MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 chromosome

Total Repeats: 46818

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009073	AAG	2	6	45	50	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126458629
2	NC_009073	TTG	2	6	58	63	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458629
3	NC_009073	TAC	3	9	87	95	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	126458629
4	NC_009073	TC	4	8	119	126	0 %	50 %	0 %	50 %	126458629
5	NC_009073	ATT	2	6	157	162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126458629
6	NC_009073	TAAAAT	2	12	175	186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126458629
7	NC_009073	ATTA	2	8	197	204	50 %	50 %	0 %	0 %	126458629
8	NC_009073	TAG	2	6	344	349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009073	TGA	2	6	396	401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458630
10	NC_009073	TCT	2	6	407	412	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458630
11	NC_009073	AG	3	6	429	434	50 %	0 %	50 %	0 %	126458630
12	NC_009073	AGA	2	6	447	452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126458630
13	NC_009073	GGTG	2	8	481	488	0 %	25 %	75 %	0 %	126458630
14	NC_009073	CAGGCA	2	12	539	550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	126458630
15	NC_009073	CTA	2	6	578	583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	126458630
16	NC_009073	A	6	6	585	590	100 %	0 %	0 %	0 %	126458630
17	NC_009073	TA	4	8	627	634	50 %	50 %	0 %	0 %	126458630
18	NC_009073	TAT	2	6	648	653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126458630
19	NC_009073	GAG	2	6	690	695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	126458630
20	NC_009073	TC	3	6	717	722	0 %	50 %	0 %	50 %	126458630
21	NC_009073	ACT	2	6	723	728	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	126458630
22	NC_009073	GA	4	8	745	752	50 %	0 %	50 %	0 %	126458630
23	NC_009073	GAT	2	6	775	780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458630
24	NC_009073	TC	3	6	789	794	0 %	50 %	0 %	50 %	126458630
25	NC_009073	GTT	2	6	871	876	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458630
26	NC_009073	TCC	2	6	951	956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	126458630
27	NC_009073	ATA	2	6	982	987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126458630
28	NC_009073	CGA	2	6	1029	1034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	126458630
29	NC_009073	CAAG	2	8	1085	1092	50 %	0 %	25 %	25 %	126458630
30	NC_009073	AT	3	6	1134	1139	50 %	50 %	0 %	0 %	126458630
31	NC_009073	AGG	2	6	1183	1188	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	126458630
32	NC_009073	AGG	2	6	1196	1201	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	126458630
33	NC_009073	GGA	2	6	1218	1223	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	126458630
34	NC_009073	GTT	2	6	1254	1259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458630
35	NC_009073	GAT	2	6	1338	1343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458630
36	NC_009073	GAA	2	6	1348	1353	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126458630
37	NC_009073	TGA	2	6	1356	1361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458630
38	NC_009073	GA	3	6	1407	1412	50 %	0 %	50 %	0 %	126458630
39	NC_009073	AGGGG	2	10	1446	1455	20 %	0 %	80 %	0 %	126458630
40	NC_009073	TAC	2	6	1467	1472	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	126458630
41	NC_009073	GTT	2	6	1516	1521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458630
42	NC_009073	TTA	2	6	1529	1534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126458630
43	NC_009073	GAG	2	6	1537	1542	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	126458630
44	NC_009073	AC	3	6	1619	1624	50 %	0 %	0 %	50 %	126458631
45	NC_009073	TC	3	6	1685	1690	0 %	50 %	0 %	50 %	126458631
46	NC_009073	TAG	2	6	1702	1707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458631
47	NC_009073	GCG	2	6	1712	1717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126458631
48	NC_009073	TAA	2	6	1748	1753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126458631
49	NC_009073	GAA	2	6	1794	1799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126458631
50	NC_009073	TAG	2	6	1833	1838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458631
51	NC_009073	T	6	6	1840	1845	0 %	100 %	0 %	0 %	126458632
52	NC_009073	TC	3	6	1881	1886	0 %	50 %	0 %	50 %	126458632
53	NC_009073	CTT	2	6	1902	1907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458632
54	NC_009073	TCTGCG	2	12	1998	2009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126458632
55	NC_009073	CCT	2	6	2012	2017	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	126458632
56	NC_009073	AGT	2	6	2035	2040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458632
57	NC_009073	TAA	2	6	2060	2065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126458632
58	NC_009073	CGG	2	6	2067	2072	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126458632
59	NC_009073	TGCTT	2	10	2181	2190	0 %	60 %	20 %	20 %	126458632
60	NC_009073	TA	3	6	2330	2335	50 %	50 %	0 %	0 %	126458632
61	NC_009073	TC	3	6	2373	2378	0 %	50 %	0 %	50 %	126458632
62	NC_009073	GTC	2	6	2394	2399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126458632
63	NC_009073	AGG	2	6	2468	2473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	126458632
64	NC_009073	CTT	2	6	2498	2503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458632
65	NC_009073	ACT	2	6	2548	2553	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	126458632
66	NC_009073	GTT	2	6	2628	2633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458632
67	NC_009073	TCT	2	6	2701	2706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458632
68	NC_009073	TCCA	2	8	2718	2725	25 %	25 %	0 %	50 %	126458632
69	NC_009073	AG	3	6	2762	2767	50 %	0 %	50 %	0 %	126458632
70	NC_009073	CT	3	6	2772	2777	0 %	50 %	0 %	50 %	126458632
71	NC_009073	CAC	2	6	2790	2795	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	126458632
72	NC_009073	GTT	2	6	2884	2889	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458632
73	NC_009073	G	6	6	2902	2907	0 %	0 %	100 %	0 %	126458632
74	NC_009073	TC	3	6	2947	2952	0 %	50 %	0 %	50 %	126458632
75	NC_009073	TCT	2	6	3100	3105	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458633
76	NC_009073	TTC	2	6	3170	3175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458633
77	NC_009073	CGT	3	9	3238	3246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126458633
78	NC_009073	TTA	2	6	3259	3264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126458633
79	NC_009073	CT	4	8	3266	3273	0 %	50 %	0 %	50 %	126458633
80	NC_009073	TTA	2	6	3283	3288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126458633
81	NC_009073	CT	3	6	3323	3328	0 %	50 %	0 %	50 %	126458633
82	NC_009073	CGC	2	6	3355	3360	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126458633
83	NC_009073	ACC	2	6	3438	3443	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	126458633
84	NC_009073	TTAC	2	8	3444	3451	25 %	50 %	0 %	25 %	126458633
85	NC_009073	CGT	2	6	3526	3531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126458633
86	NC_009073	CT	3	6	3573	3578	0 %	50 %	0 %	50 %	126458633
87	NC_009073	AAT	2	6	3629	3634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126458633
88	NC_009073	TAG	2	6	3665	3670	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458633
89	NC_009073	ATT	2	6	3702	3707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126458633
90	NC_009073	TTG	2	6	3719	3724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458633
91	NC_009073	TGT	2	6	3739	3744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458633
92	NC_009073	TCG	2	6	3750	3755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126458633
93	NC_009073	CT	3	6	3818	3823	0 %	50 %	0 %	50 %	126458633
94	NC_009073	CT	3	6	3838	3843	0 %	50 %	0 %	50 %	126458633
95	NC_009073	CT	3	6	3896	3901	0 %	50 %	0 %	50 %	126458633
96	NC_009073	TCG	2	6	3919	3924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126458633
97	NC_009073	AGG	2	6	3938	3943	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	126458633
98	NC_009073	AGA	2	6	3949	3954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126458633
99	NC_009073	AGCCT	2	10	3993	4002	20 %	20 %	20 %	40 %	126458633
100	NC_009073	CCT	2	6	4006	4011	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	126458633
101	NC_009073	CCA	2	6	4018	4023	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	126458633
102	NC_009073	CCT	2	6	4024	4029	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	126458633
103	NC_009073	A	6	6	4060	4065	100 %	0 %	0 %	0 %	126458633
104	NC_009073	CTCA	2	8	4067	4074	25 %	25 %	0 %	50 %	126458633
105	NC_009073	ACT	2	6	4085	4090	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009073	TGC	2	6	4115	4120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126458634
107	NC_009073	GGC	4	12	4175	4186	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126458634
108	NC_009073	CTC	2	6	4208	4213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	126458634
109	NC_009073	GTT	2	6	4226	4231	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458634
110	NC_009073	GCC	2	6	4325	4330	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126458634
111	NC_009073	TCC	2	6	4350	4355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	126458634
112	NC_009073	AATA	2	8	4382	4389	75 %	25 %	0 %	0 %	126458634
113	NC_009073	TTC	2	6	4402	4407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458634
114	NC_009073	AT	3	6	4418	4423	50 %	50 %	0 %	0 %	126458634
115	NC_009073	TTC	2	6	4464	4469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458634
116	NC_009073	TAA	2	6	4493	4498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126458634
117	NC_009073	GAA	2	6	4573	4578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126458634
118	NC_009073	CCT	2	6	4601	4606	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	126458634
119	NC_009073	ACG	3	9	4623	4631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	126458634
120	NC_009073	ACA	2	6	4654	4659	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	126458634
121	NC_009073	ATT	2	6	4707	4712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126458634
122	NC_009073	GCT	2	6	4753	4758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126458634
123	NC_009073	CGC	2	6	4778	4783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_009073	TCC	2	6	4830	4835	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	126458635
125	NC_009073	CGAG	2	8	5025	5032	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_009073	TAAT	2	8	5084	5091	50 %	50 %	0 %	0 %	126458636
127	NC_009073	TA	3	6	5140	5145	50 %	50 %	0 %	0 %	126458636
128	NC_009073	C	6	6	5241	5246	0 %	0 %	0 %	100 %	126458636
129	NC_009073	TAA	2	6	5254	5259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126458636
130	NC_009073	ATG	2	6	5264	5269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458636
131	NC_009073	CAC	2	6	5349	5354	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	126458637
132	NC_009073	CGG	2	6	5399	5404	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126458637
133	NC_009073	AT	3	6	5405	5410	50 %	50 %	0 %	0 %	126458637
134	NC_009073	ACG	2	6	5429	5434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	126458637
135	NC_009073	GCC	2	6	5435	5440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126458637
136	NC_009073	TCT	2	6	5481	5486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458637
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399	NC_009073	TATT	2	8	18026	18033	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
400	NC_009073	TTTA	2	8	18071	18078	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
401	NC_009073	TAC	2	6	18100	18105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
402	NC_009073	TGT	2	6	18143	18148	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458653
403	NC_009073	GCC	2	6	18165	18170	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126458653
404	NC_009073	CT	3	6	18214	18219	0 %	50 %	0 %	50 %	126458653
405	NC_009073	TCT	2	6	18222	18227	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126458653
406	NC_009073	CGC	2	6	18291	18296	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126458653
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417	NC_009073	CTTG	2	8	18735	18742	0 %	50 %	25 %	25 %	126458653
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430	NC_009073	ACA	2	6	19136	19141	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	126458653
431	NC_009073	TGT	2	6	19169	19174	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	126458653
432	NC_009073	TTA	2	6	19259	19264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_009073	CGA	2	6	19324	19329	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	126458654
434	NC_009073	GCC	2	6	19393	19398	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126458654
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436	NC_009073	GCG	2	6	19413	19418	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126458654
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438	NC_009073	TAG	3	9	19599	19607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126458654
439	NC_009073	GCA	3	9	19617	19625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	126458654
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441	NC_009073	GGA	2	6	19707	19712	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	126458654
442	NC_009073	TA	4	8	19739	19746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_009073	CCACAT	2	12	19759	19770	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	126458655
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452	NC_009073	CAA	3	9	20254	20262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	126458655
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