MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rickettsia felis URRWXCal2 plasmid pRFdelta

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007111	GGT	2	6	16	21	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007111	TAA	2	6	37	42	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007111	TAC	2	6	98	103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007111	TTTGT	2	10	115	124	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007111	CCT	2	6	145	150	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_007111	AT	3	6	295	300	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007111	AT	3	6	316	321	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007111	GAG	3	9	333	341	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007111	CTC	2	6	381	386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_007111	CTA	2	6	387	392	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_007111	AT	3	6	430	435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007111	CAG	2	6	469	474	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_007111	CTAT	2	8	618	625	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_007111	TA	3	6	1031	1036	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007111	AT	3	6	1111	1116	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007111	T	6	6	1153	1158	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007111	TAA	2	6	1192	1197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007111	A	7	7	1201	1207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007111	TA	3	6	1212	1217	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007111	ATA	2	6	1227	1232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007111	GTAT	2	8	1707	1714	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007111	TAT	2	6	1743	1748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007111	ATT	2	6	1782	1787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007111	AAT	2	6	1796	1801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007111	TAT	2	6	2979	2984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007111	T	6	6	2991	2996	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007111	A	6	6	3007	3012	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007111	TAAA	2	8	3015	3022	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007111	TGT	2	6	3053	3058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007111	T	6	6	3060	3065	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007111	AT	3	6	3088	3093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007111	A	6	6	3104	3109	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007111	AAAATT	2	12	3125	3136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007111	GTT	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007111	AGAT	2	8	3199	3206	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007111	ATAG	2	8	3297	3304	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007111	TAAA	2	8	3336	3343	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007111	T	7	7	3385	3391	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007111	A	6	6	3394	3399	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007111	TGG	2	6	6474	6479	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007111	TA	3	6	7715	7720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007111	TAA	2	6	7764	7769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007111	TCT	2	6	7791	7796	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007111	TAA	2	6	7812	7817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007111	TA	3	6	7828	7833	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007111	T	6	6	7883	7888	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007111	CTTT	2	8	8321	8328	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007111	TA	3	6	8952	8957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007111	TAC	2	6	9040	9045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007111	TAA	2	6	9106	9111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007111	GTT	2	6	9137	9142	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007111	TTG	2	6	9150	9155	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007111	AAGT	2	8	9170	9177	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007111	T	6	6	9177	9182	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007111	TTC	2	6	9190	9195	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_007111	TCTT	2	8	9245	9252	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_007111	AAC	2	6	9280	9285	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_007111	T	8	8	9357	9364	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007111	TTG	2	6	9374	9379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007111	CAT	2	6	9386	9391	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_007111	CAT	2	6	9399	9404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_007111	ATT	2	6	9414	9419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007111	CTC	2	6	11142	11147	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_007111	TC	3	6	11155	11160	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_007111	ATT	2	6	11167	11172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007111	TTA	2	6	11190	11195	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007111	AAC	2	6	11214	11219	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_007111	TA	3	6	11242	11247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007111	TAG	2	6	11257	11262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007111	AAC	2	6	11290	11295	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_007111	AAT	2	6	11298	11303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007111	TAT	2	6	11329	11334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007111	ATT	2	6	12957	12962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007111	AT	3	6	13218	13223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007111	ATAC	2	8	18844	18851	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007111	A	7	7	18860	18866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007111	ACT	2	6	21989	21994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_007111	TAA	2	6	21998	22003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007111	ATA	2	6	22600	22605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007111	TTA	2	6	22626	22631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007111	TAG	3	9	22637	22645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007111	ATA	2	6	22714	22719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007111	AC	3	6	22757	22762	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_007111	AAT	2	6	22771	22776	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007111	T	7	7	23931	23937	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007111	TTA	2	6	23962	23967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007111	AGT	2	6	24772	24777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007111	AAT	2	6	24831	24836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007111	ATA	2	6	24842	24847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007111	T	6	6	24864	24869	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007111	TAAA	2	8	25411	25418	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007111	AGT	2	6	26031	26036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007111	ACA	2	6	26058	26063	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_007111	GT	3	6	26622	26627	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007111	A	6	6	27343	27348	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007111	AAT	2	6	27929	27934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007111	CTAT	2	8	28056	28063	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_007111	CAA	2	6	28073	28078	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_007111	TCT	2	6	28079	28084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_007111	AGT	2	6	28117	28122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007111	TTAA	2	8	28148	28155	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007111	T	6	6	28161	28166	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007111	TACT	2	8	28168	28175	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_007111	CTT	2	6	28181	28186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_007111	ATG	2	6	28194	28199	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007111	TTA	2	6	28235	28240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007111	CTC	2	6	28255	28260	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_007111	TAA	2	6	29458	29463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007111	TTC	2	6	29485	29490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_007111	CTT	2	6	29492	29497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_007111	T	7	7	29496	29502	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007111	CTT	2	6	29574	29579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_007111	ATTTA	2	10	29661	29670	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007111	TAT	2	6	29746	29751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007111	TAG	2	6	29758	29763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007111	TAT	2	6	29790	29795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007111	CCT	2	6	29821	29826	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_007111	A	7	7	29839	29845	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007111	A	6	6	29881	29886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007111	T	7	7	29891	29897	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007111	ATT	2	6	29930	29935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007111	TA	4	8	29994	30001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007111	GAA	2	6	30026	30031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007111	ATT	2	6	30048	30053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007111	TAT	2	6	30085	30090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007111	AC	3	6	30148	30153	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_007111	CCT	2	6	31212	31217	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_007111	GTT	2	6	31224	31229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007111	AT	3	6	31233	31238	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007111	AGA	2	6	31252	31257	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007111	AGA	2	6	31286	31291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007111	GCA	2	6	31342	31347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_007111	CATT	2	8	31435	31442	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_007111	T	6	6	31455	31460	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007111	GCT	2	6	31477	31482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_007111	TCT	2	6	31483	31488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_007111	TAA	2	6	31496	31501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007111	AGCTG	2	10	34494	34503	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_007111	GATA	2	8	34511	34518	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007111	TAC	2	6	35123	35128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_007111	TAA	2	6	35958	35963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007111	TAT	2	6	35979	35984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007111	ACT	2	6	36015	36020	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_007111	ATTT	2	8	36028	36035	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007111	AAT	2	6	36177	36182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007111	AAT	3	9	36209	36217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007111	GAT	2	6	36218	36223	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007111	ACA	2	6	36226	36231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_007111	ATAC	2	8	36330	36337	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_007111	AT	3	6	36352	36357	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_007111	GAA	2	6	36378	36383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_007111	ATG	2	6	36427	36432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_007111	CAA	2	6	36444	36449	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_007111	ATT	2	6	36450	36455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_007111	ACT	2	6	36585	36590	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_007111	TAA	2	6	36662	36667	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_007111	TA	3	6	36694	36699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_007111	ATT	2	6	36720	36725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_007111	AGA	2	6	37323	37328	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_007111	CATT	2	8	37497	37504	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
161	NC_007111	T	6	6	37514	37519	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_007111	AAGTT	2	10	37520	37529	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_007111	TAT	2	6	37531	37536	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_007111	ATG	2	6	37544	37549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_007111	TTA	2	6	37560	37565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_007111	TAA	2	6	37574	37579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_007111	GTTA	2	8	37594	37601	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
168	NC_007111	ATAC	2	8	37898	37905	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
169	NC_007111	CT	3	6	37921	37926	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
170	NC_007111	TAAA	2	8	37948	37955	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_007111	GTA	2	6	37981	37986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_007111	T	7	7	38041	38047	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_007111	GAT	2	6	38083	38088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
174	NC_007111	TTTA	2	8	38102	38109	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_007111	TAC	2	6	38120	38125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
176	NC_007111	CTTT	2	8	38147	38154	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
177	NC_007111	AAT	2	6	39219	39224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_007111	T	6	6	39234	39239	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.