MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-5

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016608	CAAAT	2	10	76	85	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_016608	CT	3	6	96	101	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_016608	GT	3	6	113	118	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016608	AAG	2	6	124	129	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016608	AGA	2	6	1332	1337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016608	GTA	2	6	1464	1469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016608	GTA	3	9	1475	1483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016608	TCG	2	6	1854	1859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_016608	AAG	2	6	1909	1914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016608	CAA	2	6	1930	1935	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_016608	TAT	2	6	1936	1941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016608	ATC	2	6	2812	2817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016608	AAGTTA	2	12	2889	2900	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016608	AGA	2	6	2909	2914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016608	TGA	2	6	2955	2960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016608	ACA	2	6	3008	3013	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_016608	AAAG	2	8	3033	3040	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016608	TGAC	2	8	3045	3052	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_016608	TAA	2	6	5122	5127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016608	CTAAA	2	10	5158	5167	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016608	AAAG	2	8	5176	5183	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016608	AGG	2	6	5526	5531	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016608	GGA	2	6	15113	15118	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016608	GTT	2	6	18953	18958	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016608	T	6	6	18989	18994	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016608	AGCAA	2	10	19030	19039	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016608	TAT	2	6	20740	20745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016608	TGA	3	9	20791	20799	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016608	TTA	2	6	20838	20843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016608	T	6	6	20852	20857	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016608	ACA	2	6	20906	20911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016608	CAGA	2	8	20925	20932	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_016608	GGC	2	6	21023	21028	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_016608	CGC	2	6	21051	21056	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_016608	TTTG	2	8	21094	21101	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016608	GAA	2	6	21125	21130	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016608	ATG	2	6	21138	21143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016608	TTGA	2	8	21159	21166	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016608	GAT	2	6	21262	21267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016608	CCG	2	6	21457	21462	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_016608	AGA	2	6	21469	21474	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016608	TCA	3	9	21525	21533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_016608	TTA	2	6	21576	21581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016608	GGT	2	6	21619	21624	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016608	ACA	2	6	23073	23078	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016608	GATG	2	8	23083	23090	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016608	TA	3	6	23100	23105	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016608	AGG	2	6	23125	23130	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016608	T	7	7	24839	24845	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016608	ACT	2	6	24852	24857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_016608	GAT	2	6	24889	24894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016608	TAT	2	6	24922	24927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016608	AT	3	6	24941	24946	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016608	ATG	2	6	24984	24989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016608	CATCT	2	10	25124	25133	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_016608	TAG	2	6	25172	25177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016608	A	7	7	25189	25195	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016608	A	6	6	25266	25271	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016608	TGA	2	6	25273	25278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016608	A	6	6	25278	25283	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016608	TGG	2	6	25291	25296	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016608	AACT	2	8	25326	25333	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_016608	AAT	2	6	25469	25474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016608	TAA	2	6	25497	25502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016608	T	8	8	25514	25521	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016608	CAT	2	6	25546	25551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_016608	TTA	2	6	25572	25577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016608	TAG	2	6	25594	25599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016608	T	6	6	25634	25639	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016608	CTCA	2	8	25752	25759	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_016608	AAT	2	6	25760	25765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016608	AACG	2	8	25780	25787	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_016608	T	6	6	26546	26551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016608	AGTTT	2	10	26749	26758	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016608	A	6	6	26965	26970	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016608	T	6	6	27009	27014	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016608	AT	3	6	27060	27065	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016608	AT	3	6	31227	31232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016608	TAATTA	2	12	31243	31254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016608	ATG	2	6	31259	31264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016608	T	6	6	31306	31311	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016608	AGG	2	6	31322	31327	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016608	AT	3	6	32457	32462	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016608	CAC	2	6	32466	32471	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_016608	ATT	2	6	32490	32495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016608	A	6	6	32506	32511	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016608	GTC	2	6	32512	32517	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_016608	T	6	6	32653	32658	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016608	GAT	2	6	32707	32712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016608	TGA	2	6	32718	32723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016608	TCG	2	6	32744	32749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_016608	TAGG	2	8	32827	32834	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016608	ATA	2	6	32856	32861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016608	CAT	2	6	32882	32887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016608	AGA	2	6	32932	32937	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016608	TGC	2	6	32999	33004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_016608	TTA	2	6	33213	33218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016608	ATC	2	6	33244	33249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_016608	ATA	2	6	33334	33339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016608	TAA	2	6	33343	33348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016608	CAT	2	6	33423	33428	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016608	GAT	2	6	33447	33452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016608	CTT	2	6	33489	33494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016608	ATCAAT	2	12	33523	33534	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_016608	TGG	2	6	33537	33542	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016608	TTAG	2	8	33551	33558	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016608	TCG	2	6	33645	33650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_016608	GCA	2	6	33716	33721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_016608	TAT	2	6	33729	33734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016608	AC	3	6	33866	33871	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_016608	CCA	2	6	33881	33886	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_016608	AGA	2	6	33889	33894	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016608	CCG	2	6	33902	33907	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_016608	CTCTT	2	10	33976	33985	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_016608	AAT	2	6	34116	34121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016608	ATT	2	6	34745	34750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016608	TTTA	2	8	34761	34768	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016608	TTA	2	6	34774	34779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016608	AGG	2	6	34802	34807	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016608	AATT	2	8	35893	35900	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016608	ATTT	2	8	35918	35925	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016608	TAAT	2	8	35929	35936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016608	GGTA	2	8	35987	35994	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016608	AAC	2	6	36022	36027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016608	AG	3	6	36106	36111	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016608	TAC	2	6	36264	36269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_016608	TGT	2	6	36282	36287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016608	A	6	6	36296	36301	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.