MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Polaromonas naphthalenivorans CJ2 plasmid pPNAP05

Total Repeats: 258

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008761	CT	3	6	43	48	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008761	GCC	2	6	60	65	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_008761	CTTT	2	8	76	83	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_008761	TTG	2	6	89	94	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008761	GTG	2	6	143	148	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008761	ACG	2	6	172	177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008761	TGC	2	6	229	234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008761	GCA	2	6	262	267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008761	CAGT	2	8	319	326	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_008761	CA	3	6	366	371	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008761	TGT	2	6	388	393	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008761	CG	3	6	482	487	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008761	TG	3	6	501	506	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008761	AGG	2	6	512	517	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008761	GTT	2	6	522	527	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008761	CGG	2	6	649	654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008761	AAT	2	6	679	684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008761	TGA	2	6	703	708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008761	GTG	2	6	709	714	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008761	AGC	2	6	755	760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008761	G	6	6	787	792	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008761	GATG	2	8	800	807	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008761	GAA	2	6	847	852	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008761	GA	3	6	869	874	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008761	TGA	2	6	891	896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008761	A	7	7	992	998	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008761	GGT	2	6	1057	1062	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008761	CCT	2	6	1104	1109	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_008761	AAGA	2	8	1124	1131	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008761	TAT	2	6	2482	2487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008761	GAT	2	6	2516	2521	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008761	GGC	2	6	2542	2547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008761	A	6	6	2550	2555	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008761	AGGCG	2	10	2592	2601	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_008761	A	7	7	2621	2627	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008761	CGG	2	6	2652	2657	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_008761	TCG	2	6	2683	2688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008761	GAC	2	6	2769	2774	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008761	GT	3	6	2832	2837	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008761	T	6	6	2837	2842	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008761	GAA	2	6	2847	2852	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008761	A	7	7	2851	2857	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008761	AGG	2	6	2863	2868	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008761	GC	3	6	2871	2876	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008761	CTG	2	6	2928	2933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008761	CCT	2	6	3056	3061	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_008761	CTGG	2	8	3183	3190	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_008761	GAG	2	6	3194	3199	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008761	TCCC	2	8	3223	3230	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
50	NC_008761	TGCT	2	8	3261	3268	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008761	AGG	2	6	3301	3306	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008761	CGCC	2	8	3345	3352	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
53	NC_008761	GTG	2	6	3382	3387	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008761	GCAA	2	8	3419	3426	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_008761	GGGA	2	8	3449	3456	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008761	TGCA	4	16	3505	3520	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_008761	CATG	2	8	3527	3534	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008761	CCGG	2	8	3538	3545	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008761	TAT	2	6	3551	3556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008761	GCAA	2	8	3567	3574	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008761	CGG	2	6	3909	3914	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008761	CCG	2	6	4015	4020	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_008761	CCG	2	6	4027	4032	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_008761	GATC	2	8	4540	4547	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008761	ATTC	2	8	4567	4574	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_008761	GT	3	6	5322	5327	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008761	CGG	2	6	5358	5363	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008761	GAC	2	6	5785	5790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008761	CGT	2	6	5816	5821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008761	GCCA	2	8	6126	6133	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008761	GCG	2	6	6162	6167	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008761	CCG	2	6	6233	6238	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_008761	GAT	2	6	6247	6252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008761	GCT	2	6	6263	6268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008761	GCT	2	6	6345	6350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008761	TGA	2	6	6369	6374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008761	GTT	2	6	6391	6396	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008761	CAG	2	6	6408	6413	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008761	ACG	2	6	6426	6431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_008761	A	6	6	6442	6447	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008761	AGGCA	2	10	6489	6498	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008761	GCCA	2	8	6499	6506	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008761	GGC	2	6	6532	6537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008761	CAT	3	9	6587	6595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008761	CA	3	6	6599	6604	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_008761	CGG	2	6	8323	8328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008761	AGC	2	6	8405	8410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008761	C	6	6	8512	8517	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
89	NC_008761	A	6	6	8588	8593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008761	CCTG	2	8	8607	8614	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008761	AGC	2	6	8621	8626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008761	GTC	2	6	8635	8640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008761	CGC	2	6	8646	8651	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_008761	TTA	2	6	8659	8664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008761	C	6	6	10314	10319	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
96	NC_008761	GTT	2	6	10320	10325	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008761	TTGC	2	8	10346	10353	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_008761	CAT	2	6	10448	10453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008761	TTC	2	6	10823	10828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008761	TCGG	2	8	10846	10853	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008761	GGC	2	6	10872	10877	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008761	TGG	2	6	10907	10912	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008761	TGA	2	6	10958	10963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008761	GGAT	2	8	11012	11019	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008761	TCT	2	6	11088	11093	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008761	G	6	6	11134	11139	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008761	TTGT	2	8	11162	11169	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008761	GGA	2	6	11299	11304	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008761	CGG	2	6	11307	11312	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008761	GT	3	6	11600	11605	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008761	CTT	2	6	12753	12758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008761	TA	3	6	12773	12778	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008761	TA	3	6	12781	12786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008761	TA	3	6	12793	12798	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008761	TA	3	6	12813	12818	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008761	CCT	2	6	13762	13767	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_008761	TA	3	6	13791	13796	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008761	AAC	2	6	13803	13808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008761	TCAA	2	8	13841	13848	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_008761	CAG	2	6	13895	13900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008761	TTTA	2	8	13927	13934	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008761	GAC	2	6	13982	13987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008761	AGA	2	6	17922	17927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008761	GAACAA	2	12	17935	17946	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_008761	AAC	2	6	17949	17954	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_008761	GCCC	2	8	17982	17989	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
127	NC_008761	GTC	2	6	22437	22442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008761	C	6	6	22454	22459	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
129	NC_008761	AGC	2	6	22474	22479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_008761	TA	3	6	22506	22511	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008761	CTG	2	6	22539	22544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_008761	A	7	7	23666	23672	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008761	GTT	2	6	23739	23744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008761	GC	3	6	24707	24712	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_008761	GC	3	6	24751	24756	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008761	GCC	2	6	24851	24856	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_008761	C	6	6	24863	24868	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
138	NC_008761	CTGTC	2	10	25666	25675	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_008761	GTTTG	2	10	25678	25687	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008761	GT	3	6	25698	25703	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008761	C	6	6	27303	27308	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
142	NC_008761	TGC	2	6	27467	27472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_008761	TATG	2	8	27478	27485	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008761	AAC	2	6	27599	27604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_008761	GCC	2	6	29399	29404	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_008761	CATC	2	8	29448	29455	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_008761	TGA	2	6	29590	29595	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008761	CTT	2	6	31470	31475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_008761	A	7	7	31512	31518	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008761	GT	3	6	32148	32153	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008761	AT	3	6	32260	32265	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008761	GAT	2	6	32314	32319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008761	CG	3	6	32378	32383	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_008761	CGG	2	6	32401	32406	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_008761	ACT	2	6	32426	32431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_008761	TGA	2	6	32471	32476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_008761	TC	3	6	32530	32535	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
158	NC_008761	CGC	2	6	32569	32574	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
159	NC_008761	TCGC	2	8	32594	32601	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
160	NC_008761	TCG	2	6	38096	38101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_008761	ATC	2	6	38106	38111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_008761	CAG	2	6	38142	38147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_008761	TGCG	2	8	38172	38179	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
164	NC_008761	GAT	2	6	38239	38244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_008761	ACCG	2	8	38285	38292	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
166	NC_008761	GCT	2	6	38298	38303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_008761	GCCC	2	8	38344	38351	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
168	NC_008761	CTGT	2	8	38365	38372	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
169	NC_008761	CCT	2	6	38379	38384	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
170	NC_008761	TGGACT	2	12	38431	38442	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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172	NC_008761	TCG	2	6	41520	41525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_008761	T	6	6	41537	41542	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_008761	TTA	2	6	41555	41560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_008761	TGCT	2	8	41632	41639	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
176	NC_008761	CGA	2	6	41685	41690	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_008761	TCGG	2	8	41733	41740	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
178	NC_008761	CGG	2	6	41783	41788	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_008761	GCAG	2	8	41815	41822	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
180	NC_008761	TTC	2	6	41828	41833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_008761	GTGTT	2	10	41844	41853	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
182	NC_008761	T	6	6	49451	49456	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_008761	ACG	2	6	49481	49486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_008761	GCA	2	6	49499	49504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
185	NC_008761	TGT	2	6	49530	49535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
186	NC_008761	TG	3	6	49592	49597	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
187	NC_008761	CG	3	6	49633	49638	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
188	NC_008761	GGA	2	6	51187	51192	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
189	NC_008761	CA	3	6	51272	51277	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
190	NC_008761	CAGT	2	8	51292	51299	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
191	NC_008761	TGC	2	6	51307	51312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
192	NC_008761	CGG	2	6	51338	51343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
193	NC_008761	CAT	2	6	51963	51968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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195	NC_008761	TGCC	2	8	52009	52016	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
196	NC_008761	CTT	2	6	52029	52034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_008761	GCT	2	6	52049	52054	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
198	NC_008761	TTC	2	6	53067	53072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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200	NC_008761	CTT	2	6	53112	53117	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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204	NC_008761	TGA	2	6	53329	53334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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254	NC_008761	CTGG	2	8	57723	57730	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
255	NC_008761	GGCG	2	8	57763	57770	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
256	NC_008761	CGC	3	9	57803	57811	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
257	NC_008761	CGG	2	6	57853	57858	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
258	NC_008761	CAG	2	6	57863	57868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.