MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Prosthecochloris aestuarii DSM 271 plasmid pPAES01

Total Repeats: 291

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011061	AGG	2	6	826	831	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011061	ATA	2	6	832	837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011061	GAC	2	6	1350	1355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_011061	AAC	2	6	1464	1469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011061	TGT	2	6	7033	7038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011061	A	6	6	7080	7085	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011061	A	6	6	7093	7098	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011061	AAG	2	6	7156	7161	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011061	A	6	6	7170	7175	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011061	T	6	6	7185	7190	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011061	GTA	2	6	7206	7211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011061	CAT	2	6	8202	8207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_011061	TGA	2	6	8221	8226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011061	TC	4	8	8240	8247	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_011061	ATT	2	6	8264	8269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011061	TAA	2	6	8280	8285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011061	T	7	7	8293	8299	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011061	GAT	2	6	8334	8339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011061	TCAA	2	8	8354	8361	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_011061	ATCA	2	8	12168	12175	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_011061	A	7	7	12178	12184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011061	AGC	2	6	13615	13620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_011061	CTG	2	6	17837	17842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_011061	TCCC	2	8	17891	17898	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
25	NC_011061	TTCC	2	8	17912	17919	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_011061	CCG	2	6	17981	17986	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_011061	GCA	2	6	18010	18015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_011061	CG	3	6	18095	18100	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
29	NC_011061	TCCGG	2	10	18188	18197	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_011061	CGTG	2	8	18808	18815	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_011061	AGG	2	6	18827	18832	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011061	AT	3	6	18837	18842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011061	GCC	2	6	18861	18866	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_011061	GGC	2	6	18876	18881	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_011061	GAG	2	6	18892	18897	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011061	GCA	2	6	18926	18931	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_011061	GATG	2	8	19015	19022	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011061	GTG	2	6	19026	19031	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011061	GAAGT	2	10	19037	19046	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011061	GCC	2	6	19050	19055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_011061	CGG	2	6	19073	19078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_011061	CGTG	2	8	19203	19210	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_011061	AT	3	6	19232	19237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011061	AGTC	2	8	19246	19253	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_011061	GCC	2	6	19256	19261	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_011061	GCG	2	6	19327	19332	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_011061	GCT	2	6	19351	19356	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_011061	TCC	2	6	19360	19365	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_011061	GAAA	2	8	19382	19389	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011061	ACAGA	2	10	19466	19475	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_011061	GT	3	6	19738	19743	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011061	AACA	2	8	19753	19760	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_011061	A	6	6	19785	19790	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011061	CAT	2	6	19858	19863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_011061	TGA	2	6	19865	19870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011061	TGT	2	6	20287	20292	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011061	GAA	2	6	20299	20304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011061	A	6	6	20303	20308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011061	AT	3	6	20341	20346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011061	TCT	2	6	21337	21342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_011061	CTC	2	6	21400	21405	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_011061	TAG	2	6	21420	21425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011061	ACC	2	6	21428	21433	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_011061	CAGCTG	2	12	21482	21493	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_011061	AAT	2	6	21583	21588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011061	TTC	2	6	21601	21606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_011061	T	6	6	21608	21613	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011061	TCC	2	6	21618	21623	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_011061	ATTG	2	8	21663	21670	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011061	A	7	7	21691	21697	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011061	CAT	2	6	21849	21854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011061	TCA	2	6	21855	21860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_011061	AGG	2	6	21871	21876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011061	TCCA	2	8	22744	22751	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_011061	CGG	2	6	22767	22772	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_011061	GAT	2	6	23118	23123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011061	ATC	2	6	23124	23129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_011061	AG	3	6	23194	23199	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011061	TTG	2	6	23588	23593	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011061	TC	3	6	23619	23624	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_011061	GCA	3	9	23642	23650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_011061	GACA	2	8	25667	25674	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_011061	CG	3	6	27253	27258	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_011061	T	8	8	27270	27277	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011061	ACTTT	2	10	27292	27301	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_011061	T	6	6	27308	27313	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011061	AAAT	2	8	27330	27337	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011061	CT	3	6	27780	27785	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_011061	ATC	2	6	27796	27801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_011061	T	6	6	27911	27916	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011061	A	6	6	27937	27942	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011061	TCA	2	6	27994	27999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011061	GGA	2	6	28002	28007	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011061	TCA	3	9	30678	30686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_011061	CTT	2	6	30702	30707	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_011061	A	6	6	30773	30778	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011061	TC	4	8	32180	32187	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_011061	GAAGA	2	10	32602	32611	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011061	TAA	2	6	32657	32662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011061	ACA	2	6	32793	32798	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_011061	TTG	2	6	32821	32826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011061	GGC	2	6	32830	32835	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011061	GCATT	2	10	32963	32972	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_011061	TCC	2	6	32986	32991	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_011061	CT	3	6	33067	33072	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_011061	AGC	2	6	33638	33643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_011061	AC	3	6	34278	34283	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_011061	CAAA	2	8	34298	34305	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_011061	GAA	2	6	34352	34357	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011061	CGA	2	6	34921	34926	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011061	AGC	2	6	34971	34976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_011061	AAT	2	6	34978	34983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011061	A	7	7	34985	34991	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011061	AAT	2	6	36347	36352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011061	TGAA	2	8	36426	36433	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011061	AAC	3	9	36450	36458	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_011061	A	8	8	36578	36585	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011061	AGC	2	6	36607	36612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011061	AGA	2	6	36628	36633	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011061	TGA	2	6	36651	36656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011061	T	6	6	37891	37896	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011061	GA	3	6	37903	37908	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011061	ATA	2	6	37978	37983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011061	ACA	2	6	37992	37997	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_011061	AGA	2	6	38011	38016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011061	T	6	6	38034	38039	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011061	TAA	2	6	40501	40506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011061	CTTGT	2	10	40523	40532	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_011061	CCTGA	2	10	40533	40542	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_011061	A	6	6	41207	41212	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011061	TTA	2	6	41217	41222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011061	GAC	2	6	41273	41278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_011061	CTCTT	2	10	43658	43667	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_011061	TGA	2	6	43761	43766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011061	TC	3	6	43836	43841	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_011061	ATAC	2	8	43881	43888	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_011061	CGG	2	6	44129	44134	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_011061	CCT	2	6	44964	44969	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_011061	AGC	2	6	45029	45034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_011061	ATTT	2	8	45050	45057	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011061	TGC	2	6	45070	45075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_011061	TTTG	2	8	45108	45115	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011061	A	8	8	45443	45450	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011061	CGG	2	6	45455	45460	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_011061	GAA	2	6	45472	45477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011061	TCTT	2	8	45505	45512	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_011061	ATC	2	6	45582	45587	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_011061	TTG	3	9	45641	45649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011061	CGT	2	6	45675	45680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_011061	CT	4	8	47554	47561	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_011061	ACC	2	6	47573	47578	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_011061	TGT	2	6	47599	47604	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_011061	AT	3	6	47605	47610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_011061	A	6	6	47624	47629	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_011061	CCA	2	6	47677	47682	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_011061	ACGC	2	8	47728	47735	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
157	NC_011061	TGGC	2	8	47749	47756	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
158	NC_011061	A	6	6	48684	48689	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_011061	T	6	6	48710	48715	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_011061	TAA	2	6	48855	48860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_011061	CTT	2	6	48905	48910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_011061	CTGC	2	8	48969	48976	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
163	NC_011061	AGA	2	6	48993	48998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_011061	TGG	2	6	49002	49007	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
165	NC_011061	TGA	2	6	49013	49018	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_011061	TCC	2	6	49029	49034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
167	NC_011061	TGT	2	6	49142	49147	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_011061	TTG	2	6	49149	49154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_011061	ATC	2	6	49283	49288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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172	NC_011061	A	6	6	49356	49361	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_011061	A	6	6	50092	50097	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_011061	TGAT	2	8	50445	50452	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
175	NC_011061	TC	3	6	50488	50493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
176	NC_011061	AGC	2	6	50565	50570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_011061	ATT	2	6	50644	50649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_011061	TTC	2	6	51779	51784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_011061	TCC	2	6	51791	51796	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
183	NC_011061	CCG	2	6	51805	51810	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
184	NC_011061	CTTC	2	8	51825	51832	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
185	NC_011061	TTG	2	6	51857	51862	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
186	NC_011061	TGA	2	6	51920	51925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
187	NC_011061	CAT	2	6	51932	51937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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196	NC_011061	TTC	2	6	52414	52419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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283	NC_011061	TCT	2	6	66437	66442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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285	NC_011061	TAT	2	6	66583	66588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_011061	T	6	6	66654	66659	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_011061	T	7	7	66668	66674	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_011061	TA	3	6	66689	66694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_011061	TCA	3	9	66749	66757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.