MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Riemerella anatipestifer RA-CH-1 chromosome

Total Repeats: 45672

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018609	T	6	6	1101	1106	0 %	100 %	0 %	0 %	407450787
2	NC_018609	TTG	2	6	1116	1121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450787
3	NC_018609	AAG	2	6	1133	1138	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407450787
4	NC_018609	AACCC	2	10	1192	1201	40 %	0 %	0 %	60 %	407450787
5	NC_018609	T	6	6	1341	1346	0 %	100 %	0 %	0 %	407450787
6	NC_018609	ATT	2	6	1391	1396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450787
7	NC_018609	TGTT	2	8	1532	1539	0 %	75 %	25 %	0 %	407450787
8	NC_018609	A	6	6	1553	1558	100 %	0 %	0 %	0 %	407450787
9	NC_018609	ATT	2	6	1610	1615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450787
10	NC_018609	ACT	2	6	1642	1647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450787
11	NC_018609	TAA	2	6	1650	1655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450787
12	NC_018609	ATAA	2	8	1699	1706	75 %	25 %	0 %	0 %	407450787
13	NC_018609	AGAAA	2	10	1763	1772	80 %	0 %	20 %	0 %	407450787
14	NC_018609	T	7	7	1864	1870	0 %	100 %	0 %	0 %	407450788
15	NC_018609	TTTG	2	8	1896	1903	0 %	75 %	25 %	0 %	407450788
16	NC_018609	T	7	7	1921	1927	0 %	100 %	0 %	0 %	407450788
17	NC_018609	ATA	2	6	1939	1944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450788
18	NC_018609	CTG	2	6	1991	1996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407450788
19	NC_018609	TAT	2	6	2000	2005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450788
20	NC_018609	T	6	6	2058	2063	0 %	100 %	0 %	0 %	407450788
21	NC_018609	TCA	2	6	2089	2094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450788
22	NC_018609	GTT	2	6	2116	2121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450788
23	NC_018609	CAA	2	6	2163	2168	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407450788
24	NC_018609	CAT	2	6	2181	2186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450788
25	NC_018609	AT	3	6	2224	2229	50 %	50 %	0 %	0 %	407450788
26	NC_018609	TTC	2	6	2241	2246	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450788
27	NC_018609	T	8	8	2346	2353	0 %	100 %	0 %	0 %	407450788
28	NC_018609	ATTCT	2	10	2371	2380	20 %	60 %	0 %	20 %	407450788
29	NC_018609	TGT	2	6	2421	2426	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450788
30	NC_018609	TTG	2	6	2442	2447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450788
31	NC_018609	ATTCC	2	10	2451	2460	20 %	40 %	0 %	40 %	407450788
32	NC_018609	T	6	6	2533	2538	0 %	100 %	0 %	0 %	407450788
33	NC_018609	CTT	2	6	2543	2548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450788
34	NC_018609	A	7	7	2587	2593	100 %	0 %	0 %	0 %	407450788
35	NC_018609	T	6	6	2601	2606	0 %	100 %	0 %	0 %	407450788
36	NC_018609	A	8	8	2710	2717	100 %	0 %	0 %	0 %	407450788
37	NC_018609	A	6	6	2722	2727	100 %	0 %	0 %	0 %	407450788
38	NC_018609	TTTTA	2	10	2904	2913	20 %	80 %	0 %	0 %	407450789
39	NC_018609	CATT	2	8	2917	2924	25 %	50 %	0 %	25 %	407450789
40	NC_018609	TAT	2	6	2936	2941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450789
41	NC_018609	ATT	2	6	2967	2972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450789
42	NC_018609	TAT	2	6	2987	2992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450789
43	NC_018609	ATT	2	6	2994	2999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450789
44	NC_018609	T	6	6	3204	3209	0 %	100 %	0 %	0 %	407450789
45	NC_018609	AAC	3	9	3224	3232	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407450789
46	NC_018609	T	8	8	3261	3268	0 %	100 %	0 %	0 %	407450789
47	NC_018609	AATT	2	8	3319	3326	50 %	50 %	0 %	0 %	407450789
48	NC_018609	TTC	2	6	3335	3340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450789
49	NC_018609	CTT	2	6	3343	3348	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450789
50	NC_018609	AGT	2	6	3361	3366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407450789
51	NC_018609	TCT	2	6	3387	3392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450789
52	NC_018609	GTT	2	6	3426	3431	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450789
53	NC_018609	ATC	2	6	3440	3445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450789
54	NC_018609	ATT	2	6	3452	3457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450789
55	NC_018609	GTTT	2	8	3459	3466	0 %	75 %	25 %	0 %	407450789
56	NC_018609	TAAA	2	8	3510	3517	75 %	25 %	0 %	0 %	407450789
57	NC_018609	T	6	6	3522	3527	0 %	100 %	0 %	0 %	407450789
58	NC_018609	T	7	7	3635	3641	0 %	100 %	0 %	0 %	407450789
59	NC_018609	TCA	3	9	3648	3656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450789
60	NC_018609	T	7	7	3728	3734	0 %	100 %	0 %	0 %	407450789
61	NC_018609	TCT	2	6	3762	3767	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450789
62	NC_018609	TTA	2	6	3768	3773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450789
63	NC_018609	A	6	6	3779	3784	100 %	0 %	0 %	0 %	407450789
64	NC_018609	AGT	2	6	3868	3873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407450789
65	NC_018609	TCT	2	6	3903	3908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450789
66	NC_018609	TTAG	2	8	3957	3964	25 %	50 %	25 %	0 %	407450789
67	NC_018609	T	6	6	3977	3982	0 %	100 %	0 %	0 %	407450789
68	NC_018609	ATTTG	2	10	3987	3996	20 %	60 %	20 %	0 %	407450789
69	NC_018609	TTCTT	2	10	3999	4008	0 %	80 %	0 %	20 %	407450789
70	NC_018609	A	6	6	4012	4017	100 %	0 %	0 %	0 %	407450789
71	NC_018609	AGA	2	6	4019	4024	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407450789
72	NC_018609	ATA	2	6	4033	4038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450789
73	NC_018609	TAA	2	6	4052	4057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450789
74	NC_018609	GTG	2	6	4254	4259	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407450790
75	NC_018609	T	6	6	4262	4267	0 %	100 %	0 %	0 %	407450790
76	NC_018609	AGTTT	2	10	4326	4335	20 %	60 %	20 %	0 %	407450790
77	NC_018609	T	6	6	4361	4366	0 %	100 %	0 %	0 %	407450790
78	NC_018609	T	6	6	4406	4411	0 %	100 %	0 %	0 %	407450790
79	NC_018609	T	7	7	4456	4462	0 %	100 %	0 %	0 %	407450790
80	NC_018609	T	6	6	4523	4528	0 %	100 %	0 %	0 %	407450790
81	NC_018609	GTC	2	6	4559	4564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407450790
82	NC_018609	TTA	2	6	4628	4633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450790
83	NC_018609	GGCA	2	8	4691	4698	25 %	0 %	50 %	25 %	407450790
84	NC_018609	CTCAA	2	10	4743	4752	40 %	20 %	0 %	40 %	407450790
85	NC_018609	TGT	2	6	4818	4823	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450790
86	NC_018609	TTG	2	6	4837	4842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450790
87	NC_018609	TAA	2	6	4863	4868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450790
88	NC_018609	GTT	2	6	4895	4900	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450791
89	NC_018609	ACA	2	6	4917	4922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407450791
90	NC_018609	ATG	2	6	4980	4985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407450791
91	NC_018609	TGA	2	6	4989	4994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407450791
92	NC_018609	GTTA	2	8	5102	5109	25 %	50 %	25 %	0 %	407450791
93	NC_018609	TGC	2	6	5317	5322	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407450791
94	NC_018609	AAC	2	6	5348	5353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407450791
95	NC_018609	TGC	2	6	5502	5507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407450792
96	NC_018609	AT	3	6	5579	5584	50 %	50 %	0 %	0 %	407450792
97	NC_018609	T	6	6	5596	5601	0 %	100 %	0 %	0 %	407450792
98	NC_018609	ATG	2	6	5618	5623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407450792
99	NC_018609	TCA	2	6	5752	5757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450792
100	NC_018609	ATT	2	6	5798	5803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450792
101	NC_018609	CAA	2	6	5810	5815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407450792
102	NC_018609	AT	3	6	5837	5842	50 %	50 %	0 %	0 %	407450792
103	NC_018609	TAT	2	6	5858	5863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450792
104	NC_018609	ACTTC	2	10	5872	5881	20 %	40 %	0 %	40 %	407450792
105	NC_018609	T	6	6	5890	5895	0 %	100 %	0 %	0 %	407450792
106	NC_018609	T	6	6	5901	5906	0 %	100 %	0 %	0 %	407450792
107	NC_018609	TAA	2	6	5924	5929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450792
108	NC_018609	TCA	2	6	5955	5960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450792
109	NC_018609	T	7	7	6015	6021	0 %	100 %	0 %	0 %	407450792
110	NC_018609	AAT	2	6	6033	6038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450792
111	NC_018609	AT	3	6	6037	6042	50 %	50 %	0 %	0 %	407450792
112	NC_018609	A	7	7	6049	6055	100 %	0 %	0 %	0 %	407450792
113	NC_018609	CTT	2	6	6175	6180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450792
114	NC_018609	A	6	6	6195	6200	100 %	0 %	0 %	0 %	407450792
115	NC_018609	AAT	2	6	6221	6226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450792
116	NC_018609	TTCA	2	8	6321	6328	25 %	50 %	0 %	25 %	407450792
117	NC_018609	TGTAT	2	10	6522	6531	20 %	60 %	20 %	0 %	407450793
118	NC_018609	TTC	2	6	6609	6614	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450793
119	NC_018609	TTC	2	6	6671	6676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450793
120	NC_018609	TTTC	2	8	6687	6694	0 %	75 %	0 %	25 %	407450793
121	NC_018609	TTA	2	6	6828	6833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450793
122	NC_018609	TTG	2	6	6835	6840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450793
123	NC_018609	TTCAA	2	10	6859	6868	40 %	40 %	0 %	20 %	407450794
124	NC_018609	ATT	2	6	6934	6939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450794
125	NC_018609	ATT	2	6	6969	6974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450794
126	NC_018609	ATA	2	6	7002	7007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407450794
127	NC_018609	T	6	6	7053	7058	0 %	100 %	0 %	0 %	407450794
128	NC_018609	AAC	2	6	7060	7065	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407450794
129	NC_018609	ATT	2	6	7105	7110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450794
130	NC_018609	T	6	6	7121	7126	0 %	100 %	0 %	0 %	407450794
131	NC_018609	T	6	6	7179	7184	0 %	100 %	0 %	0 %	407450794
132	NC_018609	ATTT	2	8	7426	7433	25 %	75 %	0 %	0 %	407450795
133	NC_018609	GTT	2	6	7437	7442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	407450795
134	NC_018609	T	6	6	7441	7446	0 %	100 %	0 %	0 %	407450795
135	NC_018609	CAA	2	6	7464	7469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407450795
136	NC_018609	TAT	2	6	7488	7493	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407450795
137	NC_018609	GCT	2	6	7553	7558	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407450795
138	NC_018609	GCA	2	6	7583	7588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407450795
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140	NC_018609	CAA	2	6	7638	7643	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407450795
141	NC_018609	AGCA	2	8	7732	7739	50 %	0 %	25 %	25 %	407450795
142	NC_018609	GCA	2	6	7766	7771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407450795
143	NC_018609	CAG	2	6	7803	7808	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407450795
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146	NC_018609	CAT	3	9	8049	8057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450795
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149	NC_018609	TCA	2	6	8150	8155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407450795
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153	NC_018609	CTT	2	6	8298	8303	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450795
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266	NC_018609	CTT	3	9	14153	14161	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407450802
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