MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 chromosome

Total Repeats: 77913

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13001	NC_013501	GGCG	2	8	548889	548896	0 %	0 %	75 %	25 %	268316061
13002	NC_013501	CGA	2	6	548968	548973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316061
13003	NC_013501	CGAGC	2	10	548983	548992	20 %	0 %	40 %	40 %	268316061
13004	NC_013501	GCA	2	6	549030	549035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316061
13005	NC_013501	GC	3	6	549036	549041	0 %	0 %	50 %	50 %	268316061
13006	NC_013501	GCC	2	6	549077	549082	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316061
13007	NC_013501	TCGG	2	8	549095	549102	0 %	25 %	50 %	25 %	268316061
13008	NC_013501	CAG	2	6	549148	549153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316061
13009	NC_013501	CGGG	2	8	549169	549176	0 %	0 %	75 %	25 %	268316061
13010	NC_013501	CGT	2	6	549228	549233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316061
13011	NC_013501	GC	3	6	549273	549278	0 %	0 %	50 %	50 %	268316061
13012	NC_013501	ACG	2	6	549284	549289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316061
13013	NC_013501	GAA	2	6	549359	549364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268316061
13014	NC_013501	CG	3	6	549377	549382	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13015	NC_013501	CAG	2	6	549392	549397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13016	NC_013501	GGC	2	6	549492	549497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316062
13017	NC_013501	GGC	2	6	549536	549541	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316062
13018	NC_013501	ATC	2	6	549558	549563	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268316062
13019	NC_013501	GCG	2	6	549655	549660	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316062
13020	NC_013501	GCC	2	6	549690	549695	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316062
13021	NC_013501	GGC	2	6	549797	549802	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316062
13022	NC_013501	CG	3	6	549832	549837	0 %	0 %	50 %	50 %	268316062
13023	NC_013501	TGGCC	2	10	549841	549850	0 %	20 %	40 %	40 %	268316062
13024	NC_013501	CTT	2	6	549851	549856	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268316062
13025	NC_013501	GCT	2	6	549920	549925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13026	NC_013501	GCA	2	6	549976	549981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13027	NC_013501	GGC	2	6	550043	550048	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316062
13028	NC_013501	ATG	2	6	550050	550055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268316062
13029	NC_013501	GAT	2	6	550067	550072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268316062
13030	NC_013501	AGC	2	6	550083	550088	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13031	NC_013501	GGC	2	6	550097	550102	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316062
13032	NC_013501	ATG	2	6	550107	550112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268316062
13033	NC_013501	CTT	2	6	550123	550128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268316062
13034	NC_013501	TGA	2	6	550159	550164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268316062
13035	NC_013501	CCG	2	6	550206	550211	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316062
13036	NC_013501	GCA	2	6	550252	550257	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13037	NC_013501	CGCC	2	8	550273	550280	0 %	0 %	25 %	75 %	268316062
13038	NC_013501	GAA	2	6	550286	550291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268316062
13039	NC_013501	CGC	2	6	550300	550305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316062
13040	NC_013501	CAG	2	6	550334	550339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13041	NC_013501	GCC	2	6	550340	550345	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316062
13042	NC_013501	CAG	3	9	550346	550354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13043	NC_013501	GCG	2	6	550356	550361	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316062
13044	NC_013501	CAC	2	6	550382	550387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268316062
13045	NC_013501	CCG	2	6	550398	550403	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316062
13046	NC_013501	CAG	2	6	550424	550429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13047	NC_013501	GC	3	6	550486	550491	0 %	0 %	50 %	50 %	268316062
13048	NC_013501	CAT	2	6	550535	550540	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268316062
13049	NC_013501	GC	3	6	550559	550564	0 %	0 %	50 %	50 %	268316062
13050	NC_013501	CGT	2	6	550565	550570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13051	NC_013501	AGAA	2	8	550632	550639	75 %	0 %	25 %	0 %	268316062
13052	NC_013501	GCC	2	6	550665	550670	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316062
13053	NC_013501	CCA	2	6	550778	550783	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268316062
13054	NC_013501	CGA	2	6	550876	550881	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316062
13055	NC_013501	TCGG	2	8	550916	550923	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13056	NC_013501	TGA	2	6	550926	550931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13057	NC_013501	GC	3	6	550975	550980	0 %	0 %	50 %	50 %	268316063
13058	NC_013501	GC	3	6	550983	550988	0 %	0 %	50 %	50 %	268316063
13059	NC_013501	GGC	2	6	550989	550994	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316063
13060	NC_013501	CCA	2	6	551042	551047	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268316063
13061	NC_013501	GCA	2	6	551072	551077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316063
13062	NC_013501	GCG	2	6	551078	551083	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316063
13063	NC_013501	GTGCAG	2	12	551091	551102	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	268316063
13064	NC_013501	CGGC	2	8	551118	551125	0 %	0 %	50 %	50 %	268316063
13065	NC_013501	GGTG	2	8	551130	551137	0 %	25 %	75 %	0 %	268316063
13066	NC_013501	GCCG	2	8	551148	551155	0 %	0 %	50 %	50 %	268316063
13067	NC_013501	GGAAA	2	10	551161	551170	60 %	0 %	40 %	0 %	268316063
13068	NC_013501	CAG	2	6	551196	551201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316063
13069	NC_013501	GAG	2	6	551208	551213	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268316063
13070	NC_013501	CTG	3	9	551424	551432	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316063
13071	NC_013501	GTGCGG	2	12	551487	551498	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	268316063
13072	NC_013501	TGC	2	6	551501	551506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316063
13073	NC_013501	GC	4	8	551559	551566	0 %	0 %	50 %	50 %	268316063
13074	NC_013501	CCA	2	6	551597	551602	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268316063
13075	NC_013501	GGC	2	6	551613	551618	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316063
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13077	NC_013501	ACG	2	6	551665	551670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316063
13078	NC_013501	GCG	2	6	551749	551754	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316063
13079	NC_013501	G	6	6	551787	551792	0 %	0 %	100 %	0 %	268316063
13080	NC_013501	CCG	2	6	551803	551808	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316063
13081	NC_013501	TCGAC	2	10	551873	551882	20 %	20 %	20 %	40 %	268316063
13082	NC_013501	GCG	2	6	551898	551903	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316063
13083	NC_013501	GCCA	2	8	551971	551978	25 %	0 %	25 %	50 %	268316063
13084	NC_013501	GCTT	2	8	551979	551986	0 %	50 %	25 %	25 %	268316063
13085	NC_013501	T	6	6	552011	552016	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13086	NC_013501	TA	3	6	552044	552049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13087	NC_013501	TGAA	2	8	552112	552119	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13088	NC_013501	GCCC	2	8	552136	552143	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13089	NC_013501	GT	3	6	552482	552487	0 %	50 %	50 %	0 %	268316064
13090	NC_013501	TCT	2	6	552503	552508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268316064
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13092	NC_013501	CTG	2	6	552556	552561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316064
13093	NC_013501	AT	3	6	552640	552645	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13094	NC_013501	ACG	2	6	552733	552738	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316065
13095	NC_013501	TGG	2	6	552785	552790	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268316065
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13098	NC_013501	GGC	3	9	552897	552905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316065
13099	NC_013501	GACG	2	8	552907	552914	25 %	0 %	50 %	25 %	268316065
13100	NC_013501	GAC	2	6	552942	552947	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316065
13101	NC_013501	CG	3	6	552950	552955	0 %	0 %	50 %	50 %	268316065
13102	NC_013501	GCGG	2	8	552975	552982	0 %	0 %	75 %	25 %	268316065
13103	NC_013501	GCT	2	6	553020	553025	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316065
13104	NC_013501	ACA	2	6	553103	553108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268316065
13105	NC_013501	CGA	2	6	553161	553166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316065
13106	NC_013501	TCG	2	6	553192	553197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316065
13107	NC_013501	GCG	2	6	553206	553211	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316065
13108	NC_013501	GAC	2	6	553267	553272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316065
13109	NC_013501	CG	3	6	553337	553342	0 %	0 %	50 %	50 %	268316065
13110	NC_013501	GCGG	2	8	553368	553375	0 %	0 %	75 %	25 %	268316065
13111	NC_013501	CGA	2	6	553383	553388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316065
13112	NC_013501	GCG	2	6	553392	553397	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316065
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13115	NC_013501	TGG	2	6	553478	553483	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268316065
13116	NC_013501	GCC	2	6	553506	553511	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316065
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13118	NC_013501	GCG	2	6	553533	553538	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316065
13119	NC_013501	GAAAA	2	10	553612	553621	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13120	NC_013501	TCA	2	6	553650	553655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268316066
13121	NC_013501	GTG	2	6	553667	553672	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268316066
13122	NC_013501	CG	3	6	553710	553715	0 %	0 %	50 %	50 %	268316066
13123	NC_013501	GCGG	2	8	553756	553763	0 %	0 %	75 %	25 %	268316066
13124	NC_013501	GGC	2	6	553771	553776	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316066
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13240	NC_013501	GCTG	2	8	558737	558744	0 %	25 %	50 %	25 %	268316070
13241	NC_013501	CG	3	6	558820	558825	0 %	0 %	50 %	50 %	268316070
13242	NC_013501	TGC	2	6	558860	558865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316070
13243	NC_013501	GCT	2	6	558870	558875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316070
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13245	NC_013501	GGGT	2	8	558914	558921	0 %	25 %	75 %	0 %	268316070
13246	NC_013501	CGG	2	6	558934	558939	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316070
13247	NC_013501	GCT	2	6	558945	558950	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316070
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13249	NC_013501	GC	3	6	558986	558991	0 %	0 %	50 %	50 %	268316070
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13256	NC_013501	TGC	2	6	559400	559405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316070
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13258	NC_013501	TACC	2	8	559537	559544	25 %	25 %	0 %	50 %	268316070
13259	NC_013501	CTGG	2	8	559653	559660	0 %	25 %	50 %	25 %	268316070
13260	NC_013501	GCCAT	2	10	559667	559676	20 %	20 %	20 %	40 %	268316070
13261	NC_013501	GGC	2	6	559692	559697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316070
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13264	NC_013501	CGG	2	6	559786	559791	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13265	NC_013501	GCT	2	6	559926	559931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316071
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13267	NC_013501	GCT	2	6	559954	559959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316071
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13272	NC_013501	GGA	2	6	560146	560151	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268316071
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13275	NC_013501	CG	3	6	560220	560225	0 %	0 %	50 %	50 %	268316071
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13285	NC_013501	CCA	2	6	560988	560993	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268316072
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13299	NC_013501	CGG	2	6	561574	561579	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316073
13300	NC_013501	CGC	2	6	561589	561594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316073
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13304	NC_013501	GTC	2	6	561816	561821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316073
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13309	NC_013501	TGA	2	6	562079	562084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268316073
13310	NC_013501	CAC	2	6	562107	562112	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268316073
13311	NC_013501	ACC	2	6	562153	562158	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268316073
13312	NC_013501	GCCG	2	8	562218	562225	0 %	0 %	50 %	50 %	268316073
13313	NC_013501	AGT	2	6	562262	562267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268316073
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13316	NC_013501	GC	3	6	562403	562408	0 %	0 %	50 %	50 %	268316073
13317	NC_013501	AGC	3	9	562438	562446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316073
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13319	NC_013501	GAT	2	6	562533	562538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268316073
13320	NC_013501	CAG	2	6	562578	562583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316073
13321	NC_013501	GAC	2	6	562608	562613	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316073
13322	NC_013501	TGG	2	6	562806	562811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13323	NC_013501	CGG	2	6	562863	562868	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13324	NC_013501	T	7	7	562936	562942	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13325	NC_013501	GTT	2	6	562958	562963	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13326	NC_013501	GCGCC	2	10	563118	563127	0 %	0 %	40 %	60 %	268316074
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13329	NC_013501	GCC	2	6	563366	563371	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316074
13330	NC_013501	GCC	2	6	563385	563390	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316074
13331	NC_013501	GC	3	6	563409	563414	0 %	0 %	50 %	50 %	268316074
13332	NC_013501	GGA	2	6	563441	563446	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268316074
13333	NC_013501	CGC	2	6	563557	563562	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316074
13334	NC_013501	TGGGA	2	10	563565	563574	20 %	20 %	60 %	0 %	268316074
13335	NC_013501	AAC	2	6	563578	563583	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268316074
13336	NC_013501	GCAT	2	8	563584	563591	25 %	25 %	25 %	25 %	268316074
13337	NC_013501	CGC	2	6	563619	563624	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316074
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13339	NC_013501	TACCTG	2	12	563682	563693	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	268316074
13340	NC_013501	ACG	2	6	563719	563724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316074
13341	NC_013501	GC	3	6	563727	563732	0 %	0 %	50 %	50 %	268316074
13342	NC_013501	CGC	2	6	563816	563821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316074
13343	NC_013501	CGA	2	6	563831	563836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316074
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13345	NC_013501	GCC	2	6	563964	563969	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316074
13346	NC_013501	CGC	2	6	563977	563982	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316074
13347	NC_013501	CG	3	6	564014	564019	0 %	0 %	50 %	50 %	268316074
13348	NC_013501	CGC	2	6	564200	564205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316074
13349	NC_013501	GCT	2	6	564227	564232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316074
13350	NC_013501	TAC	2	6	564258	564263	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268316074
13351	NC_013501	CTG	2	6	564330	564335	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316074
13352	NC_013501	GC	3	6	564383	564388	0 %	0 %	50 %	50 %	268316074
13353	NC_013501	GGC	2	6	564519	564524	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316075
13354	NC_013501	GCCC	2	8	564533	564540	0 %	0 %	25 %	75 %	268316075
13355	NC_013501	AGG	2	6	564577	564582	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268316075
13356	NC_013501	CAG	2	6	564594	564599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268316075
13357	NC_013501	CGG	2	6	564683	564688	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316075
13358	NC_013501	CGG	2	6	564728	564733	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316075
13359	NC_013501	CTA	2	6	564791	564796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268316075
13360	NC_013501	TCG	2	6	564814	564819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316075
13361	NC_013501	ACGA	2	8	564828	564835	50 %	0 %	25 %	25 %	268316075
13362	NC_013501	CGC	2	6	564907	564912	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316075
13363	NC_013501	CG	3	6	564916	564921	0 %	0 %	50 %	50 %	268316075
13364	NC_013501	GCG	2	6	564943	564948	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316075
13365	NC_013501	CGC	2	6	564985	564990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268316075
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13367	NC_013501	GCT	2	6	565235	565240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316075
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13369	NC_013501	CG	3	6	565311	565316	0 %	0 %	50 %	50 %	268316075
13370	NC_013501	GCGTCG	2	12	565376	565387	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	268316075
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13373	NC_013501	AGCG	2	8	565549	565556	25 %	0 %	50 %	25 %	268316075
13374	NC_013501	GTT	2	6	565589	565594	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268316075
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13378	NC_013501	ACGC	2	8	565745	565752	25 %	0 %	25 %	50 %	268316075
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13380	NC_013501	GCT	2	6	565775	565780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316075
13381	NC_013501	ATCCG	2	10	565820	565829	20 %	20 %	20 %	40 %	268316075
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13389	NC_013501	GTCG	2	8	565991	565998	0 %	25 %	50 %	25 %	268316075
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13400	NC_013501	TTCGG	2	10	566463	566472	0 %	40 %	40 %	20 %	268316075
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13427	NC_013501	C	6	6	567510	567515	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
13428	NC_013501	GA	3	6	567557	567562	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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13433	NC_013501	GGTC	2	8	568019	568026	0 %	25 %	50 %	25 %	268316076
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13481	NC_013501	CG	3	6	569683	569688	0 %	0 %	50 %	50 %	268316077
13482	NC_013501	GGT	2	6	569752	569757	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268316077
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13484	NC_013501	CGT	2	6	569766	569771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268316077
13485	NC_013501	CGG	2	6	569814	569819	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268316077
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