MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Pseudomonas stutzeri RCH2 plasmid pPSEST02

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019938	CGGCG	2	10	323	332	0 %	0 %	60 %	40 %	431925194
2	NC_019938	AAG	2	6	376	381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431925194
3	NC_019938	GCG	2	6	394	399	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431925194
4	NC_019938	CCA	2	6	417	422	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431925194
5	NC_019938	GCT	2	6	435	440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925194
6	NC_019938	CCAG	2	8	448	455	25 %	0 %	25 %	50 %	431925194
7	NC_019938	CCG	2	6	476	481	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925194
8	NC_019938	CCAG	2	8	488	495	25 %	0 %	25 %	50 %	431925194
9	NC_019938	GCA	2	6	496	501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925194
10	NC_019938	CGC	2	6	790	795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925195
11	NC_019938	GCT	2	6	865	870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925195
12	NC_019938	AAG	2	6	890	895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431925195
13	NC_019938	ATCG	3	12	916	927	25 %	25 %	25 %	25 %	431925195
14	NC_019938	GCCG	2	8	940	947	0 %	0 %	50 %	50 %	431925195
15	NC_019938	TCG	2	6	996	1001	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925195
16	NC_019938	CCA	2	6	1021	1026	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431925195
17	NC_019938	CGA	2	6	1048	1053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925195
18	NC_019938	CCGG	2	8	1059	1066	0 %	0 %	50 %	50 %	431925195
19	NC_019938	TGG	2	6	1092	1097	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	431925195
20	NC_019938	ATG	2	6	1100	1105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431925195
21	NC_019938	GCC	2	6	1106	1111	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925195
22	NC_019938	AGC	2	6	1131	1136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925195
23	NC_019938	AAG	2	6	1163	1168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431925195
24	NC_019938	AGG	2	6	1173	1178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	431925195
25	NC_019938	GCC	2	6	1241	1246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925195
26	NC_019938	GAT	2	6	1324	1329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431925195
27	NC_019938	GAG	2	6	1331	1336	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	431925195
28	NC_019938	GCT	2	6	1339	1344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925195
29	NC_019938	GC	3	6	1349	1354	0 %	0 %	50 %	50 %	431925195
30	NC_019938	CTG	2	6	1567	1572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925196
31	NC_019938	AC	3	6	1695	1700	50 %	0 %	0 %	50 %	431925196
32	NC_019938	GGA	2	6	1727	1732	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	431925196
33	NC_019938	CTG	2	6	1740	1745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925196
34	NC_019938	CCA	2	6	1806	1811	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431925196
35	NC_019938	G	6	6	1823	1828	0 %	0 %	100 %	0 %	431925196
36	NC_019938	AC	3	6	2203	2208	50 %	0 %	0 %	50 %	431925197
37	NC_019938	GCAA	2	8	2219	2226	50 %	0 %	25 %	25 %	431925197
38	NC_019938	CCG	2	6	2228	2233	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925197
39	NC_019938	CGA	2	6	2311	2316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925197
40	NC_019938	CTG	2	6	2417	2422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925198
41	NC_019938	GTG	2	6	2490	2495	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	431925198
42	NC_019938	CTGC	2	8	2498	2505	0 %	25 %	25 %	50 %	431925198
43	NC_019938	GCTG	2	8	2584	2591	0 %	25 %	50 %	25 %	431925198
44	NC_019938	ACC	2	6	2678	2683	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	431925198
45	NC_019938	GAGC	2	8	2697	2704	25 %	0 %	50 %	25 %	431925198
46	NC_019938	TGG	2	6	2777	2782	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	431925198
47	NC_019938	GCC	2	6	2812	2817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925198
48	NC_019938	GC	3	6	2835	2840	0 %	0 %	50 %	50 %	431925198
49	NC_019938	CCG	2	6	2951	2956	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925198
50	NC_019938	CG	3	6	3014	3019	0 %	0 %	50 %	50 %	431925198
51	NC_019938	GC	3	6	3064	3069	0 %	0 %	50 %	50 %	431925198
52	NC_019938	GTCGCT	2	12	3075	3086	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925198
53	NC_019938	TCGC	2	8	3192	3199	0 %	25 %	25 %	50 %	431925198
54	NC_019938	GATGG	2	10	3203	3212	20 %	20 %	60 %	0 %	431925198
55	NC_019938	CGA	2	6	3255	3260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925198
56	NC_019938	CAA	2	6	3336	3341	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431925198
57	NC_019938	GGC	2	6	3376	3381	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431925198
58	NC_019938	TTC	2	6	3397	3402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431925198
59	NC_019938	GAC	2	6	3454	3459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925198
60	NC_019938	TTC	2	6	3470	3475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431925198
61	NC_019938	TGG	2	6	3494	3499	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	431925198
62	NC_019938	GACG	2	8	3570	3577	25 %	0 %	50 %	25 %	431925198
63	NC_019938	TCCG	2	8	3581	3588	0 %	25 %	25 %	50 %	431925198
64	NC_019938	GCC	2	6	3601	3606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925198
65	NC_019938	GCG	2	6	3618	3623	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431925198
66	NC_019938	TTC	2	6	3631	3636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431925198
67	NC_019938	AAC	2	6	3646	3651	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431925198
68	NC_019938	CAA	2	6	3675	3680	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431925198
69	NC_019938	CCG	2	6	3681	3686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925198
70	NC_019938	TGC	2	6	3705	3710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925198
71	NC_019938	ACG	2	6	3830	3835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925198
72	NC_019938	GCA	2	6	3842	3847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925198
73	NC_019938	GAG	2	6	3859	3864	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	431925198
74	NC_019938	TGC	2	6	3926	3931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925198
75	NC_019938	GC	3	6	3980	3985	0 %	0 %	50 %	50 %	431925198
76	NC_019938	TGC	2	6	4013	4018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925198
77	NC_019938	CTG	2	6	4036	4041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925198
78	NC_019938	CTA	2	6	4074	4079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431925198
79	NC_019938	AGC	2	6	4771	4776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925199
80	NC_019938	ACG	2	6	4821	4826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925200
81	NC_019938	TCA	2	6	4840	4845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431925200
82	NC_019938	GAA	2	6	4906	4911	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431925200
83	NC_019938	GCT	2	6	4975	4980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925200
84	NC_019938	CCGC	2	8	5196	5203	0 %	0 %	25 %	75 %	431925201
85	NC_019938	CGA	2	6	5396	5401	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925202
86	NC_019938	GCA	2	6	5402	5407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925202
87	NC_019938	CTG	2	6	5424	5429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925202
88	NC_019938	CA	3	6	5445	5450	50 %	0 %	0 %	50 %	431925202
89	NC_019938	GC	3	6	5480	5485	0 %	0 %	50 %	50 %	431925202
90	NC_019938	GCAG	2	8	5523	5530	25 %	0 %	50 %	25 %	431925202
91	NC_019938	CGA	2	6	5621	5626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925202
92	NC_019938	GA	3	6	5638	5643	50 %	0 %	50 %	0 %	431925202
93	NC_019938	GC	4	8	6676	6683	0 %	0 %	50 %	50 %	431925203
94	NC_019938	CGG	2	6	6782	6787	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	431925203
95	NC_019938	CGA	2	6	6821	6826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925203
96	NC_019938	TAC	2	6	6858	6863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	431925203
97	NC_019938	GCT	2	6	6870	6875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925203
98	NC_019938	GAG	2	6	6876	6881	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	431925203
99	NC_019938	GCA	2	6	6885	6890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925203
100	NC_019938	GCC	2	6	6918	6923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925204
101	NC_019938	GC	3	6	6929	6934	0 %	0 %	50 %	50 %	431925204
102	NC_019938	GTG	2	6	7063	7068	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	431925204
103	NC_019938	CGC	2	6	7110	7115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925205
104	NC_019938	CAG	2	6	7153	7158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925205
105	NC_019938	TGG	2	6	7169	7174	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	431925205
106	NC_019938	AAG	2	6	7196	7201	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431925205
107	NC_019938	AGG	2	6	7248	7253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	431925205
108	NC_019938	AGCC	2	8	7265	7272	25 %	0 %	25 %	50 %	431925205
109	NC_019938	GCT	2	6	8211	8216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925206
110	NC_019938	CGA	2	6	8268	8273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925206
111	NC_019938	TGAG	2	8	8315	8322	25 %	25 %	50 %	0 %	431925206
112	NC_019938	CCG	2	6	8333	8338	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925206
113	NC_019938	GAA	2	6	8404	8409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	431925206
114	NC_019938	CAG	2	6	8433	8438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925206
115	NC_019938	GCA	2	6	8448	8453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925206
116	NC_019938	AGGC	2	8	8465	8472	25 %	0 %	50 %	25 %	431925206
117	NC_019938	TGA	2	6	8498	8503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	431925206
118	NC_019938	AGC	2	6	8546	8551	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925206
119	NC_019938	TCT	2	6	8578	8583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	431925206
120	NC_019938	GCT	2	6	8721	8726	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925206
121	NC_019938	GCCG	2	8	8734	8741	0 %	0 %	50 %	50 %	431925206
122	NC_019938	CGC	2	6	8752	8757	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925206
123	NC_019938	ACCGCC	2	12	8792	8803	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	431925207
124	NC_019938	CGA	2	6	8812	8817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925207
125	NC_019938	ACGC	2	8	8835	8842	25 %	0 %	25 %	50 %	431925207
126	NC_019938	GCA	2	6	8894	8899	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925207
127	NC_019938	GCA	2	6	8906	8911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925207
128	NC_019938	GCC	2	6	8996	9001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925207
129	NC_019938	CGC	2	6	9017	9022	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925207
130	NC_019938	GCC	2	6	9053	9058	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925207
131	NC_019938	GCC	2	6	9149	9154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	431925207
132	NC_019938	GAAG	2	8	9166	9173	50 %	0 %	50 %	0 %	431925207
133	NC_019938	CAG	2	6	9209	9214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	431925207
134	NC_019938	GTC	2	6	9353	9358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925207
135	NC_019938	GC	3	6	9428	9433	0 %	0 %	50 %	50 %	431925207
136	NC_019938	TCTG	2	8	9476	9483	0 %	50 %	25 %	25 %	431925208
137	NC_019938	AAC	2	6	9562	9567	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	431925208
138	NC_019938	GCT	2	6	9579	9584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925208
139	NC_019938	CTG	2	6	9664	9669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	431925208
140	NC_019938	GC	3	6	9748	9753	0 %	0 %	50 %	50 %	431925208
141	NC_019938	GAGC	2	8	9835	9842	25 %	0 %	50 %	25 %	431925208

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.