MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Runella slithyformis DSM 19594 plasmid pRUNSL03

Total Repeats: 232

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015694	AT	4	8	2	9	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015694	TTA	2	6	14	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015694	TTAT	2	8	43	50	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015694	TGA	2	6	89	94	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015694	AGTT	2	8	194	201	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015694	ATA	2	6	216	221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015694	ATA	2	6	225	230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015694	AAT	2	6	233	238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015694	A	8	8	308	315	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015694	A	6	6	358	363	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015694	GTAA	2	8	374	381	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015694	AGT	2	6	397	402	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015694	GA	3	6	426	431	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015694	TA	3	6	432	437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015694	TA	4	8	460	467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015694	AAG	2	6	600	605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015694	CAAATA	2	12	609	620	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015694	AT	3	6	679	684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015694	TGTA	2	8	689	696	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015694	AAAT	2	8	713	720	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015694	AGTGTC	2	12	722	733	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015694	A	8	8	771	778	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015694	TA	3	6	848	853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015694	TA	3	6	856	861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015694	A	6	6	939	944	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015694	TTTA	2	8	1019	1026	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015694	TA	3	6	1672	1677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015694	TA	3	6	1688	1693	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015694	TA	3	6	1696	1701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015694	TA	3	6	1704	1709	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015694	GGT	2	6	2014	2019	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015694	TTCC	2	8	2062	2069	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_015694	ATT	2	6	3290	3295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015694	GAA	2	6	3303	3308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015694	TTA	2	6	3324	3329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015694	TTAA	2	8	3721	3728	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015694	AAT	2	6	3791	3796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015694	AAT	2	6	3832	3837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015694	TTTAT	2	10	3895	3904	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015694	CAC	2	6	3948	3953	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_015694	C	6	6	3981	3986	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
42	NC_015694	CGGA	2	8	5465	5472	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_015694	ATAA	2	8	5539	5546	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015694	T	7	7	5627	5633	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015694	GAT	2	6	5653	5658	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015694	GCA	2	6	5688	5693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_015694	A	6	6	5704	5709	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015694	CAT	2	6	5710	5715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015694	CAAAT	2	10	5726	5735	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015694	T	6	6	5795	5800	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015694	T	6	6	5812	5817	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015694	ATA	2	6	5839	5844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015694	AAT	2	6	6464	6469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015694	TCA	2	6	6536	6541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015694	TAA	2	6	6625	6630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015694	CAAT	2	8	6631	6638	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015694	TAT	3	9	6648	6656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015694	AT	3	6	7232	7237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015694	TTG	2	6	7821	7826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015694	GA	3	6	7913	7918	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015694	AT	3	6	7938	7943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015694	TTA	2	6	7975	7980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015694	CCT	2	6	8002	8007	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_015694	ATT	2	6	8119	8124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015694	TTA	2	6	8143	8148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015694	CCA	2	6	8158	8163	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_015694	AAAT	2	8	8167	8174	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015694	ATA	2	6	8181	8186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015694	TA	3	6	8188	8193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015694	T	7	7	8629	8635	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015694	A	6	6	8703	8708	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015694	T	6	6	8714	8719	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015694	CT	3	6	8816	8821	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_015694	CCT	2	6	8822	8827	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_015694	GTT	2	6	8929	8934	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015694	ATG	2	6	8972	8977	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015694	AGC	2	6	8993	8998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_015694	GTC	2	6	9251	9256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015694	AAAG	2	8	9290	9297	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015694	CAA	2	6	9324	9329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015694	A	6	6	9328	9333	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015694	TAAA	2	8	9334	9341	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015694	CG	3	6	9350	9355	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_015694	A	7	7	9364	9370	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015694	TTAC	2	8	10128	10135	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_015694	TTA	2	6	10145	10150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015694	GTT	2	6	10301	10306	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015694	CAGT	2	8	12420	12427	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_015694	TATTT	2	10	12448	12457	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015694	TC	3	6	12469	12474	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_015694	AAT	2	6	14494	14499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015694	TGA	2	6	14522	14527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015694	TTA	2	6	14550	14555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015694	T	6	6	14560	14565	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015694	T	8	8	14578	14585	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015694	A	6	6	14597	14602	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015694	TGCT	2	8	14957	14964	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015694	TTC	2	6	18565	18570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015694	T	8	8	18572	18579	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015694	TGA	2	6	24908	24913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015694	A	6	6	24924	24929	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015694	TCA	2	6	24930	24935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015694	AT	3	6	25537	25542	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015694	GTT	2	6	25616	25621	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015694	AAC	2	6	25655	25660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_015694	TA	3	6	26284	26289	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015694	CTT	2	6	26326	26331	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015694	TTA	2	6	26332	26337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015694	CTG	2	6	26345	26350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_015694	GCC	2	6	26406	26411	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_015694	ACTTT	2	10	26421	26430	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_015694	TTC	2	6	26457	26462	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015694	CTG	2	6	26491	26496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015694	GGT	2	6	26507	26512	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015694	TAA	3	9	26523	26531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015694	AGC	2	6	27375	27380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_015694	CTATA	2	10	27456	27465	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015694	CAAT	2	8	27470	27477	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_015694	C	7	7	27503	27509	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
120	NC_015694	ATT	2	6	27547	27552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015694	TAA	2	6	28046	28051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015694	A	6	6	28050	28055	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015694	ATG	2	6	28096	28101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015694	GAA	2	6	28142	28147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015694	A	7	7	30863	30869	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015694	CAA	2	6	30880	30885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015694	AAACCT	2	12	31355	31366	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_015694	TTA	2	6	32610	32615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015694	TA	3	6	32614	32619	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015694	ATT	2	6	32706	32711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015694	GTT	2	6	32742	32747	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015694	AT	3	6	32777	32782	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015694	GCT	2	6	32805	32810	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_015694	TAG	2	6	32842	32847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015694	GTA	2	6	32877	32882	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015694	CTA	2	6	32937	32942	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_015694	AGCGAG	2	12	32971	32982	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_015694	AAG	2	6	33024	33029	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015694	CTT	2	6	33091	33096	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_015694	TA	4	8	33097	33104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015694	AG	3	6	33130	33135	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015694	TAG	2	6	33187	33192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015694	ATA	2	6	33202	33207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015694	ACT	2	6	33216	33221	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015694	TAG	2	6	33254	33259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015694	A	7	7	33328	33334	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015694	TGAT	2	8	33483	33490	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015694	TTG	2	6	33540	33545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015694	TTC	2	6	33593	33598	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_015694	ATT	2	6	33618	33623	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015694	T	6	6	33622	33627	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015694	CAC	2	6	33679	33684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_015694	TA	3	6	37619	37624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015694	TAT	2	6	37636	37641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_015694	ATT	2	6	37651	37656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_015694	TA	3	6	37693	37698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_015694	AG	3	6	37720	37725	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015694	TAT	2	6	37731	37736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_015694	TA	3	6	37812	37817	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015694	ATTCC	2	10	37825	37834	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
162	NC_015694	TGT	2	6	37839	37844	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015694	TTG	2	6	43081	43086	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_015694	TGG	2	6	44056	44061	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_015694	AGA	2	6	44208	44213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
173	NC_015694	TTG	2	6	44217	44222	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_015694	A	6	6	44283	44288	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_015694	TGA	2	6	44318	44323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_015694	GCT	2	6	46596	46601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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186	NC_015694	T	7	7	46806	46812	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_015694	T	7	7	52090	52096	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_015694	A	7	7	52098	52104	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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190	NC_015694	AAG	2	6	52230	52235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_015694	A	6	6	62544	62549	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.