MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-8

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017019	TC	3	6	47	52	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017019	AGG	2	6	146	151	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017019	T	7	7	251	257	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017019	ATAA	2	8	266	273	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017019	TTTAC	2	10	293	302	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017019	A	6	6	336	341	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017019	TAA	2	6	342	347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017019	TGAC	2	8	388	395	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017019	CA	4	8	444	451	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017019	CAA	2	6	482	487	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017019	AT	3	6	499	504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017019	AGC	2	6	521	526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017019	CCT	2	6	2066	2071	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_017019	A	6	6	2133	2138	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017019	AGT	2	6	2174	2179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017019	CAC	2	6	2261	2266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_017019	TCT	2	6	2356	2361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017019	GTG	2	6	2405	2410	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017019	CTTTT	2	10	2411	2420	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017019	T	7	7	2425	2431	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017019	ATG	2	6	2479	2484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017019	AT	3	6	2504	2509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017019	CTA	2	6	2567	2572	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017019	AT	3	6	2588	2593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017019	TATT	2	8	3836	3843	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017019	TTG	2	6	3848	3853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017019	TATC	2	8	3859	3866	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017019	AT	3	6	3881	3886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017019	AT	3	6	3890	3895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017019	AT	3	6	3899	3904	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017019	CTGT	2	8	3956	3963	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017019	AGA	2	6	3979	3984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017019	TTA	2	6	4008	4013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017019	A	6	6	4132	4137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017019	CTA	2	6	4144	4149	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017019	T	8	8	4430	4437	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017019	TCC	2	6	5125	5130	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_017019	TTC	2	6	5218	5223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017019	GTTT	2	8	5276	5283	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017019	AATT	2	8	5286	5293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017019	CTAA	2	8	5304	5311	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017019	A	6	6	5328	5333	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017019	TGAA	2	8	5344	5351	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017019	TGT	2	6	5381	5386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017019	TTC	2	6	8015	8020	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017019	ATT	2	6	8067	8072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017019	ATG	2	6	8124	8129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017019	TGCTA	2	10	8152	8161	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017019	CAT	2	6	8192	8197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017019	TTGA	2	8	9994	10001	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017019	TTAA	2	8	10021	10028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017019	ACCA	2	8	10106	10113	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017019	TTC	2	6	10122	10127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017019	CCAAT	2	10	10141	10150	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017019	AAT	2	6	10192	10197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017019	TCGCA	2	10	10233	10242	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017019	TCA	2	6	11121	11126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017019	GT	3	6	11133	11138	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017019	GCA	2	6	11210	11215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017019	TG	3	6	11217	11222	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017019	ATT	2	6	11360	11365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017019	TAA	2	6	11446	11451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017019	ATA	2	6	11466	11471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017019	TCG	2	6	11472	11477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017019	AAC	2	6	11721	11726	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017019	CGT	2	6	11740	11745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017019	GTG	2	6	11763	11768	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017019	TCA	2	6	11847	11852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017019	TCA	2	6	11902	11907	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017019	ATC	2	6	11997	12002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017019	CTT	2	6	12034	12039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017019	CCA	2	6	12049	12054	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017019	T	6	6	12189	12194	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017019	CAT	2	6	12208	12213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017019	TTTC	2	8	12227	12234	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017019	GATT	2	8	12273	12280	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017019	GGC	2	6	12339	12344	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017019	GGC	2	6	12401	12406	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017019	TTC	2	6	12449	12454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017019	CTT	2	6	12493	12498	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017019	GTT	2	6	12511	12516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017019	T	6	6	12579	12584	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017019	AAT	2	6	12629	12634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017019	T	6	6	13855	13860	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017019	ACA	2	6	13880	13885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017019	TTG	2	6	13926	13931	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017019	GGT	2	6	14007	14012	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017019	AAAG	2	8	14049	14056	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017019	TAA	2	6	16475	16480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017019	TCC	2	6	17272	17277	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_017019	ATT	2	6	17338	17343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017019	A	6	6	17358	17363	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017019	TAG	2	6	17405	17410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017019	T	6	6	17421	17426	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017019	TTG	2	6	17492	17497	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017019	GCAA	2	8	17542	17549	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017019	AT	3	6	17560	17565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017019	T	8	8	17565	17572	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017019	T	6	6	17653	17658	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017019	GTT	2	6	17660	17665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017019	TAA	2	6	17736	17741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017019	A	6	6	20966	20971	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017019	ATT	2	6	21056	21061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017019	T	6	6	21074	21079	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017019	GAC	2	6	21105	21110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017019	ACC	2	6	21268	21273	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_017019	ATCT	2	8	21356	21363	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017019	AGT	2	6	21406	21411	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017019	ACA	2	6	21432	21437	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017019	CAT	2	6	21493	21498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017019	AAG	2	6	21562	21567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017019	ATT	2	6	21604	21609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017019	ACAA	2	8	21644	21651	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017019	GGTT	2	8	21675	21682	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017019	CTTA	2	8	21872	21879	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017019	GTC	2	6	21889	21894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017019	ACC	2	6	21975	21980	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_017019	ATC	2	6	22022	22027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017019	G	8	8	22079	22086	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017019	AAGG	2	8	22089	22096	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017019	CTG	2	6	22116	22121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017019	ATT	2	6	22140	22145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017019	CCA	2	6	22171	22176	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_017019	GAC	2	6	22221	22226	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017019	A	6	6	22300	22305	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017019	CGG	2	6	22363	22368	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017019	TCAG	2	8	22486	22493	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017019	TAGC	2	8	22516	22523	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017019	ACC	2	6	22533	22538	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_017019	AT	3	6	25539	25544	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017019	CCT	2	6	25545	25550	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_017019	TCA	2	6	25620	25625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017019	AAC	2	6	25631	25636	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017019	GTTC	2	8	27794	27801	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017019	T	6	6	27877	27882	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017019	CTTT	2	8	29966	29973	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017019	TGT	2	6	29993	29998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017019	CAAC	2	8	30041	30048	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017019	GTT	2	6	30053	30058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017019	GT	3	6	30059	30064	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017019	TTC	2	6	30092	30097	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017019	ATT	2	6	30194	30199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017019	AAATG	2	10	30959	30968	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017019	TATATT	2	12	31192	31203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017019	GTT	2	6	31207	31212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017019	A	7	7	31325	31331	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017019	AT	3	6	31333	31338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017019	TTA	2	6	31405	31410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017019	CTT	2	6	31449	31454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017019	CATTC	2	10	31520	31529	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
151	NC_017019	AAG	2	6	31545	31550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017019	ACG	2	6	32217	32222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017019	CTT	2	6	32264	32269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017019	CGA	2	6	32275	32280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_017019	TACGTT	2	12	32375	32386	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_017019	CAT	2	6	32387	32392	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_017019	CTGAT	2	10	32479	32488	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_017019	GAG	2	6	33085	33090	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017019	C	6	6	33190	33195	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
160	NC_017019	TTGA	2	8	33227	33234	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017019	CCA	2	6	33237	33242	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.