MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Iowa chromosome

Total Repeats: 24582

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_010263	TA	3	6	24141	24146	50 %	50 %	0 %	0 %	165932577
502	NC_010263	AGA	2	6	24176	24181	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
503	NC_010263	AAG	2	6	24226	24231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
504	NC_010263	TA	3	6	24240	24245	50 %	50 %	0 %	0 %	165932577
505	NC_010263	A	6	6	24280	24285	100 %	0 %	0 %	0 %	165932577
506	NC_010263	TAA	2	6	24295	24300	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
507	NC_010263	ATG	2	6	24319	24324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932577
508	NC_010263	A	6	6	24325	24330	100 %	0 %	0 %	0 %	165932577
509	NC_010263	TTC	2	6	24332	24337	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165932577
510	NC_010263	GAA	2	6	24348	24353	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
511	NC_010263	TACCT	2	10	24419	24428	20 %	40 %	0 %	40 %	165932577
512	NC_010263	GAA	2	6	24438	24443	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
513	NC_010263	AAG	2	6	24445	24450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
514	NC_010263	AAGT	2	8	24457	24464	50 %	25 %	25 %	0 %	165932577
515	NC_010263	TACCT	2	10	24506	24515	20 %	40 %	0 %	40 %	165932577
516	NC_010263	GAA	2	6	24525	24530	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
517	NC_010263	AAG	2	6	24532	24537	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
518	NC_010263	AAGT	2	8	24544	24551	50 %	25 %	25 %	0 %	165932577
519	NC_010263	GCATTA	2	12	24597	24608	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	165932577
520	NC_010263	GAA	2	6	24660	24665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
521	NC_010263	GAA	3	9	24690	24698	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
522	NC_010263	TCCGAT	2	12	24714	24725	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	165932577
523	NC_010263	A	7	7	24782	24788	100 %	0 %	0 %	0 %	165932577
524	NC_010263	AAATGC	2	12	24790	24801	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	165932577
525	NC_010263	GTT	2	6	24840	24845	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	165932577
526	NC_010263	ATA	2	6	24859	24864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
527	NC_010263	TAA	2	6	24896	24901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
528	NC_010263	TGA	2	6	24920	24925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932577
529	NC_010263	AGA	2	6	24926	24931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
530	NC_010263	TAA	2	6	24977	24982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
531	NC_010263	CTA	2	6	25033	25038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932577
532	NC_010263	AAT	2	6	25062	25067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
533	NC_010263	TTCA	2	8	25093	25100	25 %	50 %	0 %	25 %	165932577
534	NC_010263	ATTTAA	2	12	25103	25114	50 %	50 %	0 %	0 %	165932577
535	NC_010263	AAT	2	6	25125	25130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
536	NC_010263	TTA	2	6	25141	25146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932577
537	NC_010263	GAA	2	6	25187	25192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932577
538	NC_010263	TTA	2	6	25231	25236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932577
539	NC_010263	AAC	2	6	25244	25249	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165932577
540	NC_010263	TTA	2	6	25357	25362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932577
541	NC_010263	TA	3	6	25405	25410	50 %	50 %	0 %	0 %	165932577
542	NC_010263	AAT	2	6	25458	25463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
543	NC_010263	AT	3	6	25462	25467	50 %	50 %	0 %	0 %	165932577
544	NC_010263	TAA	2	6	25523	25528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
545	NC_010263	AATA	2	8	25586	25593	75 %	25 %	0 %	0 %	165932577
546	NC_010263	GTT	2	6	25596	25601	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	165932577
547	NC_010263	ATA	2	6	25612	25617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932577
548	NC_010263	TAT	2	6	25679	25684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932577
549	NC_010263	TAC	2	6	25700	25705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932577
550	NC_010263	ATT	2	6	25723	25728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932577
551	NC_010263	TAAA	2	8	25732	25739	75 %	25 %	0 %	0 %	165932577
552	NC_010263	TCA	2	6	25751	25756	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932577
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554	NC_010263	ACA	2	6	27128	27133	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165932579
555	NC_010263	AGA	2	6	27137	27142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932579
556	NC_010263	TTA	2	6	27259	27264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932579
557	NC_010263	GAA	2	6	27345	27350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932579
558	NC_010263	ATA	2	6	27354	27359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932579
559	NC_010263	TAT	2	6	27400	27405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932579
560	NC_010263	TAAT	2	8	27460	27467	50 %	50 %	0 %	0 %	165932579
561	NC_010263	TAC	2	6	27497	27502	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932579
562	NC_010263	ATA	2	6	27508	27513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932579
563	NC_010263	TGA	2	6	27521	27526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932579
564	NC_010263	ATATT	2	10	27535	27544	40 %	60 %	0 %	0 %	165932579
565	NC_010263	A	6	6	27561	27566	100 %	0 %	0 %	0 %	165932579
566	NC_010263	ATATT	2	10	27573	27582	40 %	60 %	0 %	0 %	165932579
567	NC_010263	A	6	6	27596	27601	100 %	0 %	0 %	0 %	165932579
568	NC_010263	AAGA	2	8	27612	27619	75 %	0 %	25 %	0 %	165932579
569	NC_010263	TAG	2	6	27631	27636	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932579
570	NC_010263	GTA	2	6	27646	27651	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932579
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573	NC_010263	ATTA	2	8	27732	27739	50 %	50 %	0 %	0 %	165932579
574	NC_010263	GAT	2	6	27756	27761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932579
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576	NC_010263	ATT	2	6	27788	27793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932579
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578	NC_010263	AAATA	2	10	28021	28030	80 %	20 %	0 %	0 %	165932580
579	NC_010263	A	6	6	28217	28222	100 %	0 %	0 %	0 %	165932581
580	NC_010263	TTA	2	6	28227	28232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932581
581	NC_010263	AT	4	8	28239	28246	50 %	50 %	0 %	0 %	165932581
582	NC_010263	GAA	2	6	28258	28263	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932581
583	NC_010263	CTT	2	6	28316	28321	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165932581
584	NC_010263	CT	3	6	28332	28337	0 %	50 %	0 %	50 %	165932581
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589	NC_010263	T	6	6	28924	28929	0 %	100 %	0 %	0 %	165932582
590	NC_010263	TCT	2	6	28962	28967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165932582
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594	NC_010263	T	7	7	29114	29120	0 %	100 %	0 %	0 %	165932582
595	NC_010263	A	7	7	29142	29148	100 %	0 %	0 %	0 %	165932582
596	NC_010263	ATT	2	6	29193	29198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932582
597	NC_010263	GTA	2	6	29214	29219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932583
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599	NC_010263	AAT	2	6	29254	29259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932583
600	NC_010263	TGC	2	6	29281	29286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	165932583
601	NC_010263	TTA	2	6	29291	29296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932583
602	NC_010263	AGC	2	6	29311	29316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165932583
603	NC_010263	T	6	6	29351	29356	0 %	100 %	0 %	0 %	165932583
604	NC_010263	T	8	8	29375	29382	0 %	100 %	0 %	0 %	165932583
605	NC_010263	T	6	6	29412	29417	0 %	100 %	0 %	0 %	165932583
606	NC_010263	TCTA	2	8	29428	29435	25 %	50 %	0 %	25 %	165932583
607	NC_010263	TTTGT	2	10	29444	29453	0 %	80 %	20 %	0 %	165932583
608	NC_010263	ATTT	2	8	29472	29479	25 %	75 %	0 %	0 %	165932583
609	NC_010263	TGTC	2	8	29536	29543	0 %	50 %	25 %	25 %	165932583
610	NC_010263	TAT	2	6	29544	29549	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932583
611	NC_010263	TTC	2	6	29557	29562	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165932583
612	NC_010263	A	6	6	29625	29630	100 %	0 %	0 %	0 %	165932583
613	NC_010263	AAT	2	6	29637	29642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932583
614	NC_010263	A	6	6	29691	29696	100 %	0 %	0 %	0 %	165932584
615	NC_010263	A	6	6	29721	29726	100 %	0 %	0 %	0 %	165932584
616	NC_010263	AG	3	6	29816	29821	50 %	0 %	50 %	0 %	165932584
617	NC_010263	AT	3	6	29826	29831	50 %	50 %	0 %	0 %	165932584
618	NC_010263	A	7	7	29911	29917	100 %	0 %	0 %	0 %	165932584
619	NC_010263	CAT	2	6	30123	30128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932585
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621	NC_010263	CAA	2	6	30177	30182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165932585
622	NC_010263	ATA	2	6	30209	30214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932585
623	NC_010263	TAA	2	6	30274	30279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932585
624	NC_010263	CAT	2	6	30292	30297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932585
625	NC_010263	ATC	2	6	30362	30367	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932585
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627	NC_010263	ATA	2	6	30491	30496	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932585
628	NC_010263	TAG	2	6	30501	30506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932585
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