MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Pyrobaculum oguniense TE7 extrachromosomal element

Total Repeats: 437

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016886	GGCA	2	8	5	12	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_016886	A	6	6	56	61	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016886	CGG	2	6	123	128	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_016886	CGTA	2	8	134	141	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_016886	T	6	6	203	208	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016886	AT	3	6	321	326	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016886	CGC	2	6	374	379	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_016886	CGTA	2	8	387	394	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_016886	GC	3	6	397	402	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016886	TACG	2	8	414	421	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_016886	GC	3	6	469	474	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_016886	AAAG	2	8	514	521	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016886	TACG	2	8	538	545	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_016886	TACG	2	8	603	610	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_016886	CCG	2	6	635	640	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_016886	TACG	2	8	653	660	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_016886	A	6	6	677	682	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016886	TAA	2	6	687	692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016886	AAAAAT	2	12	720	731	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379005764
20	NC_016886	AAC	2	6	732	737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005764
21	NC_016886	GAA	2	6	748	753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005764
22	NC_016886	GAG	2	6	771	776	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005764
23	NC_016886	AGG	2	6	803	808	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005764
24	NC_016886	ACA	2	6	863	868	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005764
25	NC_016886	GGTGT	2	10	926	935	0 %	40 %	60 %	0 %	379005764
26	NC_016886	ACG	2	6	941	946	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005764
27	NC_016886	TGG	2	6	961	966	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379005764
28	NC_016886	TAT	2	6	1003	1008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379005764
29	NC_016886	CT	3	6	1015	1020	0 %	50 %	0 %	50 %	379005764
30	NC_016886	CAA	2	6	1021	1026	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005764
31	NC_016886	GGA	2	6	1033	1038	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005764
32	NC_016886	A	6	6	1087	1092	100 %	0 %	0 %	0 %	379005764
33	NC_016886	AAG	2	6	1100	1105	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005764
34	NC_016886	AGAA	2	8	1106	1113	75 %	0 %	25 %	0 %	379005764
35	NC_016886	AGA	2	6	1139	1144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005764
36	NC_016886	CGC	2	6	1173	1178	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005764
37	NC_016886	TGAG	2	8	1341	1348	25 %	25 %	50 %	0 %	379005764
38	NC_016886	AGT	2	6	1351	1356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005765
39	NC_016886	CGT	2	6	1369	1374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005765
40	NC_016886	TAC	2	6	1406	1411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005765
41	NC_016886	A	7	7	1431	1437	100 %	0 %	0 %	0 %	379005765
42	NC_016886	TGT	2	6	1507	1512	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379005765
43	NC_016886	CGA	2	6	1516	1521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005765
44	NC_016886	GAG	2	6	1644	1649	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005766
45	NC_016886	GAA	2	6	1677	1682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005766
46	NC_016886	GAG	2	6	1683	1688	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005766
47	NC_016886	CGA	2	6	1721	1726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005766
48	NC_016886	A	7	7	1735	1741	100 %	0 %	0 %	0 %	379005766
49	NC_016886	T	6	6	1743	1748	0 %	100 %	0 %	0 %	379005767
50	NC_016886	ACTG	2	8	1769	1776	25 %	25 %	25 %	25 %	379005767
51	NC_016886	AGT	2	6	1790	1795	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005767
52	NC_016886	TGA	2	6	1797	1802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005767
53	NC_016886	CAA	2	6	1848	1853	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005767
54	NC_016886	T	6	6	1870	1875	0 %	100 %	0 %	0 %	379005767
55	NC_016886	CAG	2	6	1978	1983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005767
56	NC_016886	A	6	6	1997	2002	100 %	0 %	0 %	0 %	379005767
57	NC_016886	CT	3	6	2016	2021	0 %	50 %	0 %	50 %	379005767
58	NC_016886	ACC	2	6	2027	2032	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379005767
59	NC_016886	TGGT	2	8	2040	2047	0 %	50 %	50 %	0 %	379005767
60	NC_016886	AC	3	6	2107	2112	50 %	0 %	0 %	50 %	379005768
61	NC_016886	AAT	2	6	2120	2125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005768
62	NC_016886	GAC	2	6	2160	2165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005768
63	NC_016886	TCG	2	6	2208	2213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005768
64	NC_016886	CTCTCC	2	12	2324	2335	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379005768
65	NC_016886	TAA	2	6	2362	2367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016886	ATA	2	6	2379	2384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016886	A	6	6	2398	2403	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016886	A	7	7	2457	2463	100 %	0 %	0 %	0 %	379005769
69	NC_016886	A	7	7	2511	2517	100 %	0 %	0 %	0 %	379005769
70	NC_016886	GTC	2	6	2563	2568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005769
71	NC_016886	CAA	3	9	2638	2646	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005769
72	NC_016886	ACG	2	6	2721	2726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005770
73	NC_016886	GCG	2	6	2832	2837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005770
74	NC_016886	CCG	2	6	2887	2892	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005771
75	NC_016886	ACG	2	6	2902	2907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005771
76	NC_016886	CAT	2	6	2912	2917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005771
77	NC_016886	TAG	2	6	2923	2928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005771
78	NC_016886	AGA	2	6	2945	2950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005771
79	NC_016886	AAGAA	2	10	2957	2966	80 %	0 %	20 %	0 %	379005771
80	NC_016886	GCTACA	2	12	3077	3088	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379005771
81	NC_016886	A	7	7	3095	3101	100 %	0 %	0 %	0 %	379005771
82	NC_016886	AGCA	2	8	3154	3161	50 %	0 %	25 %	25 %	379005771
83	NC_016886	A	6	6	3163	3168	100 %	0 %	0 %	0 %	379005771
84	NC_016886	ACT	2	6	3170	3175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005771
85	NC_016886	TCC	2	6	3181	3186	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379005771
86	NC_016886	TAA	2	6	3203	3208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005772
87	NC_016886	AGTT	2	8	3221	3228	25 %	50 %	25 %	0 %	379005772
88	NC_016886	AGA	2	6	3261	3266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005772
89	NC_016886	ACG	2	6	3284	3289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005772
90	NC_016886	TCG	2	6	3353	3358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005772
91	NC_016886	CCG	2	6	3382	3387	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005772
92	NC_016886	ACA	2	6	3392	3397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005772
93	NC_016886	TCA	2	6	3398	3403	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005772
94	NC_016886	GAA	2	6	3411	3416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005772
95	NC_016886	ACGGA	2	10	3454	3463	40 %	0 %	40 %	20 %	379005773
96	NC_016886	GAA	2	6	3477	3482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005773
97	NC_016886	AGGA	2	8	3489	3496	50 %	0 %	50 %	0 %	379005773
98	NC_016886	GAA	2	6	3497	3502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005773
99	NC_016886	GA	3	6	3503	3508	50 %	0 %	50 %	0 %	379005773
100	NC_016886	ACT	2	6	3626	3631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005773
101	NC_016886	CG	4	8	3669	3676	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_016886	GAA	2	6	3693	3698	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005774
103	NC_016886	CCA	2	6	3755	3760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379005774
104	NC_016886	CGA	2	6	3879	3884	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005774
105	NC_016886	A	6	6	3896	3901	100 %	0 %	0 %	0 %	379005774
106	NC_016886	T	6	6	4025	4030	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016886	CTC	2	6	4036	4041	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_016886	GTA	2	6	4105	4110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016886	AAG	2	6	4135	4140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016886	CTT	2	6	4176	4181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016886	A	6	6	4195	4200	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016886	TA	3	6	4223	4228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016886	GGTA	2	8	4234	4241	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016886	A	6	6	4277	4282	100 %	0 %	0 %	0 %	379005775
115	NC_016886	GTC	2	6	4283	4288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005775
116	NC_016886	CAA	2	6	4294	4299	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005775
117	NC_016886	TA	3	6	4315	4320	50 %	50 %	0 %	0 %	379005775
118	NC_016886	CAT	2	6	4327	4332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005775
119	NC_016886	TCTA	2	8	4380	4387	25 %	50 %	0 %	25 %	379005775
120	NC_016886	TAA	2	6	4407	4412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005775
121	NC_016886	AC	3	6	4425	4430	50 %	0 %	0 %	50 %	379005775
122	NC_016886	GAAGA	2	10	4478	4487	60 %	0 %	40 %	0 %	379005775
123	NC_016886	AAGT	2	8	4492	4499	50 %	25 %	25 %	0 %	379005775
124	NC_016886	TCG	2	6	4524	4529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005775
125	NC_016886	TC	3	6	4544	4549	0 %	50 %	0 %	50 %	379005775
126	NC_016886	T	6	6	4576	4581	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016886	ATT	2	6	4583	4588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016886	AAC	2	6	4619	4624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_016886	TTC	2	6	4631	4636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_016886	AAC	2	6	4688	4693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005776
131	NC_016886	ACG	2	6	4749	4754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005776
132	NC_016886	AAG	2	6	4798	4803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005776
133	NC_016886	GGA	3	9	4809	4817	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005777
134	NC_016886	A	6	6	4819	4824	100 %	0 %	0 %	0 %	379005777
135	NC_016886	AAG	2	6	4832	4837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
136	NC_016886	GAA	2	6	4842	4847	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
137	NC_016886	AGA	2	6	4848	4853	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
138	NC_016886	GAA	2	6	4866	4871	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
139	NC_016886	GAAA	2	8	4931	4938	75 %	0 %	25 %	0 %	379005777
140	NC_016886	ACG	2	6	4976	4981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005777
141	NC_016886	ATA	2	6	4996	5001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005777
142	NC_016886	GGC	2	6	5019	5024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005777
143	NC_016886	AGA	2	6	5027	5032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005777
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146	NC_016886	AGGC	2	8	5138	5145	25 %	0 %	50 %	25 %	379005777
147	NC_016886	CAG	2	6	5154	5159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005778
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149	NC_016886	ATC	2	6	5262	5267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005778
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151	NC_016886	GGC	2	6	5321	5326	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005778
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169	NC_016886	TGA	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005778
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179	NC_016886	ATA	2	6	6182	6187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005780
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187	NC_016886	AGTC	2	8	6480	6487	25 %	25 %	25 %	25 %	379005780
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189	NC_016886	ATGG	2	8	6541	6548	25 %	25 %	50 %	0 %	379005780
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221	NC_016886	C	6	6	8007	8012	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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243	NC_016886	GCCCCC	2	12	8849	8860	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	379005783
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261	NC_016886	G	6	6	9575	9580	0 %	0 %	100 %	0 %	379005784
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274	NC_016886	GCC	2	6	9948	9953	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005784
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389	NC_016886	CG	3	6	14455	14460	0 %	0 %	50 %	50 %	379005794
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402	NC_016886	GCG	2	6	15183	15188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005795
403	NC_016886	AAG	2	6	15332	15337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379005796
404	NC_016886	CAGG	2	8	15386	15393	25 %	0 %	50 %	25 %	379005796
405	NC_016886	CCT	2	6	15410	15415	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379005796
406	NC_016886	CGC	2	6	15422	15427	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005796
407	NC_016886	GCG	3	9	15445	15453	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005796
408	NC_016886	TAC	2	6	15456	15461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005796
409	NC_016886	CCG	2	6	15489	15494	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005796
410	NC_016886	AT	3	6	15539	15544	50 %	50 %	0 %	0 %	379005796
411	NC_016886	ACA	2	6	15643	15648	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005796
412	NC_016886	GTT	3	9	15743	15751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379005796
413	NC_016886	CA	3	6	15860	15865	50 %	0 %	0 %	50 %	379005796
414	NC_016886	ACG	2	6	15963	15968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005796
415	NC_016886	TTC	2	6	15993	15998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379005796
416	NC_016886	CTC	2	6	16050	16055	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379005796
417	NC_016886	CGA	2	6	16135	16140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379005796
418	NC_016886	CAA	2	6	16144	16149	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005796
419	NC_016886	TC	3	6	16164	16169	0 %	50 %	0 %	50 %	379005796
420	NC_016886	GAG	2	6	16190	16195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379005796
421	NC_016886	GGCT	2	8	16224	16231	0 %	25 %	50 %	25 %	379005796
422	NC_016886	CGG	2	6	16241	16246	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379005796
423	NC_016886	CAC	2	6	16294	16299	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379005796
424	NC_016886	ACT	2	6	16327	16332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379005796
425	NC_016886	ATG	2	6	16378	16383	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005796
426	NC_016886	ATG	2	6	16400	16405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005796
427	NC_016886	GTC	2	6	16415	16420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379005797
428	NC_016886	CGC	2	6	16425	16430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379005797
429	NC_016886	GTA	2	6	16546	16551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379005797
430	NC_016886	AAT	2	6	16578	16583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005798
431	NC_016886	GA	4	8	16682	16689	50 %	0 %	50 %	0 %	379005798
432	NC_016886	GTT	2	6	16718	16723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379005798
433	NC_016886	ACA	2	6	16766	16771	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005798
434	NC_016886	ACA	2	6	16784	16789	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379005798
435	NC_016886	TAA	2	6	16800	16805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379005798
436	NC_016886	CGC	2	6	16812	16817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
437	NC_016886	T	6	6	16830	16835	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.