MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Iowa chromosome

Total Repeats: 24582

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
24501	NC_010263	GGC	2	6	1263621	1263626	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	165933930
24502	NC_010263	A	7	7	1263655	1263661	100 %	0 %	0 %	0 %	165933930
24503	NC_010263	AAG	2	6	1263691	1263696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165933930
24504	NC_010263	TAT	2	6	1263720	1263725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933930
24505	NC_010263	TGA	2	6	1263746	1263751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165933930
24506	NC_010263	ATT	2	6	1263808	1263813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933930
24507	NC_010263	AAT	2	6	1263816	1263821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165933930
24508	NC_010263	AAGT	2	8	1263899	1263906	50 %	25 %	25 %	0 %	165933930
24509	NC_010263	AGAA	2	8	1263931	1263938	75 %	0 %	25 %	0 %	165933930
24510	NC_010263	AATTT	2	10	1263970	1263979	40 %	60 %	0 %	0 %	165933930
24511	NC_010263	CAA	2	6	1265342	1265347	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165933931
24512	NC_010263	CAA	2	6	1265507	1265512	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165933931
24513	NC_010263	TTA	2	6	1265531	1265536	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933931
24514	NC_010263	AAAT	2	8	1265543	1265550	75 %	25 %	0 %	0 %	165933931
24515	NC_010263	TGATA	2	10	1265642	1265651	40 %	40 %	20 %	0 %	165933931
24516	NC_010263	AT	3	6	1265655	1265660	50 %	50 %	0 %	0 %	165933931
24517	NC_010263	TAAA	2	8	1265667	1265674	75 %	25 %	0 %	0 %	165933931
24518	NC_010263	GACT	2	8	1265712	1265719	25 %	25 %	25 %	25 %	165933931
24519	NC_010263	ATAG	2	8	1265726	1265733	50 %	25 %	25 %	0 %	165933931
24520	NC_010263	TTA	2	6	1265753	1265758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933932
24521	NC_010263	TTA	2	6	1265844	1265849	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933932
24522	NC_010263	GCA	2	6	1265857	1265862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165933932
24523	NC_010263	AT	3	6	1265863	1265868	50 %	50 %	0 %	0 %	165933932
24524	NC_010263	TAA	2	6	1265881	1265886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165933932
24525	NC_010263	CTA	2	6	1265971	1265976	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165933932
24526	NC_010263	T	7	7	1266026	1266032	0 %	100 %	0 %	0 %	165933932
24527	NC_010263	TAT	2	6	1266200	1266205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933932
24528	NC_010263	T	6	6	1266205	1266210	0 %	100 %	0 %	0 %	165933932
24529	NC_010263	ATA	2	6	1266232	1266237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165933932
24530	NC_010263	TAAT	2	8	1266268	1266275	50 %	50 %	0 %	0 %	165933932
24531	NC_010263	AATATC	2	12	1266335	1266346	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	165933932
24532	NC_010263	A	6	6	1266357	1266362	100 %	0 %	0 %	0 %	165933932
24533	NC_010263	GAT	2	6	1266372	1266377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165933932
24534	NC_010263	GTA	2	6	1266384	1266389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165933932
24535	NC_010263	AAT	2	6	1266414	1266419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165933932
24536	NC_010263	ATT	2	6	1266420	1266425	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933932
24537	NC_010263	T	7	7	1266440	1266446	0 %	100 %	0 %	0 %	165933932
24538	NC_010263	CTT	2	6	1266460	1266465	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165933932
24539	NC_010263	TCT	2	6	1266510	1266515	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165933932
24540	NC_010263	CTC	2	6	1266557	1266562	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	165933932
24541	NC_010263	AGA	2	6	1266578	1266583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165933932
24542	NC_010263	ACC	2	6	1266587	1266592	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	165933932
24543	NC_010263	T	6	6	1266607	1266612	0 %	100 %	0 %	0 %	165933932
24544	NC_010263	T	6	6	1266617	1266622	0 %	100 %	0 %	0 %	165933932
24545	NC_010263	CT	3	6	1266623	1266628	0 %	50 %	0 %	50 %	165933932
24546	NC_010263	ATT	2	6	1266639	1266644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933932
24547	NC_010263	ATA	2	6	1266651	1266656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165933932
24548	NC_010263	TTCTT	2	10	1266772	1266781	0 %	80 %	0 %	20 %	165933933
24549	NC_010263	CTTTC	2	10	1266870	1266879	0 %	60 %	0 %	40 %	165933933
24550	NC_010263	GAA	2	6	1266887	1266892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165933933
24551	NC_010263	T	6	6	1266902	1266907	0 %	100 %	0 %	0 %	165933933
24552	NC_010263	TAA	2	6	1266911	1266916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165933933
24553	NC_010263	TAA	2	6	1266930	1266935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165933933
24554	NC_010263	CACTC	2	10	1266974	1266983	20 %	20 %	0 %	60 %	165933933
24555	NC_010263	T	6	6	1266989	1266994	0 %	100 %	0 %	0 %	165933933
24556	NC_010263	CTT	2	6	1267037	1267042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165933933
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24558	NC_010263	CTT	2	6	1267109	1267114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165933933
24559	NC_010263	T	6	6	1267132	1267137	0 %	100 %	0 %	0 %	165933933
24560	NC_010263	GAT	2	6	1267241	1267246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165933933
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24562	NC_010263	TAA	2	6	1267262	1267267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165933933
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24564	NC_010263	TTC	2	6	1267278	1267283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165933933
24565	NC_010263	TATTT	2	10	1267290	1267299	20 %	80 %	0 %	0 %	165933933
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24567	NC_010263	T	6	6	1267311	1267316	0 %	100 %	0 %	0 %	165933933
24568	NC_010263	TTTTCC	2	12	1267335	1267346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165933933
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24571	NC_010263	T	7	7	1267428	1267434	0 %	100 %	0 %	0 %	165933933
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24576	NC_010263	A	6	6	1267586	1267591	100 %	0 %	0 %	0 %	165933933
24577	NC_010263	TTGCT	2	10	1267643	1267652	0 %	60 %	20 %	20 %	165933933
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24580	NC_010263	GTT	2	6	1267684	1267689	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	165933933
24581	NC_010263	T	6	6	1267698	1267703	0 %	100 %	0 %	0 %	165933933
24582	NC_010263	ATT	2	6	1267758	1267763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165933933

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.