MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 symbiotic plasmid p42d

Total Repeats: 1675

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_004041	T	6	6	332570	332575	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1502	NC_004041	TCA	2	6	332677	332682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1503	NC_004041	CCA	2	6	332698	332703	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1504	NC_004041	ATG	2	6	332784	332789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1505	NC_004041	CGC	2	6	332838	332843	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1506	NC_004041	GTT	2	6	333035	333040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1507	NC_004041	GGT	2	6	334341	334346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1508	NC_004041	GTC	2	6	334377	334382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1509	NC_004041	CTC	2	6	335405	335410	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1510	NC_004041	GGC	2	6	336525	336530	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1511	NC_004041	ATC	2	6	336582	336587	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1512	NC_004041	GCT	2	6	336593	336598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1513	NC_004041	A	6	6	336605	336610	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1514	NC_004041	GTT	2	6	336768	336773	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1515	NC_004041	CGA	2	6	336823	336828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1516	NC_004041	GAA	2	6	336845	336850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1517	NC_004041	GCT	2	6	336963	336968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1518	NC_004041	CAT	2	6	336982	336987	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1519	NC_004041	TAA	2	6	337016	337021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1520	NC_004041	ATTG	2	8	337041	337048	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1521	NC_004041	CCA	2	6	337065	337070	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1522	NC_004041	TGT	2	6	337260	337265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1523	NC_004041	CTGG	2	8	337381	337388	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1524	NC_004041	GGAAC	2	10	337394	337403	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
1525	NC_004041	GGT	2	6	338539	338544	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1526	NC_004041	TC	3	6	338624	338629	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1527	NC_004041	TCG	2	6	338679	338684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1528	NC_004041	TTTCC	2	10	339095	339104	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
1529	NC_004041	GAA	2	6	339106	339111	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1530	NC_004041	ACCT	2	8	339115	339122	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1531	NC_004041	TTCC	2	8	339681	339688	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1532	NC_004041	GACC	2	8	340554	340561	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1533	NC_004041	GAAGC	2	10	340570	340579	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
1534	NC_004041	T	7	7	340623	340629	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1535	NC_004041	CCGC	2	8	340686	340693	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1536	NC_004041	TCG	2	6	340706	340711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1537	NC_004041	ACAT	2	8	340723	340730	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1538	NC_004041	CGC	2	6	340742	340747	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1539	NC_004041	AAG	2	6	341380	341385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1540	NC_004041	CG	4	8	341393	341400	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1541	NC_004041	TCA	2	6	341410	341415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1542	NC_004041	TCC	2	6	341426	341431	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1543	NC_004041	CGCTT	2	10	341457	341466	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
1544	NC_004041	GCT	2	6	341492	341497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1545	NC_004041	TCG	2	6	341514	341519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1546	NC_004041	CGG	2	6	341548	341553	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1547	NC_004041	ACA	2	6	341575	341580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1548	NC_004041	CGA	2	6	341581	341586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1549	NC_004041	TTC	3	9	341712	341720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1550	NC_004041	CTT	2	6	341728	341733	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1551	NC_004041	CGT	2	6	341741	341746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1552	NC_004041	AGTG	2	8	341763	341770	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1553	NC_004041	GTT	2	6	341771	341776	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1554	NC_004041	GCA	2	6	341878	341883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1555	NC_004041	TC	3	6	341888	341893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1556	NC_004041	GA	3	6	341907	341912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1557	NC_004041	TCT	2	6	345213	345218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1558	NC_004041	CCAG	2	8	345229	345236	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1559	NC_004041	TGG	2	6	345305	345310	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1560	NC_004041	GTC	2	6	345327	345332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1561	NC_004041	GAG	2	6	345367	345372	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1562	NC_004041	AGC	2	6	345491	345496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1563	NC_004041	TCC	2	6	345517	345522	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1564	NC_004041	GCT	2	6	345556	345561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1565	NC_004041	GCA	2	6	345587	345592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1566	NC_004041	CGA	2	6	345638	345643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1567	NC_004041	GAC	2	6	345645	345650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1568	NC_004041	GC	3	6	346693	346698	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1569	NC_004041	TCT	2	6	346729	346734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1570	NC_004041	ATG	2	6	346761	346766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1571	NC_004041	AAC	2	6	346767	346772	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1572	NC_004041	AAG	2	6	346807	346812	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1573	NC_004041	CAGC	2	8	348098	348105	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1574	NC_004041	GGT	2	6	350878	350883	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1575	NC_004041	ACC	2	6	350967	350972	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1576	NC_004041	AGT	2	6	351080	351085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1577	NC_004041	TCC	2	6	351106	351111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1578	NC_004041	C	12	12	351118	351129	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1579	NC_004041	GAA	2	6	351185	351190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1580	NC_004041	TCC	2	6	351717	351722	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1581	NC_004041	CCA	2	6	352197	352202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1582	NC_004041	CGC	2	6	352213	352218	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1583	NC_004041	TCC	2	6	352251	352256	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1584	NC_004041	CTT	2	6	352294	352299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1585	NC_004041	GAA	2	6	352311	352316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1586	NC_004041	CAA	2	6	352668	352673	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1587	NC_004041	CAA	2	6	352812	352817	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1588	NC_004041	GCGT	2	8	352860	352867	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1589	NC_004041	CT	3	6	352880	352885	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1590	NC_004041	TGC	2	6	352918	352923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1591	NC_004041	TGC	2	6	352997	353002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1592	NC_004041	GGC	2	6	353120	353125	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1593	NC_004041	CGT	2	6	353213	353218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1594	NC_004041	TGCT	3	12	353344	353355	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1595	NC_004041	ACG	2	6	354612	354617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1596	NC_004041	CGC	2	6	354716	354721	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1597	NC_004041	CGT	2	6	354771	354776	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1598	NC_004041	TCT	2	6	354782	354787	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1599	NC_004041	GCT	2	6	354816	354821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1600	NC_004041	TTG	2	6	354840	354845	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1601	NC_004041	C	6	6	354985	354990	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1602	NC_004041	CCG	2	6	355018	355023	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1603	NC_004041	CGC	2	6	355172	355177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1604	NC_004041	CGC	2	6	355188	355193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1605	NC_004041	GAC	2	6	355258	355263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1606	NC_004041	CTC	2	6	355364	355369	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1607	NC_004041	GCC	2	6	356195	356200	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1608	NC_004041	ATC	2	6	356225	356230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1609	NC_004041	CGA	2	6	356280	356285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1610	NC_004041	CGT	2	6	356335	356340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1611	NC_004041	TGA	2	6	356378	356383	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1612	NC_004041	AGGC	2	8	356421	356428	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1613	NC_004041	AGC	2	6	356479	356484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1614	NC_004041	AAC	2	6	356503	356508	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1615	NC_004041	GGT	2	6	356535	356540	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1616	NC_004041	TC	3	6	356760	356765	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1617	NC_004041	ATC	2	6	356815	356820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1618	NC_004041	ATG	2	6	356892	356897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1619	NC_004041	GAG	2	6	357556	357561	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1620	NC_004041	ACA	2	6	357562	357567	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1621	NC_004041	AG	3	6	357630	357635	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1622	NC_004041	GGA	2	6	357653	357658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1623	NC_004041	GCG	3	9	357670	357678	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1624	NC_004041	GCC	2	6	357679	357684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1625	NC_004041	TGG	2	6	357711	357716	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1626	NC_004041	GCA	2	6	358344	358349	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1627	NC_004041	AGG	2	6	358361	358366	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1628	NC_004041	AGG	2	6	359646	359651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1629	NC_004041	TAA	2	6	359659	359664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1630	NC_004041	CGA	2	6	359674	359679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1631	NC_004041	CAA	2	6	359696	359701	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1632	NC_004041	GGA	2	6	359711	359716	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1633	NC_004041	GCG	2	6	359744	359749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1634	NC_004041	AGA	2	6	360597	360602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1635	NC_004041	CCTA	2	8	360629	360636	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1636	NC_004041	AGC	2	6	360706	360711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1637	NC_004041	CTG	2	6	360746	360751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1638	NC_004041	GCG	2	6	361492	361497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1639	NC_004041	AC	3	6	366206	366211	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1640	NC_004041	ACTT	2	8	366231	366238	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1641	NC_004041	CAA	2	6	366255	366260	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1642	NC_004041	GGC	2	6	366266	366271	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1643	NC_004041	TGA	2	6	366283	366288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1644	NC_004041	GCTT	2	8	366310	366317	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1645	NC_004041	TCG	2	6	366351	366356	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1646	NC_004041	CGA	2	6	366411	366416	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1647	NC_004041	CCA	2	6	366458	366463	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1648	NC_004041	TTC	2	6	366496	366501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1649	NC_004041	CG	3	6	366552	366557	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1650	NC_004041	CCT	2	6	366561	366566	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1651	NC_004041	CGAAC	2	10	366619	366628	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
1652	NC_004041	CAA	2	6	366633	366638	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1653	NC_004041	GGC	2	6	366684	366689	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1654	NC_004041	GGT	2	6	366740	366745	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1655	NC_004041	TCT	2	6	366754	366759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1656	NC_004041	ACC	2	6	366848	366853	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1657	NC_004041	TCCCC	3	15	366917	366931	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
1658	NC_004041	GGC	2	6	366994	366999	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1659	NC_004041	GGTC	2	8	367037	367044	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1660	NC_004041	TCG	2	6	367146	367151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1661	NC_004041	ACT	2	6	367152	367157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1662	NC_004041	AGC	2	6	367215	367220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1663	NC_004041	GTA	2	6	367229	367234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1664	NC_004041	CCG	3	9	367276	367284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1665	NC_004041	GAGT	2	8	367352	367359	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1666	NC_004041	TCT	2	6	367391	367396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1667	NC_004041	AC	3	6	367444	367449	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1668	NC_004041	CCT	2	6	368879	368884	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1669	NC_004041	CAC	2	6	368891	368896	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1670	NC_004041	TCA	2	6	368913	368918	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1671	NC_004041	GCT	2	6	368919	368924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1672	NC_004041	AAAAG	2	10	369896	369905	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
1673	NC_004041	CGT	2	6	369923	369928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1674	NC_004041	CTG	2	6	370026	370031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1675	NC_004041	GA	3	6	370038	370043	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.