MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hlp#2 chromosome

Total Repeats: 8132

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
8001	NC_016915	TATC	2	8	1255269	1255276	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8002	NC_016915	GTAAT	2	10	1255322	1255331	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8003	NC_016915	CAC	2	6	1255359	1255364	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8004	NC_016915	TATT	2	8	1255367	1255374	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8005	NC_016915	ATA	2	6	1255412	1255417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8006	NC_016915	ATT	2	6	1255441	1255446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8007	NC_016915	TAT	2	6	1255711	1255716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8008	NC_016915	CAA	2	6	1255720	1255725	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8009	NC_016915	CATT	2	8	1255748	1255755	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8010	NC_016915	T	6	6	1255833	1255838	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8011	NC_016915	TAT	2	6	1255844	1255849	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8012	NC_016915	T	7	7	1256043	1256049	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8013	NC_016915	TAAT	2	8	1256051	1256058	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8014	NC_016915	TCT	2	6	1256066	1256071	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8015	NC_016915	A	6	6	1256103	1256108	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8016	NC_016915	AGTT	2	8	1256121	1256128	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8017	NC_016915	TCT	2	6	1256148	1256153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8018	NC_016915	TTA	2	6	1256156	1256161	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8019	NC_016915	TAG	2	6	1256187	1256192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8020	NC_016915	ATAAAA	2	12	1256202	1256213	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8021	NC_016915	A	7	7	1256210	1256216	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8022	NC_016915	T	6	6	1256273	1256278	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8023	NC_016915	TAA	2	6	1256298	1256303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8024	NC_016915	T	6	6	1256359	1256364	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8025	NC_016915	AT	3	6	1256373	1256378	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8026	NC_016915	TAT	2	6	1256398	1256403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8027	NC_016915	CAAT	2	8	1256466	1256473	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8028	NC_016915	ATT	2	6	1256482	1256487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8029	NC_016915	TCT	2	6	1256492	1256497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8030	NC_016915	ATT	2	6	1256545	1256550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8031	NC_016915	TTA	2	6	1256551	1256556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8032	NC_016915	TA	3	6	1256555	1256560	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8033	NC_016915	TAT	3	9	1256571	1256579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8034	NC_016915	TGG	2	6	1256589	1256594	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8035	NC_016915	CTT	2	6	1256673	1256678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8036	NC_016915	A	6	6	1256681	1256686	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8037	NC_016915	ATA	2	6	1256822	1256827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8038	NC_016915	TAT	2	6	1256857	1256862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8039	NC_016915	GGATT	2	10	1256955	1256964	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8040	NC_016915	TTTA	2	8	1256974	1256981	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8041	NC_016915	GTA	2	6	1256985	1256990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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8043	NC_016915	TAA	2	6	1257034	1257039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8044	NC_016915	ATT	2	6	1257059	1257064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8045	NC_016915	AGTAA	2	10	1257100	1257109	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8046	NC_016915	T	7	7	1259031	1259037	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8047	NC_016915	TA	3	6	1259039	1259044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8048	NC_016915	GCTT	2	8	1259057	1259064	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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8052	NC_016915	TAT	2	6	1259139	1259144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8053	NC_016915	GCT	2	6	1259171	1259176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8054	NC_016915	TA	3	6	1259197	1259202	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8055	NC_016915	TGA	2	6	1259260	1259265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8056	NC_016915	AGAGA	2	10	1259321	1259330	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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8058	NC_016915	ATG	2	6	1259468	1259473	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8059	NC_016915	ATT	2	6	1260035	1260040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8060	NC_016915	TTA	2	6	1260041	1260046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8061	NC_016915	AG	3	6	1260114	1260119	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8062	NC_016915	TAAA	2	8	1262260	1262267	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8063	NC_016915	TTG	2	6	1262316	1262321	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8064	NC_016915	GTAA	2	8	1262359	1262366	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8065	NC_016915	CA	3	6	1262404	1262409	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8066	NC_016915	GCTG	2	8	1262440	1262447	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8067	NC_016915	AAT	2	6	1262479	1262484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8069	NC_016915	A	6	6	1262602	1262607	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8070	NC_016915	AAT	2	6	1262738	1262743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8071	NC_016915	TTAT	2	8	1263017	1263024	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8072	NC_016915	TAAC	2	8	1263032	1263039	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8073	NC_016915	CTT	2	6	1263048	1263053	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8074	NC_016915	ATTTA	2	10	1263060	1263069	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8079	NC_016915	AATT	2	8	1263183	1263190	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8080	NC_016915	GAA	2	6	1263248	1263253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8081	NC_016915	AAAAGA	2	12	1263256	1263267	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8082	NC_016915	ATA	3	9	1263888	1263896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8083	NC_016915	ATA	2	6	1263929	1263934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8084	NC_016915	TAT	2	6	1263944	1263949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8100	NC_016915	TTCA	2	8	1267036	1267043	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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8102	NC_016915	ATA	2	6	1267123	1267128	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8103	NC_016915	ATTC	2	8	1267145	1267152	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8104	NC_016915	ATTT	2	8	1267190	1267197	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8105	NC_016915	CAT	2	6	1267213	1267218	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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8108	NC_016915	T	7	7	1267421	1267427	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8109	NC_016915	T	6	6	1267477	1267482	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8110	NC_016915	TTC	2	6	1267507	1267512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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8113	NC_016915	ACT	2	6	1267558	1267563	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8114	NC_016915	ACC	2	6	1267568	1267573	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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8119	NC_016915	ATA	2	6	1270378	1270383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8128	NC_016915	TATT	2	8	1270625	1270632	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8129	NC_016915	TAA	2	6	1270663	1270668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8130	NC_016915	ATA	2	6	1270707	1270712	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8131	NC_016915	TTA	2	6	1270715	1270720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8132	NC_016915	A	6	6	1270720	1270725	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.