MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 30284

< Previous12...678910111213141516...6061Next >

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_017066	GCA	2	6	186286	186291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752130
5002	NC_017066	CCA	2	6	186322	186327	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752130
5003	NC_017066	TAC	2	6	186336	186341	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752130
5004	NC_017066	T	8	8	186345	186352	0 %	100 %	0 %	0 %	383752130
5005	NC_017066	TCA	2	6	186398	186403	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752130
5006	NC_017066	GA	3	6	186415	186420	50 %	0 %	50 %	0 %	383752130
5007	NC_017066	TTA	2	6	186473	186478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752130
5008	NC_017066	TA	3	6	186495	186500	50 %	50 %	0 %	0 %	383752130
5009	NC_017066	TGC	2	6	186531	186536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383752130
5010	NC_017066	CCA	2	6	186562	186567	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752130
5011	NC_017066	CTT	2	6	186602	186607	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752130
5012	NC_017066	T	6	6	186625	186630	0 %	100 %	0 %	0 %	383752130
5013	NC_017066	TTGT	2	8	186654	186661	0 %	75 %	25 %	0 %	383752130
5014	NC_017066	T	6	6	186699	186704	0 %	100 %	0 %	0 %	383752130
5015	NC_017066	T	7	7	186758	186764	0 %	100 %	0 %	0 %	383752131
5016	NC_017066	TGA	2	6	186795	186800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752131
5017	NC_017066	ATT	3	9	186828	186836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752131
5018	NC_017066	TAC	2	6	186888	186893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752131
5019	NC_017066	ATCT	2	8	186939	186946	25 %	50 %	0 %	25 %	383752131
5020	NC_017066	ATT	2	6	186964	186969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752131
5021	NC_017066	TAA	3	9	187002	187010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752131
5022	NC_017066	ATATA	2	10	187020	187029	60 %	40 %	0 %	0 %	383752131
5023	NC_017066	AATTT	2	10	187030	187039	40 %	60 %	0 %	0 %	383752131
5024	NC_017066	AACATT	2	12	187045	187056	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383752131
5025	NC_017066	TAG	2	6	187090	187095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752132
5026	NC_017066	TATAAA	2	12	187099	187110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5027	NC_017066	TAA	2	6	187111	187116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5028	NC_017066	AT	3	6	187131	187136	50 %	50 %	0 %	0 %	383752132
5029	NC_017066	TATT	2	8	187137	187144	25 %	75 %	0 %	0 %	383752132
5030	NC_017066	CAT	2	6	187158	187163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752132
5031	NC_017066	TAA	2	6	187180	187185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5032	NC_017066	TAA	2	6	187225	187230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5033	NC_017066	AT	3	6	187278	187283	50 %	50 %	0 %	0 %	383752132
5034	NC_017066	ATT	2	6	187337	187342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752132
5035	NC_017066	CTC	2	6	187356	187361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383752132
5036	NC_017066	T	6	6	187404	187409	0 %	100 %	0 %	0 %	383752132
5037	NC_017066	TAT	2	6	187434	187439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752132
5038	NC_017066	AAAAC	2	10	187450	187459	80 %	0 %	0 %	20 %	383752132
5039	NC_017066	TAA	2	6	187476	187481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5040	NC_017066	GCA	2	6	187499	187504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752132
5041	NC_017066	TCC	2	6	187555	187560	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383752132
5042	NC_017066	GTG	2	6	187620	187625	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383752132
5043	NC_017066	CAT	2	6	187654	187659	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752132
5044	NC_017066	AT	3	6	187716	187721	50 %	50 %	0 %	0 %	383752132
5045	NC_017066	ATGA	2	8	187751	187758	50 %	25 %	25 %	0 %	383752132
5046	NC_017066	AAAGT	2	10	187772	187781	60 %	20 %	20 %	0 %	383752132
5047	NC_017066	TAA	2	6	187818	187823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5048	NC_017066	AAT	2	6	187837	187842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5049	NC_017066	TAA	2	6	187843	187848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5050	NC_017066	AAT	2	6	187880	187885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5051	NC_017066	CTT	2	6	187920	187925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752132
5052	NC_017066	TAA	2	6	187939	187944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5053	NC_017066	TAA	2	6	187963	187968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5054	NC_017066	T	6	6	187988	187993	0 %	100 %	0 %	0 %	383752132
5055	NC_017066	TAC	2	6	188035	188040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752132
5056	NC_017066	TAA	2	6	188071	188076	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5057	NC_017066	AT	3	6	188108	188113	50 %	50 %	0 %	0 %	383752132
5058	NC_017066	ATT	2	6	188287	188292	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752132
5059	NC_017066	ATA	2	6	188304	188309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5060	NC_017066	TCA	2	6	188313	188318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752132
5061	NC_017066	AATAA	2	10	188338	188347	80 %	20 %	0 %	0 %	383752132
5062	NC_017066	AAT	2	6	188392	188397	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
5063	NC_017066	AGC	2	6	188452	188457	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383752132
5064	NC_017066	CAA	2	6	188490	188495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383752132
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5067	NC_017066	TAA	2	6	188622	188627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5068	NC_017066	TAA	2	6	188632	188637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5069	NC_017066	AAAT	2	8	188645	188652	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5070	NC_017066	A	6	6	188662	188667	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5071	NC_017066	TTG	2	6	188668	188673	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5072	NC_017066	TATT	2	8	188699	188706	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5073	NC_017066	TATTTA	2	12	188737	188748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5074	NC_017066	ATA	2	6	188753	188758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5075	NC_017066	TA	3	6	188761	188766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5076	NC_017066	AGA	2	6	188854	188859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383752133
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5080	NC_017066	ATA	2	6	188969	188974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752133
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5082	NC_017066	TAT	3	9	189036	189044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5083	NC_017066	TTG	2	6	189066	189071	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5084	NC_017066	A	6	6	189110	189115	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5085	NC_017066	TCT	2	6	189133	189138	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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5088	NC_017066	CTTT	2	8	189275	189282	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5089	NC_017066	T	6	6	189280	189285	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5090	NC_017066	AT	3	6	189288	189293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5091	NC_017066	CTT	2	6	189299	189304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5092	NC_017066	TA	3	6	189322	189327	50 %	50 %	0 %	0 %	383752134
5093	NC_017066	ATT	2	6	189348	189353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752134
5094	NC_017066	TTC	2	6	189441	189446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752134
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5096	NC_017066	TAT	2	6	189488	189493	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5097	NC_017066	ATA	2	6	189494	189499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5098	NC_017066	GTT	2	6	189552	189557	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5099	NC_017066	AATTT	2	10	189603	189612	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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5101	NC_017066	TAA	2	6	189677	189682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5102	NC_017066	ATTAT	2	10	189683	189692	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5103	NC_017066	TTA	2	6	189738	189743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5104	NC_017066	T	7	7	189756	189762	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5105	NC_017066	TAAT	2	8	189794	189801	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5106	NC_017066	TA	3	6	189842	189847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5107	NC_017066	TTA	2	6	189963	189968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5108	NC_017066	TA	3	6	189978	189983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5109	NC_017066	GTT	2	6	190027	190032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5110	NC_017066	TGA	2	6	190074	190079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5111	NC_017066	ATC	2	6	190130	190135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752135
5112	NC_017066	TCT	2	6	190144	190149	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383752135
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5114	NC_017066	T	7	7	190413	190419	0 %	100 %	0 %	0 %	383752135
5115	NC_017066	ACC	2	6	190433	190438	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383752135
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5122	NC_017066	TGATGG	2	12	190763	190774	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383752135
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5125	NC_017066	TCATA	2	10	190831	190840	40 %	40 %	0 %	20 %	383752135
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