MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Polaromonas naphthalenivorans CJ2 plasmid pPNAP08

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008764	ATAA	2	8	81	88	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008764	AT	3	6	129	134	50 %	50 %	0 %	0 %	121583583
3	NC_008764	GC	3	6	174	179	0 %	0 %	50 %	50 %	121583583
4	NC_008764	TCG	2	6	256	261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583583
5	NC_008764	CGT	2	6	433	438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583583
6	NC_008764	AAGC	2	8	455	462	50 %	0 %	25 %	25 %	121583583
7	NC_008764	C	6	6	505	510	0 %	0 %	0 %	100 %	121583583
8	NC_008764	GATT	2	8	521	528	25 %	50 %	25 %	0 %	121583583
9	NC_008764	ACC	2	6	600	605	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583583
10	NC_008764	CAG	2	6	689	694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583583
11	NC_008764	T	6	6	839	844	0 %	100 %	0 %	0 %	121583583
12	NC_008764	T	7	7	933	939	0 %	100 %	0 %	0 %	121583584
13	NC_008764	C	6	6	986	991	0 %	0 %	0 %	100 %	121583584
14	NC_008764	TGCT	2	8	1030	1037	0 %	50 %	25 %	25 %	121583584
15	NC_008764	T	6	6	1086	1091	0 %	100 %	0 %	0 %	121583584
16	NC_008764	CGG	2	6	1097	1102	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583584
17	NC_008764	TGT	2	6	1136	1141	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583584
18	NC_008764	GTG	2	6	1215	1220	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583584
19	NC_008764	GGC	2	6	1245	1250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583584
20	NC_008764	TCT	2	6	1303	1308	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583584
21	NC_008764	CGC	2	6	1377	1382	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583584
22	NC_008764	GCT	2	6	1406	1411	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583584
23	NC_008764	TTGC	2	8	1476	1483	0 %	50 %	25 %	25 %	121583584
24	NC_008764	GCT	2	6	1499	1504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583584
25	NC_008764	TCC	2	6	1522	1527	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121583584
26	NC_008764	CAC	2	6	1547	1552	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583584
27	NC_008764	T	6	6	1560	1565	0 %	100 %	0 %	0 %	121583584
28	NC_008764	CCA	2	6	1645	1650	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583584
29	NC_008764	CAG	2	6	1680	1685	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583584
30	NC_008764	GGT	2	6	1708	1713	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583584
31	NC_008764	CT	5	10	1758	1767	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008764	CGAT	2	8	1850	1857	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_008764	TGT	2	6	1913	1918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008764	CCA	2	6	1936	1941	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_008764	ATC	2	6	2018	2023	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008764	TCC	2	6	2027	2032	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_008764	GTT	2	6	2053	2058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583585
38	NC_008764	ATCG	2	8	2318	2325	25 %	25 %	25 %	25 %	121583585
39	NC_008764	GCC	2	6	2393	2398	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583585
40	NC_008764	CCCAG	2	10	2434	2443	20 %	0 %	20 %	60 %	121583585
41	NC_008764	GGC	2	6	2530	2535	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583585
42	NC_008764	CGTC	2	8	2539	2546	0 %	25 %	25 %	50 %	121583585
43	NC_008764	CT	3	6	2625	2630	0 %	50 %	0 %	50 %	121583585
44	NC_008764	GGC	2	6	2631	2636	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583585
45	NC_008764	CTT	2	6	2660	2665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583585
46	NC_008764	TTCC	2	8	2690	2697	0 %	50 %	0 %	50 %	121583585
47	NC_008764	AAT	2	6	2813	2818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	121583585
48	NC_008764	CGC	2	6	2824	2829	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583585
49	NC_008764	GCT	2	6	2855	2860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
50	NC_008764	CT	3	6	2859	2864	0 %	50 %	0 %	50 %	121583585
51	NC_008764	T	6	6	2864	2869	0 %	100 %	0 %	0 %	121583585
52	NC_008764	AGC	2	6	2969	2974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583585
53	NC_008764	CTG	2	6	3022	3027	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
54	NC_008764	TGC	2	6	3065	3070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
55	NC_008764	TCC	2	6	3128	3133	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121583585
56	NC_008764	CT	3	6	3160	3165	0 %	50 %	0 %	50 %	121583585
57	NC_008764	TCC	2	6	3191	3196	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121583585
58	NC_008764	GCA	2	6	3219	3224	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583585
59	NC_008764	AGG	2	6	3267	3272	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583585
60	NC_008764	GCC	2	6	3290	3295	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583585
61	NC_008764	CGG	3	9	3301	3309	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583585
62	NC_008764	T	6	6	3375	3380	0 %	100 %	0 %	0 %	121583585
63	NC_008764	TCAC	2	8	3393	3400	25 %	25 %	0 %	50 %	121583585
64	NC_008764	CTG	2	6	3429	3434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
65	NC_008764	TCA	2	6	3483	3488	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583585
66	NC_008764	TGT	2	6	3494	3499	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583585
67	NC_008764	CCA	2	6	3514	3519	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583585
68	NC_008764	GCTGGC	2	12	3529	3540	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	121583585
69	NC_008764	CAT	2	6	3541	3546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583585
70	NC_008764	CAA	2	6	3547	3552	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583585
71	NC_008764	CAGG	2	8	3556	3563	25 %	0 %	50 %	25 %	121583585
72	NC_008764	AGC	2	6	3584	3589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583585
73	NC_008764	AG	3	6	3623	3628	50 %	0 %	50 %	0 %	121583585
74	NC_008764	GTG	2	6	3643	3648	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583585
75	NC_008764	TGC	2	6	3710	3715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
76	NC_008764	GCT	3	9	3720	3728	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
77	NC_008764	GTC	2	6	3736	3741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
78	NC_008764	CTG	2	6	3748	3753	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
79	NC_008764	CTT	2	6	3766	3771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583585
80	NC_008764	GTG	2	6	3879	3884	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583585
81	NC_008764	CGGT	2	8	3930	3937	0 %	25 %	50 %	25 %	121583585
82	NC_008764	T	7	7	3985	3991	0 %	100 %	0 %	0 %	121583585
83	NC_008764	CTG	2	6	4028	4033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583585
84	NC_008764	GGC	2	6	4128	4133	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583585
85	NC_008764	GGT	2	6	4154	4159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583585
86	NC_008764	AAT	2	6	4175	4180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	121583585
87	NC_008764	TTC	2	6	4298	4303	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583585
88	NC_008764	ATTA	2	8	4331	4338	50 %	50 %	0 %	0 %	121583585
89	NC_008764	CAGT	2	8	4387	4394	25 %	25 %	25 %	25 %	121583585
90	NC_008764	TCT	2	6	4446	4451	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583585
91	NC_008764	AAT	2	6	4462	4467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	121583585
92	NC_008764	GATTT	2	10	4633	4642	20 %	60 %	20 %	0 %	121583586
93	NC_008764	GTT	2	6	4645	4650	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583586
94	NC_008764	GCA	2	6	4671	4676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583586
95	NC_008764	GCCC	2	8	4708	4715	0 %	0 %	25 %	75 %	121583586
96	NC_008764	CT	3	6	4801	4806	0 %	50 %	0 %	50 %	121583586
97	NC_008764	GC	3	6	4822	4827	0 %	0 %	50 %	50 %	121583586
98	NC_008764	AGT	2	6	4856	4861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583586
99	NC_008764	CTGG	2	8	4874	4881	0 %	25 %	50 %	25 %	121583586
100	NC_008764	TGTAT	2	10	4896	4905	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008764	TTG	2	6	5046	5051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008764	CT	3	6	5114	5119	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_008764	GAG	3	9	5148	5156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008764	CTG	2	6	5231	5236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583587
105	NC_008764	TAG	2	6	5362	5367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583587
106	NC_008764	TGC	2	6	5381	5386	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583587
107	NC_008764	TCAG	2	8	5434	5441	25 %	25 %	25 %	25 %	121583587
108	NC_008764	TCA	2	6	5452	5457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583587
109	NC_008764	ATGA	2	8	5534	5541	50 %	25 %	25 %	0 %	121583587
110	NC_008764	T	6	6	5601	5606	0 %	100 %	0 %	0 %	121583587
111	NC_008764	TTG	2	6	5643	5648	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008764	TGT	2	6	5690	5695	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008764	AAT	2	6	5714	5719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008764	ATG	2	6	5862	5867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008764	TA	3	6	5923	5928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008764	GTT	2	6	5933	5938	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008764	AT	3	6	5957	5962	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008764	GATT	2	8	6068	6075	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008764	AAT	2	6	6083	6088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008764	ATG	2	6	6138	6143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008764	ATC	2	6	6148	6153	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008764	AAT	2	6	6155	6160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008764	TGT	2	6	6177	6182	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008764	T	6	6	6182	6187	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008764	ATA	2	6	6190	6195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008764	A	6	6	6254	6259	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008764	CAA	2	6	6264	6269	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008764	ATGCA	2	10	6277	6286	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_008764	CCCG	2	8	6287	6294	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
130	NC_008764	TCC	2	6	6303	6308	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_008764	GC	3	6	6396	6401	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008764	TGC	2	6	6408	6413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_008764	GAT	2	6	6421	6426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.