MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Polaromonas naphthalenivorans CJ2 plasmid pPNAP07

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008763	GC	3	6	909	914	0 %	0 %	50 %	50 %	121583566
2	NC_008763	CATC	2	8	924	931	25 %	25 %	0 %	50 %	121583566
3	NC_008763	CGG	2	6	1070	1075	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583566
4	NC_008763	GGT	2	6	1113	1118	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583566
5	NC_008763	ACG	2	6	1123	1128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583566
6	NC_008763	ACA	2	6	1250	1255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583566
7	NC_008763	CGC	2	6	1275	1280	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583566
8	NC_008763	ACCG	2	8	1332	1339	25 %	0 %	25 %	50 %	121583566
9	NC_008763	GCA	2	6	1661	1666	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583567
10	NC_008763	T	6	6	1687	1692	0 %	100 %	0 %	0 %	121583567
11	NC_008763	GCG	2	6	1693	1698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583567
12	NC_008763	TTG	2	6	1786	1791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583567
13	NC_008763	T	7	7	1823	1829	0 %	100 %	0 %	0 %	121583567
14	NC_008763	TATT	2	8	1851	1858	25 %	75 %	0 %	0 %	121583568
15	NC_008763	CGC	2	6	1947	1952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583568
16	NC_008763	CCT	2	6	2030	2035	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121583568
17	NC_008763	GGC	2	6	2076	2081	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583568
18	NC_008763	CCGT	2	8	2092	2099	0 %	25 %	25 %	50 %	121583568
19	NC_008763	CAA	2	6	2126	2131	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583568
20	NC_008763	GCC	3	9	2137	2145	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583568
21	NC_008763	TCG	2	6	2288	2293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583568
22	NC_008763	GTT	2	6	2321	2326	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583568
23	NC_008763	ACG	2	6	2383	2388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583568
24	NC_008763	AC	3	6	2408	2413	50 %	0 %	0 %	50 %	121583568
25	NC_008763	CGG	2	6	3285	3290	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583569
26	NC_008763	AGC	2	6	3292	3297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583569
27	NC_008763	TCA	2	6	3329	3334	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583569
28	NC_008763	TCG	2	6	3350	3355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583569
29	NC_008763	GCTG	2	8	3357	3364	0 %	25 %	50 %	25 %	121583569
30	NC_008763	ATC	2	6	3365	3370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583569
31	NC_008763	T	6	6	3389	3394	0 %	100 %	0 %	0 %	121583569
32	NC_008763	TTTC	2	8	3430	3437	0 %	75 %	0 %	25 %	121583569
33	NC_008763	AGT	2	6	3454	3459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583569
34	NC_008763	T	7	7	3475	3481	0 %	100 %	0 %	0 %	121583569
35	NC_008763	TTG	2	6	3514	3519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583569
36	NC_008763	TCT	2	6	3548	3553	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583569
37	NC_008763	GGCA	2	8	3827	3834	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
38	NC_008763	CCG	4	12	3844	3855	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
39	NC_008763	CGA	2	6	3881	3886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
40	NC_008763	GCG	2	6	3922	3927	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583570
41	NC_008763	GCGA	2	8	3972	3979	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
42	NC_008763	GAAC	2	8	3983	3990	50 %	0 %	25 %	25 %	121583570
43	NC_008763	GCC	2	6	3999	4004	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
44	NC_008763	CCG	2	6	4063	4068	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
45	NC_008763	AGCG	2	8	4080	4087	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
46	NC_008763	CGC	2	6	4139	4144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
47	NC_008763	A	6	6	4170	4175	100 %	0 %	0 %	0 %	121583570
48	NC_008763	AAGC	2	8	4184	4191	50 %	0 %	25 %	25 %	121583570
49	NC_008763	CAC	2	6	4230	4235	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583570
50	NC_008763	GCA	2	6	4249	4254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
51	NC_008763	GAC	2	6	4302	4307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
52	NC_008763	CGC	2	6	4367	4372	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
53	NC_008763	AGGC	2	8	4381	4388	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
54	NC_008763	ACC	2	6	4405	4410	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583570
55	NC_008763	GAC	2	6	4434	4439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
56	NC_008763	ACC	2	6	4516	4521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583570
57	NC_008763	CGGC	2	8	4540	4547	0 %	0 %	50 %	50 %	121583570
58	NC_008763	CGC	2	6	4553	4558	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
59	NC_008763	GCACAG	3	18	4620	4637	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
60	NC_008763	AAC	2	6	4642	4647	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583570
61	NC_008763	GCA	2	6	4653	4658	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
62	NC_008763	GCC	2	6	4662	4667	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
63	NC_008763	GCA	3	9	4773	4781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
64	NC_008763	GCA	2	6	4794	4799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
65	NC_008763	GCA	3	9	4857	4865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
66	NC_008763	CGC	2	6	4950	4955	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
67	NC_008763	GCC	2	6	4980	4985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
68	NC_008763	TGG	2	6	5011	5016	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583570
69	NC_008763	TGG	2	6	5020	5025	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583570
70	NC_008763	GC	3	6	5031	5036	0 %	0 %	50 %	50 %	121583570
71	NC_008763	AGG	2	6	5071	5076	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583570
72	NC_008763	CCGC	2	8	5132	5139	0 %	0 %	25 %	75 %	121583570
73	NC_008763	CTA	2	6	5171	5176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583570
74	NC_008763	GGC	2	6	5192	5197	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583570
75	NC_008763	CGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
76	NC_008763	GCC	2	6	5241	5246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
77	NC_008763	CAGG	2	8	5288	5295	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
78	NC_008763	GCC	2	6	5298	5303	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
79	NC_008763	CAG	2	6	5304	5309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
80	NC_008763	GCG	2	6	5310	5315	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583570
81	NC_008763	AGG	2	6	5326	5331	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583570
82	NC_008763	GCC	2	6	5367	5372	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
83	NC_008763	GCC	3	9	5402	5410	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
84	NC_008763	GTG	2	6	5421	5426	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583570
85	NC_008763	AGC	2	6	5460	5465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
86	NC_008763	GGC	2	6	5485	5490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583570
87	NC_008763	GCC	2	6	5505	5510	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
88	NC_008763	GC	3	6	5555	5560	0 %	0 %	50 %	50 %	121583570
89	NC_008763	GCC	2	6	5589	5594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
90	NC_008763	AGC	2	6	5611	5616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
91	NC_008763	GCC	2	6	5617	5622	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
92	NC_008763	GAAGCC	2	12	5625	5636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
93	NC_008763	CG	3	6	5656	5661	0 %	0 %	50 %	50 %	121583570
94	NC_008763	GCA	2	6	5695	5700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
95	NC_008763	GGA	2	6	5705	5710	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583570
96	NC_008763	AGCGGC	2	12	5770	5781	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121583570
97	NC_008763	CAG	2	6	5898	5903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
98	NC_008763	TCT	2	6	6117	6122	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583571
99	NC_008763	T	6	6	6268	6273	0 %	100 %	0 %	0 %	121583571
100	NC_008763	CAG	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583571
101	NC_008763	GCG	2	6	6293	6298	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583571
102	NC_008763	CAG	2	6	6371	6376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583571
103	NC_008763	GTT	2	6	6403	6408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583571
104	NC_008763	CCA	2	6	6508	6513	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583571
105	NC_008763	CCT	2	6	6543	6548	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121583572
106	NC_008763	TGGC	2	8	6650	6657	0 %	25 %	50 %	25 %	121583572
107	NC_008763	GC	3	6	6686	6691	0 %	0 %	50 %	50 %	121583572
108	NC_008763	GC	3	6	6746	6751	0 %	0 %	50 %	50 %	121583572
109	NC_008763	CGG	2	6	6770	6775	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583572
110	NC_008763	A	6	6	7195	7200	100 %	0 %	0 %	0 %	121583573
111	NC_008763	AGG	2	6	7253	7258	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583573
112	NC_008763	GTT	2	6	7272	7277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583573
113	NC_008763	CGA	2	6	7334	7339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583573
114	NC_008763	G	6	6	7342	7347	0 %	0 %	100 %	0 %	121583573
115	NC_008763	TTG	2	6	7378	7383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583573
116	NC_008763	GTT	2	6	7398	7403	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583573
117	NC_008763	AG	3	6	7520	7525	50 %	0 %	50 %	0 %	121583573
118	NC_008763	TGG	2	6	7591	7596	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583573
119	NC_008763	AGG	2	6	7604	7609	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583573
120	NC_008763	AAG	2	6	7641	7646	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	121583573
121	NC_008763	GACA	2	8	7676	7683	50 %	0 %	25 %	25 %	121583573
122	NC_008763	GAC	2	6	8056	8061	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583574
123	NC_008763	CGA	2	6	8178	8183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583574
124	NC_008763	GC	3	6	8215	8220	0 %	0 %	50 %	50 %	121583574
125	NC_008763	CCCCG	2	10	8221	8230	0 %	0 %	20 %	80 %	121583574
126	NC_008763	CGC	2	6	8256	8261	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583574
127	NC_008763	TGA	2	6	8313	8318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583574
128	NC_008763	GC	3	6	8324	8329	0 %	0 %	50 %	50 %	121583574
129	NC_008763	CGCTGG	2	12	8361	8372	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	121583574
130	NC_008763	CGCAGG	2	12	8379	8390	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121583574
131	NC_008763	GGCC	2	8	8395	8402	0 %	0 %	50 %	50 %	121583574
132	NC_008763	GCT	2	6	8429	8434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583574
133	NC_008763	GCC	2	6	8471	8476	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583574
134	NC_008763	GCC	2	6	8534	8539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583574
135	NC_008763	GC	4	8	8540	8547	0 %	0 %	50 %	50 %	121583574
136	NC_008763	CCG	4	12	8565	8576	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583574
137	NC_008763	GCC	3	9	8582	8590	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583574
138	NC_008763	GGC	2	6	8632	8637	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583574
139	NC_008763	GTG	2	6	8678	8683	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583574
140	NC_008763	ACC	2	6	8685	8690	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583574
141	NC_008763	TCG	2	6	8800	8805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583575
142	NC_008763	ATTCC	2	10	8810	8819	20 %	40 %	0 %	40 %	121583575
143	NC_008763	ATG	2	6	8949	8954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583575

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.