MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia peacockii str. Rustic plasmid pRPR

Total Repeats: 411

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012732	TTA	2	6	604	609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651160
2	NC_012732	TTTA	2	8	616	623	25 %	75 %	0 %	0 %	238651160
3	NC_012732	TAA	2	6	629	634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
4	NC_012732	ATT	2	6	637	642	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651160
5	NC_012732	TAT	2	6	671	676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651160
6	NC_012732	AAT	2	6	679	684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
7	NC_012732	TAA	2	6	717	722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
8	NC_012732	AGG	2	6	723	728	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238651160
9	NC_012732	ACT	3	9	739	747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651160
10	NC_012732	CTA	2	6	749	754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651160
11	NC_012732	CAA	2	6	778	783	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651160
12	NC_012732	GT	3	6	790	795	0 %	50 %	50 %	0 %	238651160
13	NC_012732	CTG	2	6	821	826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651160
14	NC_012732	TA	3	6	868	873	50 %	50 %	0 %	0 %	238651160
15	NC_012732	TAG	2	6	878	883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651160
16	NC_012732	ATA	2	6	893	898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
17	NC_012732	GAA	2	6	913	918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651160
18	NC_012732	A	6	6	925	930	100 %	0 %	0 %	0 %	238651160
19	NC_012732	AG	3	6	970	975	50 %	0 %	50 %	0 %	238651160
20	NC_012732	CAC	2	6	1013	1018	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651160
21	NC_012732	TAG	2	6	1049	1054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651160
22	NC_012732	TA	3	6	1108	1113	50 %	50 %	0 %	0 %	238651160
23	NC_012732	TTG	2	6	1215	1220	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651160
24	NC_012732	TTA	2	6	1221	1226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651160
25	NC_012732	CTA	2	6	1277	1282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651160
26	NC_012732	TAA	2	6	1313	1318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651160
27	NC_012732	T	6	6	1325	1330	0 %	100 %	0 %	0 %	238651160
28	NC_012732	A	6	6	1343	1348	100 %	0 %	0 %	0 %	238651161
29	NC_012732	GTA	2	6	1351	1356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651161
30	NC_012732	TAG	2	6	1357	1362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651161
31	NC_012732	A	6	6	1368	1373	100 %	0 %	0 %	0 %	238651161
32	NC_012732	ACT	2	6	1449	1454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651161
33	NC_012732	TTTA	2	8	1475	1482	25 %	75 %	0 %	0 %	238651161
34	NC_012732	ATA	2	6	1504	1509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651161
35	NC_012732	AG	3	6	1510	1515	50 %	0 %	50 %	0 %	238651161
36	NC_012732	TCAG	2	8	1533	1540	25 %	25 %	25 %	25 %	238651161
37	NC_012732	AT	3	6	1576	1581	50 %	50 %	0 %	0 %	238651161
38	NC_012732	CA	3	6	1601	1606	50 %	0 %	0 %	50 %	238651162
39	NC_012732	AGC	2	6	1630	1635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651162
40	NC_012732	CTA	2	6	1695	1700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651162
41	NC_012732	TAA	2	6	1702	1707	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651162
42	NC_012732	T	7	7	1732	1738	0 %	100 %	0 %	0 %	238651162
43	NC_012732	TGC	2	6	1750	1755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651162
44	NC_012732	T	8	8	1765	1772	0 %	100 %	0 %	0 %	238651162
45	NC_012732	ATA	2	6	1779	1784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651162
46	NC_012732	AG	3	6	1829	1834	50 %	0 %	50 %	0 %	238651162
47	NC_012732	TAAAT	2	10	1846	1855	60 %	40 %	0 %	0 %	238651162
48	NC_012732	CAA	2	6	1910	1915	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651162
49	NC_012732	AGC	2	6	1921	1926	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651162
50	NC_012732	TAT	2	6	1948	1953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651162
51	NC_012732	AT	3	6	1984	1989	50 %	50 %	0 %	0 %	238651162
52	NC_012732	A	6	6	2012	2017	100 %	0 %	0 %	0 %	238651162
53	NC_012732	AAT	2	6	2767	2772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
54	NC_012732	ACA	3	9	2836	2844	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651163
55	NC_012732	TGA	2	6	2869	2874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
56	NC_012732	ACT	2	6	2894	2899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
57	NC_012732	TTA	2	6	2939	2944	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651163
58	NC_012732	ATA	2	6	2954	2959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
59	NC_012732	AAG	2	6	3002	3007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
60	NC_012732	TTC	2	6	3025	3030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651163
61	NC_012732	TTG	2	6	3048	3053	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651163
62	NC_012732	GTA	2	6	3084	3089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
63	NC_012732	A	6	6	3155	3160	100 %	0 %	0 %	0 %	238651163
64	NC_012732	ATC	2	6	3229	3234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
65	NC_012732	TGA	2	6	3343	3348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
66	NC_012732	CTA	2	6	3351	3356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
67	NC_012732	AC	3	6	3365	3370	50 %	0 %	0 %	50 %	238651163
68	NC_012732	TCT	2	6	3375	3380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651163
69	NC_012732	TAT	2	6	3391	3396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651163
70	NC_012732	TAA	2	6	3459	3464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
71	NC_012732	ATA	2	6	3471	3476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
72	NC_012732	TAAG	2	8	3477	3484	50 %	25 %	25 %	0 %	238651163
73	NC_012732	GAT	2	6	3569	3574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
74	NC_012732	TAA	2	6	3649	3654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
75	NC_012732	CAA	2	6	3655	3660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651163
76	NC_012732	AGA	2	6	3673	3678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
77	NC_012732	AGA	2	6	3700	3705	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
78	NC_012732	AT	3	6	3715	3720	50 %	50 %	0 %	0 %	238651163
79	NC_012732	A	6	6	3802	3807	100 %	0 %	0 %	0 %	238651163
80	NC_012732	A	6	6	3824	3829	100 %	0 %	0 %	0 %	238651163
81	NC_012732	ATA	3	9	3837	3845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
82	NC_012732	ATA	3	9	3851	3859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
83	NC_012732	AAAG	2	8	3860	3867	75 %	0 %	25 %	0 %	238651163
84	NC_012732	TAA	2	6	3868	3873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
85	NC_012732	GAA	2	6	3893	3898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
86	NC_012732	A	6	6	4006	4011	100 %	0 %	0 %	0 %	238651163
87	NC_012732	AAT	2	6	4057	4062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
88	NC_012732	ATA	2	6	4089	4094	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
89	NC_012732	ATAAA	2	10	4107	4116	80 %	20 %	0 %	0 %	238651163
90	NC_012732	AAT	2	6	4124	4129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
91	NC_012732	CAT	2	6	4155	4160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
92	NC_012732	TAC	2	6	4290	4295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
93	NC_012732	CA	3	6	4406	4411	50 %	0 %	0 %	50 %	238651163
94	NC_012732	GAAA	2	8	4447	4454	75 %	0 %	25 %	0 %	238651163
95	NC_012732	AAGA	2	8	4522	4529	75 %	0 %	25 %	0 %	238651163
96	NC_012732	ATA	2	6	4602	4607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651163
97	NC_012732	AGCG	2	8	4646	4653	25 %	0 %	50 %	25 %	238651163
98	NC_012732	TAT	2	6	4706	4711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651163
99	NC_012732	AGG	2	6	4716	4721	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238651163
100	NC_012732	ATG	2	6	4737	4742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651163
101	NC_012732	TCA	2	6	4859	4864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
102	NC_012732	AGA	2	6	4900	4905	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651163
103	NC_012732	CAA	2	6	4992	4997	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651163
104	NC_012732	ACT	2	6	5025	5030	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651163
105	NC_012732	AG	3	6	5070	5075	50 %	0 %	50 %	0 %	238651163
106	NC_012732	GATAT	2	10	5085	5094	40 %	40 %	20 %	0 %	238651163
107	NC_012732	A	6	6	6555	6560	100 %	0 %	0 %	0 %	238651164
108	NC_012732	TAA	2	6	6561	6566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
109	NC_012732	ATC	2	6	6613	6618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651164
110	NC_012732	TAG	2	6	6640	6645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651164
111	NC_012732	TTA	2	6	6652	6657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651164
112	NC_012732	TGG	2	6	6682	6687	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238651164
113	NC_012732	GAA	2	6	6714	6719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651164
114	NC_012732	AAT	2	6	6724	6729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
115	NC_012732	AAG	2	6	6824	6829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651164
116	NC_012732	GGA	2	6	6851	6856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238651164
117	NC_012732	CGT	2	6	6980	6985	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651164
118	NC_012732	GCA	2	6	7018	7023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651164
119	NC_012732	TAT	2	6	7052	7057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651164
120	NC_012732	TATT	2	8	7098	7105	25 %	75 %	0 %	0 %	238651164
121	NC_012732	TA	3	6	7137	7142	50 %	50 %	0 %	0 %	238651164
122	NC_012732	CTG	3	9	7161	7169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651164
123	NC_012732	CAT	2	6	7271	7276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651164
124	NC_012732	GTT	2	6	7285	7290	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651164
125	NC_012732	TAC	2	6	7315	7320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651164
126	NC_012732	CAAA	2	8	7340	7347	75 %	0 %	0 %	25 %	238651164
127	NC_012732	TG	3	6	7353	7358	0 %	50 %	50 %	0 %	238651164
128	NC_012732	TAA	2	6	7366	7371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
129	NC_012732	TGA	2	6	7429	7434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651164
130	NC_012732	AAT	2	6	7472	7477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
131	NC_012732	TAG	2	6	7537	7542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651164
132	NC_012732	AAT	2	6	7562	7567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651164
133	NC_012732	CATCC	2	10	7840	7849	20 %	20 %	0 %	60 %	238651165
134	NC_012732	GAC	2	6	7888	7893	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651165
135	NC_012732	CGA	2	6	7903	7908	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651165
136	NC_012732	CCAA	2	8	7921	7928	50 %	0 %	0 %	50 %	238651165
137	NC_012732	TGT	2	6	7950	7955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651165
138	NC_012732	GCTC	2	8	8100	8107	0 %	25 %	25 %	50 %	238651165
139	NC_012732	GCAG	2	8	8206	8213	25 %	0 %	50 %	25 %	238651165
140	NC_012732	TGCT	2	8	8243	8250	0 %	50 %	25 %	25 %	238651165
141	NC_012732	CGA	2	6	8269	8274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651165
142	NC_012732	CCT	2	6	8391	8396	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238651166
143	NC_012732	AT	3	6	8454	8459	50 %	50 %	0 %	0 %	238651166
144	NC_012732	TCA	2	6	8505	8510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651166
145	NC_012732	GGT	2	6	8517	8522	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238651166
146	NC_012732	TGC	2	6	8555	8560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651166
147	NC_012732	A	6	6	8564	8569	100 %	0 %	0 %	0 %	238651166
148	NC_012732	GATA	2	8	8604	8611	50 %	25 %	25 %	0 %	238651166
149	NC_012732	GTA	2	6	8620	8625	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651166
150	NC_012732	GCA	2	6	8742	8747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651166
151	NC_012732	CCAA	2	8	8750	8757	50 %	0 %	0 %	50 %	238651166
152	NC_012732	ATT	2	6	8807	8812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651166
153	NC_012732	ATGA	2	8	8830	8837	50 %	25 %	25 %	0 %	238651166
154	NC_012732	TC	3	6	8942	8947	0 %	50 %	0 %	50 %	238651166
155	NC_012732	CAGA	2	8	9052	9059	50 %	0 %	25 %	25 %	238651166
156	NC_012732	TAC	2	6	9060	9065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651166
157	NC_012732	CTC	2	6	9070	9075	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238651166
158	NC_012732	GAA	2	6	9286	9291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238651166
159	NC_012732	CAA	2	6	9324	9329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651166
160	NC_012732	AG	3	6	9365	9370	50 %	0 %	50 %	0 %	238651166
161	NC_012732	ATGT	2	8	9372	9379	25 %	50 %	25 %	0 %	238651166
162	NC_012732	GCC	2	6	9623	9628	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238651167
163	NC_012732	TACT	2	8	9729	9736	25 %	50 %	0 %	25 %	238651167
164	NC_012732	ATC	2	6	9737	9742	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651167
165	NC_012732	CTT	2	6	9746	9751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651167
166	NC_012732	GACA	2	8	9807	9814	50 %	0 %	25 %	25 %	238651167
167	NC_012732	AGC	2	6	9875	9880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651167
168	NC_012732	GCA	2	6	9924	9929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238651167
169	NC_012732	CCA	2	6	9954	9959	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651167
170	NC_012732	TTC	2	6	9975	9980	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651167
171	NC_012732	TCA	2	6	10051	10056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651167
172	NC_012732	CCA	2	6	10126	10131	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238651167
173	NC_012732	GTT	2	6	10141	10146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651167
174	NC_012732	GT	3	6	10204	10209	0 %	50 %	50 %	0 %	238651167
175	NC_012732	CAGA	2	8	10336	10343	50 %	0 %	25 %	25 %	238651167
176	NC_012732	AG	3	6	10483	10488	50 %	0 %	50 %	0 %	238651168
177	NC_012732	TTG	2	6	10520	10525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238651168
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180	NC_012732	TCTT	2	8	10679	10686	0 %	75 %	0 %	25 %	238651168
181	NC_012732	GCAC	2	8	10728	10735	25 %	0 %	25 %	50 %	238651168
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235	NC_012732	A	6	6	13612	13617	100 %	0 %	0 %	0 %	238651170
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246	NC_012732	TAA	2	6	14195	14200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651170
247	NC_012732	AAGA	2	8	14256	14263	75 %	0 %	25 %	0 %	238651170
248	NC_012732	ACA	2	6	15820	15825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238651171
249	NC_012732	TAA	2	6	15841	15846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651171
250	NC_012732	A	7	7	15897	15903	100 %	0 %	0 %	0 %	238651171
251	NC_012732	ATA	2	6	15910	15915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651171
252	NC_012732	TATT	2	8	15926	15933	25 %	75 %	0 %	0 %	238651171
253	NC_012732	TTA	2	6	15952	15957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651171
254	NC_012732	ATT	2	6	15979	15984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238651171
255	NC_012732	TGA	2	6	16001	16006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651171
256	NC_012732	TATC	2	8	16012	16019	25 %	50 %	0 %	25 %	238651171
257	NC_012732	ACAA	2	8	16060	16067	75 %	0 %	0 %	25 %	238651171
258	NC_012732	TCCTAG	2	12	16072	16083	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	238651171
259	NC_012732	AAT	2	6	16125	16130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238651171
260	NC_012732	TAAA	2	8	16192	16199	75 %	25 %	0 %	0 %	238651171
261	NC_012732	A	6	6	16197	16202	100 %	0 %	0 %	0 %	238651171
262	NC_012732	TTATG	2	10	16208	16217	20 %	60 %	20 %	0 %	238651171
263	NC_012732	ATG	2	6	16225	16230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651171
264	NC_012732	TCT	2	6	16251	16256	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651171
265	NC_012732	A	6	6	16262	16267	100 %	0 %	0 %	0 %	238651171
266	NC_012732	AAAT	2	8	16448	16455	75 %	25 %	0 %	0 %	238651172
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396	NC_012732	TAAT	2	8	25034	25041	50 %	50 %	0 %	0 %	238651179
397	NC_012732	CTT	2	6	25071	25076	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238651179
398	NC_012732	T	6	6	25097	25102	0 %	100 %	0 %	0 %	238651179
399	NC_012732	ACT	2	6	25410	25415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651179
400	NC_012732	TAG	2	6	25502	25507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238651179
401	NC_012732	AT	3	6	25545	25550	50 %	50 %	0 %	0 %	238651179
402	NC_012732	TGCT	2	8	25552	25559	0 %	50 %	25 %	25 %	238651179
403	NC_012732	TGC	2	6	25619	25624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238651179
404	NC_012732	AATA	2	8	25767	25774	75 %	25 %	0 %	0 %	238651179
405	NC_012732	GTCTT	2	10	25811	25820	0 %	60 %	20 %	20 %	238651179
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407	NC_012732	ATC	2	6	25854	25859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238651179
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411	NC_012732	AT	3	6	26017	26022	50 %	50 %	0 %	0 %	238651179

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.