MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-4

Total Repeats: 383

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016607	TACA	2	8	157	164	50 %	25 %	0 %	25 %	381184518
2	NC_016607	AAAG	2	8	221	228	75 %	0 %	25 %	0 %	381184518
3	NC_016607	CAG	2	6	245	250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
4	NC_016607	TGGCT	2	10	354	363	0 %	40 %	40 %	20 %	381184518
5	NC_016607	CGG	2	6	454	459	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184518
6	NC_016607	ATTT	2	8	508	515	25 %	75 %	0 %	0 %	381184518
7	NC_016607	GAT	2	6	524	529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184518
8	NC_016607	CTA	2	6	557	562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184518
9	NC_016607	GAA	2	6	590	595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184518
10	NC_016607	AGC	2	6	620	625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
11	NC_016607	AAT	2	6	693	698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184518
12	NC_016607	T	8	8	736	743	0 %	100 %	0 %	0 %	381184518
13	NC_016607	TGA	2	6	775	780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184518
14	NC_016607	TGC	2	6	797	802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184518
15	NC_016607	TCT	2	6	849	854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184518
16	NC_016607	GTC	2	6	862	867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184518
17	NC_016607	ACA	2	6	906	911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184518
18	NC_016607	CAG	2	6	990	995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
19	NC_016607	GA	3	6	1001	1006	50 %	0 %	50 %	0 %	381184518
20	NC_016607	GTT	2	6	1167	1172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184518
21	NC_016607	TGGC	2	8	1178	1185	0 %	25 %	50 %	25 %	381184518
22	NC_016607	AATG	2	8	1230	1237	50 %	25 %	25 %	0 %	381184518
23	NC_016607	AGC	2	6	1370	1375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
24	NC_016607	A	6	6	1386	1391	100 %	0 %	0 %	0 %	381184518
25	NC_016607	AACC	2	8	1404	1411	50 %	0 %	0 %	50 %	381184518
26	NC_016607	GAC	2	6	1421	1426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
27	NC_016607	ACATGA	2	12	1562	1573	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381184518
28	NC_016607	GCC	2	6	1592	1597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184518
29	NC_016607	CCAG	2	8	1813	1820	25 %	0 %	25 %	50 %	381184519
30	NC_016607	TAA	2	6	1834	1839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184519
31	NC_016607	GTA	2	6	1852	1857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184519
32	NC_016607	CTG	2	6	1924	1929	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184519
33	NC_016607	CTA	2	6	1989	1994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184519
34	NC_016607	CAT	2	6	2122	2127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184519
35	NC_016607	CAG	2	6	2140	2145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184519
36	NC_016607	GTT	2	6	2187	2192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184519
37	NC_016607	TGTC	2	8	2208	2215	0 %	50 %	25 %	25 %	381184519
38	NC_016607	TAAA	2	8	2345	2352	75 %	25 %	0 %	0 %	381184520
39	NC_016607	TGG	2	6	2483	2488	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
40	NC_016607	GTG	2	6	2489	2494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
41	NC_016607	TTA	2	6	2507	2512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184520
42	NC_016607	GTT	2	6	2635	2640	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184520
43	NC_016607	TTCAGT	2	12	2651	2662	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	381184520
44	NC_016607	GCT	2	6	2666	2671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184520
45	NC_016607	GGC	2	6	2680	2685	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184520
46	NC_016607	TCA	2	6	2745	2750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184520
47	NC_016607	ACA	2	6	2847	2852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184520
48	NC_016607	CAG	2	6	2887	2892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
49	NC_016607	CTT	2	6	2943	2948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184520
50	NC_016607	CTT	2	6	2988	2993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184520
51	NC_016607	AAGT	2	8	3020	3027	50 %	25 %	25 %	0 %	381184520
52	NC_016607	AAG	2	6	3035	3040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184520
53	NC_016607	AGT	2	6	3132	3137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184520
54	NC_016607	CAG	2	6	3174	3179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
55	NC_016607	GTT	2	6	3212	3217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184520
56	NC_016607	GTTAA	2	10	3293	3302	40 %	40 %	20 %	0 %	381184520
57	NC_016607	TTA	2	6	3350	3355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184520
58	NC_016607	AGC	2	6	3419	3424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
59	NC_016607	GGT	2	6	3444	3449	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
60	NC_016607	TTCA	2	8	3511	3518	25 %	50 %	0 %	25 %	381184520
61	NC_016607	ATA	2	6	4814	4819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184521
62	NC_016607	TTG	2	6	4886	4891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184521
63	NC_016607	GAA	3	9	4927	4935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184521
64	NC_016607	AAG	2	6	5000	5005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184521
65	NC_016607	T	6	6	5114	5119	0 %	100 %	0 %	0 %	381184522
66	NC_016607	TA	3	6	5208	5213	50 %	50 %	0 %	0 %	381184522
67	NC_016607	TTA	2	6	5244	5249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184522
68	NC_016607	GATA	2	8	5271	5278	50 %	25 %	25 %	0 %	381184522
69	NC_016607	TTA	2	6	5353	5358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184523
70	NC_016607	T	6	6	5368	5373	0 %	100 %	0 %	0 %	381184523
71	NC_016607	TTC	2	6	5424	5429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184523
72	NC_016607	TTA	2	6	5449	5454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184523
73	NC_016607	T	6	6	5573	5578	0 %	100 %	0 %	0 %	381184523
74	NC_016607	TTG	2	6	5592	5597	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184523
75	NC_016607	TGA	2	6	5751	5756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184524
76	NC_016607	GTT	2	6	5772	5777	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184524
77	NC_016607	T	7	7	5786	5792	0 %	100 %	0 %	0 %	381184524
78	NC_016607	T	6	6	5802	5807	0 %	100 %	0 %	0 %	381184524
79	NC_016607	CTT	2	6	5829	5834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184524
80	NC_016607	TGA	2	6	6225	6230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
81	NC_016607	AAG	2	6	6233	6238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184525
82	NC_016607	AGAA	2	8	6345	6352	75 %	0 %	25 %	0 %	381184525
83	NC_016607	AGAA	2	8	6428	6435	75 %	0 %	25 %	0 %	381184525
84	NC_016607	AT	3	6	6447	6452	50 %	50 %	0 %	0 %	381184525
85	NC_016607	A	8	8	6455	6462	100 %	0 %	0 %	0 %	381184525
86	NC_016607	ATGTT	2	10	6530	6539	20 %	60 %	20 %	0 %	381184525
87	NC_016607	A	6	6	6682	6687	100 %	0 %	0 %	0 %	381184525
88	NC_016607	A	6	6	6689	6694	100 %	0 %	0 %	0 %	381184525
89	NC_016607	TCAA	2	8	6695	6702	50 %	25 %	0 %	25 %	381184525
90	NC_016607	CAGT	2	8	6719	6726	25 %	25 %	25 %	25 %	381184525
91	NC_016607	A	7	7	6746	6752	100 %	0 %	0 %	0 %	381184525
92	NC_016607	CGGAT	2	10	6758	6767	20 %	20 %	40 %	20 %	381184525
93	NC_016607	TTG	2	6	6782	6787	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184525
94	NC_016607	CAA	2	6	6862	6867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
95	NC_016607	AAT	2	6	6904	6909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184525
96	NC_016607	CAAT	2	8	6920	6927	50 %	25 %	0 %	25 %	381184525
97	NC_016607	A	6	6	6971	6976	100 %	0 %	0 %	0 %	381184525
98	NC_016607	CGC	2	6	7042	7047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184525
99	NC_016607	TTAA	2	8	7075	7082	50 %	50 %	0 %	0 %	381184525
100	NC_016607	ATT	2	6	7113	7118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
101	NC_016607	CAA	2	6	7129	7134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
102	NC_016607	A	7	7	7146	7152	100 %	0 %	0 %	0 %	381184525
103	NC_016607	TAAA	2	8	7166	7173	75 %	25 %	0 %	0 %	381184525
104	NC_016607	A	6	6	7192	7197	100 %	0 %	0 %	0 %	381184525
105	NC_016607	AATT	2	8	7247	7254	50 %	50 %	0 %	0 %	381184525
106	NC_016607	ATT	2	6	7344	7349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
107	NC_016607	TTA	2	6	7384	7389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
108	NC_016607	CAA	2	6	7393	7398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
109	NC_016607	TGA	2	6	7433	7438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
110	NC_016607	ACT	2	6	7482	7487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184525
111	NC_016607	CAG	2	6	7502	7507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184525
112	NC_016607	AGC	2	6	7508	7513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184525
113	NC_016607	GAT	2	6	7624	7629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
114	NC_016607	CCG	2	6	7732	7737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184525
115	NC_016607	AGCTT	2	10	7790	7799	20 %	40 %	20 %	20 %	381184525
116	NC_016607	CAA	2	6	7936	7941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
117	NC_016607	CTA	2	6	8016	8021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184525
118	NC_016607	GGC	2	6	8176	8181	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184525
119	NC_016607	T	6	6	9603	9608	0 %	100 %	0 %	0 %	381184526
120	NC_016607	A	6	6	9708	9713	100 %	0 %	0 %	0 %	381184526
121	NC_016607	TTCTAC	2	12	9719	9730	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	381184526
122	NC_016607	ACT	2	6	9825	9830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
123	NC_016607	GCAG	2	8	9834	9841	25 %	0 %	50 %	25 %	381184526
124	NC_016607	GAA	2	6	9864	9869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184526
125	NC_016607	ATG	2	6	9871	9876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
126	NC_016607	TGA	2	6	9884	9889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
127	NC_016607	CAA	2	6	9891	9896	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
128	NC_016607	ATG	2	6	9922	9927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
129	NC_016607	ATA	2	6	9952	9957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
130	NC_016607	ATA	2	6	10006	10011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
131	NC_016607	ATA	2	6	10060	10065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
132	NC_016607	AGC	2	6	10112	10117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184526
133	NC_016607	CAA	2	6	10170	10175	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
134	NC_016607	CTA	2	6	10180	10185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
135	NC_016607	A	6	6	10282	10287	100 %	0 %	0 %	0 %	381184526
136	NC_016607	TAC	2	6	10311	10316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
137	NC_016607	ATG	2	6	10357	10362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
138	NC_016607	AAT	2	6	10449	10454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
139	NC_016607	CAA	2	6	10473	10478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
140	NC_016607	AAT	2	6	10485	10490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
141	NC_016607	TATT	2	8	10497	10504	25 %	75 %	0 %	0 %	381184526
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143	NC_016607	A	6	6	10540	10545	100 %	0 %	0 %	0 %	381184526
144	NC_016607	TAT	2	6	10569	10574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
145	NC_016607	TAA	2	6	10577	10582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
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149	NC_016607	TAT	2	6	10698	10703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
150	NC_016607	TAA	2	6	10706	10711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
151	NC_016607	CAA	2	6	10731	10736	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
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167	NC_016607	TAA	2	6	11093	11098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
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250	NC_016607	GGGCT	2	10	14117	14126	0 %	20 %	60 %	20 %	381184526
251	NC_016607	GGA	2	6	14190	14195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	381184526
252	NC_016607	TGA	2	6	14222	14227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
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255	NC_016607	GTG	2	6	14413	14418	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184526
256	NC_016607	GTTG	2	8	14513	14520	0 %	50 %	50 %	0 %	381184526
257	NC_016607	TTA	2	6	14531	14536	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
258	NC_016607	TTTGG	2	10	14675	14684	0 %	60 %	40 %	0 %	381184526
259	NC_016607	AGA	2	6	14696	14701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184526
260	NC_016607	ATGA	2	8	14887	14894	50 %	25 %	25 %	0 %	381184527
261	NC_016607	CAC	2	6	14956	14961	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381184527
262	NC_016607	GCT	2	6	14982	14987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184527
263	NC_016607	TAA	2	6	15051	15056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184527
264	NC_016607	AACTT	2	10	15101	15110	40 %	40 %	0 %	20 %	381184527
265	NC_016607	AAC	2	6	15189	15194	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184527
266	NC_016607	CTG	2	6	15227	15232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184527
267	NC_016607	ACT	2	6	15269	15274	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184527
268	NC_016607	TCT	2	6	15365	15370	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184527
269	NC_016607	ACTT	2	8	15379	15386	25 %	50 %	0 %	25 %	381184527
270	NC_016607	AAG	2	6	15413	15418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184527
271	NC_016607	AAG	2	6	15458	15463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184527
272	NC_016607	TGT	2	6	15554	15559	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184527
273	NC_016607	AGC	2	6	15735	15740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184527
274	NC_016607	AACTGA	2	12	15743	15754	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	381184527
275	NC_016607	CAA	2	6	15765	15770	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184527
276	NC_016607	CCA	2	6	15844	15849	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381184527
277	NC_016607	TTGA	2	8	15880	15887	25 %	50 %	25 %	0 %	381184527
278	NC_016607	CAC	2	6	15912	15917	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381184527
279	NC_016607	CAT	2	6	16049	16054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184527
280	NC_016607	AGTT	2	8	16062	16069	25 %	50 %	25 %	0 %	381184527
281	NC_016607	TGA	2	6	16327	16332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184528
282	NC_016607	TGG	2	6	16354	16359	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184528
283	NC_016607	GCC	2	6	16408	16413	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184528
284	NC_016607	GTT	2	6	16414	16419	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184528
285	NC_016607	CGAC	2	8	16440	16447	25 %	0 %	25 %	50 %	381184528
286	NC_016607	TTA	2	6	16450	16455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184528
287	NC_016607	ACA	2	6	16463	16468	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184528
288	NC_016607	CCTG	2	8	16594	16601	0 %	25 %	25 %	50 %	381184528
289	NC_016607	CGA	2	6	16722	16727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184528
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292	NC_016607	AAC	2	6	16895	16900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184528
293	NC_016607	CAAT	2	8	16968	16975	50 %	25 %	0 %	25 %	381184528
294	NC_016607	CAC	2	6	16990	16995	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381184528
295	NC_016607	TA	3	6	17205	17210	50 %	50 %	0 %	0 %	381184528
296	NC_016607	GTT	2	6	17281	17286	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184528
297	NC_016607	TGT	2	6	17332	17337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184528
298	NC_016607	ATG	2	6	17451	17456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184528
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300	NC_016607	GCT	2	6	17590	17595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184528
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304	NC_016607	ATGGAT	2	12	17720	17731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184528
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340	NC_016607	GTT	2	6	19853	19858	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184530
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376	NC_016607	CTT	2	6	22266	22271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184533
377	NC_016607	GAC	2	6	22360	22365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184533
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381	NC_016607	GA	3	6	22519	22524	50 %	0 %	50 %	0 %	381184533
382	NC_016607	ATTT	2	8	22612	22619	25 %	75 %	0 %	0 %	381184533
383	NC_016607	T	7	7	22617	22623	0 %	100 %	0 %	0 %	381184533

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.