MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Brazil chromosome

Total Repeats: 24185

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016913	ATA	2	6	3984	3989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015836
2	NC_016913	GCTTTT	2	12	4040	4051	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379015836
3	NC_016913	GAA	3	9	4083	4091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015836
4	NC_016913	GCG	2	6	4092	4097	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379015836
5	NC_016913	T	6	6	4141	4146	0 %	100 %	0 %	0 %	379015836
6	NC_016913	TAAG	2	8	4176	4183	50 %	25 %	25 %	0 %	379015836
7	NC_016913	GAA	2	6	4208	4213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015836
8	NC_016913	ATT	2	6	4275	4280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
9	NC_016913	TTA	2	6	4288	4293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
10	NC_016913	TGA	2	6	4309	4314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015836
11	NC_016913	GAA	2	6	4418	4423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015836
12	NC_016913	TTA	2	6	4430	4435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
13	NC_016913	A	6	6	4456	4461	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
14	NC_016913	TTG	2	6	4467	4472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379015836
15	NC_016913	TGAC	2	8	4509	4516	25 %	25 %	25 %	25 %	379015836
16	NC_016913	TAG	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015836
17	NC_016913	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
18	NC_016913	ATA	2	6	4641	4646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015836
19	NC_016913	GTT	2	6	4735	4740	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379015836
20	NC_016913	TTA	2	6	4814	4819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
21	NC_016913	A	6	6	4827	4832	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
22	NC_016913	TA	3	6	4943	4948	50 %	50 %	0 %	0 %	379015836
23	NC_016913	AAT	2	6	4975	4980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015836
24	NC_016913	ATA	2	6	4995	5000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015836
25	NC_016913	TTATC	2	10	5024	5033	20 %	60 %	0 %	20 %	379015836
26	NC_016913	TAAA	2	8	5130	5137	75 %	25 %	0 %	0 %	379015836
27	NC_016913	A	7	7	5258	5264	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
28	NC_016913	ATT	2	6	5314	5319	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
29	NC_016913	TAC	2	6	5332	5337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379015836
30	NC_016913	TGA	2	6	5371	5376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015836
31	NC_016913	A	7	7	5448	5454	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
32	NC_016913	AT	3	6	5459	5464	50 %	50 %	0 %	0 %	379015836
33	NC_016913	TGA	2	6	5485	5490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015836
34	NC_016913	ATT	2	6	5507	5512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
35	NC_016913	AGTA	2	8	5543	5550	50 %	25 %	25 %	0 %	379015836
36	NC_016913	A	7	7	5738	5744	100 %	0 %	0 %	0 %	379015837
37	NC_016913	TAG	2	6	5802	5807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015837
38	NC_016913	CTAA	2	8	5890	5897	50 %	25 %	0 %	25 %	379015837
39	NC_016913	ACC	2	6	6000	6005	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379015837
40	NC_016913	AGC	2	6	6084	6089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379015837
41	NC_016913	AT	3	6	6125	6130	50 %	50 %	0 %	0 %	379015837
42	NC_016913	GAT	2	6	6154	6159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015837
43	NC_016913	CAA	2	6	6203	6208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379015837
44	NC_016913	AT	3	6	6238	6243	50 %	50 %	0 %	0 %	379015837
45	NC_016913	G	7	7	6296	6302	0 %	0 %	100 %	0 %	379015837
46	NC_016913	CAT	2	6	6310	6315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379015837
47	NC_016913	A	7	7	6333	6339	100 %	0 %	0 %	0 %	379015837
48	NC_016913	GCA	2	6	6391	6396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379015837
49	NC_016913	TAA	2	6	6450	6455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015837
50	NC_016913	A	6	6	6454	6459	100 %	0 %	0 %	0 %	379015837
51	NC_016913	ATG	2	6	6590	6595	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015837
52	NC_016913	GAA	2	6	6636	6641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015837
53	NC_016913	TGA	2	6	6681	6686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015837
54	NC_016913	CAA	2	6	6739	6744	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379015837
55	NC_016913	GTT	2	6	6782	6787	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379015837
56	NC_016913	AGT	2	6	6801	6806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015837
57	NC_016913	A	6	6	6814	6819	100 %	0 %	0 %	0 %	379015837
58	NC_016913	AAT	2	6	6843	6848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015837
59	NC_016913	CTTA	2	8	6863	6870	25 %	50 %	0 %	25 %	379015837
60	NC_016913	TAT	2	6	6894	6899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015837
61	NC_016913	AAG	2	6	6935	6940	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015837
62	NC_016913	CAA	2	6	6956	6961	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379015837
63	NC_016913	ATT	2	6	7010	7015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015837
64	NC_016913	GTA	2	6	7046	7051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015837
65	NC_016913	A	7	7	7108	7114	100 %	0 %	0 %	0 %	379015837
66	NC_016913	CTA	2	6	7331	7336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379015838
67	NC_016913	AAT	2	6	7405	7410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015838
68	NC_016913	TGG	2	6	7630	7635	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379015839
69	NC_016913	ATT	2	6	7637	7642	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015839
70	NC_016913	A	6	6	7659	7664	100 %	0 %	0 %	0 %	379015839
71	NC_016913	TAA	3	9	7665	7673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015839
72	NC_016913	TAG	2	6	7676	7681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015839
73	NC_016913	GAA	2	6	7714	7719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015839
74	NC_016913	A	6	6	7903	7908	100 %	0 %	0 %	0 %	379015840
75	NC_016913	TAA	2	6	7909	7914	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015840
76	NC_016913	ATT	2	6	7980	7985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015840
77	NC_016913	CTAAT	2	10	7989	7998	40 %	40 %	0 %	20 %	379015840
78	NC_016913	A	6	6	8003	8008	100 %	0 %	0 %	0 %	379015840
79	NC_016913	TCTGC	2	10	8021	8030	0 %	40 %	20 %	40 %	379015840
80	NC_016913	AAG	2	6	8062	8067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015840
81	NC_016913	AGAT	2	8	8124	8131	50 %	25 %	25 %	0 %	379015840
82	NC_016913	GAA	2	6	8138	8143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015840
83	NC_016913	ATTA	2	8	8179	8186	50 %	50 %	0 %	0 %	379015840
84	NC_016913	TTA	2	6	8196	8201	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015840
85	NC_016913	GAG	2	6	8214	8219	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379015840
86	NC_016913	GTA	2	6	8244	8249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015840
87	NC_016913	TA	4	8	8304	8311	50 %	50 %	0 %	0 %	379015840
88	NC_016913	ATA	2	6	8334	8339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015840
89	NC_016913	ATT	2	6	8348	8353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015840
90	NC_016913	TAA	2	6	8367	8372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015840
91	NC_016913	GCT	2	6	8393	8398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379015840
92	NC_016913	ATT	2	6	8426	8431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015840
93	NC_016913	AGA	2	6	8434	8439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015840
94	NC_016913	TGA	2	6	8576	8581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015841
95	NC_016913	TGC	2	6	8614	8619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379015841
96	NC_016913	TAG	2	6	8625	8630	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015841
97	NC_016913	ATT	2	6	8650	8655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015841
98	NC_016913	TAA	2	6	9030	9035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015842
99	NC_016913	TAA	2	6	9097	9102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015842
100	NC_016913	ATT	2	6	9132	9137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015842
101	NC_016913	CTT	2	6	9234	9239	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379015842
102	NC_016913	A	6	6	9265	9270	100 %	0 %	0 %	0 %	379015842
103	NC_016913	ACA	2	6	9293	9298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379015842
104	NC_016913	T	6	6	9318	9323	0 %	100 %	0 %	0 %	379015842
105	NC_016913	GAT	2	6	9374	9379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015842
106	NC_016913	GTA	2	6	9380	9385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015842
107	NC_016913	GAA	2	6	9404	9409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015842
108	NC_016913	TA	3	6	9460	9465	50 %	50 %	0 %	0 %	379015842
109	NC_016913	AAT	2	6	9538	9543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015842
110	NC_016913	GTA	2	6	9552	9557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015842
111	NC_016913	AAGA	2	8	9558	9565	75 %	0 %	25 %	0 %	379015842
112	NC_016913	ACC	2	6	9682	9687	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379015842
113	NC_016913	AATT	2	8	9702	9709	50 %	50 %	0 %	0 %	379015842
114	NC_016913	GCA	2	6	9736	9741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379015842
115	NC_016913	TCAT	2	8	9751	9758	25 %	50 %	0 %	25 %	379015842
116	NC_016913	TCTA	2	8	9838	9845	25 %	50 %	0 %	25 %	379015842
117	NC_016913	TA	3	6	9891	9896	50 %	50 %	0 %	0 %	379015842
118	NC_016913	A	6	6	9914	9919	100 %	0 %	0 %	0 %	379015842
119	NC_016913	GAA	2	6	10138	10143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015843
120	NC_016913	TTA	2	6	10204	10209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015843
121	NC_016913	GTA	2	6	10313	10318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015843
122	NC_016913	AGA	2	6	10350	10355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015843
123	NC_016913	GAA	2	6	10396	10401	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015843
124	NC_016913	TGC	2	6	10446	10451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379015843
125	NC_016913	GA	3	6	10489	10494	50 %	0 %	50 %	0 %	379015843
126	NC_016913	AAT	2	6	10672	10677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015844
127	NC_016913	AAG	2	6	10717	10722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015844
128	NC_016913	AAAT	2	8	10780	10787	75 %	25 %	0 %	0 %	379015844
129	NC_016913	CCG	2	6	10824	10829	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379015844
130	NC_016913	TCA	2	6	10875	10880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379015844
131	NC_016913	T	6	6	10886	10891	0 %	100 %	0 %	0 %	379015844
132	NC_016913	T	6	6	10915	10920	0 %	100 %	0 %	0 %	379015844
133	NC_016913	T	6	6	10946	10951	0 %	100 %	0 %	0 %	379015844
134	NC_016913	ATA	2	6	10953	10958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015844
135	NC_016913	GAC	2	6	10981	10986	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379015844
136	NC_016913	CTT	2	6	11017	11022	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379015844
137	NC_016913	AGT	2	6	11027	11032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015844
138	NC_016913	TTC	2	6	11047	11052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379015844
139	NC_016913	CTG	2	6	11059	11064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379015844
140	NC_016913	AAT	2	6	11201	11206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015844
141	NC_016913	T	6	6	11283	11288	0 %	100 %	0 %	0 %	379015844
142	NC_016913	AAT	2	6	11431	11436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015845
143	NC_016913	GTC	2	6	11515	11520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379015845
144	NC_016913	TGCT	2	8	12242	12249	0 %	50 %	25 %	25 %	379015846
145	NC_016913	TAGT	2	8	12255	12262	25 %	50 %	25 %	0 %	379015846
146	NC_016913	GGA	2	6	12332	12337	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379015846
147	NC_016913	AAT	2	6	12377	12382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015846
148	NC_016913	TA	3	6	12412	12417	50 %	50 %	0 %	0 %	379015846
149	NC_016913	TAA	2	6	12430	12435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015846
150	NC_016913	CAA	2	6	12438	12443	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379015846
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152	NC_016913	TACT	2	8	12623	12630	25 %	50 %	0 %	25 %	379015847
153	NC_016913	TCC	2	6	12696	12701	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379015847
154	NC_016913	ATA	2	6	12710	12715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015847
155	NC_016913	ATG	2	6	13036	13041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015848
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157	NC_016913	CTC	2	6	13166	13171	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379015848
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161	NC_016913	AT	3	6	15563	15568	50 %	50 %	0 %	0 %	379015849
162	NC_016913	TAA	2	6	15574	15579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015849
163	NC_016913	AAC	2	6	15605	15610	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379015849
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165	NC_016913	GTA	2	6	15718	15723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015850
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168	NC_016913	TAA	2	6	15856	15861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015850
169	NC_016913	TAA	2	6	15884	15889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015850
170	NC_016913	ATT	2	6	15913	15918	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015850
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204	NC_016913	TA	3	6	18370	18375	50 %	50 %	0 %	0 %	379015856
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250	NC_016913	TAT	2	6	20848	20853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015859
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252	NC_016913	AT	3	6	20899	20904	50 %	50 %	0 %	0 %	379015859
253	NC_016913	ATT	3	9	21048	21056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015859
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256	NC_016913	TACT	2	8	21247	21254	25 %	50 %	0 %	25 %	379015859
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258	NC_016913	GTTAA	2	10	21327	21336	40 %	40 %	20 %	0 %	379015859
259	NC_016913	A	6	6	21335	21340	100 %	0 %	0 %	0 %	379015859
260	NC_016913	A	6	6	21344	21349	100 %	0 %	0 %	0 %	379015859
261	NC_016913	AG	3	6	21354	21359	50 %	0 %	50 %	0 %	379015859
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263	NC_016913	A	6	6	21434	21439	100 %	0 %	0 %	0 %	379015859
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