MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 mega plasmid

Total Repeats: 14281

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008043	GCG	2	6	39	44	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078010
2	NC_008043	CCA	2	6	55	60	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078010
3	NC_008043	CCA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078010
4	NC_008043	TGC	2	6	136	141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078010
5	NC_008043	GAG	2	6	261	266	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	99078010
6	NC_008043	TCG	2	6	271	276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078010
7	NC_008043	TCG	2	6	328	333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078010
8	NC_008043	GCC	2	6	381	386	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078010
9	NC_008043	AAGA	2	8	450	457	75 %	0 %	25 %	0 %	99078010
10	NC_008043	CTTCGG	2	12	493	504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078010
11	NC_008043	TGA	2	6	577	582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078010
12	NC_008043	CAA	2	6	611	616	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	99078010
13	NC_008043	GAT	2	6	648	653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078010
14	NC_008043	GAA	2	6	750	755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	99078010
15	NC_008043	CGC	2	6	770	775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078010
16	NC_008043	TTC	2	6	801	806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	99078010
17	NC_008043	GCC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078011
18	NC_008043	C	6	6	862	867	0 %	0 %	0 %	100 %	99078011
19	NC_008043	TGC	2	6	940	945	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078011
20	NC_008043	GCC	2	6	975	980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078011
21	NC_008043	CG	4	8	1000	1007	0 %	0 %	50 %	50 %	99078011
22	NC_008043	CG	3	6	1052	1057	0 %	0 %	50 %	50 %	99078011
23	NC_008043	CGG	2	6	1067	1072	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078011
24	NC_008043	AGCC	2	8	1075	1082	25 %	0 %	25 %	50 %	99078011
25	NC_008043	CCGC	2	8	1091	1098	0 %	0 %	25 %	75 %	99078011
26	NC_008043	GCT	2	6	1124	1129	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078011
27	NC_008043	ATGG	2	8	1185	1192	25 %	25 %	50 %	0 %	99078011
28	NC_008043	AGC	2	6	1223	1228	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078011
29	NC_008043	CGA	2	6	1244	1249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078011
30	NC_008043	GACCTT	2	12	1359	1370	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	99078011
31	NC_008043	CT	3	6	1373	1378	0 %	50 %	0 %	50 %	99078011
32	NC_008043	GCT	2	6	1452	1457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078011
33	NC_008043	GC	3	6	1461	1466	0 %	0 %	50 %	50 %	99078011
34	NC_008043	GC	3	6	1500	1505	0 %	0 %	50 %	50 %	99078011
35	NC_008043	GAG	2	6	1614	1619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	99078011
36	NC_008043	TGG	2	6	1630	1635	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	99078011
37	NC_008043	T	6	6	1670	1675	0 %	100 %	0 %	0 %	99078011
38	NC_008043	GC	3	6	1706	1711	0 %	0 %	50 %	50 %	99078011
39	NC_008043	CGC	2	6	1807	1812	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078012
40	NC_008043	ACG	2	6	1864	1869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078012
41	NC_008043	GC	3	6	1937	1942	0 %	0 %	50 %	50 %	99078012
42	NC_008043	AATCGC	2	12	1971	1982	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078012
43	NC_008043	GA	3	6	2002	2007	50 %	0 %	50 %	0 %	99078012
44	NC_008043	GCA	2	6	2027	2032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078012
45	NC_008043	AGCG	2	8	2089	2096	25 %	0 %	50 %	25 %	99078012
46	NC_008043	ACC	2	6	2128	2133	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078012
47	NC_008043	TCA	2	6	2179	2184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99078012
48	NC_008043	GCA	2	6	2210	2215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078012
49	NC_008043	TCGGGA	2	12	2225	2236	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078012
50	NC_008043	GCC	2	6	2242	2247	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078012
51	NC_008043	CCGACG	2	12	2305	2316	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078012
52	NC_008043	CAC	2	6	2490	2495	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078012
53	NC_008043	GCC	3	9	2538	2546	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078012
54	NC_008043	AG	3	6	2578	2583	50 %	0 %	50 %	0 %	99078012
55	NC_008043	CTC	2	6	2602	2607	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	99078013
56	NC_008043	CCG	2	6	2610	2615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078013
57	NC_008043	ACC	2	6	2714	2719	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078013
58	NC_008043	GCG	2	6	2737	2742	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078013
59	NC_008043	ATC	2	6	2842	2847	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99078013
60	NC_008043	GCC	2	6	2956	2961	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078013
61	NC_008043	GAT	2	6	3025	3030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078013
62	NC_008043	CG	3	6	3041	3046	0 %	0 %	50 %	50 %	99078013
63	NC_008043	GCA	2	6	3105	3110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078013
64	NC_008043	A	6	6	3212	3217	100 %	0 %	0 %	0 %	99078013
65	NC_008043	GCA	2	6	3530	3535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078014
66	NC_008043	TTG	2	6	3539	3544	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	99078014
67	NC_008043	TGA	2	6	3561	3566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078014
68	NC_008043	GCT	2	6	3575	3580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078014
69	NC_008043	CG	3	6	3585	3590	0 %	0 %	50 %	50 %	99078014
70	NC_008043	CGGT	2	8	3593	3600	0 %	25 %	50 %	25 %	99078014
71	NC_008043	TGG	2	6	3669	3674	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	99078014
72	NC_008043	CT	3	6	3716	3721	0 %	50 %	0 %	50 %	99078014
73	NC_008043	GAT	2	6	3808	3813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078014
74	NC_008043	GC	3	6	3891	3896	0 %	0 %	50 %	50 %	99078014
75	NC_008043	AAT	2	6	3898	3903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	99078014
76	NC_008043	GCG	2	6	3933	3938	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078014
77	NC_008043	CGAC	2	8	4029	4036	25 %	0 %	25 %	50 %	99078014
78	NC_008043	TCT	2	6	4074	4079	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	99078014
79	NC_008043	GC	3	6	4107	4112	0 %	0 %	50 %	50 %	99078014
80	NC_008043	GCC	2	6	4156	4161	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078014
81	NC_008043	GC	3	6	4320	4325	0 %	0 %	50 %	50 %	99078014
82	NC_008043	CCA	2	6	4326	4331	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078014
83	NC_008043	T	6	6	4336	4341	0 %	100 %	0 %	0 %	99078014
84	NC_008043	AAGC	2	8	4347	4354	50 %	0 %	25 %	25 %	99078014
85	NC_008043	GCG	2	6	4361	4366	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078014
86	NC_008043	GCG	3	9	4379	4387	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078014
87	NC_008043	TGTC	2	8	4402	4409	0 %	50 %	25 %	25 %	99078014
88	NC_008043	TC	3	6	4476	4481	0 %	50 %	0 %	50 %	99078015
89	NC_008043	TG	3	6	4499	4504	0 %	50 %	50 %	0 %	99078015
90	NC_008043	AGC	2	6	4514	4519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078015
91	NC_008043	GC	3	6	4524	4529	0 %	0 %	50 %	50 %	99078015
92	NC_008043	GC	3	6	4582	4587	0 %	0 %	50 %	50 %	99078015
93	NC_008043	CGG	2	6	4631	4636	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078015
94	NC_008043	ATG	2	6	4703	4708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078015
95	NC_008043	GC	3	6	4778	4783	0 %	0 %	50 %	50 %	99078015
96	NC_008043	ATC	2	6	4784	4789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99078015
97	NC_008043	TGG	2	6	4793	4798	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	99078015
98	NC_008043	CGC	2	6	4827	4832	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078015
99	NC_008043	CG	3	6	4843	4848	0 %	0 %	50 %	50 %	99078015
100	NC_008043	CAT	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99078015
101	NC_008043	GTTG	2	8	4935	4942	0 %	50 %	50 %	0 %	99078015
102	NC_008043	CCA	2	6	4950	4955	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078015
103	NC_008043	CCA	2	6	4965	4970	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078015
104	NC_008043	CCA	2	6	5006	5011	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	99078015
105	NC_008043	GCA	2	6	5055	5060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078015
106	NC_008043	CAA	2	6	5103	5108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	99078015
107	NC_008043	GCG	2	6	5128	5133	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078015
108	NC_008043	GAA	2	6	5409	5414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	99078016
109	NC_008043	CGC	2	6	5442	5447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078016
110	NC_008043	GCAG	2	8	5463	5470	25 %	0 %	50 %	25 %	99078016
111	NC_008043	CGG	2	6	5493	5498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078016
112	NC_008043	TCA	2	6	5555	5560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99078016
113	NC_008043	GCC	2	6	5569	5574	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078016
114	NC_008043	TGA	2	6	5583	5588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078016
115	NC_008043	GC	3	6	5627	5632	0 %	0 %	50 %	50 %	99078016
116	NC_008043	GC	3	6	5729	5734	0 %	0 %	50 %	50 %	99078016
117	NC_008043	GGT	3	9	5736	5744	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	99078016
118	NC_008043	GAG	2	6	5827	5832	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	99078016
119	NC_008043	CTG	2	6	5833	5838	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078016
120	NC_008043	TGGC	2	8	5987	5994	0 %	25 %	50 %	25 %	99078016
121	NC_008043	GC	3	6	5993	5998	0 %	0 %	50 %	50 %	99078016
122	NC_008043	CGAA	2	8	6031	6038	50 %	0 %	25 %	25 %	99078016
123	NC_008043	GCG	2	6	6073	6078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078016
124	NC_008043	GAC	2	6	6081	6086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078016
125	NC_008043	GC	3	6	6261	6266	0 %	0 %	50 %	50 %	99078017
126	NC_008043	TCA	2	6	6339	6344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99078017
127	NC_008043	CTT	2	6	6346	6351	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	99078017
128	NC_008043	CGC	2	6	6360	6365	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078017
129	NC_008043	GTT	2	6	6376	6381	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	99078017
130	NC_008043	CGA	2	6	6444	6449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078017
131	NC_008043	GCC	2	6	6536	6541	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078017
132	NC_008043	GAT	2	6	6568	6573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078017
133	NC_008043	ATC	2	6	6581	6586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99078017
134	NC_008043	GCC	2	6	6596	6601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078017
135	NC_008043	ACT	2	6	6627	6632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99078017
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137	NC_008043	AGAA	2	8	6702	6709	75 %	0 %	25 %	0 %	99078017
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268	NC_008043	GGAT	2	8	13827	13834	25 %	25 %	50 %	0 %	99078022
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301	NC_008043	TGG	2	6	15742	15747	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	99078024
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382	NC_008043	GCCC	2	8	20340	20347	0 %	0 %	25 %	75 %	99078029
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394	NC_008043	CGG	2	6	20745	20750	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078029
395	NC_008043	CAG	2	6	20764	20769	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078029
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398	NC_008043	ATG	2	6	21074	21079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	99078029
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402	NC_008043	TGG	2	6	21291	21296	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	99078029
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