MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 plasmid unnamed

Total Repeats: 151

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007641	ACG	2	6	45	50	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_007641	GAG	2	6	76	81	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007641	CTC	2	6	118	123	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_007641	AT	3	6	175	180	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007641	GGT	2	6	247	252	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007641	TTA	2	6	1237	1242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007641	A	6	6	1246	1251	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007641	A	6	6	1271	1276	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007641	CAA	2	6	3019	3024	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_007641	ATT	2	6	5192	5197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007641	CAGA	2	8	5218	5225	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_007641	ATC	2	6	10031	10036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_007641	GTC	2	6	10062	10067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_007641	CCCT	2	8	10091	10098	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
15	NC_007641	TTG	2	6	10115	10120	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007641	CCCT	2	8	10129	10136	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_007641	CGA	2	6	10158	10163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_007641	GCC	2	6	10164	10169	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_007641	CTT	2	6	10213	10218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_007641	CCT	2	6	10342	10347	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_007641	CG	4	8	10360	10367	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007641	C	6	6	10399	10404	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
23	NC_007641	GTG	2	6	10407	10412	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007641	GAT	2	6	10431	10436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007641	CAT	2	6	10463	10468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007641	GGC	2	6	10474	10479	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_007641	GGT	2	6	10490	10495	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007641	CGA	2	6	10499	10504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_007641	CGC	2	6	10828	10833	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_007641	ACGGCG	2	12	11790	11801	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007641	CGC	2	6	11856	11861	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_007641	CTT	2	6	11862	11867	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_007641	CAT	2	6	11873	11878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_007641	TG	4	8	11992	11999	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007641	AGGA	2	8	12040	12047	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007641	CTT	2	6	12063	12068	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_007641	TCC	2	6	12099	12104	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_007641	TTA	2	6	12105	12110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007641	GCCC	2	8	12143	12150	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
40	NC_007641	TATT	2	8	12220	12227	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007641	TTG	2	6	12279	12284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007641	TAC	2	6	12297	12302	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_007641	TG	3	6	12315	12320	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007641	A	6	6	12466	12471	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007641	TTG	2	6	13040	13045	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007641	GC	3	6	13355	13360	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_007641	CTG	2	6	13373	13378	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_007641	CGAGGT	2	12	13381	13392	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_007641	GGT	2	6	13397	13402	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007641	AAG	2	6	13679	13684	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007641	CCTT	2	8	13706	13713	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007641	GCG	2	6	15023	15028	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007641	TCG	2	6	15352	15357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_007641	ACC	2	6	15361	15366	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_007641	GCC	2	6	15377	15382	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_007641	GAT	2	6	15387	15392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007641	CAT	2	6	15419	15424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_007641	G	6	6	15452	15457	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007641	CA	3	6	16176	16181	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_007641	CGAG	2	8	16234	16241	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_007641	CAG	2	6	16257	16262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_007641	CGG	2	6	16322	16327	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_007641	GTT	2	6	16338	16343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007641	CTT	2	6	16372	16377	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_007641	TTC	2	6	17393	17398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_007641	TGGC	2	8	18189	18196	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_007641	ATC	2	6	18223	18228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_007641	CCG	2	6	20494	20499	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_007641	CG	3	6	20498	20503	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_007641	CGC	2	6	20515	20520	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_007641	GCGT	2	8	20546	20553	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007641	ATCT	2	8	20635	20642	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_007641	TG	3	6	20701	20706	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007641	ATC	2	6	20720	20725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_007641	GTTC	2	8	20754	20761	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007641	TGTT	2	8	20784	20791	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007641	TG	3	6	20814	20819	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007641	TTC	2	6	20852	20857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_007641	GCG	2	6	20909	20914	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_007641	CA	3	6	20997	21002	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_007641	GCG	3	9	21289	21297	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_007641	TCCC	2	8	21720	21727	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_007641	GGC	2	6	21764	21769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007641	CGGC	2	8	21772	21779	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_007641	GCCG	2	8	22433	22440	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_007641	AAG	2	6	22482	22487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007641	T	6	6	22516	22521	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007641	TTTC	2	8	22524	22531	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_007641	TG	3	6	22648	22653	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007641	GT	4	8	22668	22675	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007641	TG	3	6	22711	22716	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007641	GCC	2	6	22762	22767	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_007641	TCG	2	6	22780	22785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_007641	GA	3	6	23788	23793	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007641	CTTT	2	8	24156	24163	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_007641	GAA	2	6	24177	24182	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007641	GCAA	2	8	24195	24202	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_007641	CT	3	6	24226	24231	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_007641	AG	3	6	24377	24382	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007641	AAG	2	6	24453	24458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007641	CTT	2	6	25279	25284	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007641	GCT	2	6	25377	25382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_007641	GGC	2	6	25400	25405	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_007641	ATGC	2	8	25423	25430	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_007641	CCCTCC	2	12	25446	25457	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
106	NC_007641	GCA	3	9	28691	28699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_007641	CA	3	6	28738	28743	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_007641	GTTA	2	8	28752	28759	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007641	TCT	2	6	28766	28771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_007641	TG	3	6	28780	28785	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007641	A	8	8	28888	28895	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007641	C	6	6	28960	28965	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
113	NC_007641	TGA	2	6	30397	30402	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007641	TCTT	2	8	30425	30432	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_007641	TCC	2	6	32003	32008	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_007641	GAG	2	6	32036	32041	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007641	CGAT	2	8	32051	32058	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_007641	GGCG	2	8	32063	32070	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
119	NC_007641	GAA	2	6	32393	32398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007641	AGGA	2	8	32406	32413	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007641	CTTT	2	8	32453	32460	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_007641	TCC	2	6	33262	33267	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_007641	TA	3	6	33271	33276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007641	GA	3	6	33296	33301	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007641	GCC	2	6	35115	35120	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_007641	ACG	2	6	35162	35167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_007641	A	6	6	35243	35248	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007641	AGG	2	6	35293	35298	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007641	CCT	2	6	35309	35314	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_007641	AAAGG	2	10	37903	37912	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007641	AC	3	6	38045	38050	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_007641	CA	3	6	38061	38066	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_007641	G	6	6	38070	38075	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007641	GAC	2	6	38104	38109	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_007641	TCT	2	6	38111	38116	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_007641	CCGGC	2	10	38134	38143	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
137	NC_007641	GCCG	2	8	38168	38175	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
138	NC_007641	CCG	2	6	38299	38304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_007641	AGG	2	6	38309	38314	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007641	TCGC	2	8	38910	38917	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_007641	CA	3	6	38954	38959	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_007641	AAGA	2	8	38987	38994	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007641	A	6	6	42361	42366	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007641	ACC	2	6	43695	43700	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_007641	CGA	2	6	44370	44375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_007641	GAC	2	6	46705	46710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_007641	GAT	2	6	48118	48123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007641	GAT	2	6	48131	48136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007641	GTCT	2	8	53624	53631	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_007641	CCG	2	6	53673	53678	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_007641	CT	3	6	53691	53696	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.