MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 mega plasmid

Total Repeats: 1978

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_008043	GA	3	6	621850	621855	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1502	NC_008043	TTG	2	6	621944	621949	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1503	NC_008043	GAT	2	6	622032	622037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1504	NC_008043	ACAG	2	8	622093	622100	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1505	NC_008043	AAT	2	6	622103	622108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1506	NC_008043	GGATT	2	10	622164	622173	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
1507	NC_008043	AGC	2	6	622219	622224	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1508	NC_008043	GCT	2	6	622229	622234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1509	NC_008043	GAAC	2	8	622263	622270	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1510	NC_008043	GGC	2	6	622274	622279	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1511	NC_008043	CGAG	2	8	622299	622306	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1512	NC_008043	GCG	2	6	622320	622325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1513	NC_008043	TGG	2	6	622457	622462	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1514	NC_008043	GAT	2	6	622506	622511	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1515	NC_008043	GCA	2	6	622555	622560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1516	NC_008043	GTGA	2	8	622608	622615	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1517	NC_008043	GAT	2	6	622651	622656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1518	NC_008043	CAG	2	6	622698	622703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1519	NC_008043	GTT	2	6	622729	622734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1520	NC_008043	GC	3	6	622754	622759	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1521	NC_008043	GA	3	6	622839	622844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1522	NC_008043	GGA	2	6	622889	622894	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1523	NC_008043	GGC	2	6	622909	622914	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1524	NC_008043	GTC	2	6	623008	623013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1525	NC_008043	AC	3	6	623034	623039	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1526	NC_008043	AG	3	6	623188	623193	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1527	NC_008043	TGC	2	6	623227	623232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1528	NC_008043	GTC	2	6	623239	623244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1529	NC_008043	TCGTG	2	10	623248	623257	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
1530	NC_008043	CAG	2	6	623307	623312	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1531	NC_008043	GGA	2	6	623352	623357	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1532	NC_008043	AC	3	6	623403	623408	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1533	NC_008043	A	6	6	623442	623447	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1534	NC_008043	AC	3	6	623550	623555	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1535	NC_008043	CGA	2	6	623587	623592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1536	NC_008043	G	6	6	623609	623614	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1537	NC_008043	GGC	2	6	623617	623622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1538	NC_008043	CCT	2	6	623691	623696	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1539	NC_008043	GAT	2	6	623704	623709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1540	NC_008043	AGA	2	6	623752	623757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1541	NC_008043	CAAA	2	8	623762	623769	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1542	NC_008043	CATCA	2	10	623773	623782	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
1543	NC_008043	GTCT	2	8	623831	623838	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1544	NC_008043	GGT	2	6	623853	623858	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1545	NC_008043	TCC	2	6	623899	623904	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1546	NC_008043	ATT	2	6	623915	623920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1547	NC_008043	GTCA	2	8	623926	623933	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1548	NC_008043	AGG	2	6	624021	624026	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1549	NC_008043	TCC	2	6	624039	624044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1550	NC_008043	CCA	2	6	624051	624056	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1551	NC_008043	CG	3	6	624141	624146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1552	NC_008043	GGT	2	6	624147	624152	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1553	NC_008043	AG	3	6	624206	624211	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1554	NC_008043	CAA	2	6	624218	624223	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1555	NC_008043	TCC	2	6	624233	624238	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1556	NC_008043	TGCC	2	8	624328	624335	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1557	NC_008043	AGT	2	6	624345	624350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1558	NC_008043	CAAGT	2	10	624355	624364	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
1559	NC_008043	TTC	2	6	624400	624405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1560	NC_008043	AAG	2	6	624434	624439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1561	NC_008043	GATCA	2	10	624601	624610	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
1562	NC_008043	TGG	2	6	624628	624633	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1563	NC_008043	ATA	2	6	624751	624756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1564	NC_008043	TGC	2	6	624768	624773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1565	NC_008043	TTA	2	6	624797	624802	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1566	NC_008043	GGA	2	6	624859	624864	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1567	NC_008043	TAG	2	6	624888	624893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1568	NC_008043	GCGA	2	8	624896	624903	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1569	NC_008043	TGA	2	6	624922	624927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1570	NC_008043	GGA	2	6	625038	625043	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1571	NC_008043	CGA	2	6	625118	625123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1572	NC_008043	G	6	6	625486	625491	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1573	NC_008043	AC	3	6	625574	625579	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1574	NC_008043	AAC	2	6	625611	625616	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1575	NC_008043	AGG	2	6	625685	625690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1576	NC_008043	AGC	2	6	625701	625706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1577	NC_008043	GCG	2	6	625756	625761	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1578	NC_008043	AGCCGA	2	12	625787	625798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1579	NC_008043	CTC	2	6	625846	625851	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1580	NC_008043	GGA	2	6	625873	625878	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1581	NC_008043	GA	3	6	625919	625924	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1582	NC_008043	ATG	2	6	625937	625942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1583	NC_008043	GA	3	6	625966	625971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1584	NC_008043	AGG	2	6	626089	626094	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1585	NC_008043	GTT	2	6	626113	626118	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1586	NC_008043	GGGC	2	8	626134	626141	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1587	NC_008043	GA	3	6	626227	626232	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1588	NC_008043	AGG	2	6	626279	626284	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1589	NC_008043	TTA	2	6	626339	626344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1590	NC_008043	GAC	2	6	626372	626377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1591	NC_008043	AGG	2	6	626417	626422	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1592	NC_008043	CGG	2	6	626454	626459	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1593	NC_008043	AATTG	2	10	626566	626575	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
1594	NC_008043	TAC	2	6	626628	626633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1595	NC_008043	GGT	2	6	626672	626677	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1596	NC_008043	ACC	2	6	626725	626730	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1597	NC_008043	CCT	2	6	626812	626817	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1598	NC_008043	GC	3	6	626832	626837	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1599	NC_008043	GCCT	2	8	626889	626896	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1600	NC_008043	GGT	2	6	626948	626953	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1601	NC_008043	CTCAT	2	10	627062	627071	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
1602	NC_008043	CGT	2	6	627143	627148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1603	NC_008043	GAG	2	6	627192	627197	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1604	NC_008043	TGG	2	6	627236	627241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1605	NC_008043	C	6	6	627319	627324	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1606	NC_008043	ACC	2	6	627357	627362	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1607	NC_008043	GCA	2	6	627388	627393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1608	NC_008043	TGATC	2	10	627432	627441	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
1609	NC_008043	AAAAC	2	10	627472	627481	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
1610	NC_008043	TGA	3	9	627521	627529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1611	NC_008043	ATC	2	6	627532	627537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1612	NC_008043	ACAT	2	8	627568	627575	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1613	NC_008043	TGG	2	6	627684	627689	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1614	NC_008043	TAA	2	6	627798	627803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1615	NC_008043	AAAT	2	8	627810	627817	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1616	NC_008043	CT	3	6	627819	627824	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1617	NC_008043	A	7	7	627829	627835	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1618	NC_008043	ACAA	2	8	627840	627847	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1619	NC_008043	AGC	2	6	627858	627863	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1620	NC_008043	CCTCG	2	10	627954	627963	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
1621	NC_008043	TTGCG	2	10	627974	627983	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
1622	NC_008043	AACGGC	2	12	628039	628050	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1623	NC_008043	ATA	2	6	628169	628174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1624	NC_008043	TCT	2	6	630864	630869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1625	NC_008043	TCC	2	6	630908	630913	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1626	NC_008043	ATCA	2	8	630939	630946	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1627	NC_008043	GGA	2	6	631033	631038	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1628	NC_008043	ACG	2	6	631075	631080	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1629	NC_008043	TG	3	6	631082	631087	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1630	NC_008043	TAT	2	6	631091	631096	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1631	NC_008043	AGC	2	6	631117	631122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1632	NC_008043	TGC	2	6	631146	631151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1633	NC_008043	G	6	6	632378	632383	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1634	NC_008043	C	6	6	632394	632399	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1635	NC_008043	CG	3	6	632403	632408	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1636	NC_008043	GCC	2	6	632418	632423	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1637	NC_008043	CGG	2	6	632480	632485	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1638	NC_008043	GCA	2	6	632487	632492	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1640	NC_008043	CG	3	6	632830	632835	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1641	NC_008043	GAA	2	6	633194	633199	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1642	NC_008043	TAATG	2	10	633942	633951	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
1643	NC_008043	GC	3	6	633972	633977	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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1646	NC_008043	ACGTA	2	10	634049	634058	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
1647	NC_008043	CGTA	2	8	634083	634090	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1648	NC_008043	CAAAT	2	10	635502	635511	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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1946	NC_008043	GGC	3	9	806279	806287	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1961	NC_008043	CG	3	6	812364	812369	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1962	NC_008043	GC	3	6	812394	812399	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1963	NC_008043	CCG	2	6	812405	812410	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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1966	NC_008043	GTC	2	6	815340	815345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.