MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Ruminococcus sp. SR1/5 draft genome

Total Repeats: 52435

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021014	TCT	2	6	219	224	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152296
2	NC_021014	GCCAT	2	10	282	291	20 %	20 %	20 %	40 %	479152296
3	NC_021014	AGT	2	6	375	380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152296
4	NC_021014	TGA	2	6	401	406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152296
5	NC_021014	AGT	2	6	442	447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152296
6	NC_021014	GAT	2	6	535	540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152296
7	NC_021014	CAA	2	6	576	581	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	479152296
8	NC_021014	GCA	2	6	617	622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152296
9	NC_021014	TTC	2	6	674	679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152296
10	NC_021014	CTT	2	6	723	728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152296
11	NC_021014	TAA	2	6	748	753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	479152296
12	NC_021014	ATT	2	6	761	766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152296
13	NC_021014	AC	3	6	1320	1325	50 %	0 %	0 %	50 %	479152297
14	NC_021014	AAC	2	6	1328	1333	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	479152297
15	NC_021014	AGT	2	6	1336	1341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152297
16	NC_021014	TTA	2	6	1361	1366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152297
17	NC_021014	TATGT	2	10	1374	1383	20 %	60 %	20 %	0 %	479152297
18	NC_021014	GCA	2	6	1469	1474	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152297
19	NC_021014	CA	3	6	1617	1622	50 %	0 %	0 %	50 %	479152297
20	NC_021014	GAA	2	6	2768	2773	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152298
21	NC_021014	TCT	2	6	2798	2803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152298
22	NC_021014	T	6	6	2803	2808	0 %	100 %	0 %	0 %	479152298
23	NC_021014	TCT	2	6	2902	2907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152298
24	NC_021014	GCG	2	6	2954	2959	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	479152298
25	NC_021014	TA	3	6	2982	2987	50 %	50 %	0 %	0 %	479152298
26	NC_021014	CGG	2	6	3001	3006	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	479152298
27	NC_021014	CAG	2	6	3138	3143	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152298
28	NC_021014	TTAT	2	8	3207	3214	25 %	75 %	0 %	0 %	479152298
29	NC_021014	ATG	2	6	3260	3265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152298
30	NC_021014	TCT	2	6	3364	3369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152298
31	NC_021014	AGA	2	6	3546	3551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152298
32	NC_021014	TTA	2	6	3555	3560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152298
33	NC_021014	GCT	2	6	3571	3576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	479152298
34	NC_021014	CAA	2	6	3679	3684	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	479152298
35	NC_021014	TTG	2	6	3729	3734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	479152298
36	NC_021014	GAAG	2	8	3763	3770	50 %	0 %	50 %	0 %	479152298
37	NC_021014	ACA	2	6	3783	3788	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	479152298
38	NC_021014	GAT	2	6	3790	3795	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152298
39	NC_021014	CTG	2	6	3811	3816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	479152298
40	NC_021014	CAC	2	6	3849	3854	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	479152298
41	NC_021014	TAT	2	6	3910	3915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152298
42	NC_021014	TGCA	2	8	3951	3958	25 %	25 %	25 %	25 %	479152298
43	NC_021014	GT	3	6	4014	4019	0 %	50 %	50 %	0 %	479152298
44	NC_021014	GGT	2	6	4027	4032	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152298
45	NC_021014	ATG	2	6	4115	4120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152298
46	NC_021014	A	7	7	4147	4153	100 %	0 %	0 %	0 %	479152298
47	NC_021014	T	6	6	4186	4191	0 %	100 %	0 %	0 %	479152299
48	NC_021014	T	6	6	4228	4233	0 %	100 %	0 %	0 %	479152299
49	NC_021014	ATG	2	6	4246	4251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152299
50	NC_021014	TCA	2	6	4280	4285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	479152299
51	NC_021014	AGA	2	6	4382	4387	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152299
52	NC_021014	GA	3	6	4396	4401	50 %	0 %	50 %	0 %	479152299
53	NC_021014	GCT	2	6	4469	4474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	479152299
54	NC_021014	CAGAA	2	10	4495	4504	60 %	0 %	20 %	20 %	479152299
55	NC_021014	CTT	2	6	4677	4682	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152299
56	NC_021014	GGC	2	6	4702	4707	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	479152299
57	NC_021014	GTGA	2	8	4855	4862	25 %	25 %	50 %	0 %	479152299
58	NC_021014	TTTA	2	8	4876	4883	25 %	75 %	0 %	0 %	479152299
59	NC_021014	TA	3	6	4907	4912	50 %	50 %	0 %	0 %	479152299
60	NC_021014	GAA	2	6	4926	4931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152299
61	NC_021014	TGATC	2	10	5121	5130	20 %	40 %	20 %	20 %	479152299
62	NC_021014	TGT	2	6	5162	5167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	479152299
63	NC_021014	T	6	6	5171	5176	0 %	100 %	0 %	0 %	479152299
64	NC_021014	ACC	2	6	5182	5187	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	479152299
65	NC_021014	T	6	6	5216	5221	0 %	100 %	0 %	0 %	479152299
66	NC_021014	CCTG	2	8	5228	5235	0 %	25 %	25 %	50 %	479152299
67	NC_021014	GAA	2	6	5241	5246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152299
68	NC_021014	ATAG	2	8	5284	5291	50 %	25 %	25 %	0 %	479152299
69	NC_021014	ATA	2	6	5385	5390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	479152300
70	NC_021014	A	6	6	5390	5395	100 %	0 %	0 %	0 %	479152300
71	NC_021014	GAT	2	6	5526	5531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152300
72	NC_021014	GAA	2	6	5663	5668	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152300
73	NC_021014	AGA	2	6	5689	5694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152300
74	NC_021014	AT	3	6	5728	5733	50 %	50 %	0 %	0 %	479152300
75	NC_021014	TCA	2	6	5734	5739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	479152300
76	NC_021014	AGT	2	6	5748	5753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152300
77	NC_021014	AGA	3	9	5755	5763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152300
78	NC_021014	GTCC	2	8	5810	5817	0 %	25 %	25 %	50 %	479152300
79	NC_021014	AGA	2	6	5842	5847	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152300
80	NC_021014	CT	3	6	5862	5867	0 %	50 %	0 %	50 %	479152300
81	NC_021014	AG	3	6	5872	5877	50 %	0 %	50 %	0 %	479152300
82	NC_021014	CTT	2	6	5882	5887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152300
83	NC_021014	GGT	2	6	5901	5906	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152300
84	NC_021014	GTC	3	9	5967	5975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	479152300
85	NC_021014	ACC	2	6	6241	6246	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	479152301
86	NC_021014	T	6	6	6254	6259	0 %	100 %	0 %	0 %	479152301
87	NC_021014	AGA	2	6	6359	6364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152301
88	NC_021014	CCTT	2	8	6410	6417	0 %	50 %	0 %	50 %	479152301
89	NC_021014	CT	3	6	6445	6450	0 %	50 %	0 %	50 %	479152301
90	NC_021014	TAAG	2	8	6473	6480	50 %	25 %	25 %	0 %	479152301
91	NC_021014	TTC	2	6	6601	6606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152301
92	NC_021014	TTG	2	6	6641	6646	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	479152301
93	NC_021014	GCAG	2	8	6655	6662	25 %	0 %	50 %	25 %	479152301
94	NC_021014	TC	3	6	6711	6716	0 %	50 %	0 %	50 %	479152301
95	NC_021014	TCGC	2	8	6730	6737	0 %	25 %	25 %	50 %	479152301
96	NC_021014	AGC	2	6	6745	6750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152301
97	NC_021014	T	7	7	6788	6794	0 %	100 %	0 %	0 %	479152301
98	NC_021014	AGAA	2	8	6796	6803	75 %	0 %	25 %	0 %	479152301
99	NC_021014	TGA	2	6	6836	6841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152301
100	NC_021014	A	6	6	6886	6891	100 %	0 %	0 %	0 %	479152301
101	NC_021014	GA	3	6	6893	6898	50 %	0 %	50 %	0 %	479152301
102	NC_021014	CAG	3	9	7024	7032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152301
103	NC_021014	AGA	2	6	7043	7048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152301
104	NC_021014	CGG	2	6	7119	7124	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	479152301
105	NC_021014	TG	3	6	7146	7151	0 %	50 %	50 %	0 %	479152301
106	NC_021014	GCA	2	6	7192	7197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152301
107	NC_021014	AGG	2	6	7214	7219	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	479152301
108	NC_021014	A	7	7	7251	7257	100 %	0 %	0 %	0 %	479152301
109	NC_021014	ATC	2	6	7703	7708	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	479152302
110	NC_021014	TGA	2	6	7908	7913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152302
111	NC_021014	ATT	2	6	7937	7942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152302
112	NC_021014	TGG	2	6	7985	7990	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152302
113	NC_021014	GAA	2	6	8040	8045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152302
114	NC_021014	ACC	2	6	8186	8191	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	479152302
115	NC_021014	CCA	2	6	8198	8203	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	479152302
116	NC_021014	GAA	2	6	8227	8232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152302
117	NC_021014	CAT	2	6	8259	8264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	479152302
118	NC_021014	GAA	2	6	8299	8304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152302
119	NC_021014	GAT	2	6	8313	8318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152302
120	NC_021014	GA	3	6	8327	8332	50 %	0 %	50 %	0 %	479152302
121	NC_021014	GAA	2	6	8359	8364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152302
122	NC_021014	A	6	6	8363	8368	100 %	0 %	0 %	0 %	479152302
123	NC_021014	TTTC	2	8	8616	8623	0 %	75 %	0 %	25 %	479152303
124	NC_021014	T	6	6	8684	8689	0 %	100 %	0 %	0 %	479152303
125	NC_021014	GTG	2	6	8745	8750	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152303
126	NC_021014	T	6	6	8772	8777	0 %	100 %	0 %	0 %	479152303
127	NC_021014	A	6	6	8800	8805	100 %	0 %	0 %	0 %	479152303
128	NC_021014	AGA	2	6	8828	8833	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152303
129	NC_021014	A	6	6	8871	8876	100 %	0 %	0 %	0 %	479152303
130	NC_021014	TAT	2	6	8889	8894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152303
131	NC_021014	AGA	2	6	8936	8941	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152303
132	NC_021014	AAC	2	6	8984	8989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	479152303
133	NC_021014	A	7	7	9006	9012	100 %	0 %	0 %	0 %	479152303
134	NC_021014	TC	3	6	9075	9080	0 %	50 %	0 %	50 %	479152304
135	NC_021014	GGC	2	6	9083	9088	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	479152304
136	NC_021014	GCCT	2	8	9137	9144	0 %	25 %	25 %	50 %	479152304
137	NC_021014	GT	3	6	9217	9222	0 %	50 %	50 %	0 %	479152304
138	NC_021014	AAGCTG	2	12	9236	9247	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	479152304
139	NC_021014	TGG	2	6	9363	9368	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152304
140	NC_021014	T	6	6	9373	9378	0 %	100 %	0 %	0 %	479152304
141	NC_021014	AGC	2	6	9479	9484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152304
142	NC_021014	TGA	2	6	9498	9503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152304
143	NC_021014	A	6	6	9528	9533	100 %	0 %	0 %	0 %	479152304
144	NC_021014	ATG	2	6	9603	9608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152304
145	NC_021014	GTG	2	6	9656	9661	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152304
146	NC_021014	AGG	2	6	9689	9694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	479152304
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148	NC_021014	TCC	2	6	9754	9759	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	479152305
149	NC_021014	T	7	7	9772	9778	0 %	100 %	0 %	0 %	479152305
150	NC_021014	A	6	6	9841	9846	100 %	0 %	0 %	0 %	479152305
151	NC_021014	GTG	2	6	9858	9863	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152305
152	NC_021014	GGA	2	6	9935	9940	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	479152305
153	NC_021014	T	6	6	9967	9972	0 %	100 %	0 %	0 %	479152305
154	NC_021014	GTG	2	6	9993	9998	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152305
155	NC_021014	CAG	2	6	10092	10097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152305
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157	NC_021014	A	7	7	10179	10185	100 %	0 %	0 %	0 %	479152305
158	NC_021014	GAG	2	6	10186	10191	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	479152305
159	NC_021014	TAT	2	6	10242	10247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152305
160	NC_021014	AT	3	6	10253	10258	50 %	50 %	0 %	0 %	479152305
161	NC_021014	A	6	6	10317	10322	100 %	0 %	0 %	0 %	479152305
162	NC_021014	GAC	2	6	10366	10371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152305
163	NC_021014	TGGG	2	8	10405	10412	0 %	25 %	75 %	0 %	479152305
164	NC_021014	TATG	2	8	10448	10455	25 %	50 %	25 %	0 %	479152305
165	NC_021014	ATG	2	6	10512	10517	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152305
166	NC_021014	CACTTT	2	12	10525	10536	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	479152305
167	NC_021014	A	6	6	10559	10564	100 %	0 %	0 %	0 %	479152305
168	NC_021014	TG	3	6	10618	10623	0 %	50 %	50 %	0 %	479152305
169	NC_021014	GT	3	6	10624	10629	0 %	50 %	50 %	0 %	479152305
170	NC_021014	TTC	2	6	10678	10683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	479152305
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172	NC_021014	CAATG	2	10	10949	10958	40 %	20 %	20 %	20 %	479152306
173	NC_021014	CAA	2	6	10980	10985	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	479152306
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176	NC_021014	GAA	3	9	11075	11083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152306
177	NC_021014	ACT	2	6	11262	11267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	479152306
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181	NC_021014	A	6	6	11326	11331	100 %	0 %	0 %	0 %	479152306
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183	NC_021014	GCA	2	6	11440	11445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152306
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189	NC_021014	ATCCTG	2	12	12100	12111	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	479152307
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244	NC_021014	ATT	2	6	15107	15112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152310
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246	NC_021014	CG	3	6	15172	15177	0 %	0 %	50 %	50 %	479152310
247	NC_021014	AAT	2	6	15300	15305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	479152310
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249	NC_021014	CGA	2	6	15385	15390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152310
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251	NC_021014	GA	3	6	15451	15456	50 %	0 %	50 %	0 %	479152310
252	NC_021014	GGT	2	6	15468	15473	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152310
253	NC_021014	TGA	2	6	15588	15593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152310
254	NC_021014	GTT	2	6	16155	16160	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	479152311
255	NC_021014	GATC	2	8	16168	16175	25 %	25 %	25 %	25 %	479152311
256	NC_021014	AGA	2	6	16191	16196	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152311
257	NC_021014	GAT	2	6	16226	16231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152311
258	NC_021014	ATTAAA	2	12	16274	16285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	479152311
259	NC_021014	ATTT	2	8	16351	16358	25 %	75 %	0 %	0 %	479152311
260	NC_021014	TA	3	6	16382	16387	50 %	50 %	0 %	0 %	479152312
261	NC_021014	A	6	6	16411	16416	100 %	0 %	0 %	0 %	479152312
262	NC_021014	A	6	6	16465	16470	100 %	0 %	0 %	0 %	479152312
263	NC_021014	CTTCAG	2	12	16578	16589	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	479152313
264	NC_021014	TGTC	2	8	16602	16609	0 %	50 %	25 %	25 %	479152313
265	NC_021014	CGC	2	6	16610	16615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	479152313
266	NC_021014	TGG	2	6	16655	16660	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	479152313
267	NC_021014	AGA	2	6	16669	16674	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152313
268	NC_021014	CAT	2	6	16736	16741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	479152313
269	NC_021014	TTCC	2	8	16760	16767	0 %	50 %	0 %	50 %	479152313
270	NC_021014	ACTGG	2	10	16815	16824	20 %	20 %	40 %	20 %	479152313
271	NC_021014	TAG	2	6	16849	16854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152313
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279	NC_021014	GAT	2	6	17038	17043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	479152313
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286	NC_021014	T	6	6	17638	17643	0 %	100 %	0 %	0 %	479152314
287	NC_021014	GTC	2	6	17659	17664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	479152314
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290	NC_021014	ATT	2	6	17735	17740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	479152314
291	NC_021014	GCA	2	6	17951	17956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	479152315
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297	NC_021014	AT	3	6	18890	18895	50 %	50 %	0 %	0 %	479152316
298	NC_021014	A	7	7	18900	18906	100 %	0 %	0 %	0 %	479152316
299	NC_021014	TCCT	2	8	19140	19147	0 %	50 %	0 %	50 %	479152317
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302	NC_021014	A	6	6	19524	19529	100 %	0 %	0 %	0 %	479152317
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384	NC_021014	T	6	6	24433	24438	0 %	100 %	0 %	0 %	479152323
385	NC_021014	TCC	2	6	24449	24454	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	479152323
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391	NC_021014	ATGG	2	8	25598	25605	25 %	25 %	50 %	0 %	479152324
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393	NC_021014	GAA	2	6	25652	25657	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	479152324
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