MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 chromosome

Total Repeats: 5442

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3001	NC_013501	TCG	2	6	1888004	1888009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3002	NC_013501	TCGC	3	12	1888066	1888077	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3003	NC_013501	CGG	2	6	1888182	1888187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3004	NC_013501	CAA	2	6	1888209	1888214	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3005	NC_013501	CGG	2	6	1888445	1888450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3006	NC_013501	CAA	2	6	1888472	1888477	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3007	NC_013501	GCA	2	6	1888588	1888593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3008	NC_013501	AGC	2	6	1888594	1888599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3009	NC_013501	AT	3	6	1888774	1888779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3010	NC_013501	CGG	2	6	1888847	1888852	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3011	NC_013501	CAA	2	6	1888997	1889002	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3012	NC_013501	A	7	7	1889066	1889072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3013	NC_013501	AGT	2	6	1889189	1889194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3014	NC_013501	CGT	2	6	1889272	1889277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3015	NC_013501	AAC	2	6	1889303	1889308	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3016	NC_013501	AGC	2	6	1889375	1889380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3017	NC_013501	CTT	2	6	1889466	1889471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3018	NC_013501	TCC	2	6	1889594	1889599	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3019	NC_013501	TGT	2	6	1889604	1889609	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3020	NC_013501	TCG	2	6	1889714	1889719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3021	NC_013501	CG	4	8	1889721	1889728	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3022	NC_013501	TAT	2	6	1889808	1889813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3023	NC_013501	GTC	2	6	1889847	1889852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3024	NC_013501	TTA	2	6	1889894	1889899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3025	NC_013501	ACA	2	6	1889925	1889930	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3026	NC_013501	CGA	2	6	1889985	1889990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3027	NC_013501	AGG	2	6	1890021	1890026	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3028	NC_013501	ATTG	2	8	1897011	1897018	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3029	NC_013501	CTT	2	6	1899465	1899470	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3030	NC_013501	CCTT	2	8	1900031	1900038	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3031	NC_013501	CTC	2	6	1906443	1906448	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3032	NC_013501	ACG	2	6	1907520	1907525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3033	NC_013501	A	6	6	1907573	1907578	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3034	NC_013501	T	8	8	1907579	1907586	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3035	NC_013501	CTCTC	2	10	1908462	1908471	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
3036	NC_013501	CTGC	2	8	1908586	1908593	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3037	NC_013501	CGTT	2	8	1908609	1908616	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3038	NC_013501	GCC	2	6	1908656	1908661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3039	NC_013501	CCGG	2	8	1912958	1912965	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3040	NC_013501	ACA	2	6	1913001	1913006	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3041	NC_013501	CCCG	2	8	1913028	1913035	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
3042	NC_013501	GATG	2	8	1913167	1913174	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
3043	NC_013501	CGA	2	6	1913200	1913205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3044	NC_013501	CCA	2	6	1913227	1913232	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3045	NC_013501	CTG	2	6	1913281	1913286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3046	NC_013501	TCC	2	6	1915850	1915855	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3047	NC_013501	CGAC	2	8	1916799	1916806	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3048	NC_013501	C	6	6	1916875	1916880	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
3049	NC_013501	CCT	2	6	1916914	1916919	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3050	NC_013501	GTA	2	6	1916985	1916990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3051	NC_013501	T	6	6	1918401	1918406	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3052	NC_013501	GCA	2	6	1918431	1918436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3053	NC_013501	CCTT	2	8	1923300	1923307	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3054	NC_013501	A	6	6	1927040	1927045	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3055	NC_013501	CGTTT	2	10	1927216	1927225	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3056	NC_013501	A	6	6	1927252	1927257	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3057	NC_013501	A	7	7	1928996	1929002	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3058	NC_013501	TTCC	2	8	1929048	1929055	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3059	NC_013501	TTC	2	6	1929314	1929319	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3060	NC_013501	CTT	2	6	1929876	1929881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3061	NC_013501	GAA	2	6	1929904	1929909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3062	NC_013501	GC	3	6	1929912	1929917	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3063	NC_013501	GCCG	2	8	1931370	1931377	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3064	NC_013501	TCA	2	6	1931420	1931425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3065	NC_013501	GCCGC	2	10	1931553	1931562	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3066	NC_013501	TCC	2	6	1931566	1931571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3067	NC_013501	AGC	2	6	1931606	1931611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3068	NC_013501	TGA	2	6	1931648	1931653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3069	NC_013501	TCA	3	9	1931676	1931684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3070	NC_013501	CGG	2	6	1932872	1932877	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3071	NC_013501	GTT	2	6	1932969	1932974	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3072	NC_013501	CTG	2	6	1932994	1932999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3073	NC_013501	GTG	2	6	1936037	1936042	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3074	NC_013501	TCCGG	2	10	1936043	1936052	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3075	NC_013501	GCC	2	6	1936062	1936067	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3076	NC_013501	CGC	2	6	1936071	1936076	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3077	NC_013501	TCG	2	6	1936886	1936891	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3078	NC_013501	TTG	2	6	1936896	1936901	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3079	NC_013501	CGG	2	6	1936936	1936941	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3080	NC_013501	GCA	2	6	1936995	1937000	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3081	NC_013501	TGC	2	6	1939886	1939891	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3082	NC_013501	A	7	7	1939961	1939967	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3083	NC_013501	GC	3	6	1940001	1940006	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3084	NC_013501	GCT	2	6	1940040	1940045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3085	NC_013501	ACC	3	9	1940066	1940074	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3086	NC_013501	ATC	2	6	1940285	1940290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3087	NC_013501	TTC	2	6	1940298	1940303	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3088	NC_013501	ACC	2	6	1940313	1940318	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3089	NC_013501	TC	3	6	1940324	1940329	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3090	NC_013501	ATG	2	6	1940415	1940420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3091	NC_013501	TGT	4	12	1940445	1940456	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3092	NC_013501	G	7	7	1940469	1940475	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3093	NC_013501	AGC	2	6	1940501	1940506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3094	NC_013501	AGC	2	6	1940518	1940523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3095	NC_013501	T	6	6	1940572	1940577	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3096	NC_013501	GGGC	2	8	1945017	1945024	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
3097	NC_013501	CCG	2	6	1947449	1947454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3098	NC_013501	GC	4	8	1947476	1947483	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3099	NC_013501	ATCT	2	8	1947535	1947542	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3100	NC_013501	ACG	2	6	1948517	1948522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3101	NC_013501	AAC	2	6	1951069	1951074	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3102	NC_013501	T	6	6	1952514	1952519	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3103	NC_013501	TTCC	2	8	1952532	1952539	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3104	NC_013501	CCAAC	2	10	1952598	1952607	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
3105	NC_013501	CGT	2	6	1955275	1955280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3106	NC_013501	T	6	6	1957933	1957938	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3107	NC_013501	TCTT	2	8	1957946	1957953	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3108	NC_013501	T	6	6	1957952	1957957	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3109	NC_013501	A	6	6	1958010	1958015	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3110	NC_013501	ATTT	2	8	1960077	1960084	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3111	NC_013501	T	7	7	1960082	1960088	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3112	NC_013501	GTT	2	6	1960093	1960098	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3113	NC_013501	GCCG	2	8	1961560	1961567	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3114	NC_013501	TCCG	2	8	1961596	1961603	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3115	NC_013501	TTG	2	6	1961617	1961622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3116	NC_013501	CCGG	2	8	1963167	1963174	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3117	NC_013501	T	6	6	1967862	1967867	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3118	NC_013501	CCG	2	6	1967868	1967873	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3119	NC_013501	CTT	2	6	1967911	1967916	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3120	NC_013501	GGT	2	6	1967947	1967952	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3121	NC_013501	AGC	2	6	1967981	1967986	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3122	NC_013501	TGC	2	6	1972046	1972051	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3123	NC_013501	GGA	2	6	1972173	1972178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3124	NC_013501	AACGC	2	10	1972181	1972190	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
3125	NC_013501	C	6	6	1972232	1972237	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
3126	NC_013501	GTC	2	6	1972254	1972259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3127	NC_013501	GCC	2	6	1972272	1972277	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3128	NC_013501	GCT	2	6	1974906	1974911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3129	NC_013501	A	6	6	1974919	1974924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3130	NC_013501	CGGGC	2	10	1974937	1974946	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
3131	NC_013501	GGCA	2	8	1974966	1974973	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
3132	NC_013501	CAGG	2	8	1974980	1974987	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
3133	NC_013501	CTG	2	6	1975044	1975049	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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3137	NC_013501	GTTAA	2	10	1983817	1983826	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3138	NC_013501	A	6	6	1983829	1983834	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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3143	NC_013501	A	6	6	1984088	1984093	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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3145	NC_013501	A	6	6	1986773	1986778	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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3156	NC_013501	TTCCGT	2	12	1991867	1991878	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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3252	NC_013501	TC	4	8	2047483	2047490	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3253	NC_013501	GTT	2	6	2047494	2047499	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3254	NC_013501	GGCCA	2	10	2049533	2049542	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3255	NC_013501	TA	3	6	2049543	2049548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3256	NC_013501	GCC	3	9	2049582	2049590	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3257	NC_013501	AGCC	2	8	2049618	2049625	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3258	NC_013501	GC	3	6	2049653	2049658	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3259	NC_013501	TCA	2	6	2049659	2049664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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3261	NC_013501	CTG	2	6	2049700	2049705	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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3263	NC_013501	TAAA	2	8	2053125	2053132	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3264	NC_013501	TTA	2	6	2053139	2053144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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3386	NC_013501	CGCAG	2	10	2125348	2125357	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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3494	NC_013501	GGCGG	2	10	2165229	2165238	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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