MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Polaromonas naphthalenivorans CJ2 plasmid pPNAP06

Total Repeats: 304

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008762	GGGC	2	8	1066	1073	0 %	0 %	75 %	25 %	121583545
2	NC_008762	GGC	2	6	1080	1085	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583545
3	NC_008762	CG	3	6	1094	1099	0 %	0 %	50 %	50 %	121583545
4	NC_008762	CAG	2	6	1160	1165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583545
5	NC_008762	TGG	2	6	1261	1266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583545
6	NC_008762	GTAG	2	8	1375	1382	25 %	25 %	50 %	0 %	121583545
7	NC_008762	ATG	2	6	1431	1436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583545
8	NC_008762	GTC	2	6	1461	1466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583545
9	NC_008762	CCG	2	6	1496	1501	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583545
10	NC_008762	AGC	2	6	1617	1622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583545
11	NC_008762	GT	4	8	1644	1651	0 %	50 %	50 %	0 %	121583545
12	NC_008762	AGC	2	6	1676	1681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583545
13	NC_008762	TGC	2	6	1718	1723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583545
14	NC_008762	AGCG	2	8	1773	1780	25 %	0 %	50 %	25 %	121583545
15	NC_008762	GCG	2	6	1788	1793	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583545
16	NC_008762	GTT	2	6	1815	1820	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583546
17	NC_008762	CGT	2	6	1875	1880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583546
18	NC_008762	ACC	2	6	1931	1936	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583546
19	NC_008762	GTG	2	6	1969	1974	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583546
20	NC_008762	CATTGA	2	12	2001	2012	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	121583546
21	NC_008762	TGG	3	9	2094	2102	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583546
22	NC_008762	CTT	2	6	2175	2180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583546
23	NC_008762	GCA	2	6	2286	2291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583546
24	NC_008762	CTTA	2	8	2326	2333	25 %	50 %	0 %	25 %	121583546
25	NC_008762	AGGA	2	8	2387	2394	50 %	0 %	50 %	0 %	121583546
26	NC_008762	CGGCG	2	10	2487	2496	0 %	0 %	60 %	40 %	121583546
27	NC_008762	GTTT	2	8	2613	2620	0 %	75 %	25 %	0 %	121583546
28	NC_008762	TCA	2	6	2733	2738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583546
29	NC_008762	CTG	2	6	2761	2766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583546
30	NC_008762	CCA	2	6	2850	2855	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583546
31	NC_008762	GTC	2	6	2947	2952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583546
32	NC_008762	GCCAG	2	10	3030	3039	20 %	0 %	40 %	40 %	121583547
33	NC_008762	GTTC	2	8	3060	3067	0 %	50 %	25 %	25 %	121583547
34	NC_008762	TCA	2	6	3153	3158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583547
35	NC_008762	GAC	2	6	3175	3180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583547
36	NC_008762	AT	3	6	3181	3186	50 %	50 %	0 %	0 %	121583547
37	NC_008762	GAA	2	6	3523	3528	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	121583547
38	NC_008762	GCAA	2	8	3529	3536	50 %	0 %	25 %	25 %	121583547
39	NC_008762	GTC	3	9	3991	3999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583548
40	NC_008762	GTT	2	6	4165	4170	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583548
41	NC_008762	GGC	2	6	4185	4190	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583548
42	NC_008762	CGGT	2	8	4299	4306	0 %	25 %	50 %	25 %	121583548
43	NC_008762	CTCA	2	8	4433	4440	25 %	25 %	0 %	50 %	121583548
44	NC_008762	TGT	2	6	4570	4575	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583549
45	NC_008762	CATC	2	8	4578	4585	25 %	25 %	0 %	50 %	121583549
46	NC_008762	CAGC	2	8	4665	4672	25 %	0 %	25 %	50 %	121583549
47	NC_008762	GCA	2	6	4749	4754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583549
48	NC_008762	CCA	2	6	4785	4790	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583549
49	NC_008762	CCA	2	6	4848	4853	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583549
50	NC_008762	GCG	2	6	5258	5263	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583550
51	NC_008762	CCAC	2	8	5271	5278	25 %	0 %	0 %	75 %	121583550
52	NC_008762	TTG	2	6	5303	5308	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583550
53	NC_008762	AAC	2	6	5454	5459	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583551
54	NC_008762	AGC	2	6	5499	5504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583551
55	NC_008762	TA	3	6	5585	5590	50 %	50 %	0 %	0 %	121583551
56	NC_008762	CTT	2	6	5618	5623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583551
57	NC_008762	GCC	2	6	5626	5631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583551
58	NC_008762	ATG	2	6	5683	5688	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583551
59	NC_008762	GAT	3	9	5727	5735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583551
60	NC_008762	TGG	2	6	5777	5782	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583551
61	NC_008762	ACA	2	6	5797	5802	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583551
62	NC_008762	CAC	2	6	6203	6208	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583552
63	NC_008762	CTCG	2	8	6225	6232	0 %	25 %	25 %	50 %	121583552
64	NC_008762	GGC	2	6	6240	6245	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
65	NC_008762	CCT	2	6	6275	6280	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121583552
66	NC_008762	CGCGC	2	10	6289	6298	0 %	0 %	40 %	60 %	121583552
67	NC_008762	CAG	2	6	6342	6347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583552
68	NC_008762	GTC	2	6	6385	6390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583552
69	NC_008762	CGG	2	6	6419	6424	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
70	NC_008762	CGG	2	6	6446	6451	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
71	NC_008762	TGC	2	6	6454	6459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583552
72	NC_008762	TTG	2	6	6465	6470	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583552
73	NC_008762	GCG	3	9	6568	6576	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
74	NC_008762	TCA	2	6	6602	6607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583552
75	NC_008762	GCTG	2	8	6630	6637	0 %	25 %	50 %	25 %	121583552
76	NC_008762	CGG	2	6	6647	6652	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
77	NC_008762	GGC	2	6	6699	6704	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
78	NC_008762	GTC	2	6	6730	6735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583552
79	NC_008762	TGC	2	6	6748	6753	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583552
80	NC_008762	CGG	3	9	6755	6763	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
81	NC_008762	TTGC	2	8	6779	6786	0 %	50 %	25 %	25 %	121583552
82	NC_008762	ATC	2	6	6789	6794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583552
83	NC_008762	GGC	5	15	6795	6809	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
84	NC_008762	TTC	2	6	6813	6818	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583552
85	NC_008762	GGT	2	6	6881	6886	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583552
86	NC_008762	CGG	3	9	7031	7039	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583552
87	NC_008762	ATG	2	6	7069	7074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583552
88	NC_008762	AAATT	2	10	7149	7158	60 %	40 %	0 %	0 %	121583553
89	NC_008762	CTG	2	6	7174	7179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
90	NC_008762	GCTCGC	2	12	7193	7204	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	121583553
91	NC_008762	GCT	2	6	7274	7279	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
92	NC_008762	GCT	2	6	7343	7348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
93	NC_008762	GGT	2	6	7350	7355	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583553
94	NC_008762	CGG	2	6	7382	7387	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583553
95	NC_008762	GCGCT	2	10	7423	7432	0 %	20 %	40 %	40 %	121583553
96	NC_008762	TGCCT	2	10	7440	7449	0 %	40 %	20 %	40 %	121583553
97	NC_008762	GT	3	6	7491	7496	0 %	50 %	50 %	0 %	121583553
98	NC_008762	CAAGCG	2	12	7534	7545	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583553
99	NC_008762	GCG	4	12	7600	7611	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583553
100	NC_008762	TGC	2	6	7641	7646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
101	NC_008762	TCCAAC	2	12	7816	7827	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	121583553
102	NC_008762	GTT	2	6	7899	7904	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583553
103	NC_008762	G	6	6	7919	7924	0 %	0 %	100 %	0 %	121583553
104	NC_008762	GCGG	2	8	7977	7984	0 %	0 %	75 %	25 %	121583553
105	NC_008762	TGC	2	6	7992	7997	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
106	NC_008762	CTG	3	9	8007	8015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
107	NC_008762	GGCCAC	3	18	8073	8090	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583553
108	NC_008762	GCA	2	6	8167	8172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583553
109	NC_008762	GCTCG	2	10	8429	8438	0 %	20 %	40 %	40 %	121583553
110	NC_008762	CGG	2	6	8465	8470	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583553
111	NC_008762	ATTC	2	8	8663	8670	25 %	50 %	0 %	25 %	121583553
112	NC_008762	TGT	2	6	8717	8722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583553
113	NC_008762	GTC	2	6	8756	8761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
114	NC_008762	TGG	2	6	8908	8913	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583553
115	NC_008762	GGT	2	6	8938	8943	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583553
116	NC_008762	GCT	2	6	9070	9075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
117	NC_008762	CTG	2	6	9103	9108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
118	NC_008762	GCG	2	6	9127	9132	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583553
119	NC_008762	CTG	2	6	9233	9238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
120	NC_008762	T	7	7	9322	9328	0 %	100 %	0 %	0 %	121583553
121	NC_008762	GAT	2	6	9330	9335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583553
122	NC_008762	TGG	2	6	9346	9351	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583553
123	NC_008762	GCA	2	6	9352	9357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583553
124	NC_008762	TTG	2	6	9373	9378	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583553
125	NC_008762	GTC	2	6	9447	9452	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583553
126	NC_008762	TGG	2	6	9472	9477	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583553
127	NC_008762	CAA	2	6	9497	9502	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583553
128	NC_008762	CGTG	2	8	9638	9645	0 %	25 %	50 %	25 %	121583553
129	NC_008762	TCAG	2	8	9646	9653	25 %	25 %	25 %	25 %	121583553
130	NC_008762	GTG	2	6	9669	9674	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583553
131	NC_008762	ATCGC	2	10	9822	9831	20 %	20 %	20 %	40 %	121583554
132	NC_008762	TTG	2	6	9894	9899	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583554
133	NC_008762	GCC	2	6	9905	9910	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583554
134	NC_008762	ATC	2	6	9930	9935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583554
135	NC_008762	TCGG	2	8	9958	9965	0 %	25 %	50 %	25 %	121583554
136	NC_008762	GCAC	2	8	9978	9985	25 %	0 %	25 %	50 %	121583554
137	NC_008762	TCT	2	6	10020	10025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583554
138	NC_008762	TTC	2	6	10040	10045	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583554
139	NC_008762	TCA	2	6	10083	10088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583554
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142	NC_008762	GAT	2	6	10497	10502	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583555
143	NC_008762	ACA	2	6	10509	10514	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583555
144	NC_008762	GCA	2	6	10535	10540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583555
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146	NC_008762	GCA	2	6	10605	10610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583555
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155	NC_008762	TTGAT	2	10	11254	11263	20 %	60 %	20 %	0 %	121583556
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159	NC_008762	CCG	2	6	11471	11476	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583556
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164	NC_008762	TTG	2	6	11643	11648	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583557
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167	NC_008762	ATT	2	6	11693	11698	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	121583557
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172	NC_008762	GATTG	2	10	11935	11944	20 %	40 %	40 %	0 %	121583557
173	NC_008762	GGCTG	2	10	11945	11954	0 %	20 %	60 %	20 %	121583557
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243	NC_008762	T	7	7	16400	16406	0 %	100 %	0 %	0 %	121583558
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247	NC_008762	TGA	3	9	16558	16566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583558
248	NC_008762	TTG	2	6	16644	16649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583558
249	NC_008762	GAAT	2	8	17288	17295	50 %	25 %	25 %	0 %	121583559
250	NC_008762	GCG	2	6	17367	17372	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583559
251	NC_008762	TGC	2	6	17393	17398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583559
252	NC_008762	T	6	6	17402	17407	0 %	100 %	0 %	0 %	121583559
253	NC_008762	CATTGC	2	12	17428	17439	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	121583559
254	NC_008762	CTG	2	6	17486	17491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583559
255	NC_008762	TCCG	2	8	17591	17598	0 %	25 %	25 %	50 %	121583559
256	NC_008762	CTG	2	6	17600	17605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583559
257	NC_008762	T	6	6	17606	17611	0 %	100 %	0 %	0 %	121583559
258	NC_008762	CT	3	6	17648	17653	0 %	50 %	0 %	50 %	121583559
259	NC_008762	TGA	2	6	17669	17674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583559
260	NC_008762	TGTT	2	8	17675	17682	0 %	75 %	25 %	0 %	121583559
261	NC_008762	TCA	2	6	17806	17811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583559
262	NC_008762	AC	3	6	17933	17938	50 %	0 %	0 %	50 %	121583559
263	NC_008762	GTC	2	6	17994	17999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583559
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282	NC_008762	C	6	6	18932	18937	0 %	0 %	0 %	100 %	121583561
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286	NC_008762	ACC	2	6	19183	19188	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583562
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289	NC_008762	ACC	2	6	19317	19322	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583562
290	NC_008762	GC	4	8	19336	19343	0 %	0 %	50 %	50 %	121583562
291	NC_008762	CAC	2	6	19551	19556	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583562
292	NC_008762	ATC	2	6	19695	19700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583562
293	NC_008762	GTT	2	6	20137	20142	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583563
294	NC_008762	AAG	2	6	20144	20149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	121583563
295	NC_008762	ACG	2	6	20261	20266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583563
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297	NC_008762	GAT	2	6	20404	20409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583563
298	NC_008762	A	6	6	20527	20532	100 %	0 %	0 %	0 %	121583563
299	NC_008762	CAA	2	6	20614	20619	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583563
300	NC_008762	CG	3	6	20655	20660	0 %	0 %	50 %	50 %	121583563
301	NC_008762	CGG	2	6	20670	20675	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583563
302	NC_008762	GCA	2	6	20684	20689	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583563
303	NC_008762	TCCT	2	8	20710	20717	0 %	50 %	0 %	50 %	121583563
304	NC_008762	TTTC	2	8	20756	20763	0 %	75 %	0 %	25 %	121583563

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.