MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP plasmid pMCC_1

Total Repeats: 245

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017055	TATG	2	8	2330	2337	25 %	50 %	25 %	0 %	381356296
2	NC_017055	TTAT	2	8	2356	2363	25 %	75 %	0 %	0 %	381356296
3	NC_017055	ATC	2	6	2460	2465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
4	NC_017055	ATCCCA	2	12	2475	2486	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	381356296
5	NC_017055	TTC	2	6	2508	2513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
6	NC_017055	TAT	2	6	2525	2530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
7	NC_017055	CAT	2	6	2612	2617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
8	NC_017055	AAT	2	6	2618	2623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
9	NC_017055	ATT	2	6	2754	2759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
10	NC_017055	TAAGAT	2	12	2810	2821	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	381356296
11	NC_017055	TCA	2	6	2849	2854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
12	NC_017055	TTC	2	6	2856	2861	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
13	NC_017055	TCA	2	6	2881	2886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
14	NC_017055	AAAT	2	8	2891	2898	75 %	25 %	0 %	0 %	381356296
15	NC_017055	TAA	2	6	2906	2911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
16	NC_017055	T	7	7	2923	2929	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
17	NC_017055	TCT	2	6	2937	2942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
18	NC_017055	ACT	2	6	2964	2969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
19	NC_017055	TGT	2	6	2978	2983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
20	NC_017055	TAT	2	6	2987	2992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
21	NC_017055	TGCAAA	2	12	2995	3006	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
22	NC_017055	AAT	2	6	3022	3027	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
23	NC_017055	TAC	2	6	3035	3040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
24	NC_017055	TGT	2	6	3047	3052	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
25	NC_017055	TAT	2	6	3056	3061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
26	NC_017055	TGCAAA	2	12	3064	3075	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
27	NC_017055	AAT	2	6	3091	3096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
28	NC_017055	TAC	2	6	3104	3109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
29	NC_017055	TGT	2	6	3116	3121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
30	NC_017055	TAT	2	6	3125	3130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
31	NC_017055	TGCAAA	2	12	3133	3144	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
32	NC_017055	AAT	2	6	3160	3165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
33	NC_017055	TAC	2	6	3173	3178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
34	NC_017055	TGT	2	6	3185	3190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
35	NC_017055	TAT	2	6	3194	3199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
36	NC_017055	TGCAAA	2	12	3202	3213	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
37	NC_017055	AAT	2	6	3229	3234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
38	NC_017055	TAC	2	6	3242	3247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
39	NC_017055	TGT	2	6	3254	3259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
40	NC_017055	TAT	2	6	3263	3268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
41	NC_017055	TGCAAA	2	12	3271	3282	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
42	NC_017055	AAT	2	6	3298	3303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
43	NC_017055	TAC	2	6	3311	3316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
44	NC_017055	TGT	2	6	3323	3328	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
45	NC_017055	TAT	2	6	3332	3337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
46	NC_017055	TGCAAA	2	12	3340	3351	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
47	NC_017055	AAT	2	6	3367	3372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
48	NC_017055	TAC	2	6	3380	3385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
49	NC_017055	TGT	2	6	3392	3397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
50	NC_017055	TAT	2	6	3401	3406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
51	NC_017055	TGCAAA	2	12	3409	3420	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381356296
52	NC_017055	AAT	2	6	3436	3441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
53	NC_017055	T	6	6	3447	3452	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
54	NC_017055	TAATTT	2	12	3474	3485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
55	NC_017055	CTA	2	6	3499	3504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
56	NC_017055	GGA	2	6	3505	3510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	381356296
57	NC_017055	ATT	2	6	3525	3530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
58	NC_017055	TAATT	2	10	3568	3577	40 %	60 %	0 %	0 %	381356296
59	NC_017055	GTA	2	6	3607	3612	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
60	NC_017055	TA	3	6	3630	3635	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
61	NC_017055	ATG	2	6	3651	3656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
62	NC_017055	TTA	2	6	3676	3681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
63	NC_017055	T	6	6	3701	3706	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
64	NC_017055	AG	3	6	3720	3725	50 %	0 %	50 %	0 %	381356296
65	NC_017055	GAT	2	6	3736	3741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
66	NC_017055	TAT	2	6	3794	3799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
67	NC_017055	AACT	2	8	3800	3807	50 %	25 %	0 %	25 %	381356296
68	NC_017055	CTT	2	6	3810	3815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
69	NC_017055	TA	3	6	3912	3917	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
70	NC_017055	T	6	6	3947	3952	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
71	NC_017055	ATA	2	6	3984	3989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
72	NC_017055	GATA	2	8	4004	4011	50 %	25 %	25 %	0 %	381356296
73	NC_017055	TA	3	6	4010	4015	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
74	NC_017055	TAT	2	6	4056	4061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
75	NC_017055	AT	3	6	4060	4065	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
76	NC_017055	TATT	2	8	4085	4092	25 %	75 %	0 %	0 %	381356296
77	NC_017055	TAG	2	6	4112	4117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
78	NC_017055	TAC	2	6	4121	4126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
79	NC_017055	ATT	2	6	4185	4190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
80	NC_017055	TAT	2	6	4302	4307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
81	NC_017055	TGTA	2	8	4311	4318	25 %	50 %	25 %	0 %	381356296
82	NC_017055	TGAT	2	8	4320	4327	25 %	50 %	25 %	0 %	381356296
83	NC_017055	ATT	2	6	4329	4334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
84	NC_017055	TAA	2	6	4349	4354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
85	NC_017055	ATA	2	6	4383	4388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
86	NC_017055	CATT	2	8	4417	4424	25 %	50 %	0 %	25 %	381356296
87	NC_017055	ATA	2	6	4453	4458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
88	NC_017055	T	6	6	4468	4473	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
89	NC_017055	ATGAA	2	10	4572	4581	60 %	20 %	20 %	0 %	381356296
90	NC_017055	TAA	2	6	4592	4597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
91	NC_017055	AAAC	2	8	4675	4682	75 %	0 %	0 %	25 %	381356296
92	NC_017055	TAAA	2	8	4724	4731	75 %	25 %	0 %	0 %	381356296
93	NC_017055	AT	4	8	4737	4744	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
94	NC_017055	AT	3	6	4784	4789	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
95	NC_017055	ATT	2	6	4801	4806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
96	NC_017055	TAA	2	6	4812	4817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
97	NC_017055	TTA	2	6	4829	4834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
98	NC_017055	AACAA	2	10	4868	4877	80 %	0 %	0 %	20 %	381356296
99	NC_017055	TTGTA	2	10	4890	4899	20 %	60 %	20 %	0 %	381356296
100	NC_017055	A	7	7	4940	4946	100 %	0 %	0 %	0 %	381356296
101	NC_017055	TTC	2	6	4959	4964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
102	NC_017055	T	6	6	5002	5007	0 %	100 %	0 %	0 %	381356296
103	NC_017055	A	6	6	5016	5021	100 %	0 %	0 %	0 %	381356296
104	NC_017055	TAA	2	6	5033	5038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
105	NC_017055	AT	3	6	5055	5060	50 %	50 %	0 %	0 %	381356296
106	NC_017055	TTA	2	6	5095	5100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
107	NC_017055	ATG	2	6	5157	5162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
108	NC_017055	ATG	2	6	5203	5208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
109	NC_017055	TA	3	6	5657	5662	50 %	50 %	0 %	0 %	381356297
110	NC_017055	CTT	2	6	5678	5683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356297
111	NC_017055	TGC	2	6	5706	5711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381356297
112	NC_017055	CAC	2	6	5757	5762	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381356297
113	NC_017055	TCT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356297
114	NC_017055	GT	3	6	5813	5818	0 %	50 %	50 %	0 %	381356297
115	NC_017055	AGTT	2	8	6531	6538	25 %	50 %	25 %	0 %	381356298
116	NC_017055	AAGAA	2	10	6599	6608	80 %	0 %	20 %	0 %	381356298
117	NC_017055	GGC	2	6	6619	6624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381356298
118	NC_017055	AAG	2	6	6627	6632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356298
119	NC_017055	A	6	6	6639	6644	100 %	0 %	0 %	0 %	381356298
120	NC_017055	AT	3	6	6671	6676	50 %	50 %	0 %	0 %	381356298
121	NC_017055	TAGA	2	8	6692	6699	50 %	25 %	25 %	0 %	381356298
122	NC_017055	ATGG	2	8	6874	6881	25 %	25 %	50 %	0 %	381356298
123	NC_017055	AG	4	8	6897	6904	50 %	0 %	50 %	0 %	381356298
124	NC_017055	AAG	2	6	6919	6924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356298
125	NC_017055	ATT	2	6	7331	7336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356299
126	NC_017055	TCA	2	6	7419	7424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
127	NC_017055	AT	3	6	7425	7430	50 %	50 %	0 %	0 %	381356299
128	NC_017055	TTTA	2	8	7469	7476	25 %	75 %	0 %	0 %	381356299
129	NC_017055	TAGC	2	8	7495	7502	25 %	25 %	25 %	25 %	381356299
130	NC_017055	AATGTA	2	12	7556	7567	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	381356299
131	NC_017055	TAC	2	6	7591	7596	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
132	NC_017055	CAT	2	6	7670	7675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
133	NC_017055	T	8	8	7686	7693	0 %	100 %	0 %	0 %	381356299
134	NC_017055	TCA	3	9	7701	7709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
135	NC_017055	CAA	2	6	7726	7731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381356299
136	NC_017055	AAT	2	6	7779	7784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356299
137	NC_017055	TAC	2	6	7829	7834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
138	NC_017055	TCTT	2	8	7862	7869	0 %	75 %	0 %	25 %	381356299
139	NC_017055	TGT	2	6	7873	7878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356299
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149	NC_017055	TCA	2	6	8220	8225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
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153	NC_017055	TCA	2	6	8502	8507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356300
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245	NC_017055	A	6	6	14295	14300	100 %	0 %	0 %	0 %	381356308

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.