MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB1

Total Repeats: 297

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008386	CATC	2	8	51	58	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008386	GAT	2	6	63	68	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008386	TTTGG	2	10	88	97	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008386	TGG	2	6	190	195	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008386	GCA	2	6	475	480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008386	GTTT	2	8	484	491	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008386	GTC	2	6	657	662	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008386	GAAA	2	8	5026	5033	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008386	GGC	2	6	5118	5123	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008386	TGGT	2	8	6193	6200	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008386	CAC	2	6	6204	6209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_008386	CAT	2	6	6226	6231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008386	AATTC	2	10	6303	6312	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_008386	CCA	2	6	6334	6339	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_008386	CG	3	6	7541	7546	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008386	CAT	2	6	7599	7604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008386	TGC	2	6	7643	7648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008386	CGG	2	6	7661	7666	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008386	TGC	2	6	11537	11542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008386	TTG	2	6	13903	13908	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008386	TCG	3	9	18137	18145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008386	TGG	2	6	18172	18177	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008386	CGC	2	6	18195	18200	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_008386	TGA	2	6	18221	18226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008386	TCT	2	6	18258	18263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008386	CCA	2	6	18299	18304	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_008386	GTG	2	6	18452	18457	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008386	ATG	2	6	18576	18581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008386	GAC	2	6	18659	18664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008386	CGG	2	6	18724	18729	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008386	GGT	2	6	18739	18744	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008386	TCT	2	6	18866	18871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008386	ATC	2	6	18945	18950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008386	CGT	2	6	18953	18958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008386	ATG	2	6	19011	19016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008386	TGA	2	6	19028	19033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008386	GCTC	2	8	19070	19077	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_008386	TGG	2	6	19144	19149	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008386	TGC	2	6	19158	19163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008386	ATA	2	6	19365	19370	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008386	CAG	3	9	19403	19411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008386	TCT	2	6	19439	19444	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008386	GGA	2	6	19462	19467	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008386	AAT	2	6	19492	19497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008386	ACC	2	6	19538	19543	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_008386	T	7	7	19589	19595	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008386	GA	3	6	19609	19614	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008386	CGT	2	6	19689	19694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008386	AT	3	6	19879	19884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008386	AAC	2	6	19939	19944	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008386	AGCA	2	8	19949	19956	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_008386	GC	3	6	22365	22370	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_008386	CAGAG	2	10	22387	22396	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008386	AAAAG	2	10	22421	22430	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008386	TTCA	2	8	22546	22553	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_008386	AAC	2	6	22568	22573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008386	GCC	2	6	23914	23919	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_008386	AT	3	6	23927	23932	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008386	AGT	2	6	24679	24684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008386	CGG	2	6	24733	24738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008386	AGA	2	6	26446	26451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008386	CCG	2	6	26494	26499	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_008386	TCG	2	6	28236	28241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008386	C	6	6	28292	28297	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
65	NC_008386	CAG	2	6	28327	28332	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008386	AAG	2	6	28345	28350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008386	ATGC	2	8	28467	28474	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008386	GCGA	2	8	28487	28494	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_008386	GCT	2	6	29383	29388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008386	GT	3	6	29429	29434	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008386	ATAAG	2	10	35509	35518	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008386	CG	3	6	35552	35557	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008386	GC	3	6	36107	36112	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008386	TAC	2	6	40722	40727	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008386	ATCT	2	8	41827	41834	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_008386	AGG	2	6	46452	46457	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008386	T	6	6	46460	46465	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008386	TGCA	2	8	46486	46493	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_008386	GA	3	6	46642	46647	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008386	GAC	2	6	46651	46656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008386	GATT	2	8	46675	46682	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008386	ATT	2	6	48926	48931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008386	ATC	2	6	49147	49152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008386	CAG	2	6	49194	49199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008386	GT	3	6	49247	49252	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008386	CTGC	2	8	49271	49278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_008386	CTG	2	6	50975	50980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008386	GAGG	2	8	51004	51011	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008386	ATA	2	6	51204	51209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008386	GTCT	2	8	51214	51221	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_008386	CG	3	6	51242	51247	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008386	CAAA	2	8	51322	51329	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008386	CAG	2	6	51431	51436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008386	GTT	2	6	51497	51502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008386	TTA	2	6	51540	51545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008386	TGG	2	6	51569	51574	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008386	A	7	7	51622	51628	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008386	T	7	7	51694	51700	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008386	TTC	2	6	51723	51728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008386	AT	3	6	51786	51791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008386	CG	3	6	51805	51810	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008386	ATTG	2	8	51813	51820	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008386	GCC	2	6	51950	51955	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_008386	CGC	2	6	51967	51972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_008386	TTC	2	6	52050	52055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008386	GAC	2	6	52089	52094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008386	ATG	2	6	52102	52107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008386	ACTTT	2	10	52123	52132	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_008386	TGA	2	6	52221	52226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008386	GTA	2	6	52291	52296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008386	AGA	2	6	52530	52535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008386	GGA	2	6	52547	52552	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008386	TTA	2	6	52565	52570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008386	CGA	2	6	52572	52577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008386	TCAA	2	8	52590	52597	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008386	GAT	2	6	60375	60380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008386	T	6	6	60502	60507	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008386	CGGT	2	8	60950	60957	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008386	TTTG	2	8	61193	61200	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008386	GGC	2	6	62736	62741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008386	TGT	2	6	62746	62751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008386	CCGG	2	8	62760	62767	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008386	TAGG	2	8	62806	62813	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008386	CGC	2	6	62991	62996	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_008386	ACC	2	6	63461	63466	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_008386	CTG	2	6	63469	63474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008386	CCA	2	6	63481	63486	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_008386	ATGA	2	8	63524	63531	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008386	AGC	2	6	66321	66326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_008386	GCC	2	6	66330	66335	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_008386	TTC	2	6	66338	66343	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_008386	TTC	2	6	66363	66368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_008386	TTA	2	6	66421	66426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008386	TTG	2	6	66441	66446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008386	CAA	2	6	66459	66464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_008386	TTG	2	6	67189	67194	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008386	AAG	2	6	67212	67217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008386	GGT	2	6	67219	67224	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008386	TA	4	8	67352	67359	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008386	ACAGA	2	10	67561	67570	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_008386	GCG	2	6	68099	68104	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_008386	GCC	2	6	68183	68188	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_008386	ACA	2	6	68193	68198	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_008386	GCC	2	6	68203	68208	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_008386	GCC	2	6	68230	68235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_008386	AAT	2	6	68272	68277	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_008386	AT	3	6	101106	101111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_008386	GCG	2	6	101697	101702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
289	NC_008386	GC	3	6	101713	101718	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
290	NC_008386	A	6	6	101777	101782	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_008386	CAG	2	6	101811	101816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
292	NC_008386	GCG	2	6	101822	101827	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
293	NC_008386	CGGTGC	2	12	101828	101839	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
294	NC_008386	TCTG	2	8	106227	106234	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
295	NC_008386	CGG	2	6	106266	106271	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
296	NC_008386	CAT	2	6	106402	106407	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
297	NC_008386	ACC	2	6	106460	106465	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.