MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Pyrobaculum oguniense TE7 extrachromosomal element

Total Repeats: 379

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016886	AAAAAT	2	12	720	731	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379005764
2	NC_016886	AAC	2	6	732	737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005764
3	NC_016886	GAA	2	6	748	753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005764
4	NC_016886	GAG	2	6	771	776	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005764
5	NC_016886	AGG	2	6	803	808	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005764
6	NC_016886	ACA	2	6	863	868	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005764
7	NC_016886	GGTGT	2	10	926	935	0 %	40 %	60 %	0 %	379005764
8	NC_016886	ACG	2	6	941	946	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005764
9	NC_016886	TGG	2	6	961	966	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379005764
10	NC_016886	TAT	2	6	1003	1008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379005764
11	NC_016886	CT	3	6	1015	1020	0 %	50 %	0 %	50 %	379005764
12	NC_016886	CAA	2	6	1021	1026	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005764
13	NC_016886	GGA	2	6	1033	1038	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005764
14	NC_016886	A	6	6	1087	1092	100 %	0 %	0 %	0 %	379005764
15	NC_016886	AAG	2	6	1100	1105	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005764
16	NC_016886	AGAA	2	8	1106	1113	75 %	0 %	25 %	0 %	379005764
17	NC_016886	AGA	2	6	1139	1144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005764
18	NC_016886	CGC	2	6	1173	1178	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005764
19	NC_016886	TGAG	2	8	1341	1348	25 %	25 %	50 %	0 %	379005764
20	NC_016886	AGT	2	6	1351	1356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005765
21	NC_016886	CGT	2	6	1369	1374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005765
22	NC_016886	TAC	2	6	1406	1411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005765
23	NC_016886	A	7	7	1431	1437	100 %	0 %	0 %	0 %	379005765
24	NC_016886	TGT	2	6	1507	1512	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379005765
25	NC_016886	CGA	2	6	1516	1521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005765
26	NC_016886	GAG	2	6	1644	1649	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005766
27	NC_016886	GAA	2	6	1677	1682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005766
28	NC_016886	GAG	2	6	1683	1688	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005766
29	NC_016886	CGA	2	6	1721	1726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005766
30	NC_016886	A	7	7	1735	1741	100 %	0 %	0 %	0 %	379005766
31	NC_016886	T	6	6	1743	1748	0 %	100 %	0 %	0 %	379005767
32	NC_016886	ACTG	2	8	1769	1776	25 %	25 %	25 %	25 %	379005767
33	NC_016886	AGT	2	6	1790	1795	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005767
34	NC_016886	TGA	2	6	1797	1802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005767
35	NC_016886	CAA	2	6	1848	1853	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005767
36	NC_016886	T	6	6	1870	1875	0 %	100 %	0 %	0 %	379005767
37	NC_016886	CAG	2	6	1978	1983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005767
38	NC_016886	A	6	6	1997	2002	100 %	0 %	0 %	0 %	379005767
39	NC_016886	CT	3	6	2016	2021	0 %	50 %	0 %	50 %	379005767
40	NC_016886	ACC	2	6	2027	2032	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379005767
41	NC_016886	TGGT	2	8	2040	2047	0 %	50 %	50 %	0 %	379005767
42	NC_016886	AC	3	6	2107	2112	50 %	0 %	0 %	50 %	379005768
43	NC_016886	AAT	2	6	2120	2125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005768
44	NC_016886	GAC	2	6	2160	2165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005768
45	NC_016886	TCG	2	6	2208	2213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005768
46	NC_016886	CTCTCC	2	12	2324	2335	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379005768
47	NC_016886	A	7	7	2457	2463	100 %	0 %	0 %	0 %	379005769
48	NC_016886	A	7	7	2511	2517	100 %	0 %	0 %	0 %	379005769
49	NC_016886	GTC	2	6	2563	2568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005769
50	NC_016886	CAA	3	9	2638	2646	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005769
51	NC_016886	ACG	2	6	2721	2726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005770
52	NC_016886	GCG	2	6	2832	2837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005770
53	NC_016886	CCG	2	6	2887	2892	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005771
54	NC_016886	ACG	2	6	2902	2907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005771
55	NC_016886	CAT	2	6	2912	2917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005771
56	NC_016886	TAG	2	6	2923	2928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005771
57	NC_016886	AGA	2	6	2945	2950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005771
58	NC_016886	AAGAA	2	10	2957	2966	80 %	0 %	20 %	0 %	379005771
59	NC_016886	GCTACA	2	12	3077	3088	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379005771
60	NC_016886	A	7	7	3095	3101	100 %	0 %	0 %	0 %	379005771
61	NC_016886	AGCA	2	8	3154	3161	50 %	0 %	25 %	25 %	379005771
62	NC_016886	A	6	6	3163	3168	100 %	0 %	0 %	0 %	379005771
63	NC_016886	ACT	2	6	3170	3175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005771
64	NC_016886	TCC	2	6	3181	3186	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379005771
65	NC_016886	TAA	2	6	3203	3208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005772
66	NC_016886	AGTT	2	8	3221	3228	25 %	50 %	25 %	0 %	379005772
67	NC_016886	AGA	2	6	3261	3266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005772
68	NC_016886	ACG	2	6	3284	3289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005772
69	NC_016886	TCG	2	6	3353	3358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005772
70	NC_016886	CCG	2	6	3382	3387	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005772
71	NC_016886	ACA	2	6	3392	3397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005772
72	NC_016886	TCA	2	6	3398	3403	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005772
73	NC_016886	GAA	2	6	3411	3416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005772
74	NC_016886	ACGGA	2	10	3454	3463	40 %	0 %	40 %	20 %	379005773
75	NC_016886	GAA	2	6	3477	3482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005773
76	NC_016886	AGGA	2	8	3489	3496	50 %	0 %	50 %	0 %	379005773
77	NC_016886	GAA	2	6	3497	3502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005773
78	NC_016886	GA	3	6	3503	3508	50 %	0 %	50 %	0 %	379005773
79	NC_016886	ACT	2	6	3626	3631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005773
80	NC_016886	GAA	2	6	3693	3698	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005774
81	NC_016886	CCA	2	6	3755	3760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379005774
82	NC_016886	CGA	2	6	3879	3884	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005774
83	NC_016886	A	6	6	3896	3901	100 %	0 %	0 %	0 %	379005774
84	NC_016886	A	6	6	4277	4282	100 %	0 %	0 %	0 %	379005775
85	NC_016886	GTC	2	6	4283	4288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005775
86	NC_016886	CAA	2	6	4294	4299	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005775
87	NC_016886	TA	3	6	4315	4320	50 %	50 %	0 %	0 %	379005775
88	NC_016886	CAT	2	6	4327	4332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005775
89	NC_016886	TCTA	2	8	4380	4387	25 %	50 %	0 %	25 %	379005775
90	NC_016886	TAA	2	6	4407	4412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005775
91	NC_016886	AC	3	6	4425	4430	50 %	0 %	0 %	50 %	379005775
92	NC_016886	GAAGA	2	10	4478	4487	60 %	0 %	40 %	0 %	379005775
93	NC_016886	AAGT	2	8	4492	4499	50 %	25 %	25 %	0 %	379005775
94	NC_016886	TCG	2	6	4524	4529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005775
95	NC_016886	TC	3	6	4544	4549	0 %	50 %	0 %	50 %	379005775
96	NC_016886	AAC	2	6	4688	4693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005776
97	NC_016886	ACG	2	6	4749	4754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005776
98	NC_016886	AAG	2	6	4798	4803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005776
99	NC_016886	GGA	3	9	4809	4817	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005777
100	NC_016886	A	6	6	4819	4824	100 %	0 %	0 %	0 %	379005777
101	NC_016886	AAG	2	6	4832	4837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
102	NC_016886	GAA	2	6	4842	4847	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
103	NC_016886	AGA	2	6	4848	4853	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
104	NC_016886	GAA	2	6	4866	4871	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
105	NC_016886	GAAA	2	8	4931	4938	75 %	0 %	25 %	0 %	379005777
106	NC_016886	ACG	2	6	4976	4981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005777
107	NC_016886	ATA	2	6	4996	5001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005777
108	NC_016886	GGC	2	6	5019	5024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005777
109	NC_016886	AGA	2	6	5027	5032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
110	NC_016886	AGG	2	6	5053	5058	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005777
111	NC_016886	AG	3	6	5062	5067	50 %	0 %	50 %	0 %	379005777
112	NC_016886	AGGC	2	8	5138	5145	25 %	0 %	50 %	25 %	379005777
113	NC_016886	CAG	2	6	5154	5159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005778
114	NC_016886	AGG	2	6	5239	5244	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005778
115	NC_016886	ATC	2	6	5262	5267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005778
116	NC_016886	GAA	2	6	5279	5284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005778
117	NC_016886	GGC	2	6	5321	5326	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005778
118	NC_016886	GAT	2	6	5348	5353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005778
119	NC_016886	AAG	2	6	5365	5370	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005778
120	NC_016886	GAG	2	6	5371	5376	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005778
121	NC_016886	CTCC	2	8	5381	5388	0 %	25 %	0 %	75 %	379005778
122	NC_016886	AGA	2	6	5450	5455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005778
123	NC_016886	GAG	2	6	5460	5465	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005778
124	NC_016886	GCC	2	6	5477	5482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005778
125	NC_016886	TGA	2	6	5495	5500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005778
126	NC_016886	GAT	2	6	5537	5542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005778
127	NC_016886	GAG	2	6	5562	5567	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005778
128	NC_016886	GAT	2	6	5591	5596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005778
129	NC_016886	GGC	2	6	5673	5678	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005778
130	NC_016886	AGA	2	6	5719	5724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005778
131	NC_016886	GGC	2	6	5735	5740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005778
132	NC_016886	GAG	2	6	5766	5771	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005778
133	NC_016886	GAG	3	9	5778	5786	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005778
134	NC_016886	AAGA	2	8	5787	5794	75 %	0 %	25 %	0 %	379005778
135	NC_016886	TGA	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005778
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265	NC_016886	GGA	2	6	10877	10882	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005786
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.