MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 22257

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017066	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751990
2	NC_017066	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383751990
3	NC_017066	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751990
4	NC_017066	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751990
5	NC_017066	T	6	6	293	298	0 %	100 %	0 %	0 %	383751990
6	NC_017066	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383751990
7	NC_017066	ATG	3	9	392	400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751990
8	NC_017066	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751990
9	NC_017066	TAG	3	9	572	580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751990
10	NC_017066	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751990
11	NC_017066	AG	3	6	685	690	50 %	0 %	50 %	0 %	383751990
12	NC_017066	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383751990
13	NC_017066	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751990
14	NC_017066	AT	3	6	787	792	50 %	50 %	0 %	0 %	383751990
15	NC_017066	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	383751990
16	NC_017066	ATAA	2	8	815	822	75 %	25 %	0 %	0 %	383751990
17	NC_017066	TAACG	2	10	992	1001	40 %	20 %	20 %	20 %	383751991
18	NC_017066	GTG	2	6	1067	1072	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383751991
19	NC_017066	ATA	2	6	1098	1103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751991
20	NC_017066	AAAGTA	2	12	1131	1142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383751991
21	NC_017066	TGA	2	6	1157	1162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751991
22	NC_017066	TGT	2	6	1213	1218	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383751991
23	NC_017066	CAA	2	6	1257	1262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383751991
24	NC_017066	A	8	8	1261	1268	100 %	0 %	0 %	0 %	383751991
25	NC_017066	TAA	2	6	1286	1291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751991
26	NC_017066	T	9	9	1404	1412	0 %	100 %	0 %	0 %	383751992
27	NC_017066	A	6	6	1414	1419	100 %	0 %	0 %	0 %	383751992
28	NC_017066	CAA	2	6	1436	1441	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383751992
29	NC_017066	A	6	6	1484	1489	100 %	0 %	0 %	0 %	383751992
30	NC_017066	AT	3	6	1549	1554	50 %	50 %	0 %	0 %	383751992
31	NC_017066	TGC	2	6	1593	1598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383751992
32	NC_017066	ACAG	2	8	1632	1639	50 %	0 %	25 %	25 %	383751992
33	NC_017066	ATGCTA	2	12	1657	1668	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383751992
34	NC_017066	TA	3	6	1667	1672	50 %	50 %	0 %	0 %	383751992
35	NC_017066	ATA	3	9	1670	1678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751992
36	NC_017066	A	7	7	1696	1702	100 %	0 %	0 %	0 %	383751992
37	NC_017066	TGA	2	6	1836	1841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751992
38	NC_017066	GCA	2	6	1849	1854	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383751992
39	NC_017066	TTAAT	2	10	1883	1892	40 %	60 %	0 %	0 %	383751992
40	NC_017066	GAA	2	6	1893	1898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751992
41	NC_017066	AAT	2	6	1923	1928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751992
42	NC_017066	AAG	2	6	1940	1945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751992
43	NC_017066	TTA	2	6	1978	1983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751992
44	NC_017066	ACA	2	6	2040	2045	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383751992
45	NC_017066	T	8	8	2078	2085	0 %	100 %	0 %	0 %	383751993
46	NC_017066	A	6	6	2088	2093	100 %	0 %	0 %	0 %	383751993
47	NC_017066	ATT	2	6	2111	2116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751993
48	NC_017066	T	6	6	2153	2158	0 %	100 %	0 %	0 %	383751993
49	NC_017066	T	7	7	2213	2219	0 %	100 %	0 %	0 %	383751993
50	NC_017066	T	6	6	2222	2227	0 %	100 %	0 %	0 %	383751993
51	NC_017066	TAG	2	6	2263	2268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751993
52	NC_017066	AGTA	2	8	2294	2301	50 %	25 %	25 %	0 %	383751993
53	NC_017066	ATA	2	6	2343	2348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751993
54	NC_017066	A	7	7	2348	2354	100 %	0 %	0 %	0 %	383751993
55	NC_017066	T	7	7	2372	2378	0 %	100 %	0 %	0 %	383751993
56	NC_017066	TA	3	6	2404	2409	50 %	50 %	0 %	0 %	383751993
57	NC_017066	TTTTA	2	10	2444	2453	20 %	80 %	0 %	0 %	383751993
58	NC_017066	ATA	2	6	2481	2486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751993
59	NC_017066	TTAT	2	8	2605	2612	25 %	75 %	0 %	0 %	383751993
60	NC_017066	TAAT	2	8	2719	2726	50 %	50 %	0 %	0 %	383751993
61	NC_017066	ATG	2	6	2742	2747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751993
62	NC_017066	TAA	2	6	2749	2754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751993
63	NC_017066	TTA	2	6	2776	2781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751993
64	NC_017066	ATTTA	2	10	2797	2806	40 %	60 %	0 %	0 %	383751993
65	NC_017066	TTAT	2	8	2827	2834	25 %	75 %	0 %	0 %	383751993
66	NC_017066	A	6	6	2891	2896	100 %	0 %	0 %	0 %	383751994
67	NC_017066	ATT	2	6	2984	2989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
68	NC_017066	ATT	2	6	2997	3002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
69	NC_017066	T	6	6	3040	3045	0 %	100 %	0 %	0 %	383751994
70	NC_017066	AAG	2	6	3069	3074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
71	NC_017066	A	7	7	3154	3160	100 %	0 %	0 %	0 %	383751994
72	NC_017066	GCAAA	2	10	3254	3263	60 %	0 %	20 %	20 %	383751994
73	NC_017066	GAA	2	6	3284	3289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
74	NC_017066	TC	3	6	3294	3299	0 %	50 %	0 %	50 %	383751994
75	NC_017066	AGC	2	6	3313	3318	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383751994
76	NC_017066	GTT	2	6	3345	3350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383751994
77	NC_017066	TCA	2	6	3362	3367	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383751994
78	NC_017066	CAA	2	6	3413	3418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383751994
79	NC_017066	GAT	2	6	3443	3448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751994
80	NC_017066	A	7	7	3449	3455	100 %	0 %	0 %	0 %	383751994
81	NC_017066	A	7	7	3468	3474	100 %	0 %	0 %	0 %	383751994
82	NC_017066	GA	3	6	3476	3481	50 %	0 %	50 %	0 %	383751994
83	NC_017066	T	6	6	3505	3510	0 %	100 %	0 %	0 %	383751994
84	NC_017066	ATT	2	6	3540	3545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
85	NC_017066	TATT	2	8	3547	3554	25 %	75 %	0 %	0 %	383751994
86	NC_017066	AGGATA	2	12	3564	3575	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383751994
87	NC_017066	A	6	6	3693	3698	100 %	0 %	0 %	0 %	383751994
88	NC_017066	AGC	2	6	3739	3744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383751994
89	NC_017066	TAT	2	6	3751	3756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
90	NC_017066	GCA	2	6	3779	3784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383751994
91	NC_017066	A	7	7	3831	3837	100 %	0 %	0 %	0 %	383751994
92	NC_017066	AGA	2	6	3880	3885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
93	NC_017066	AT	4	8	3914	3921	50 %	50 %	0 %	0 %	383751994
94	NC_017066	CTT	2	6	3923	3928	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383751994
95	NC_017066	TAT	2	6	4031	4036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
96	NC_017066	AGAA	2	8	4150	4157	75 %	0 %	25 %	0 %	383751994
97	NC_017066	AT	3	6	4224	4229	50 %	50 %	0 %	0 %	383751994
98	NC_017066	GA	3	6	4244	4249	50 %	0 %	50 %	0 %	383751994
99	NC_017066	AAT	3	9	4250	4258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751994
100	NC_017066	ATG	2	6	4269	4274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751994
101	NC_017066	TGA	2	6	4422	4427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751994
102	NC_017066	CTAATA	2	12	4461	4472	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383751994
103	NC_017066	ATA	2	6	4496	4501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751994
104	NC_017066	GGT	3	9	4502	4510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383751994
105	NC_017066	CTT	2	6	4515	4520	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383751994
106	NC_017066	GCA	2	6	4526	4531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383751994
107	NC_017066	AGA	2	6	4564	4569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
108	NC_017066	TA	3	6	4583	4588	50 %	50 %	0 %	0 %	383751994
109	NC_017066	AGA	3	9	4603	4611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
110	NC_017066	GAA	2	6	4625	4630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
111	NC_017066	GTT	2	6	4648	4653	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383751994
112	NC_017066	AAG	2	6	4656	4661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
113	NC_017066	GAA	2	6	4673	4678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
114	NC_017066	A	6	6	4681	4686	100 %	0 %	0 %	0 %	383751994
115	NC_017066	TAA	2	6	4693	4698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751994
116	NC_017066	TAT	2	6	4718	4723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
117	NC_017066	TAAAT	2	10	4753	4762	60 %	40 %	0 %	0 %	383751994
118	NC_017066	AT	3	6	4775	4780	50 %	50 %	0 %	0 %	383751994
119	NC_017066	ATA	2	6	5001	5006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751994
120	NC_017066	GAT	3	9	5015	5023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751994
121	NC_017066	GTAGT	2	10	5064	5073	20 %	40 %	40 %	0 %	383751994
122	NC_017066	AAG	2	6	5094	5099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383751994
123	NC_017066	AAT	2	6	5129	5134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751994
124	NC_017066	ATT	2	6	5181	5186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
125	NC_017066	TAA	2	6	5203	5208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383751994
126	NC_017066	AATA	2	8	5209	5216	75 %	25 %	0 %	0 %	383751994
127	NC_017066	TCAC	2	8	5248	5255	25 %	25 %	0 %	50 %	383751994
128	NC_017066	TGC	2	6	5260	5265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383751994
129	NC_017066	T	6	6	5288	5293	0 %	100 %	0 %	0 %	383751994
130	NC_017066	ATT	2	6	5304	5309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
131	NC_017066	TCGATA	2	12	5355	5366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383751994
132	NC_017066	CTA	2	6	5412	5417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383751994
133	NC_017066	AGT	2	6	5449	5454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383751994
134	NC_017066	CAC	2	6	5475	5480	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383751994
135	NC_017066	A	7	7	5498	5504	100 %	0 %	0 %	0 %	383751994
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137	NC_017066	TTA	2	6	5540	5545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383751994
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