MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-3

Total Repeats: 251

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016636	GAAAT	2	10	31	40	60 %	20 %	20 %	0 %	377810573
2	NC_016636	ATTT	2	8	103	110	25 %	75 %	0 %	0 %	377810573
3	NC_016636	T	7	7	108	114	0 %	100 %	0 %	0 %	377810573
4	NC_016636	ATT	2	6	117	122	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810573
5	NC_016636	A	6	6	244	249	100 %	0 %	0 %	0 %	377810573
6	NC_016636	T	6	6	300	305	0 %	100 %	0 %	0 %	377810573
7	NC_016636	AGA	2	6	341	346	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810573
8	NC_016636	AGT	2	6	447	452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810573
9	NC_016636	AGA	2	6	518	523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810573
10	NC_016636	T	6	6	525	530	0 %	100 %	0 %	0 %	377810573
11	NC_016636	AGA	2	6	605	610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810573
12	NC_016636	A	7	7	644	650	100 %	0 %	0 %	0 %	377810573
13	NC_016636	AGAAA	2	10	704	713	80 %	0 %	20 %	0 %	377810573
14	NC_016636	GC	3	6	809	814	0 %	0 %	50 %	50 %	377810573
15	NC_016636	A	7	7	891	897	100 %	0 %	0 %	0 %	377810573
16	NC_016636	CAAG	2	8	906	913	50 %	0 %	25 %	25 %	377810573
17	NC_016636	AAG	2	6	916	921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810573
18	NC_016636	TGA	2	6	981	986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810574
19	NC_016636	CAA	2	6	1061	1066	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810574
20	NC_016636	GTTGAT	2	12	1084	1095	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	377810574
21	NC_016636	TCA	2	6	1132	1137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810574
22	NC_016636	CAA	2	6	1150	1155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810574
23	NC_016636	GAT	2	6	1159	1164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810574
24	NC_016636	GAC	2	6	1168	1173	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377810574
25	NC_016636	A	6	6	1177	1182	100 %	0 %	0 %	0 %	377810574
26	NC_016636	AAAG	2	8	1248	1255	75 %	0 %	25 %	0 %	377810574
27	NC_016636	CAA	2	6	1279	1284	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810574
28	NC_016636	ACAA	2	8	1301	1308	75 %	0 %	0 %	25 %	377810574
29	NC_016636	GAA	2	6	1315	1320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810574
30	NC_016636	ATA	2	6	1370	1375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810574
31	NC_016636	AAG	2	6	1382	1387	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810574
32	NC_016636	ACAA	2	8	1397	1404	75 %	0 %	0 %	25 %	377810574
33	NC_016636	AACCTA	2	12	1436	1447	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	377810574
34	NC_016636	GTG	2	6	1452	1457	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377810574
35	NC_016636	TCA	2	6	1822	1827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810575
36	NC_016636	ATC	2	6	1858	1863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810575
37	NC_016636	TCT	2	6	1871	1876	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377810575
38	NC_016636	GTT	2	6	2011	2016	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810575
39	NC_016636	TTC	2	6	2139	2144	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377810575
40	NC_016636	CATC	2	8	2153	2160	25 %	25 %	0 %	50 %	377810575
41	NC_016636	TAAAT	2	10	2546	2555	60 %	40 %	0 %	0 %	377810576
42	NC_016636	A	6	6	2563	2568	100 %	0 %	0 %	0 %	377810576
43	NC_016636	AT	3	6	2589	2594	50 %	50 %	0 %	0 %	377810576
44	NC_016636	TATT	2	8	2735	2742	25 %	75 %	0 %	0 %	377810577
45	NC_016636	T	6	6	2758	2763	0 %	100 %	0 %	0 %	377810577
46	NC_016636	A	6	6	2792	2797	100 %	0 %	0 %	0 %	377810577
47	NC_016636	TAA	3	9	2811	2819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810577
48	NC_016636	T	6	6	2844	2849	0 %	100 %	0 %	0 %	377810577
49	NC_016636	ACA	2	6	2930	2935	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810577
50	NC_016636	T	8	8	2998	3005	0 %	100 %	0 %	0 %	377810577
51	NC_016636	CTG	2	6	3010	3015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377810577
52	NC_016636	T	7	7	3021	3027	0 %	100 %	0 %	0 %	377810577
53	NC_016636	CAA	2	6	3084	3089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810577
54	NC_016636	TTA	2	6	3090	3095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810577
55	NC_016636	GAAT	2	8	3106	3113	50 %	25 %	25 %	0 %	377810577
56	NC_016636	A	7	7	3145	3151	100 %	0 %	0 %	0 %	377810577
57	NC_016636	ATA	2	6	3194	3199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810577
58	NC_016636	A	6	6	3266	3271	100 %	0 %	0 %	0 %	377810577
59	NC_016636	A	8	8	3286	3293	100 %	0 %	0 %	0 %	377810577
60	NC_016636	GCG	2	6	3465	3470	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377810578
61	NC_016636	AAG	2	6	3493	3498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810578
62	NC_016636	ACC	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	377810578
63	NC_016636	TCA	3	9	3615	3623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810578
64	NC_016636	TAA	2	6	3675	3680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810578
65	NC_016636	TAA	2	6	3685	3690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810578
66	NC_016636	GTT	2	6	3707	3712	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810578
67	NC_016636	CTTCC	2	10	3766	3775	0 %	40 %	0 %	60 %	377810578
68	NC_016636	TTA	2	6	3786	3791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810578
69	NC_016636	T	6	6	3830	3835	0 %	100 %	0 %	0 %	377810578
70	NC_016636	TCT	2	6	3852	3857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377810578
71	NC_016636	CAT	2	6	3953	3958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810578
72	NC_016636	AGT	2	6	3983	3988	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810578
73	NC_016636	CTTT	2	8	4014	4021	0 %	75 %	0 %	25 %	377810578
74	NC_016636	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810578
75	NC_016636	GTT	2	6	4135	4140	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810578
76	NC_016636	CAG	2	6	4141	4146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377810578
77	NC_016636	TCT	2	6	4188	4193	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377810578
78	NC_016636	TTG	2	6	4196	4201	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810578
79	NC_016636	AAAG	2	8	4211	4218	75 %	0 %	25 %	0 %	377810578
80	NC_016636	ATTGA	2	10	4325	4334	40 %	40 %	20 %	0 %	377810578
81	NC_016636	TCCA	2	8	4378	4385	25 %	25 %	0 %	50 %	377810578
82	NC_016636	CAA	2	6	4399	4404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810578
83	NC_016636	TAC	2	6	4522	4527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810578
84	NC_016636	ATCAAC	2	12	4547	4558	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	377810578
85	NC_016636	CTTG	2	8	4636	4643	0 %	50 %	25 %	25 %	377810578
86	NC_016636	TTC	2	6	4658	4663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377810578
87	NC_016636	GCT	2	6	4809	4814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377810578
88	NC_016636	AGC	2	6	4832	4837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377810578
89	NC_016636	TAA	2	6	4901	4906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810578
90	NC_016636	CAG	2	6	4927	4932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377810578
91	NC_016636	AGG	2	6	4943	4948	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	377810578
92	NC_016636	AAT	2	6	5054	5059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810578
93	NC_016636	ATA	2	6	5123	5128	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810578
94	NC_016636	ACTG	2	8	5160	5167	25 %	25 %	25 %	25 %	377810578
95	NC_016636	TGT	2	6	5259	5264	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810578
96	NC_016636	CCA	2	6	5289	5294	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	377810578
97	NC_016636	AAAC	2	8	5302	5309	75 %	0 %	0 %	25 %	377810578
98	NC_016636	CAA	2	6	5321	5326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810578
99	NC_016636	ATA	2	6	5334	5339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810578
100	NC_016636	T	7	7	5381	5387	0 %	100 %	0 %	0 %	377810578
101	NC_016636	CAG	3	9	5398	5406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377810578
102	NC_016636	TAG	2	6	5413	5418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810578
103	NC_016636	ATT	2	6	5475	5480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810578
104	NC_016636	AAC	2	6	5483	5488	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810578
105	NC_016636	TTA	2	6	5514	5519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810578
106	NC_016636	TTG	2	6	5685	5690	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810578
107	NC_016636	CATA	2	8	5723	5730	50 %	25 %	0 %	25 %	377810578
108	NC_016636	TTG	2	6	6095	6100	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810579
109	NC_016636	TTG	2	6	6169	6174	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810579
110	NC_016636	TATC	2	8	6226	6233	25 %	50 %	0 %	25 %	377810579
111	NC_016636	ATAA	2	8	6237	6244	75 %	25 %	0 %	0 %	377810579
112	NC_016636	TGT	2	6	6478	6483	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810580
113	NC_016636	T	7	7	6500	6506	0 %	100 %	0 %	0 %	377810580
114	NC_016636	TCA	2	6	6512	6517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810580
115	NC_016636	TAC	2	6	6540	6545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810580
116	NC_016636	CAA	2	6	6778	6783	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810581
117	NC_016636	AAG	2	6	6818	6823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810581
118	NC_016636	AAT	2	6	6841	6846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810581
119	NC_016636	CGT	2	6	6859	6864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377810581
120	NC_016636	GCTAC	2	10	6892	6901	20 %	20 %	20 %	40 %	377810581
121	NC_016636	A	7	7	6988	6994	100 %	0 %	0 %	0 %	377810581
122	NC_016636	TGT	2	6	7043	7048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377810581
123	NC_016636	GCT	2	6	7059	7064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377810581
124	NC_016636	TTCC	2	8	7094	7101	0 %	50 %	0 %	50 %	377810581
125	NC_016636	ATTA	2	8	7177	7184	50 %	50 %	0 %	0 %	377810581
126	NC_016636	TTGGT	2	10	7250	7259	0 %	60 %	40 %	0 %	377810581
127	NC_016636	TTA	2	6	7267	7272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810581
128	NC_016636	CAAG	2	8	7318	7325	50 %	0 %	25 %	25 %	377810581
129	NC_016636	A	8	8	7817	7824	100 %	0 %	0 %	0 %	377810582
130	NC_016636	TGA	2	6	7839	7844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810582
131	NC_016636	TGCT	2	8	7847	7854	0 %	50 %	25 %	25 %	377810582
132	NC_016636	TGA	2	6	7908	7913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810582
133	NC_016636	A	6	6	7958	7963	100 %	0 %	0 %	0 %	377810582
134	NC_016636	AAG	2	6	7967	7972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810582
135	NC_016636	ATT	2	6	7975	7980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810582
136	NC_016636	GTC	2	6	7982	7987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377810582
137	NC_016636	TTC	2	6	8794	8799	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377810583
138	NC_016636	A	6	6	8930	8935	100 %	0 %	0 %	0 %	377810583
139	NC_016636	GTA	2	6	8960	8965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810583
140	NC_016636	T	6	6	8986	8991	0 %	100 %	0 %	0 %	377810583
141	NC_016636	TGA	2	6	9027	9032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810583
142	NC_016636	ATT	2	6	9072	9077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810583
143	NC_016636	ACT	2	6	9178	9183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810583
144	NC_016636	AATC	2	8	9259	9266	50 %	25 %	0 %	25 %	377810583
145	NC_016636	A	7	7	9324	9330	100 %	0 %	0 %	0 %	377810583
146	NC_016636	AAAG	2	8	9387	9394	75 %	0 %	25 %	0 %	377810583
147	NC_016636	AACAG	2	10	9471	9480	60 %	0 %	20 %	20 %	377810583
148	NC_016636	GC	3	6	9489	9494	0 %	0 %	50 %	50 %	377810583
149	NC_016636	A	7	7	9571	9577	100 %	0 %	0 %	0 %	377810583
150	NC_016636	AAG	2	6	9596	9601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810583
151	NC_016636	AAT	2	6	9631	9636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810583
152	NC_016636	TGA	2	6	9661	9666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810584
153	NC_016636	CAA	2	6	9741	9746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810584
154	NC_016636	GTTGAT	2	12	9764	9775	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	377810584
155	NC_016636	CAA	2	6	9816	9821	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810584
156	NC_016636	CAA	2	6	9830	9835	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810584
157	NC_016636	GAT	2	6	9839	9844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810584
158	NC_016636	GAC	2	6	9848	9853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377810584
159	NC_016636	A	6	6	9857	9862	100 %	0 %	0 %	0 %	377810584
160	NC_016636	AAAG	2	8	9928	9935	75 %	0 %	25 %	0 %	377810584
161	NC_016636	CAA	2	6	9959	9964	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810584
162	NC_016636	ACAA	2	8	9981	9988	75 %	0 %	0 %	25 %	377810584
163	NC_016636	GAA	2	6	9995	10000	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810584
164	NC_016636	CAAT	2	8	10072	10079	50 %	25 %	0 %	25 %	377810584
165	NC_016636	A	6	6	10143	10148	100 %	0 %	0 %	0 %	377810584
166	NC_016636	AGA	2	6	10153	10158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810584
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168	NC_016636	GAT	2	6	10201	10206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810584
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170	NC_016636	CA	3	6	10841	10846	50 %	0 %	0 %	50 %	377810585
171	NC_016636	AGCCA	2	10	10886	10895	40 %	0 %	20 %	40 %	377810585
172	NC_016636	AGA	2	6	10924	10929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810585
173	NC_016636	GGT	2	6	11041	11046	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377810585
174	NC_016636	GCT	2	6	11059	11064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377810585
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178	NC_016636	GGT	2	6	11465	11470	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377810585
179	NC_016636	ACAA	2	8	12744	12751	75 %	0 %	0 %	25 %	377810586
180	NC_016636	TACGAT	2	12	12753	12764	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	377810586
181	NC_016636	CAC	2	6	12808	12813	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	377810586
182	NC_016636	TGA	2	6	12905	12910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810586
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185	NC_016636	ATT	2	6	13008	13013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810586
186	NC_016636	TGG	2	6	13052	13057	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377810586
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188	NC_016636	TGA	2	6	13112	13117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810586
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197	NC_016636	ACC	2	6	13480	13485	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	377810586
198	NC_016636	CGAC	2	8	13495	13502	25 %	0 %	25 %	50 %	377810586
199	NC_016636	GCTTAG	2	12	13543	13554	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	377810586
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220	NC_016636	ATT	2	6	15189	15194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810588
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223	NC_016636	CAA	2	6	15225	15230	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810589
224	NC_016636	TTAA	2	8	15257	15264	50 %	50 %	0 %	0 %	377810589
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226	NC_016636	T	6	6	15333	15338	0 %	100 %	0 %	0 %	377810589
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230	NC_016636	CAA	2	6	15610	15615	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	377810590
231	NC_016636	CTG	2	6	15668	15673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377810590
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234	NC_016636	AATT	2	8	15946	15953	50 %	50 %	0 %	0 %	377810590
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239	NC_016636	ATT	2	6	16270	16275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810591
240	NC_016636	TCA	2	6	16327	16332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377810591
241	NC_016636	CGC	2	6	16389	16394	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377810591
242	NC_016636	TAA	2	6	16443	16448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	377810591
243	NC_016636	TGAT	2	8	16494	16501	25 %	50 %	25 %	0 %	377810591
244	NC_016636	AAAG	2	8	16907	16914	75 %	0 %	25 %	0 %	377810592
245	NC_016636	TGA	2	6	16928	16933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810592
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247	NC_016636	TGA	2	6	16997	17002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377810592
248	NC_016636	A	6	6	17047	17052	100 %	0 %	0 %	0 %	377810592
249	NC_016636	AAG	2	6	17056	17061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377810592
250	NC_016636	ATT	2	6	17064	17069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	377810592
251	NC_016636	GTC	2	6	17071	17076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377810592

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.