MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 plasmid pRSPA04

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009432	CAG	2	6	49	54	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009432	TCC	2	6	80	85	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_009432	CT	3	6	86	91	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_009432	GCAA	2	8	148	155	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_009432	CTT	2	6	161	166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009432	G	6	6	178	183	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009432	G	9	9	198	206	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009432	C	7	7	214	220	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
9	NC_009432	GCG	2	6	2141	2146	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_009432	CTG	2	6	2150	2155	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_009432	TAGA	2	8	2485	2492	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009432	ATC	2	6	2494	2499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_009432	TGG	2	6	2505	2510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009432	GGA	2	6	2553	2558	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009432	GAC	2	6	2566	2571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_009432	AAGA	2	8	2669	2676	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009432	CG	3	6	2703	2708	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009432	GC	3	6	2726	2731	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_009432	CAG	2	6	2752	2757	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_009432	AG	3	6	2791	2796	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009432	AAG	2	6	2837	2842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009432	AAGG	2	8	2894	2901	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009432	AAG	2	6	2918	2923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009432	GGT	2	6	2984	2989	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009432	CGA	2	6	3002	3007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_009432	CGA	2	6	3089	3094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_009432	CG	3	6	3111	3116	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
28	NC_009432	ATT	2	6	6606	6611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009432	GCT	2	6	6636	6641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009432	CTG	2	6	6685	6690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_009432	TGG	2	6	6751	6756	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009432	TC	3	6	6815	6820	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_009432	TAAA	2	8	9474	9481	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009432	GCC	2	6	9488	9493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_009432	CG	3	6	9519	9524	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
36	NC_009432	CGTC	2	8	9529	9536	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_009432	CGG	2	6	10093	10098	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009432	GCG	2	6	10121	10126	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009432	ATGG	2	8	10135	10142	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009432	CCT	2	6	10203	10208	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_009432	CGT	3	9	10243	10251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009432	GTC	2	6	10280	10285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_009432	GGT	2	6	10336	10341	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009432	CACG	2	8	10346	10353	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_009432	TTC	2	6	17647	17652	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009432	TCG	2	6	17678	17683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009432	GGA	2	6	17700	17705	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009432	CGT	2	6	17727	17732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009432	GCT	2	6	17733	17738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_009432	GCC	2	6	17743	17748	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_009432	AGA	2	6	17767	17772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009432	ATG	2	6	17773	17778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009432	GGCC	2	8	17821	17828	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_009432	AGGC	2	8	23291	23298	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_009432	ACG	2	6	23332	23337	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_009432	AGA	2	6	23362	23367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009432	CGC	2	6	23426	23431	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_009432	GC	4	8	23433	23440	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_009432	CGG	2	6	23556	23561	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009432	CGC	2	6	23688	23693	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_009432	CA	3	6	23796	23801	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_009432	CG	3	6	23832	23837	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009432	A	6	6	23844	23849	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009432	GGGC	2	8	23925	23932	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
65	NC_009432	TGG	2	6	23998	24003	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009432	GAG	2	6	24006	24011	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009432	TCG	2	6	24079	24084	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_009432	CTC	2	6	24088	24093	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_009432	AAC	2	6	24734	24739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_009432	GCAG	2	8	24757	24764	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_009432	CAC	2	6	24765	24770	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_009432	CG	3	6	24791	24796	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_009432	G	6	6	24810	24815	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009432	AGCA	2	8	24890	24897	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_009432	GCC	2	6	24935	24940	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_009432	ATT	2	6	26202	26207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009432	T	6	6	26206	26211	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009432	TGC	2	6	26232	26237	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009432	TCCA	2	8	26245	26252	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_009432	GAG	2	6	26330	26335	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009432	ACG	2	6	26439	26444	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_009432	GCG	2	6	26492	26497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_009432	GGC	2	6	26506	26511	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_009432	TC	3	6	26614	26619	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_009432	TC	3	6	26627	26632	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_009432	CTG	2	6	29711	29716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009432	GCA	2	6	29729	29734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_009432	AAC	2	6	29760	29765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009432	AGG	2	6	29877	29882	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009432	ATC	2	6	29902	29907	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009432	CCG	2	6	29949	29954	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_009432	CT	3	6	29973	29978	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_009432	TTTTA	2	10	30335	30344	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009432	GCCGC	2	10	30648	30657	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
95	NC_009432	CG	3	6	30737	30742	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_009432	C	6	6	30776	30781	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
97	NC_009432	CG	3	6	30794	30799	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_009432	C	6	6	30804	30809	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
99	NC_009432	TCACCG	2	12	30815	30826	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_009432	GCAG	2	8	30854	30861	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_009432	TCC	2	6	30883	30888	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_009432	GGGCG	2	10	31859	31868	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
103	NC_009432	CCCCT	2	10	31879	31888	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
104	NC_009432	CGGG	2	8	31910	31917	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
105	NC_009432	CGC	2	6	31951	31956	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_009432	GCCGC	2	10	31963	31972	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
107	NC_009432	CG	3	6	32052	32057	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_009432	C	6	6	32091	32096	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
109	NC_009432	CG	3	6	32111	32116	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_009432	C	6	6	32121	32126	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
111	NC_009432	GCAG	2	8	32171	32178	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_009432	TCC	2	6	32200	32205	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_009432	GAA	2	6	32226	32231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009432	TTC	2	6	32304	32309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_009432	GGA	2	6	32345	32350	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009432	CAG	2	6	32448	32453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009432	GGC	2	6	32459	32464	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009432	CGC	2	6	32468	32473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_009432	GC	3	6	32475	32480	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_009432	CGG	2	6	32510	32515	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009432	AGAAGG	2	12	32539	32550	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009432	CGC	2	6	32585	32590	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_009432	GC	3	6	32589	32594	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_009432	GAT	2	6	32669	32674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009432	GAC	2	6	32691	32696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009432	GCG	2	6	32773	32778	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_009432	CCG	2	6	32831	32836	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_009432	AGCG	2	8	32925	32932	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_009432	GGCA	2	8	32979	32986	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_009432	TAT	2	6	33161	33166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009432	CGC	2	6	33184	33189	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_009432	GC	3	6	33239	33244	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_009432	CGCC	2	8	33264	33271	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
134	NC_009432	CGG	2	6	33336	33341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_009432	CGG	2	6	33346	33351	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009432	GCG	2	6	33375	33380	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_009432	TGG	2	6	33384	33389	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009432	CGC	2	6	33415	33420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_009432	CGG	2	6	33434	33439	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_009432	TGGA	2	8	33539	33546	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009432	CGG	2	6	33580	33585	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_009432	GC	3	6	33659	33664	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_009432	CCG	2	6	33708	33713	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_009432	CGC	2	6	33805	33810	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_009432	CCG	2	6	33812	33817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_009432	CGG	2	6	33827	33832	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_009432	GGC	2	6	33833	33838	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_009432	CG	3	6	33871	33876	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_009432	CCA	2	6	33901	33906	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_009432	ATCG	2	8	33924	33931	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_009432	TGTA	2	8	33955	33962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009432	ATGT	2	8	33966	33973	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009432	CG	4	8	34003	34010	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_009432	GC	3	6	34136	34141	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_009432	GAA	2	6	34215	34220	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_009432	GA	3	6	35995	36000	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
157	NC_009432	GC	3	6	36042	36047	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
158	NC_009432	GC	3	6	36095	36100	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
159	NC_009432	CGG	2	6	36102	36107	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_009432	GTC	3	9	36109	36117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_009432	GGGAC	2	10	36127	36136	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
162	NC_009432	C	6	6	36179	36184	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.