MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-7

Total Repeats: 310

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017018	CTT	2	6	49	54	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280318
2	NC_017018	CTT	2	6	94	99	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280318
3	NC_017018	AAGT	2	8	126	133	50 %	25 %	25 %	0 %	381280318
4	NC_017018	AAG	2	6	141	146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381280318
5	NC_017018	AGT	2	6	238	243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280318
6	NC_017018	CAG	2	6	280	285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280318
7	NC_017018	GTT	2	6	318	323	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280318
8	NC_017018	GTTAA	2	10	399	408	40 %	40 %	20 %	0 %	381280318
9	NC_017018	TTA	2	6	456	461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280318
10	NC_017018	AGC	2	6	525	530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280318
11	NC_017018	GGT	2	6	550	555	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280318
12	NC_017018	AGAA	2	8	623	630	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017018	ATG	2	6	702	707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280319
14	NC_017018	GCT	2	6	727	732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280319
15	NC_017018	CTT	2	6	845	850	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280319
16	NC_017018	TCA	2	6	877	882	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280319
17	NC_017018	TAAT	2	8	884	891	50 %	50 %	0 %	0 %	381280319
18	NC_017018	GATC	2	8	919	926	25 %	25 %	25 %	25 %	381280319
19	NC_017018	GCT	2	6	946	951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280319
20	NC_017018	TAA	2	6	980	985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280319
21	NC_017018	ATT	2	6	1353	1358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280319
22	NC_017018	ATT	2	6	1371	1376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280319
23	NC_017018	CCT	2	6	1391	1396	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	381280320
24	NC_017018	TCT	2	6	1546	1551	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280320
25	NC_017018	TAA	2	6	1558	1563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280320
26	NC_017018	GCT	2	6	1574	1579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280320
27	NC_017018	CAT	2	6	1580	1585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280320
28	NC_017018	CCT	2	6	1664	1669	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	381280320
29	NC_017018	TTC	2	6	1692	1697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280320
30	NC_017018	TTC	2	6	1746	1751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280320
31	NC_017018	ATC	2	6	1809	1814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280320
32	NC_017018	CGTT	2	8	1987	1994	0 %	50 %	25 %	25 %	381280320
33	NC_017018	CGT	2	6	2093	2098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280320
34	NC_017018	AT	3	6	2146	2151	50 %	50 %	0 %	0 %	381280320
35	NC_017018	ATAC	2	8	2171	2178	50 %	25 %	0 %	25 %	381280320
36	NC_017018	GCT	2	6	2211	2216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280320
37	NC_017018	TCT	2	6	2230	2235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280320
38	NC_017018	AG	3	6	2253	2258	50 %	0 %	50 %	0 %	381280320
39	NC_017018	CGG	2	6	2305	2310	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381280320
40	NC_017018	AAT	2	6	2321	2326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280320
41	NC_017018	CTT	2	6	2358	2363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280320
42	NC_017018	AGC	2	6	2385	2390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280320
43	NC_017018	TCC	2	6	2626	2631	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_017018	A	6	6	2657	2662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017018	CTTG	2	8	2723	2730	0 %	50 %	25 %	25 %	381280321
46	NC_017018	TAAT	2	8	2864	2871	50 %	50 %	0 %	0 %	381280321
47	NC_017018	TTGAA	2	10	2941	2950	40 %	40 %	20 %	0 %	381280321
48	NC_017018	AGC	2	6	2984	2989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280321
49	NC_017018	TCAC	2	8	3134	3141	25 %	25 %	0 %	50 %	381280321
50	NC_017018	TTG	2	6	3265	3270	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280321
51	NC_017018	A	7	7	3288	3294	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017018	GGT	2	6	3340	3345	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017018	A	7	7	3391	3397	100 %	0 %	0 %	0 %	381280322
54	NC_017018	GACGAA	2	12	3416	3427	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	381280322
55	NC_017018	A	6	6	3480	3485	100 %	0 %	0 %	0 %	381280322
56	NC_017018	AAG	2	6	3516	3521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381280322
57	NC_017018	TTAA	2	8	3554	3561	50 %	50 %	0 %	0 %	381280322
58	NC_017018	TTG	2	6	3588	3593	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280322
59	NC_017018	GAT	3	9	3599	3607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280322
60	NC_017018	A	6	6	3631	3636	100 %	0 %	0 %	0 %	381280323
61	NC_017018	TAT	2	6	3702	3707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280323
62	NC_017018	TGA	2	6	3708	3713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280323
63	NC_017018	AGC	2	6	3720	3725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280323
64	NC_017018	CAA	3	9	3745	3753	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280323
65	NC_017018	ACC	2	6	3756	3761	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381280323
66	NC_017018	TGG	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280323
67	NC_017018	A	6	6	3969	3974	100 %	0 %	0 %	0 %	381280323
68	NC_017018	GTG	2	6	4133	4138	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280324
69	NC_017018	ATT	2	6	4143	4148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280324
70	NC_017018	AAG	2	6	4157	4162	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381280324
71	NC_017018	GCC	2	6	4163	4168	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381280324
72	NC_017018	CTA	2	6	4221	4226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280324
73	NC_017018	TGC	2	6	4236	4241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280324
74	NC_017018	ATG	2	6	4244	4249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280324
75	NC_017018	TTG	2	6	4263	4268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280324
76	NC_017018	A	6	6	4292	4297	100 %	0 %	0 %	0 %	381280324
77	NC_017018	CCT	2	6	4300	4305	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	381280324
78	NC_017018	TGC	2	6	4324	4329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280324
79	NC_017018	TAT	2	6	4339	4344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280324
80	NC_017018	ATT	2	6	4532	4537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280324
81	NC_017018	CAT	2	6	4612	4617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280324
82	NC_017018	CAA	2	6	4643	4648	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280324
83	NC_017018	A	6	6	4662	4667	100 %	0 %	0 %	0 %	381280324
84	NC_017018	AAC	2	6	4713	4718	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280324
85	NC_017018	AAC	2	6	4724	4729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280324
86	NC_017018	CTG	2	6	4785	4790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280324
87	NC_017018	GGCT	2	8	4843	4850	0 %	25 %	50 %	25 %	381280324
88	NC_017018	CGG	2	6	4885	4890	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381280324
89	NC_017018	ATC	2	6	4940	4945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280324
90	NC_017018	CAT	2	6	5032	5037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280324
91	NC_017018	T	6	6	5057	5062	0 %	100 %	0 %	0 %	381280324
92	NC_017018	CAA	2	6	5087	5092	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280324
93	NC_017018	CAG	2	6	5100	5105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280324
94	NC_017018	T	6	6	5140	5145	0 %	100 %	0 %	0 %	381280324
95	NC_017018	TGC	2	6	5236	5241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280324
96	NC_017018	GGT	2	6	5251	5256	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280324
97	NC_017018	ATG	2	6	5347	5352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017018	TCA	2	6	5405	5410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017018	ACA	2	6	5532	5537	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280325
100	NC_017018	CCA	2	6	5581	5586	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381280325
101	NC_017018	CAACA	2	10	5665	5674	60 %	0 %	0 %	40 %	381280325
102	NC_017018	ACCA	2	8	5764	5771	50 %	0 %	0 %	50 %	381280325
103	NC_017018	TGA	2	6	5772	5777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280325
104	NC_017018	AAT	2	6	5806	5811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280325
105	NC_017018	ATC	2	6	5821	5826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280325
106	NC_017018	TAAT	2	8	5943	5950	50 %	50 %	0 %	0 %	381280325
107	NC_017018	AGC	2	6	6040	6045	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280325
108	NC_017018	CAG	2	6	6054	6059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280325
109	NC_017018	ATT	2	6	6244	6249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280325
110	NC_017018	GGC	2	6	6256	6261	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381280325
111	NC_017018	TAA	2	6	6271	6276	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280325
112	NC_017018	GTT	2	6	6278	6283	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280325
113	NC_017018	CAT	2	6	6294	6299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280325
114	NC_017018	GTA	2	6	6434	6439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280325
115	NC_017018	ATGC	2	8	6474	6481	25 %	25 %	25 %	25 %	381280325
116	NC_017018	GCAA	2	8	6484	6491	50 %	0 %	25 %	25 %	381280325
117	NC_017018	AAAG	2	8	6550	6557	75 %	0 %	25 %	0 %	381280325
118	NC_017018	AAT	2	6	6559	6564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280325
119	NC_017018	TCT	2	6	6617	6622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280325
120	NC_017018	TTG	2	6	6725	6730	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280325
121	NC_017018	CAC	2	6	6735	6740	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381280325
122	NC_017018	GCA	2	6	6773	6778	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280325
123	NC_017018	TTCA	2	8	6799	6806	25 %	50 %	0 %	25 %	381280325
124	NC_017018	TAA	2	6	6825	6830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280325
125	NC_017018	CTT	2	6	6903	6908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280325
126	NC_017018	GCC	2	6	6956	6961	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381280325
127	NC_017018	CAGCCC	2	12	6975	6986	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	381280325
128	NC_017018	CATT	2	8	6996	7003	25 %	50 %	0 %	25 %	381280325
129	NC_017018	CGAA	2	8	7050	7057	50 %	0 %	25 %	25 %	381280325
130	NC_017018	AAG	2	6	7085	7090	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381280325
131	NC_017018	TTG	2	6	7091	7096	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280325
132	NC_017018	TCA	2	6	7155	7160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280325
133	NC_017018	AAAGT	2	10	7222	7231	60 %	20 %	20 %	0 %	381280325
134	NC_017018	CAAA	2	8	7239	7246	75 %	0 %	0 %	25 %	381280325
135	NC_017018	GAT	2	6	7249	7254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280325
136	NC_017018	CAA	2	6	7260	7265	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280325
137	NC_017018	CAT	2	6	7384	7389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280325
138	NC_017018	CAT	3	9	7402	7410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280325
139	NC_017018	CCATAT	2	12	7422	7433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280325
140	NC_017018	ATT	2	6	7549	7554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280325
141	NC_017018	TG	3	6	7677	7682	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017018	CCA	2	6	7707	7712	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_017018	ATGA	2	8	7759	7766	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017018	GCA	2	6	7827	7832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017018	TTG	2	6	7996	8001	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280326
146	NC_017018	CA	3	6	8017	8022	50 %	0 %	0 %	50 %	381280326
147	NC_017018	CAAA	2	8	8029	8036	75 %	0 %	0 %	25 %	381280326
148	NC_017018	CTGCCG	2	12	8041	8052	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	381280326
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150	NC_017018	GCC	2	6	8102	8107	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381280326
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153	NC_017018	CCAT	2	8	8248	8255	25 %	25 %	0 %	50 %	381280326
154	NC_017018	TCC	2	6	8286	8291	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	381280326
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156	NC_017018	TTA	2	6	8347	8352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017018	AAT	2	6	8371	8376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017018	A	7	7	8409	8415	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017018	ATA	2	6	8423	8428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017018	CTG	2	6	8528	8533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_017018	GAG	2	6	8562	8567	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017018	CGT	2	6	8661	8666	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_017018	AAAAC	2	10	8723	8732	80 %	0 %	0 %	20 %	381280327
164	NC_017018	TGG	2	6	8756	8761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280327
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166	NC_017018	AAG	2	6	8875	8880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017018	TA	3	6	8891	8896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017018	ATAA	2	8	8900	8907	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017018	TCTT	2	8	9000	9007	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
170	NC_017018	TTA	2	6	9084	9089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017018	ATG	2	6	9115	9120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017018	ATG	2	6	9219	9224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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241	NC_017018	TCT	2	6	12819	12824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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287	NC_017018	A	8	8	15012	15019	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_017018	A	6	6	15036	15041	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_017018	AGTT	2	8	15311	15318	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_017018	TAGT	2	8	15709	15716	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
302	NC_017018	AGAA	2	8	15741	15748	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
303	NC_017018	TTTG	2	8	15774	15781	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
304	NC_017018	AGTT	2	8	15829	15836	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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307	NC_017018	T	6	6	15896	15901	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_017018	AATGA	2	10	15917	15926	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
309	NC_017018	AC	3	6	15942	15947	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
310	NC_017018	ACA	2	6	16007	16012	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.