MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Polaromonas naphthalenivorans CJ2 plasmid pPNAP07

Total Repeats: 208

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008763	AGG	2	6	7	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008763	CAA	2	6	83	88	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008763	CAA	2	6	103	108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008763	AGC	2	6	187	192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008763	TGG	2	6	202	207	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008763	GCT	2	6	237	242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008763	AGC	2	6	262	267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008763	CGAC	2	8	328	335	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008763	ATG	2	6	423	428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008763	TGT	2	6	473	478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008763	C	6	6	567	572	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
12	NC_008763	TCA	2	6	692	697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008763	ATC	2	6	701	706	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008763	ATTTT	2	10	758	767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008763	ATT	2	6	788	793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008763	ACG	2	6	851	856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008763	GC	3	6	909	914	0 %	0 %	50 %	50 %	121583566
18	NC_008763	CATC	2	8	924	931	25 %	25 %	0 %	50 %	121583566
19	NC_008763	CGG	2	6	1070	1075	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583566
20	NC_008763	GGT	2	6	1113	1118	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583566
21	NC_008763	ACG	2	6	1123	1128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583566
22	NC_008763	ACA	2	6	1250	1255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583566
23	NC_008763	CGC	2	6	1275	1280	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583566
24	NC_008763	ACCG	2	8	1332	1339	25 %	0 %	25 %	50 %	121583566
25	NC_008763	GCA	2	6	1383	1388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008763	GCT	2	6	1417	1422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008763	GAC	2	6	1471	1476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008763	CGC	2	6	1527	1532	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_008763	A	6	6	1538	1543	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008763	T	6	6	1573	1578	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008763	ATG	2	6	1585	1590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008763	AAAT	3	12	1591	1602	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008763	GCA	2	6	1661	1666	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583567
34	NC_008763	T	6	6	1687	1692	0 %	100 %	0 %	0 %	121583567
35	NC_008763	GCG	2	6	1693	1698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583567
36	NC_008763	TTG	2	6	1786	1791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583567
37	NC_008763	T	7	7	1823	1829	0 %	100 %	0 %	0 %	121583567
38	NC_008763	TATT	2	8	1851	1858	25 %	75 %	0 %	0 %	121583568
39	NC_008763	CGC	2	6	1947	1952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583568
40	NC_008763	CCT	2	6	2030	2035	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121583568
41	NC_008763	GGC	2	6	2076	2081	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583568
42	NC_008763	CCGT	2	8	2092	2099	0 %	25 %	25 %	50 %	121583568
43	NC_008763	CAA	2	6	2126	2131	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583568
44	NC_008763	GCC	3	9	2137	2145	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583568
45	NC_008763	TCG	2	6	2288	2293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583568
46	NC_008763	GTT	2	6	2321	2326	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583568
47	NC_008763	ACG	2	6	2383	2388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583568
48	NC_008763	AC	3	6	2408	2413	50 %	0 %	0 %	50 %	121583568
49	NC_008763	AT	3	6	2505	2510	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008763	GCT	2	6	2770	2775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008763	TGGC	2	8	2798	2805	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_008763	GAT	2	6	2872	2877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008763	CGG	2	6	2895	2900	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008763	GAG	3	9	2961	2969	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008763	GAC	2	6	3000	3005	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008763	GCA	2	6	3020	3025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008763	CGA	2	6	3047	3052	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008763	ATC	2	6	3124	3129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008763	T	6	6	3144	3149	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008763	GGTG	2	8	3184	3191	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008763	AATC	2	8	3249	3256	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_008763	CGG	2	6	3285	3290	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583569
63	NC_008763	AGC	2	6	3292	3297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583569
64	NC_008763	TCA	2	6	3329	3334	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583569
65	NC_008763	TCG	2	6	3350	3355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583569
66	NC_008763	GCTG	2	8	3357	3364	0 %	25 %	50 %	25 %	121583569
67	NC_008763	ATC	2	6	3365	3370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583569
68	NC_008763	T	6	6	3389	3394	0 %	100 %	0 %	0 %	121583569
69	NC_008763	TTTC	2	8	3430	3437	0 %	75 %	0 %	25 %	121583569
70	NC_008763	AGT	2	6	3454	3459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583569
71	NC_008763	T	7	7	3475	3481	0 %	100 %	0 %	0 %	121583569
72	NC_008763	TTG	2	6	3514	3519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121583569
73	NC_008763	TCT	2	6	3548	3553	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583569
74	NC_008763	C	6	6	3665	3670	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
75	NC_008763	GC	3	6	3711	3716	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008763	CTG	2	6	3722	3727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008763	ACA	2	6	3769	3774	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008763	AAC	2	6	3779	3784	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008763	GGCA	2	8	3827	3834	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
80	NC_008763	CCG	4	12	3844	3855	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
81	NC_008763	CGA	2	6	3881	3886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
82	NC_008763	GCG	2	6	3922	3927	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583570
83	NC_008763	GCGA	2	8	3972	3979	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
84	NC_008763	GAAC	2	8	3983	3990	50 %	0 %	25 %	25 %	121583570
85	NC_008763	GCC	2	6	3999	4004	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
86	NC_008763	CCG	2	6	4063	4068	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
87	NC_008763	AGCG	2	8	4080	4087	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
88	NC_008763	CGC	2	6	4139	4144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
89	NC_008763	A	6	6	4170	4175	100 %	0 %	0 %	0 %	121583570
90	NC_008763	AAGC	2	8	4184	4191	50 %	0 %	25 %	25 %	121583570
91	NC_008763	CAC	2	6	4230	4235	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583570
92	NC_008763	GCA	2	6	4249	4254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
93	NC_008763	GAC	2	6	4302	4307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
94	NC_008763	CGC	2	6	4367	4372	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
95	NC_008763	AGGC	2	8	4381	4388	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
96	NC_008763	ACC	2	6	4405	4410	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583570
97	NC_008763	GAC	2	6	4434	4439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
98	NC_008763	ACC	2	6	4516	4521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121583570
99	NC_008763	CGGC	2	8	4540	4547	0 %	0 %	50 %	50 %	121583570
100	NC_008763	CGC	2	6	4553	4558	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
101	NC_008763	GCACAG	3	18	4620	4637	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
102	NC_008763	AAC	2	6	4642	4647	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121583570
103	NC_008763	GCA	2	6	4653	4658	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
104	NC_008763	GCC	2	6	4662	4667	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
105	NC_008763	GCA	3	9	4773	4781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
106	NC_008763	GCA	2	6	4794	4799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
107	NC_008763	GCA	3	9	4857	4865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
108	NC_008763	CGC	2	6	4950	4955	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
109	NC_008763	GCC	2	6	4980	4985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
110	NC_008763	TGG	2	6	5011	5016	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583570
111	NC_008763	TGG	2	6	5020	5025	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583570
112	NC_008763	GC	3	6	5031	5036	0 %	0 %	50 %	50 %	121583570
113	NC_008763	AGG	2	6	5071	5076	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583570
114	NC_008763	CCGC	2	8	5132	5139	0 %	0 %	25 %	75 %	121583570
115	NC_008763	CTA	2	6	5171	5176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121583570
116	NC_008763	GGC	2	6	5192	5197	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583570
117	NC_008763	CGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
118	NC_008763	GCC	2	6	5241	5246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
119	NC_008763	CAGG	2	8	5288	5295	25 %	0 %	50 %	25 %	121583570
120	NC_008763	GCC	2	6	5298	5303	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
121	NC_008763	CAG	2	6	5304	5309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
122	NC_008763	GCG	2	6	5310	5315	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583570
123	NC_008763	AGG	2	6	5326	5331	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583570
124	NC_008763	GCC	2	6	5367	5372	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
125	NC_008763	GCC	3	9	5402	5410	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
126	NC_008763	GTG	2	6	5421	5426	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121583570
127	NC_008763	AGC	2	6	5460	5465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
128	NC_008763	GGC	2	6	5485	5490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583570
129	NC_008763	GCC	2	6	5505	5510	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
130	NC_008763	GC	3	6	5555	5560	0 %	0 %	50 %	50 %	121583570
131	NC_008763	GCC	2	6	5589	5594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
132	NC_008763	AGC	2	6	5611	5616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
133	NC_008763	GCC	2	6	5617	5622	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121583570
134	NC_008763	GAAGCC	2	12	5625	5636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
135	NC_008763	CG	3	6	5656	5661	0 %	0 %	50 %	50 %	121583570
136	NC_008763	GCA	2	6	5695	5700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
137	NC_008763	GGA	2	6	5705	5710	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121583570
138	NC_008763	AGCGGC	2	12	5770	5781	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121583570
139	NC_008763	CAG	2	6	5898	5903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583570
140	NC_008763	TCT	2	6	6117	6122	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121583571
141	NC_008763	T	6	6	6268	6273	0 %	100 %	0 %	0 %	121583571
142	NC_008763	CAG	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583571
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151	NC_008763	CGG	2	6	6770	6775	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583572
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157	NC_008763	A	6	6	7173	7178	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_008763	A	6	6	7195	7200	100 %	0 %	0 %	0 %	121583573
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171	NC_008763	GAG	2	6	7834	7839	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_008763	GAC	2	6	8056	8061	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583574
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202	NC_008763	TGC	2	6	9655	9660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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204	NC_008763	CATC	2	8	9730	9737	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.