MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 22257

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_017066	CCA	2	6	23150	23155	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752008
502	NC_017066	TCAA	2	8	23177	23184	50 %	25 %	0 %	25 %	383752008
503	NC_017066	CTT	2	6	23208	23213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752008
504	NC_017066	TTA	2	6	23228	23233	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752008
505	NC_017066	A	6	6	23250	23255	100 %	0 %	0 %	0 %	383752008
506	NC_017066	GCA	2	6	23288	23293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752008
507	NC_017066	ACT	2	6	23327	23332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752008
508	NC_017066	ATT	2	6	23347	23352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752008
509	NC_017066	TAG	2	6	23355	23360	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752008
510	NC_017066	AAACC	2	10	23375	23384	60 %	0 %	0 %	40 %	383752008
511	NC_017066	CAG	2	6	23385	23390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752008
512	NC_017066	T	6	6	23419	23424	0 %	100 %	0 %	0 %	383752008
513	NC_017066	TTC	2	6	23452	23457	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752008
514	NC_017066	CAC	2	6	23478	23483	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752008
515	NC_017066	TAAA	2	8	23488	23495	75 %	25 %	0 %	0 %	383752008
516	NC_017066	ATT	2	6	23620	23625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752008
517	NC_017066	AAC	2	6	23652	23657	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383752008
518	NC_017066	AT	3	6	23688	23693	50 %	50 %	0 %	0 %	383752008
519	NC_017066	TAC	2	6	23734	23739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752008
520	NC_017066	CAC	2	6	23805	23810	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752008
521	NC_017066	AAT	2	6	23845	23850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752008
522	NC_017066	TAT	2	6	23883	23888	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752008
523	NC_017066	TAA	2	6	23946	23951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752008
524	NC_017066	TCT	3	9	23960	23968	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752008
525	NC_017066	T	6	6	24161	24166	0 %	100 %	0 %	0 %	383752009
526	NC_017066	TGA	2	6	24218	24223	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752009
527	NC_017066	TAT	2	6	24236	24241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752009
528	NC_017066	A	6	6	24245	24250	100 %	0 %	0 %	0 %	383752009
529	NC_017066	ACC	2	6	24281	24286	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752009
530	NC_017066	AGT	2	6	24312	24317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752009
531	NC_017066	GTA	2	6	24318	24323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752009
532	NC_017066	TAA	2	6	24370	24375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752009
533	NC_017066	T	8	8	24387	24394	0 %	100 %	0 %	0 %	383752009
534	NC_017066	TAC	2	6	24434	24439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752009
535	NC_017066	TAT	2	6	24461	24466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752009
536	NC_017066	GCA	2	6	24477	24482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752009
537	NC_017066	AAGA	2	8	24618	24625	75 %	0 %	25 %	0 %	383752009
538	NC_017066	ATAGC	2	10	24628	24637	40 %	20 %	20 %	20 %	383752009
539	NC_017066	CAA	2	6	24679	24684	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383752009
540	NC_017066	ATT	2	6	24719	24724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752009
541	NC_017066	ACT	3	9	24773	24781	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752009
542	NC_017066	ACC	2	6	24828	24833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752009
543	NC_017066	CCT	2	6	24915	24920	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383752009
544	NC_017066	TA	3	6	24946	24951	50 %	50 %	0 %	0 %	383752009
545	NC_017066	TAA	2	6	24970	24975	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752009
546	NC_017066	AAT	2	6	24983	24988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752009
547	NC_017066	ACTT	2	8	25001	25008	25 %	50 %	0 %	25 %	383752009
548	NC_017066	T	6	6	25007	25012	0 %	100 %	0 %	0 %	383752009
549	NC_017066	ATT	2	6	25071	25076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752009
550	NC_017066	CAG	2	6	25149	25154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752010
551	NC_017066	TAG	2	6	25155	25160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752010
552	NC_017066	AT	3	6	25180	25185	50 %	50 %	0 %	0 %	383752010
553	NC_017066	GAA	3	9	25205	25213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383752010
554	NC_017066	AAG	2	6	25230	25235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383752010
555	NC_017066	TGC	2	6	25255	25260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383752010
556	NC_017066	GAA	2	6	25306	25311	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383752010
557	NC_017066	ATGCT	2	10	25341	25350	20 %	40 %	20 %	20 %	383752010
558	NC_017066	TC	4	8	25565	25572	0 %	50 %	0 %	50 %	383752011
559	NC_017066	AGC	2	6	25580	25585	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752011
560	NC_017066	ATA	2	6	25607	25612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752011
561	NC_017066	ACG	2	6	25622	25627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752011
562	NC_017066	TAC	2	6	25643	25648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752011
563	NC_017066	AAGA	2	8	25725	25732	75 %	0 %	25 %	0 %	383752011
564	NC_017066	TAC	2	6	25763	25768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752011
565	NC_017066	AAT	2	6	25832	25837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752011
566	NC_017066	T	7	7	25882	25888	0 %	100 %	0 %	0 %	383752011
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568	NC_017066	ATT	2	6	26025	26030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752012
569	NC_017066	AGA	2	6	26154	26159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383752012
570	NC_017066	TTAA	2	8	26173	26180	50 %	50 %	0 %	0 %	383752012
571	NC_017066	GTA	2	6	26189	26194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752012
572	NC_017066	CCA	2	6	26236	26241	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752012
573	NC_017066	ATG	2	6	26332	26337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752012
574	NC_017066	T	6	6	26344	26349	0 %	100 %	0 %	0 %	383752012
575	NC_017066	ATA	2	6	26400	26405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752012
576	NC_017066	TAT	2	6	26414	26419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752012
577	NC_017066	ATC	2	6	26502	26507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752012
578	NC_017066	ATA	2	6	26548	26553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752012
579	NC_017066	ATT	2	6	26568	26573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752012
580	NC_017066	TCA	2	6	27091	27096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752013
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582	NC_017066	TTC	2	6	27116	27121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752013
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584	NC_017066	T	7	7	27180	27186	0 %	100 %	0 %	0 %	383752013
585	NC_017066	T	6	6	27189	27194	0 %	100 %	0 %	0 %	383752013
586	NC_017066	ATC	2	6	27237	27242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752013
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588	NC_017066	CAAT	2	8	27291	27298	50 %	25 %	0 %	25 %	383752013
589	NC_017066	GCA	2	6	27309	27314	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752013
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592	NC_017066	TA	3	6	27448	27453	50 %	50 %	0 %	0 %	383752013
593	NC_017066	TTTC	2	8	27466	27473	0 %	75 %	0 %	25 %	383752013
594	NC_017066	TGAT	2	8	27489	27496	25 %	50 %	25 %	0 %	383752013
595	NC_017066	ATA	2	6	27502	27507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752013
596	NC_017066	CAT	2	6	27542	27547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752013
597	NC_017066	ACT	2	6	27614	27619	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752013
598	NC_017066	TAT	2	6	27638	27643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752013
599	NC_017066	CTA	2	6	27687	27692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752013
600	NC_017066	TGATA	2	10	27699	27708	40 %	40 %	20 %	0 %	383752013
601	NC_017066	ATA	2	6	27743	27748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752013
602	NC_017066	AGG	2	6	27779	27784	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383752013
603	NC_017066	AATGA	2	10	27793	27802	60 %	20 %	20 %	0 %	383752013
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606	NC_017066	TTA	2	6	27948	27953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752013
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608	NC_017066	TTTGT	2	10	28009	28018	0 %	80 %	20 %	0 %	383752013
609	NC_017066	CCA	2	6	28019	28024	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752013
610	NC_017066	TTC	2	6	28025	28030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752013
611	NC_017066	ATC	2	6	28041	28046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752013
612	NC_017066	TA	3	6	28097	28102	50 %	50 %	0 %	0 %	383752013
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614	NC_017066	TAT	3	9	28114	28122	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752013
615	NC_017066	T	7	7	28122	28128	0 %	100 %	0 %	0 %	383752013
616	NC_017066	A	7	7	28131	28137	100 %	0 %	0 %	0 %	383752013
617	NC_017066	TAT	2	6	28138	28143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752013
618	NC_017066	T	6	6	28160	28165	0 %	100 %	0 %	0 %	383752013
619	NC_017066	ATT	2	6	28238	28243	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752014
620	NC_017066	CTTG	2	8	28246	28253	0 %	50 %	25 %	25 %	383752014
621	NC_017066	ATG	2	6	28289	28294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752014
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623	NC_017066	GCAA	2	8	28417	28424	50 %	0 %	25 %	25 %	383752014
624	NC_017066	CTA	2	6	28448	28453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752014
625	NC_017066	AT	3	6	28454	28459	50 %	50 %	0 %	0 %	383752014
626	NC_017066	GCA	2	6	28501	28506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752014
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