4575	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233473
108	NC_003277	ATG	2	6	4576	4581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233473
109	NC_003277	ACC	2	6	4584	4589	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233473
110	NC_003277	TCTG	2	8	4604	4611	0 %	50 %	25 %	25 %	17233473
111	NC_003277	TCC	2	6	4684	4689	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233473
112	NC_003277	A	7	7	4697	4703	100 %	0 %	0 %	0 %	17233473
113	NC_003277	ATT	2	6	4724	4729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233473
114	NC_003277	TCCC	2	8	4739	4746	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
115	NC_003277	C	7	7	4775	4781	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
116	NC_003277	CCGG	2	8	4789	4796	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_003277	AGT	3	9	4821	4829	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003277	GCA	2	6	4833	4838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_003277	ACCAC	2	10	4851	4860	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
120	NC_003277	CAC	2	6	4879	4884	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_003277	AAT	2	6	4892	4897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_003277	A	6	6	4904	4909	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003277	ATGTT	2	10	4920	4929	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003277	TCA	2	6	4932	4937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_003277	GCTCC	2	10	4964	4973	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_003277	ACCGGC	2	12	5202	5213	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	17233474
127	NC_003277	CAT	2	6	5288	5293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233474
128	NC_003277	ACG	2	6	5357	5362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233474
129	NC_003277	GCG	2	6	5375	5380	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233474
130	NC_003277	CAGC	2	8	5498	5505	25 %	0 %	25 %	50 %	17233474
131	NC_003277	CAG	3	9	5517	5525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233474
132	NC_003277	T	7	7	5540	5546	0 %	100 %	0 %	0 %	17233474
133	NC_003277	CGC	2	6	5626	5631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_003277	TCC	2	6	5785	5790	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233475
135	NC_003277	ACCACG	2	12	5808	5819	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	17233475
136	NC_003277	TACA	2	8	5837	5844	50 %	25 %	0 %	25 %	17233475
137	NC_003277	GTT	2	6	5852	5857	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	17233475
138	NC_003277	GT	3	6	5912	5917	0 %	50 %	50 %	0 %	17233475
139	NC_003277	TCAC	2	8	5925	5932	25 %	25 %	0 %	50 %	17233475
140	NC_003277	T	6	6	5978	5983	0 %	100 %	0 %	0 %	17233475
141	NC_003277	CCA	2	6	5992	5997	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233475
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272	NC_003277	AC	3	6	11787	11792	50 %	0 %	0 %	50 %	17233482
273	NC_003277	TGG	2	6	11802	11807	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	17233482
274	NC_003277	CCTTT	2	10	11835	11844	0 %	60 %	0 %	40 %	17233482
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279	NC_003277	TGT	2	6	12078	12083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	17233482
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401	NC_003277	GAAT	2	8	17345	17352	50 %	25 %	25 %	0 %	17233485
402	NC_003277	TATCCA	2	12	17379	17390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233485
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411	NC_003277	GAA	2	6	17759	17764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
412	NC_003277	ATA	2	6	17826	17831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
413	NC_003277	ATC	2	6	17885	17890	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
414	NC_003277	AGA	2	6	17919	17924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
415	NC_003277	TCT	2	6	17932	17937	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
416	NC_003277	TTA	2	6	17968	17973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
417	NC_003277	CTG	2	6	18004	18009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
418	NC_003277	AAT	2	6	18038	18043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
419	NC_003277	T	7	7	18088	18094	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
420	NC_003277	TTA	2	6	18145	18150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233486
421	NC_003277	CAG	2	6	18215	18220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233486
422	NC_003277	TCT	2	6	18243	18248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233486
423	NC_003277	GCT	2	6	18258	18263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233486
424	NC_003277	TCTGTT	2	12	18366	18377	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	17233486
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426	NC_003277	CAT	2	6	18426	18431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
427	NC_003277	CAG	2	6	18439	18444	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
428	NC_003277	TCC	2	6	18457	18462	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
429	NC_003277	AAC	2	6	18500	18505	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
430	NC_003277	ATTT	2	8	18613	18620	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
431	NC_003277	ACAG	2	8	18706	18713	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
432	NC_003277	CAGT	2	8	18724	18731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
433	NC_003277	CAG	2	6	18776	18781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
434	NC_003277	AGA	2	6	18816	18821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
435	NC_003277	TA	3	6	18872	18877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
436	NC_003277	ATC	2	6	18986	18991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233487
437	NC_003277	A	6	6	19022	19027	100 %	0 %	0 %	0 %	17233487
438	NC_003277	TAA	2	6	19067	19072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	17233487
439	NC_003277	GTT	2	6	19099	19104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	17233487
440	NC_003277	CCT	2	6	19159	19164	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	17233487
441	NC_003277	GA	3	6	19165	19170	50 %	0 %	50 %	0 %	17233487
442	NC_003277	TGC	3	9	19173	19181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233487
443	NC_003277	CAT	2	6	19262	19267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233487
444	NC_003277	GAC	2	6	19429	19434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
445	NC_003277	TAATTT	2	12	19490	19501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
446	NC_003277	A	6	6	19570	19575	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
447	NC_003277	TCT	2	6	19588	19593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
448	NC_003277	CTG	2	6	19649	19654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
449	NC_003277	TGT	2	6	19666	19671	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
450	NC_003277	GC	3	6	19696	19701	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
451	NC_003277	A	6	6	19768	19773	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
452	NC_003277	GGC	2	6	19971	19976	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
453	NC_003277	A	6	6	20080	20085	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
454	NC_003277	AGC	2	6	20100	20105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233413
455	NC_003277	ACAGTG	2	12	20111	20122	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	17233413
456	NC_003277	GACAGC	2	12	20123	20134	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233413
457	NC_003277	GCT	2	6	20140	20145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233413
458	NC_003277	ACG	2	6	20154	20159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233413
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469	NC_003277	GGT	2	6	20799	20804	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	17233415
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477	NC_003277	GCT	2	6	21290	21295	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233416
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481	NC_003277	GA	3	6	21456	21461	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
482	NC_003277	CTG	2	6	21485	21490	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	17233417
483	NC_003277	GCAG	2	8	21498	21505	25 %	0 %	50 %	25 %	17233417
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491	NC_003277	GCGG	2	8	21771	21778	0 %	0 %	75 %	25 %	17233417
492	NC_003277	GGC	2	6	21783	21788	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	17233417
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497	NC_003277	ACCG	2	8	21958	21965	25 %	0 %	25 %	50 %	17233417
498	NC_003277	GAC	2	6	22012	22017	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233417
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500	NC_003277	AGG	2	6	22236	22241	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	17233417

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