MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-6

Total Repeats: 412

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017017	TCC	2	6	71	76	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017017	A	6	6	102	107	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017017	TTCA	2	8	204	211	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017017	CCT	2	6	221	226	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_017017	TCA	2	6	339	344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280266
6	NC_017017	TCA	2	6	351	356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280266
7	NC_017017	TAAA	2	8	393	400	75 %	25 %	0 %	0 %	381280266
8	NC_017017	AAT	2	6	412	417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280266
9	NC_017017	CGT	2	6	423	428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017017	A	6	6	508	513	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017017	TA	3	6	558	563	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017017	CTA	2	6	585	590	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017017	ACC	2	6	608	613	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381280267
14	NC_017017	ACG	2	6	614	619	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280267
15	NC_017017	ATG	2	6	629	634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280267
16	NC_017017	TTTG	2	8	685	692	0 %	75 %	25 %	0 %	381280267
17	NC_017017	ATA	2	6	745	750	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280267
18	NC_017017	ATC	2	6	827	832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280267
19	NC_017017	TGT	2	6	846	851	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280267
20	NC_017017	CTGC	2	8	856	863	0 %	25 %	25 %	50 %	381280267
21	NC_017017	TGT	2	6	927	932	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280267
22	NC_017017	AC	3	6	949	954	50 %	0 %	0 %	50 %	381280267
23	NC_017017	TGG	2	6	1046	1051	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280267
24	NC_017017	T	6	6	1056	1061	0 %	100 %	0 %	0 %	381280267
25	NC_017017	TAA	2	6	1107	1112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280267
26	NC_017017	TA	3	6	1123	1128	50 %	50 %	0 %	0 %	381280267
27	NC_017017	TTAG	2	8	1182	1189	25 %	50 %	25 %	0 %	381280267
28	NC_017017	TGT	2	6	1195	1200	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280267
29	NC_017017	T	6	6	1217	1222	0 %	100 %	0 %	0 %	381280267
30	NC_017017	TTC	2	6	1280	1285	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280267
31	NC_017017	T	6	6	1340	1345	0 %	100 %	0 %	0 %	381280267
32	NC_017017	TTG	2	6	1439	1444	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280267
33	NC_017017	ACT	2	6	1605	1610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280267
34	NC_017017	TTG	2	6	1649	1654	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280267
35	NC_017017	TTA	2	6	1663	1668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280267
36	NC_017017	TTGC	2	8	1693	1700	0 %	50 %	25 %	25 %	381280267
37	NC_017017	TCA	2	6	1812	1817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280267
38	NC_017017	AAT	2	6	1822	1827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280267
39	NC_017017	T	6	6	1864	1869	0 %	100 %	0 %	0 %	381280267
40	NC_017017	T	6	6	1878	1883	0 %	100 %	0 %	0 %	381280267
41	NC_017017	GTT	2	6	1903	1908	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280267
42	NC_017017	TTTC	2	8	1939	1946	0 %	75 %	0 %	25 %	381280267
43	NC_017017	GTGTT	2	10	1964	1973	0 %	60 %	40 %	0 %	381280267
44	NC_017017	TCA	2	6	1980	1985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280267
45	NC_017017	TTC	2	6	1994	1999	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280267
46	NC_017017	T	6	6	2089	2094	0 %	100 %	0 %	0 %	381280267
47	NC_017017	T	6	6	2096	2101	0 %	100 %	0 %	0 %	381280267
48	NC_017017	TTG	2	6	2163	2168	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280267
49	NC_017017	ATC	2	6	2174	2179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280267
50	NC_017017	AT	3	6	2184	2189	50 %	50 %	0 %	0 %	381280267
51	NC_017017	GGT	2	6	2272	2277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280267
52	NC_017017	AAT	2	6	2343	2348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280267
53	NC_017017	TCTTT	2	10	2427	2436	0 %	80 %	0 %	20 %	381280267
54	NC_017017	TC	3	6	2455	2460	0 %	50 %	0 %	50 %	381280267
55	NC_017017	ACCG	2	8	2517	2524	25 %	0 %	25 %	50 %	381280267
56	NC_017017	CTT	2	6	2545	2550	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280267
57	NC_017017	AAT	2	6	2559	2564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280267
58	NC_017017	CTT	2	6	2601	2606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280267
59	NC_017017	CAC	2	6	2660	2665	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_017017	CTTT	2	8	2666	2673	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017017	TGT	2	6	2693	2698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017017	ATT	2	6	2894	2899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017017	AAG	2	6	2949	2954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381280268
64	NC_017017	A	6	6	2976	2981	100 %	0 %	0 %	0 %	381280268
65	NC_017017	A	7	7	2991	2997	100 %	0 %	0 %	0 %	381280268
66	NC_017017	AAC	2	6	3006	3011	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280268
67	NC_017017	ATC	2	6	3026	3031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280268
68	NC_017017	AGC	2	6	3184	3189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381280269
69	NC_017017	A	6	6	3205	3210	100 %	0 %	0 %	0 %	381280269
70	NC_017017	TTA	2	6	3306	3311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280269
71	NC_017017	TAA	2	6	3329	3334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280269
72	NC_017017	GAA	2	6	3354	3359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381280269
73	NC_017017	TAA	2	6	3425	3430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280269
74	NC_017017	TC	3	6	3588	3593	0 %	50 %	0 %	50 %	381280270
75	NC_017017	TAT	2	6	3621	3626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280270
76	NC_017017	CGTT	2	8	3740	3747	0 %	50 %	25 %	25 %	381280270
77	NC_017017	ATA	2	6	3789	3794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280270
78	NC_017017	TCAA	2	8	3827	3834	50 %	25 %	0 %	25 %	381280270
79	NC_017017	TTGAG	2	10	3836	3845	20 %	40 %	40 %	0 %	381280270
80	NC_017017	GTT	2	6	3866	3871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280270
81	NC_017017	GTT	2	6	3912	3917	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280270
82	NC_017017	TCT	2	6	3923	3928	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280270
83	NC_017017	TCA	2	6	3989	3994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280270
84	NC_017017	GTTTT	2	10	4005	4014	0 %	80 %	20 %	0 %	381280270
85	NC_017017	CAA	2	6	4074	4079	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381280270
86	NC_017017	TA	3	6	4081	4086	50 %	50 %	0 %	0 %	381280270
87	NC_017017	TATC	2	8	4095	4102	25 %	50 %	0 %	25 %	381280270
88	NC_017017	TAA	2	6	4124	4129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280271
89	NC_017017	TA	3	6	4160	4165	50 %	50 %	0 %	0 %	381280271
90	NC_017017	A	6	6	4254	4259	100 %	0 %	0 %	0 %	381280271
91	NC_017017	TCA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280271
92	NC_017017	TTA	2	6	4305	4310	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017017	ATTT	2	8	4311	4318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017017	CTT	2	6	4368	4373	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280272
95	NC_017017	TGC	2	6	4471	4476	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280272
96	NC_017017	TAT	2	6	4554	4559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280272
97	NC_017017	C	7	7	4625	4631	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
98	NC_017017	TAC	2	6	4637	4642	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017017	CTT	2	6	4684	4689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017017	TA	3	6	4825	4830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017017	CCA	2	6	4899	4904	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381280273
102	NC_017017	AGT	2	6	4937	4942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280273
103	NC_017017	TCA	3	9	5029	5037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280273
104	NC_017017	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381280273
105	NC_017017	TCA	2	6	5197	5202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280273
106	NC_017017	AAG	2	6	5206	5211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381280273
107	NC_017017	GTTTT	2	10	5238	5247	0 %	80 %	20 %	0 %	381280273
108	NC_017017	CTG	2	6	5255	5260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280273
109	NC_017017	TA	3	6	5339	5344	50 %	50 %	0 %	0 %	381280273
110	NC_017017	GTC	2	6	5394	5399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280273
111	NC_017017	T	6	6	5658	5663	0 %	100 %	0 %	0 %	381280273
112	NC_017017	GCT	2	6	5668	5673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381280273
113	NC_017017	TCA	2	6	5746	5751	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280273
114	NC_017017	AGCT	2	8	5802	5809	25 %	25 %	25 %	25 %	381280273
115	NC_017017	GGC	2	6	5811	5816	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381280273
116	NC_017017	ATA	2	6	5929	5934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280273
117	NC_017017	TGAC	2	8	5949	5956	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017017	AC	3	6	5955	5960	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017017	AG	3	6	5972	5977	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017017	ATTTG	2	10	5988	5997	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017017	T	6	6	6109	6114	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017017	AAC	2	6	6122	6127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017017	TGT	2	6	6300	6305	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017017	GTT	2	6	6384	6389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017017	AAT	2	6	6497	6502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280274
126	NC_017017	TCA	2	6	6533	6538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381280274
127	NC_017017	TAT	2	6	6638	6643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280274
128	NC_017017	TTA	2	6	6721	6726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280274
129	NC_017017	TAGA	2	8	6756	6763	50 %	25 %	25 %	0 %	381280274
130	NC_017017	AGT	2	6	6788	6793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381280274
131	NC_017017	TAACTG	2	12	6845	6856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017017	T	6	6	6872	6877	0 %	100 %	0 %	0 %	381280275
133	NC_017017	AAT	2	6	6883	6888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280275
134	NC_017017	TC	3	6	6922	6927	0 %	50 %	0 %	50 %	381280275
135	NC_017017	CTT	2	6	6986	6991	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381280275
136	NC_017017	CAACTG	2	12	7004	7015	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	381280275
137	NC_017017	TCTTGT	2	12	7039	7050	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	381280275
138	NC_017017	AAT	2	6	7064	7069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381280275
139	NC_017017	TAT	2	6	7082	7087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280275
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406	NC_017017	CTA	2	6	18510	18515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
407	NC_017017	AAATG	2	10	18548	18557	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
408	NC_017017	ATA	2	6	18569	18574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
409	NC_017017	TAAA	2	8	18586	18593	75 %	25 %	0 %	0 %	381280285
410	NC_017017	TGG	2	6	18724	18729	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280285
411	NC_017017	GTG	2	6	18730	18735	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381280285
412	NC_017017	TTA	2	6	18748	18753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381280285

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.