MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq202

Total Repeats: 438

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016819	ACT	2	6	198	203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016819	CAT	2	6	204	209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016819	AGC	2	6	394	399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_016819	A	6	6	418	423	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016819	TGG	2	6	513	518	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016819	CGC	2	6	545	550	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_016819	ATG	2	6	559	564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016819	GCA	3	9	570	578	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_016819	GAT	2	6	1816	1821	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016819	TAA	2	6	1868	1873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016819	TTA	2	6	1881	1886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016819	TCA	2	6	1973	1978	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016819	TAAT	2	8	1990	1997	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016819	CATA	2	8	2044	2051	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_016819	TAA	2	6	2057	2062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016819	CT	3	6	2095	2100	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_016819	TTA	2	6	2128	2133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016819	CAA	3	9	2163	2171	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016819	GAA	2	6	2183	2188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016819	TTA	2	6	2236	2241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016819	TTA	2	6	2250	2255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016819	CAT	2	6	2256	2261	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_016819	TAAAA	2	10	2301	2310	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016819	GGGGA	2	10	2361	2370	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016819	TGG	2	6	2380	2385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016819	GCA	2	6	2428	2433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016819	CATA	2	8	2435	2442	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_016819	ATA	2	6	3410	3415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016819	TAAT	2	8	3449	3456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016819	TTA	2	6	3473	3478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016819	GCC	2	6	3493	3498	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_016819	AAT	2	6	3535	3540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016819	AAT	2	6	3563	3568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016819	ATT	2	6	3628	3633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016819	ACA	2	6	3638	3643	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016819	AC	3	6	3657	3662	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_016819	G	6	6	3702	3707	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016819	CTGGG	2	10	3749	3758	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016819	GTT	2	6	3785	3790	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016819	T	6	6	3818	3823	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016819	CGG	2	6	3897	3902	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_016819	CGT	2	6	3928	3933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_016819	CAG	2	6	4009	4014	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_016819	GC	3	6	4041	4046	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_016819	A	6	6	4501	4506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016819	GAG	2	6	4651	4656	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016819	AGC	2	6	5788	5793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_016819	TAA	2	6	5809	5814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016819	AG	3	6	5825	5830	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016819	AG	3	6	5902	5907	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016819	ACT	2	6	6033	6038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016819	G	6	6	6040	6045	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016819	AC	3	6	6056	6061	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_016819	AAC	2	6	6063	6068	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016819	CAG	2	6	6094	6099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016819	A	7	7	6191	6197	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016819	CTG	2	6	6200	6205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_016819	ACA	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_016819	TC	3	6	7333	7338	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_016819	GTT	2	6	7419	7424	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016819	TTA	2	6	7525	7530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016819	CAT	2	6	7637	7642	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_016819	ATTT	2	8	7674	7681	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016819	TGA	2	6	7729	7734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016819	ACTC	2	8	7741	7748	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_016819	TCAC	2	8	7762	7769	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_016819	CT	3	6	7807	7812	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_016819	GAT	2	6	7910	7915	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016819	TTA	2	6	7928	7933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016819	GAG	2	6	7990	7995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016819	ATG	2	6	8039	8044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016819	TTG	2	6	8820	8825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016819	TTA	2	6	8829	8834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016819	CCG	2	6	8840	8845	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_016819	TTTGT	2	10	8863	8872	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016819	T	6	6	9283	9288	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016819	TAT	2	6	9290	9295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016819	A	6	6	9344	9349	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016819	ACT	2	6	9397	9402	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_016819	GTT	2	6	9433	9438	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016819	TAT	2	6	9528	9533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016819	AAT	2	6	9646	9651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016819	TAT	2	6	9689	9694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016819	TTA	2	6	9709	9714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016819	AGT	2	6	9736	9741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016819	AAG	2	6	9749	9754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016819	TGA	2	6	9773	9778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016819	T	8	8	9787	9794	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016819	TAT	2	6	9802	9807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016819	GTCC	2	8	9817	9824	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_016819	TAAA	2	8	9825	9832	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016819	AC	3	6	9886	9891	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_016819	CT	3	6	9904	9909	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_016819	GAT	2	6	10119	10124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016819	ACA	2	6	10148	10153	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016819	AT	3	6	10232	10237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016819	CCTG	2	8	11273	11280	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_016819	AACT	2	8	11303	11310	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_016819	GTTAAC	2	12	11401	11412	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_016819	AG	3	6	12755	12760	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016819	TGA	2	6	14232	14237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016819	TTA	2	6	14246	14251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016819	ATAA	2	8	14298	14305	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016819	AAG	2	6	14307	14312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016819	G	6	6	16327	16332	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016819	ATAA	2	8	16333	16340	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016819	TAAT	2	8	16688	16695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016819	TAAA	2	8	16795	16802	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016819	ATC	2	6	16804	16809	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_016819	T	7	7	16829	16835	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016819	GTA	2	6	16861	16866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016819	TGTGT	2	10	16882	16891	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016819	TGAG	2	8	16934	16941	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016819	ACT	2	6	17884	17889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_016819	ATA	2	6	17922	17927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016819	GGC	2	6	17929	17934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016819	CCG	2	6	17940	17945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_016819	A	6	6	17986	17991	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016819	AAT	2	6	18002	18007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016819	GCC	2	6	18042	18047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_016819	TAT	2	6	18050	18055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016819	AAGT	2	8	18062	18069	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016819	GAC	2	6	18101	18106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_016819	TCA	2	6	18927	18932	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016819	GAA	2	6	19019	19024	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016819	GAT	2	6	19073	19078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016819	TGC	2	6	19086	19091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_016819	A	6	6	19140	19145	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016819	TGA	2	6	19167	19172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016819	GATTG	2	10	19196	19205	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016819	T	6	6	20448	20453	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016819	CAG	2	6	23483	23488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_016819	CAG	2	6	23500	23505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_016819	TCC	2	6	23803	23808	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_016819	T	6	6	23825	23830	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016819	TAA	2	6	23855	23860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016819	AACA	2	8	23865	23872	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_016819	AT	3	6	23876	23881	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016819	ATA	2	6	23919	23924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016819	TTCT	2	8	23992	23999	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_016819	A	8	8	24060	24067	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016819	AAT	2	6	24073	24078	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016819	TAA	2	6	24084	24089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016819	TCAT	2	8	24109	24116	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_016819	ATC	2	6	25261	25266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_016819	ATG	2	6	25810	25815	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016819	TCT	2	6	25878	25883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_016819	TCA	2	6	25896	25901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_016819	TAA	2	6	25986	25991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016819	A	6	6	25990	25995	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016819	TCAAA	2	10	26007	26016	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_016819	AAT	2	6	26017	26022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016819	ATT	2	6	26040	26045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_016819	AT	3	6	26068	26073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_016819	T	6	6	26101	26106	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_016819	TAA	2	6	26131	26136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_016819	ATA	2	6	26199	26204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_016819	T	7	7	26294	26300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_016819	AG	3	6	26605	26610	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_016819	TATTT	2	10	29262	29271	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_016819	CGT	2	6	29276	29281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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163	NC_016819	AAGGA	2	10	30305	30314	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
164	NC_016819	CGC	2	6	31041	31046	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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166	NC_016819	G	6	6	31798	31803	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
167	NC_016819	GA	3	6	31806	31811	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
168	NC_016819	CGG	2	6	31828	31833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_016819	G	7	7	31845	31851	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
170	NC_016819	CAT	2	6	33445	33450	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_016819	GCG	2	6	33457	33462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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173	NC_016819	C	6	6	34368	34373	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
174	NC_016819	ACCC	2	8	34517	34524	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
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178	NC_016819	TCA	2	6	37562	37567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_016819	TAA	2	6	37579	37584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_016819	CCG	2	6	37649	37654	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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183	NC_016819	AT	3	6	37771	37776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_016819	CAT	2	6	37804	37809	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
185	NC_016819	A	8	8	37837	37844	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_016819	AAC	2	6	37853	37858	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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188	NC_016819	ATGG	2	8	37866	37873	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
189	NC_016819	TGA	2	6	37911	37916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_016819	TGT	2	6	39336	39341	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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194	NC_016819	ATT	2	6	39419	39424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_016819	AAG	2	6	39441	39446	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_016819	AAT	2	6	39536	39541	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_016819	ATT	2	6	39579	39584	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_016819	GAA	2	6	39598	39603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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230	NC_016819	GGA	2	6	46316	46321	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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239	NC_016819	TTAA	2	8	47863	47870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_016819	CAG	2	6	55594	55599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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287	NC_016819	T	6	6	56548	56553	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_016819	AAT	2	6	56587	56592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016819	T	6	6	57400	57405	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_016819	CGGA	2	8	57449	57456	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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430	NC_016819	ACC	2	6	115053	115058	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
431	NC_016819	ACAA	2	8	115159	115166	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
432	NC_016819	CTG	2	6	115213	115218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
433	NC_016819	AGG	2	6	115226	115231	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
434	NC_016819	GCCGG	2	10	115248	115257	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
435	NC_016819	CTGG	2	8	115284	115291	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
436	NC_016819	CGA	2	6	115334	115339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
437	NC_016819	ATG	2	6	115368	115373	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
438	NC_016819	GGC	2	6	115457	115462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.